git://source.jalview.org / jpred.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JPRED-2 Add alscript to the Git repository
[jpred.git] / sources / alscript / doc / alscript / section3_9.html
diff --git a/sources/alscript/doc/alscript/section3_9.html b/sources/alscript/doc/alscript/section3_9.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..68ee99e
--- /dev/null
+++ b/sources/alscript/doc/alscript/section3_9.html
@@ -0,0 +1,50 @@
+<HEAD>
+<TITLE> New Features in Version 1.4.5 - Program alsnum</TITLE>
+</HEAD>
+<BODY><P>
+ <HR> <A NAME=tex2html177 HREF=section3_10.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html175 HREF=alscript.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html169 HREF=section3_8.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html179 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
+<B> Next:</B> <A NAME=tex2html178 HREF=section3_10.html> New Features in </A>
+<B>Up:</B> <A NAME=tex2html176 HREF=alscript.html>No Title</A>
+<B> Previous:</B> <A NAME=tex2html170 HREF=section3_8.html> New Features in </A>
+<HR> <P>
+<H1><A NAME=SECTION0009000000000000000> New Features in Version 1.4.5 - Program alsnum</A></H1>
+<P>
+Version 1.4.5 includes the program &quot;alsnum&quot;.  This is a temporary solution to 
+the residue numbering problem.  Ultimately, these functions will be included
+as alscript commands.
+<P>
+alsnum creates a set of TEXT commands that can be incorporated into an 
+alscript command file to place sequential numbers at any position in the
+alignment.  The numbers ignore gaps, so the numbering will correspond to 
+the specific sequence position rather than the alignment.
+<P>
+To use the program:
+<P>
+1.  Decide where you want the numbers to be placed.  For example, you might
+want the numbers above the third sequence in the alignment.  If so, make
+an extra sequence space above the third sequence using the ADD_SEQ command.
+<P>
+2.  Decide what is the number of the first residue of the sequence to be 
+numbered.   This will not always be 1 since you may be aligning fragments
+or domains.
+<P>
+3.  Decide the numbering interval (e.g. every 10th amino acid).
+<P>
+4.  Run the program.
+<P>
+For example, if you want to add numbers according to sequence 37 of a
+block file (junk.blc), calling the first residue of the sequence 12,
+and with an interval of 5, and the numbers are to be placed at the
+location of sequence 3 in the alignment.  Type:
+<P>
+alsnum 37 12 5 3 &lt; junk.blc &gt; junk.text
+<P>
+5.  Add the resulting TEXT commands from junk.text to your alscript 
+command file.
+<P>
+<HR>
+
+</BODY>
+<P><ADDRESS>
+gjb@bioch.ox.ac.uk
+</ADDRESS>
\ No newline at end of file