git://source.jalview.org / jpred.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JPRED-2 Add alscript to the Git repository
[jpred.git] / sources / alscript / doc / alscript / subsection3_10_2.html
diff --git a/sources/alscript/doc/alscript/subsection3_10_2.html b/sources/alscript/doc/alscript/subsection3_10_2.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e9682cc
--- /dev/null
+++ b/sources/alscript/doc/alscript/subsection3_10_2.html
@@ -0,0 +1,67 @@
+<HEAD>
+<TITLE> New Step 2 Commands</TITLE>
+</HEAD>
+<BODY><P>
+ <HR> <A NAME=tex2html213 HREF=subsection3_10_3.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html211 HREF=section3_10.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html205 HREF=subsection3_10_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html215 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
+<B> Next:</B> <A NAME=tex2html214 HREF=subsection3_10_3.html> New special TEXT </A>
+<B>Up:</B> <A NAME=tex2html212 HREF=section3_10.html> New Features in </A>
+<B> Previous:</B> <A NAME=tex2html206 HREF=subsection3_10_1.html> New Step 1 </A>
+<HR> <P>
+<H2><A NAME=SECTION00010200000000000000> New Step 2 Commands</A></H2>
+<P>
+COLOUR_TEXT_REGION x y x1 y1 colour
+<P>
+Sets the colour for TEXT command output.  Similar syntax to COLOUR_REGION, FONT_REGIONetc.
+<P>
+COLOUR_LINE_REGION x y x1 y1 colour
+<P>
+Set the colour for LINEs in a region.
+<P>
+CALCONS x y x1 y1
+<P>
+Calculate conservation values according to Zvelebil <em>et al.</em> for the designated
+region.  (See Livingstone &Barton 1993 for details and further refs)
+<P>
+MASK CONSERVATION cutoff
+<P>
+If CONSCAL has been used, then mask residues according to the conservation cutoff.
+<P>
+e.g. MASK CONSERVATION 10  would mask all identities, MASK CONSERVATION 6 would
+mask reasonably conserved positions.  See examples for more on this command.
+<P>
+HELIX x1 y x2
+<P>
+Draw a helix from x1 to x2 of sequence y.
+<P>
+STRAND x1 y x2
+<P>
+Draw a strand from x1 to x2 of sequence y.
+<P>
+COIL x1 y x2
+<P>
+Draw a coil (horizontal line) from x1 to x2 of sequence y.
+<P>
+RELATIVE_TO&lt;seqnum&gt;  &lt;startnum&gt;
+<P>
+Set reference numbers to work relative to sequence number &lt;seqnum&gt;.  This
+means that in all subsequent commands, ALSCRIPT will translate your x
+values into absolute position values in the alignment.  This is <em>extremely</em> useful since you can annotate your alignment using your
+favourite sequences as a reference point.  You no longer have to
+translate every x position into the alignment position.
+<P>
+&lt;startnum&gt; is optional.  If present, it specifies what the first
+residue in the displayed sequence is.  For example, you may be showing
+residues 200-500 of a sequence, so &lt;startnum&gt; would be 200 rather than
+the default of 1.  <em>Warning - this is a very new feature and
+bounds checking is not fully enabled for it</em>.
+<P>
+You can use RELATIVE_TOseveral times in the command file to annotate
+different sequences.  RELATIVE_TO0 resets to the ``normal''
+alignment numbering.
+<P>
+<HR>
+
+</BODY>
+<P><ADDRESS>
+gjb@bioch.ox.ac.uk
+</ADDRESS>
\ No newline at end of file