git://source.jalview.org / jpred.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JPRED-2 Add alscript to the Git repository
[jpred.git] / sources / alscript / doc / alscript / subsubsection3_16_1_2.html
diff --git a/sources/alscript/doc/alscript/subsubsection3_16_1_2.html b/sources/alscript/doc/alscript/subsubsection3_16_1_2.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..593d1cc
--- /dev/null
+++ b/sources/alscript/doc/alscript/subsubsection3_16_1_2.html
@@ -0,0 +1,62 @@
+<HEAD>
+<TITLE> REQUIRED STEP 1 COMMANDS</TITLE>
+</HEAD>
+<BODY><P>
+ <HR> <A NAME=tex2html373 HREF=subsubsection3_16_1_3.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/next_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html371 HREF=subsection3_16_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/up_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html365 HREF=subsubsection3_16_1_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/previous_motif.gif"></A> <A NAME=tex2html375 HREF=tableofcontents3_1.html><IMG ALIGN=MIDDLE SRC="http://geoff.biop.ox.ac.uk/latex2html/contents_motif.gif"></A> <BR>
+<B> Next:</B> <A NAME=tex2html374 HREF=subsubsection3_16_1_3.html> OPTIONAL STEP 1 </A>
+<B>Up:</B> <A NAME=tex2html372 HREF=subsection3_16_1.html> ALSCRIPT Command Summary</A>
+<B> Previous:</B> <A NAME=tex2html366 HREF=subsubsection3_16_1_1.html> STEP 1 COMMANDS</A>
+<HR> <P>
+<H3><A NAME=SECTION00016120000000000000> REQUIRED STEP 1 COMMANDS</A></H3>
+<P>
+BLOCK_FILE &lt;string&gt;
+<P>
+Gives the name of the file that contains the multiple sequence alignment
+to be formatted.  File names should be fully qualified i.e. not 
+relative to the current directory.  If no block file command is given, 
+ALSCRIPT will expect to read the block file from standard input.
+<P>
+OUTPUT_FILE &lt;string&gt;
+<P>
+Defines the output file name.  This command should be near the beginning of
+the command list.
+e.g. OUTPUT_FILE  Figure1.ps
+<P>
+You MUST define an output file unless the -p option 
+(See <A HREF=subsection3_16_8.html#app7>Alternative ways of invoking ALSCRIPT</A>)
+is used.
+<P>
+DEFINE_FONT &lt;int&gt; &lt;string&gt; (&lt;int&gt;/DEFAULT)/(REL &lt;float&gt;)
+<P>
+Defines a font to use later:
+e.g.
+<PRE><TT>
+DEFINE_FONT 0 Helvetica 10
+DEFINE_FONT 2 Times-Roman 2</TT></PRE>
+<P>
+defines font number 0 to be 10 point Helvetica, and font number 2 to be 
+2 point Times-Roman.  Font 0 is always used as the default font.  You MUST
+define at least the font 0 font.
+<P>
+DEFINE_FONT 3 Times-Roman DEFAULT
+<P>
+sets font 3 to be Times-Roman at whatever the default pointsize
+is as set by the POINTSIZE command.
+<P>
+DEFINE_FONT 4 Helvetica REL 0.5
+<P>
+sets font 4 to be helvetica at half the default pointsize.
+<P>
+NOTE:  Font names must be written exactly as shown in 
+<A HREF=subsection3_16_3.html#app3>PostScript Fonts</A>.
+<P>
+SETUP
+<P>
+Signals the end of the STEP 1 commands.
+<P>
+<HR>
+
+</BODY>
+<P><ADDRESS>
+gjb@bioch.ox.ac.uk
+</ADDRESS>
\ No newline at end of file