websoft/bin/fasta2concise

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 # Converts a FASTA alignment of *sequences* to a concise file of the
   4 # form alignX;seq name:seq where X is an incremental integer and seq is
   5 # a comma seperated list of the sequence
   6
   7 use warnings;
   8
   9 if ( $ARGV[0] ) { open( IN, "<$ARGV[0]" ) or die($!); }
  10 else            { *IN = *STDIN; }
  11
  12 my ( $seq, @seqs, @title );
  13 while (<IN>) {
  14   if (s/^>//) {
  15     if ($seq) {
  16       $seq =~ s/\n|\s//g;
  17       $seq =~ s/(.)/$1,/g;
  18       push @seqs, $seq;
  19       $seq = "";
  20     }
  21     chomp;
  22     push @title, $_;
  23   } else {
  24     chomp;
  25     $seq .= $_;
  26   }
  27 }
  28 $seq =~ s/\n|\s//g;
  29 $seq =~ s/(.)/$1,/g;
  30 push @seqs, $seq;
  31
  32 if ( @title != @seqs ) { die("non matching number of titles and sequences!\n"); }
  33
  34 foreach ( 0 .. $#title ) {
  35   print "align" . ( $_ + 1 ) . ";$title[$_]:$seqs[$_]\n";
  36 }