move jsp for reports to a separate dir

Apply formatting

Merge branch 'DAO'

Conflicts:
server/compbio/controllers/DailyStatisticsController.java
server/compbio/controllers/SequenceController.java

Attempt to resolve the problem with java on cluster...

Remove obsolete javascript code

Dummy controller for proteomes

Add a bit of javascripting to the project

Add datatables-1.9.4 and jquery-1.10.2 libraries

Comment strang and potentially erroneous code

Add the "Reload" and "CSV" buttons

Tiny "view" correction

add menu elements for dealing with proteomes

new readers for the queries

Rename the dynamic page generated with the controller

Add exceptions and internal checks for Cassandra requests

Add CSS element for tables with scrollbars

Fix problem with radio button

Add a possible path to the Jpred archive in the cluster

Add areal group logo picture

Make all servlets available to admins

Wrong web form action fixed

Centralize initial examples of job id and IP

Fix the problem with the disappearing link to the job archive file

Enabling archiving by default

Remove obsolete raw servlets

Add "template" figures for non-existing logos and javascript for checking svg support in browser

add dummy file into results

Add direct link to the job archive file (raw data)

Move one method and som internal data form  DailyStatisticsController.java to BasicController.java

Fix problm with username

Remove obsolete classes

Comment wrong code

Add private methods instead of exteranl dependency

Add private method instead of an exteran dependence

Merge branch 'DAO'

Replace logo figures

check the date in controller, new class dateFormatter

Improve webapp appearance

Fix problem with the registration form

Some tiny technical changes to controllers

Fix problem with default target

Fix problem with access permissions and make better wording for the new servlet

created features report

Add LDAP authentication and enabling Spring logging

remove sourcepath and add ldap jars

1. Move query jsps into a separate directory
2. Re-design getting Principal in controllers

Rename and merge controllers

partly working security: registration form, authorization, simple authentification

Partly working security: registration form, authorisaztion, simple authentication

Add posibility to look at failed jobs

Fix problem due to new internal java beans

Merge branch 'servlets' of https://source.jalview.org/git/proteocache into servlets

Conflicts:
server/compbio/controllers/SequenceController.java

Add basic security jars to the project

create DateBean, UserBean, TotalBean

Add additional checks of input parameters

Merge branch 'servlets'

create ProteinBean

Clean up JSP code

Fix problem with different date formats

Add additional checks of input parameters from html forms

Remove system prints

New internal supporting JSP

Improve UI of the website
Remove java code from JSP

Improve visibility of the website

Bug fixed: wrong class object in the logging

Fix problem with the bean

Modify ant build process for the new project structure

Merge branch 'master' into servlets

Conflicts:
WEB-INF/web.xml
website/AllReports.jsp
website/Index.jsp
website/ReportSequenceProtein.jsp

Improve front-end view of the website

Convert servlets into Spring controllers

improve configuration of the main Spring servlet

New bootstrap added

Add servlets for queries with IP

Remove old bootstrap

the new query jobs by ip

First working Spring-based version

PROT-7 fixed a problem with reportProteinSequence

Make all necessary changes for combining old and new servlets

Merge branch 'servlets'

PROT-7 add reportjobbyaday

PROT-7 add servletjobbyday

delete renamed class

Merge branch 'servlets'

Conflicts:
datadb/compbio/cassandra/StructureProteinPrediction.java
server/compbio/statistic/CassandraRequester.java

PROT-7 fixed reports jobs by a day

Improved style

Improve table style

Improve presentation of job on the web (servlet ServletSequenceProtein)

Some tweaks with Reporting JSPs

Merge branch 'servlets'

Conflicts:
.classpath

PROT-7 fixed report by dates

Switch off archiving by default

First working code for archinving Jpred jobs

make internal object private

some code for reporting Cassansdra status

New ProteoCache configuration

Fix problems with Eclipse settings

Merge branch 'servlets'

Better defaults for the JSP

PROT-7 fixed ServletProteinSequence

correct wb.xml