git://source.jalview.org / jpred.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JPRED-2 Add alscript to the Git repository
[jpred.git] / sources / alscript / doc / alscript / subsection3_16_10.html
diff --git a/sources/alscript/doc/alscript/subsection3_16_10.html b/sources/alscript/doc/alscript/subsection3_16_10.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c1bdb36
--- /dev/null
+++ b/sources/alscript/doc/alscript/subsection3_16_10.html
@@ -0,0 +1,50 @@
+<HEAD>
+<TITLE> Wish List for next version!!</TITLE>
+</HEAD>
+<BODY><P>
+ <HR> <A NAME=tex2html492 HREF=subsection3_16_11.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html490 HREF=section3_16.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html484 HREF=subsection3_16_9.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html494 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
+<B> Next:</B> <A NAME=tex2html493 HREF=subsection3_16_11.html> Acknowledgements</A>
+<B>Up:</B> <A NAME=tex2html491 HREF=section3_16.html> Appendices</A>
+<B> Previous:</B> <A NAME=tex2html485 HREF=subsection3_16_9.html> Program Crashes and </A>
+<HR> <P>
+<H2><A NAME=SECTION000161000000000000000> Wish List for next version!!</A></H2>
+<P>
+<A NAME=app9><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/invis_anchor.xbm"></A>
+<P>
+A command interpreter that does more error checking will be included.  
+Currently, no checking is done to make sure that the correct number of 
+arguments are given to a command.
+<P>
+Sequences will be able to be given unique labels and region commands refer
+to these labels or ranges of labels.  This will permit a sequence to be 
+deleted or added to the alignment without having to update the .als file.
+<P>
+The relative numbering option will be extended to allow numbering relative
+to a position.  e.g. 456+7  would be 7 residues after position 456.  This
+will allow annotation of positions that may be in insertions relative to the
+reference sequence.
+<P>
+Special TEXT commands will be extended to allow alternative shapes to
+be drawn and scaled in various ways.
+<P>
+Tree drawing and generalised graphics.  An option to draw arbitrary lines 
+on an alignment will be added.  This will permit line graphics to be added 
+to an alignment.  The initial reason for this will be to show dendrograms 
+(trees) alongside the alignment, but simple line graphs could also be plotted
+under the alignment.
+<P>
+Fiddle factors will be introduced to allow fine positioning of
+individual characters.  For example, if you like your ``I'' characters
+to be centred rather than left justified, this will be possible.
+<P>
+In single_pagemode, it will be possible to add arbitrary text to an
+alignment for final annotation, e.g. titles etc.
+<P>
+Variable height/width sequence lines will be permitted (maybe).
+<P>
+<HR>
+
+</BODY>
+<P><ADDRESS>
+gjb@bioch.ox.ac.uk
+</ADDRESS>
\ No newline at end of file