websoft/bin/degap

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 #
   4 # Removes insertions (represented by "-" or ".") from FASTA files
   5 #
   6
   7 use strict;
   8 use warnings;
   9
  10 if ($ARGV[0]) { open(FILE, "<$ARGV[0]") or die($!); }
  11 else { open(FILE, "<-") or die($!); }
  12
  13 my $seq;
  14
  15 while (<FILE>) {
  16         if (! /^>/) {
  17                 s/-|\.|\n//g;
  18                 $seq .= $_;
  19                 }
  20         else {          # If there's a sequence print it
  21                 if ($seq) { $seq =~ s/(.{72})/$1\n/g; print "$seq\n"; }
  22                 print $_;       # Then the title
  23                 $seq = "";
  24                 }
  25         }
  26 if ($seq) { $seq =~ s/(.{72})/$1\n/g; print "$seq\n"; }