websoft/data/blast/KSkyte.flt

   1 ;Hydropathy      ; 16 character descriptor
   2 ;2               ; 1=Nucleic  2=Protein
   3 1                ; 1=Filter   2-64=No. Pos. in Matrix
   4 19               ; 3-256=Filter Window  0-100=Percent Cutoff Matrix Output
   5    1.800   A  Ala
   6   -3.500   BB Asx
   7    2.500   C  Cys   Note: Columns 1-8 must contain 1 numeric value only
   8   -3.500   D  Asp
   9   -3.500   E  Glu   Note: This file is required for amphpathic helic
  10    2.800   F  Phe
  11   -0.400   G  Gly
  12   -3.200   H  His
  13    4.500   I  Ile
  14   -3.900   K  Lys
  15    3.800   L  Leu
  16    1.900   M  Met
  17   -3.500   N  Asn
  18   -1.600   P  Pro
  19   -3.500   Q  Gln
  20   -4.500   R  Arg
  21   -0.800   S  Ser
  22   -0.700   T  Thr
  23    4.200   V  Val
  24   -0.900   W  Trp
  25   -0.490   X- Unk
  26   -1.300   Y  Tyr
  27   -3.500   ZZ Glx
  28   -0.490   ** ***
  29 ;Hydropathy - Kyte and Doolittle (Hydrophobicity Index)
  30 ;A window of 19 residues is the published (and recomended) value
  31 ;for calculating the moving average to find membrane spanning regions