src/uk/ac/vamsas/objects/core/ApplicationData.java

   1 /*
   2  * This file is part of the Vamsas Client version 0.1.
   3  * Copyright 2009 by Jim Procter, Iain Milne, Pierre Marguerite,
   4  *  Andrew Waterhouse and Dominik Lindner.
   5  *
   6  * Earlier versions have also been incorporated into Jalview version 2.4
   7  * since 2008, and TOPALi version 2 since 2007.
   8  *
   9  * The Vamsas Client is free software: you can redistribute it and/or modify
  10  * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published by
  11  * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
  12  * (at your option) any later version.
  13  *
  14  * The Vamsas Client is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  17  * GNU Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
  20  * along with the Vamsas Client.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  */
  22 package uk.ac.vamsas.objects.core;
  23
  24 //---------------------------------/
  25 //- Imported classes and packages -/
  26 //---------------------------------/
  27
  28 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  29 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  30
  31 /**
  32  * Class ApplicationData.
  33  *
  34  * @version $Revision$ $Date: 2007-06-28 14:51:44 +0100 (Thu, 28 Jun 2007)
  35  *          $
  36  */
  37 public class ApplicationData extends uk.ac.vamsas.objects.core.AppData
  38     implements java.io.Serializable {
  39
  40   // --------------------------/
  41   // - Class/Member Variables -/
  42   // --------------------------/
  43
  44   /**
  45    * Version string describing the application specific data storage version
  46    * used
  47    */
  48   private java.lang.String _version;
  49
  50   /**
  51    * Canonical name of application
  52    */
  53   private java.lang.String _name;
  54
  55   /**
  56    * Field _userList.
  57    */
  58   private java.util.Vector _userList;
  59
  60   /**
  61    * Field _common.
  62    */
  63   private uk.ac.vamsas.objects.core.Common _common;
  64
  65   /**
  66    * Field _instanceList.
  67    */
  68   private java.util.Vector _instanceList;
  69
  70   // ----------------/
  71   // - Constructors -/
  72   // ----------------/
  73
  74   public ApplicationData() {
  75     super();
  76     this._userList = new java.util.Vector();
  77     this._instanceList = new java.util.Vector();
  78   }
  79
  80   // -----------/
  81   // - Methods -/
  82   // -----------/
  83
  84   /**
  85    *
  86    *
  87    * @param vInstance
  88    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  89    *           if the index given is outside the bounds of the collection
  90    */
  91   public void addInstance(final uk.ac.vamsas.objects.core.Instance vInstance)
  92       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
  93     this._instanceList.addElement(vInstance);
  94   }
  95
  96   /**
  97    *
  98    *
  99    * @param index
 100    * @param vInstance
 101    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 102    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 103    */
 104   public void addInstance(final int index,
 105       final uk.ac.vamsas.objects.core.Instance vInstance)
 106       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 107     this._instanceList.add(index, vInstance);
 108   }
 109
 110   /**
 111    *
 112    *
 113    * @param vUser
 114    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 115    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 116    */
 117   public void addUser(final uk.ac.vamsas.objects.core.User vUser)
 118       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 119     this._userList.addElement(vUser);
 120   }
 121
 122   /**
 123    *
 124    *
 125    * @param index
 126    * @param vUser
 127    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 128    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 129    */
 130   public void addUser(final int index,
 131       final uk.ac.vamsas.objects.core.User vUser)
 132       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 133     this._userList.add(index, vUser);
 134   }
 135
 136   /**
 137    * Method enumerateInstance.
 138    *
 139    * @return an Enumeration over all uk.ac.vamsas.objects.core.Instance elements
 140    */
 141   public java.util.Enumeration enumerateInstance() {
 142     return this._instanceList.elements();
 143   }
 144
 145   /**
 146    * Method enumerateUser.
 147    *
 148    * @return an Enumeration over all uk.ac.vamsas.objects.core.User elements
 149    */
 150   public java.util.Enumeration enumerateUser() {
 151     return this._userList.elements();
 152   }
 153
 154   /**
 155    * Overrides the java.lang.Object.equals method.
 156    *
 157    * @param obj
 158    * @return true if the objects are equal.
