websoft/bin/runcoils

   1 #!/usr/bin/perl
   2 #
   3
   4 #
   5 # Wrapper for multicoil and ncoil to generate csv style output to STDOUT
   6 # Pass it the complete path to the sequence or multicoil will complain
   7 #
   8 # multicoils ignored as it's a bitch to setup
   9
  10 use strict;
  11 use warnings;
  12 use POSIX;
  13 use Jpred;
  14
  15 unless (@ARGV) { die("No arguments given\n"); }
  16 goto NCOILS;
  17 my ($path) = $ENV{'PWD'};
  18 my ($file) = ($ARGV[0] =~ /.*\/(.*)/);
  19 my ($multicoil) = ($ENV{'PAIRCOIL_CONFIG'} =~ /(.*)\/.*/);
  20
  21 # Print multicoils cmd file to temp file
  22 my $multi_conf = tmpnam();
  23 open(FILE, ">$multi_conf") or die($!);
  24 print FILE "method = MultiCoil
  25 bound = .5
  26 no GUI
  27 window length = 28
  28 multi_lib 1 = 3 4 5
  29 multi_lib 2 = 2 3 4
  30 pair_lib = 1 2 4
  31 conversion dir = $multicoil/CONVERSION_FILES/
  32 table 1 = $multicoil/PROGRAM_DATA/cctb28
  33 table 2 = $multicoil/PROGRAM_DATA/tritb28
  34 pir = $multicoil/PROGRAM_DATA/sampled-pir.seq
  35 genbnk = $multicoil/PROGRAM_DATA/genbnk
  36 printfile dir = /homes/jon/jpred/src/MULTICOIL/TEST_RUNS/
  37 log dir = $path/
  38 seq scores dir = $path/
  39 out dir = $path/";
  40 close(FILE);
  41
  42 my $tmp2 = tmpnam();
  43 xsystem("$BINDIR/readseq -f3 -p < $ARGV[0] > $tmp2");
  44
  45 # 1, 2, 3! We hate multicoil! Have to be in the same path as it's exe
  46 # to run due to the hex editing on the multicoil exe to allow it to read
  47 # some of its data files, also it requires PIR input file, sigh...
  48 #my $pwd = $ENV{'PWD'};
  49 #chdir("$JPREDROOT/src/MULTICOIL/");
  50 #xsystem("$JPREDROOT/src/MULTICOIL/multicoil $tmp2 -config $multi_conf > /dev/null 2> /dev/null");
  51 #chdir($pwd);
  52
  53 #my $co=0;
  54 #my (@prob, @dimprob, @trimprob);
  55
  56 #$tmp2 =~ s/.*\///g;
  57
  58 #open(IN, "<$path/$tmp2.out") or die($!);
  59 #while (<IN>) {
  60 #       if (/^[#|%]/) { next; }
  61 #       else {
  62 #               @_ = split(" ", $_);
  63 #               push @prob, $_[4];
  64 #               push @dimprob, $_[5];
  65 #               push @trimprob, $_[6];
  66 #               }
  67 #       }
  68 #close(IN);
  69
  70 # remove junk
  71 #unlink("$tmp2.out");
  72 #unlink("$tmp2.seq_scores");
  73 #unlink("$tmp2.log");
  74 #unlink $multi_conf, $tmp2;
  75
  76 # Takes the prob. array and decides whether it's definitely a coil,
  77 # maybe a coil, or not a coil.
  78 sub coil {
  79         my @array;
  80         foreach (@_) {
  81                 if ($_ >= 0.9) {
  82                         push @array, "C";
  83                         }
  84                 elsif ($_ >= 0.5) {
  85                         push @array, "c";
  86                         }
  87                 else {
  88                         push @array, "-";
  89                         }
  90                 }
  91         return @array;
  92         }
  93
  94 # Prints a comma after each piece of data in array
  95
  96 sub print_cvs {
  97         foreach (@_) { print "$_,"; }
  98 }
  99
 100 #print "MULTCOIL:";
 101 #print_cvs(coil(@prob));
 102 #print "\n", "MULTCOIL_DIMER:";
 103 #print_cvs(coil(@dimprob));
 104 #print "\n", "MULTCOIL_TRIMER:";
 105 #print_cvs(coil(@trimprob));
 106 #print "\n";
 107
 108 #
 109 # Finished with multicoil, now for lupas coils (?) Just runs ncoils with
 110 # different -win values
 111 #
 112
 113 sub ncoils {
 114         my ($file, $window) = @_;
 115         my @temp;
 116         open(PROG, "$BINDIR/ncoils -w -win $window < $file |") or die($!);
 117         open(REALDATA, ">$ARGV[0].lupas_$window") or die($!);
 118         while (<PROG>) {
 119                 print REALDATA "$_";
 120                 chop;
 121                 push @temp, substr($_, 19, 5);
 122                 }
 123         close(PROG);
 124         close(REALDATA);
 125         return @temp;
 126         }
 127
 128 NCOILS:
 129 print "Lupas_21:";
 130 print_cvs(coil(ncoils($ARGV[0], 21)));          # 21 window
 131 print "\n", "Lupas_14:";
 132 print_cvs(coil(ncoils($ARGV[0], 14)));          # 14 window
 133 print "\n", "Lupas_28:";
 134 print_cvs(coil(ncoils($ARGV[0], 28)));          # 28 window
 135 print "\n";
 136