git://source.jalview.org / jpred.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JPRED-2 Add alscript to the Git repository
[jpred.git] / sources / alscript / doc / alscript / subsection3_16_2.html
diff --git a/sources/alscript/doc/alscript/subsection3_16_2.html b/sources/alscript/doc/alscript/subsection3_16_2.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c658f4e
--- /dev/null
+++ b/sources/alscript/doc/alscript/subsection3_16_2.html
@@ -0,0 +1,65 @@
+<HEAD>
+<TITLE> AMPS Block file format</TITLE>
+</HEAD>
+<BODY><P>
+ <HR> <A NAME=tex2html404 HREF=subsection3_16_3.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html402 HREF=section3_16.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html396 HREF=subsubsection3_16_1_4.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html406 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
+<B> Next:</B> <A NAME=tex2html405 HREF=subsection3_16_3.html> PostScript Fonts</A>
+<B>Up:</B> <A NAME=tex2html403 HREF=section3_16.html> Appendices</A>
+<B> Previous:</B> <A NAME=tex2html397 HREF=subsubsection3_16_1_4.html> STEP 2 COMMANDS</A>
+<HR> <P>
+<H2><A NAME=SECTION00016200000000000000> AMPS Block file format</A></H2>
+<P>
+<A NAME=app2><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/invis_anchor.xbm"></A>
+<P>
+The first part of a block-file contains the identifier codes of the 
+sequences that are to follow.  Each code is prefixed by the &gt; symbol, codes
+must not contain spaces.
+<P>
+e.g.
+<PRE><TT>
+&gt;HAHU
+&gt;Trypsin
+&gt;A0046
+&gt;Seq1</TT></PRE>
+<P>
+etc.
+<P>
+ALSCRIPT counts the number of &gt; symbols in the beginning of the file
+until a * symbol is found.  The * signals the beginning of the
+multiple alignment which is stored VERTICALLY, thus columns are
+individual sequences, whilst rows are aligned positions.  The * symbol
+must lie over the first sequence.  A further star in the same column
+signals the end of the alignment.  ALSCRIPT uses the number of &gt;
+symbols at the beginning of the file to work out how many columns to
+read from the * position.  It is therefore important that the only &gt;
+symbols in the file are those that define the identifiers, and the
+only * symbols are those defining the start and end of the multiple
+alignment.  The block file can contain additional text, providing that
+there are no more &gt; or * symbols in the file than those used to define
+the identifiers or alignment start and end.
+<P>
+A simple, small block-file is shown here.
+<P>
+<PRE><TT>
+&gt;Seq_1
+&gt;A0231
+&gt;HAHU
+&gt;Four_Alpha
+&gt;Globin
+&gt;GLobin_C
+*
+ARNDLQ
+AAAAAA
+PPPPPP
+PP PPP
+WW WWW
+LLLLLL
+IIVVLL
+*</TT></PRE>
+<P>
+<HR>
+
+</BODY>
+<P><ADDRESS>
+gjb@bioch.ox.ac.uk
+</ADDRESS>
\ No newline at end of file