git://source.jalview.org / jpred.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JPRED-2 Add alscript to the Git repository
[jpred.git] / sources / alscript / doc / alscript / section3_8.html
diff --git a/sources/alscript/doc/alscript/section3_8.html b/sources/alscript/doc/alscript/section3_8.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..aec717a
--- /dev/null
+++ b/sources/alscript/doc/alscript/section3_8.html
@@ -0,0 +1,38 @@
+<HEAD>
+<TITLE> New Features in Version 1.4.4</TITLE>
+</HEAD>
+<BODY><P>
+ <HR> <A NAME=tex2html166 HREF=section3_9.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html164 HREF=alscript.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html158 HREF=section3_7.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html168 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
+<B> Next:</B> <A NAME=tex2html167 HREF=section3_9.html> New Features in </A>
+<B>Up:</B> <A NAME=tex2html165 HREF=alscript.html>No Title</A>
+<B> Previous:</B> <A NAME=tex2html159 HREF=section3_7.html> Brief Description of </A>
+<HR> <P>
+<H1><A NAME=SECTION0008000000000000000> New Features in Version 1.4.4</A></H1>
+<P>
+This version introduces the MASK family of commands which allows
+boxing, shading etc to be applied according to the frequency of
+occurence of the character types at each position in the alignment.
+For example, it is possible to box positions where one character is
+seen in more than N of the sequences.  It is also possible to
+box/shade etc the most frequently occurring character at each
+position.  Commands exist to select which characters will be used in
+the calculation of frequencies and which will be excluded, thus boxing
+can be based upon two or more character types at a position.  MASK
+commands also exist to show residues identical to one sequence in the
+set.  See the section on MASK below for details.
+<P>
+NOTE: Although boxing according to the frequency of amino acids seen
+at a position is a popular method of representation it is not usually
+the most informative.  An analysis that takes into account the
+physico-chemical properties of the amino acids and also relates the
+amino acid similarities to the overall similarity between the
+sequences is more helpful in identifying functionally important
+residues.  The AMAS program (Livingstone and Barton, 1993) applies a
+flexible hierarchical set-based approach to this problem.
+<P>
+<HR>
+
+</BODY>
+<P><ADDRESS>
+gjb@bioch.ox.ac.uk
+</ADDRESS>
\ No newline at end of file