websoft/bin/get1stfasta

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 #
   4 # Returns the first sequence from a FASTA file
   5 #
   6
   7 use warnings;
   8
   9 if ($ARGV[0]) { open(IN, "<$ARGV[0]") or die($!); }
  10 else { *IN = *STDIN; }
  11
  12 while (<IN>) {
  13         if (/^>/) {
  14                 print $_;
  15                 while (<IN>) {
  16                         if (/^>/) { exit(); }
  17                         print $_;
  18                         }
  19                 }
  20         }