 159    */
 160   public boolean equals(final java.lang.Object obj) {
 161     if (this == obj)
 162       return true;
 163
 164     if (super.equals(obj) == false)
 165       return false;
 166
 167     if (obj instanceof ApplicationData) {
 168
 169       ApplicationData temp = (ApplicationData) obj;
 170       boolean thcycle;
 171       boolean tmcycle;
 172       if (this._version != null) {
 173         if (temp._version == null)
 174           return false;
 175         if (this._version != temp._version) {
 176           thcycle = org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._version);
 177           tmcycle = org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._version);
 178           if (thcycle != tmcycle) {
 179             if (!thcycle) {
 180               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._version);
 181             }
 182             ;
 183             if (!tmcycle) {
 184               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._version);
 185             }
 186             ;
 187             return false;
 188           }
 189           if (!thcycle) {
 190             if (!this._version.equals(temp._version)) {
 191               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._version);
 192               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._version);
 193               return false;
 194             }
 195             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._version);
 196             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._version);
 197           }
 198         }
 199       } else if (temp._version != null)
 200         return false;
 201       if (this._name != null) {
 202         if (temp._name == null)
 203           return false;
 204         if (this._name != temp._name) {
 205           thcycle = org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._name);
 206           tmcycle = org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._name);
 207           if (thcycle != tmcycle) {
 208             if (!thcycle) {
 209               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._name);
 210             }
 211             ;
 212             if (!tmcycle) {
 213               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._name);
 214             }
 215             ;
 216             return false;
 217           }
 218           if (!thcycle) {
 219             if (!this._name.equals(temp._name)) {
 220               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._name);
 221               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._name);
 222               return false;
 223             }
 224             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._name);
 225             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._name);
 226           }
 227         }
 228       } else if (temp._name != null)
 229         return false;
 230       if (this._userList != null) {
 231         if (temp._userList == null)
 232           return false;
 233         if (this._userList != temp._userList) {
 234           thcycle = org.castor.util.CycleBreaker
 235               .startingToCycle(this._userList);
 236           tmcycle = org.castor.util.CycleBreaker
 237               .startingToCycle(temp._userList);
 238           if (thcycle != tmcycle) {
 239             if (!thcycle) {
 240               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._userList);
 241             }
 242             ;
 243             if (!tmcycle) {
 244               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._userList);
 245             }
 246             ;
 247             return false;
 248           }
 249           if (!thcycle) {
 250             if (!this._userList.equals(temp._userList)) {
 251               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._userList);
 252               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._userList);
 253               return false;
 254             }
 255             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._userList);
 256             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._userList);
 257           }
 258         }
 259       } else if (temp._userList != null)
 260         return false;
 261       if (this._common != null) {
 262         if (temp._common == null)
 263           return false;
 264         if (this._common != temp._common) {
 265           thcycle = org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._common);
 266           tmcycle = org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._common);
 267           if (thcycle != tmcycle) {
 268             if (!thcycle) {
 269               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._common);
 270             }
 271             ;
 272             if (!tmcycle) {
 273               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._common);
 274             }
 275             ;
 276             return false;
 277           }
 278           if (!thcycle) {
 279             if (!this._common.equals(temp._common)) {
 280               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._common);
 281               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._common);
 282               return false;
 283             }
 284             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._common);
 285             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._common);
 286           }
 287         }
 288       } else if (temp._common != null)
 289         return false;
 290       if (this._instanceList != null) {
 291         if (temp._instanceList == null)
 292           return false;
 293         if (this._instanceList != temp._instanceList) {
 294           thcycle = org.castor.util.CycleBreaker
 295               .startingToCycle(this._instanceList);
 296           tmcycle = org.castor.util.CycleBreaker
 297               .startingToCycle(temp._instanceList);
 298           if (thcycle != tmcycle) {
 299             if (!thcycle) {
 300               org.castor.util.CycleBreaker
 301                   .releaseCycleHandle(this._instanceList);
 302             }
 303             ;
 304             if (!tmcycle) {
 305               org.castor.util.CycleBreaker
 306                   .releaseCycleHandle(temp._instanceList);
 307             }
 308             ;
 309             return false;
 310           }
 311           if (!thcycle) {
 312             if (!this._instanceList.equals(temp._instanceList)) {
 313               org.castor.util.CycleBreaker
 314                   .releaseCycleHandle(this._instanceList);
 315               org.castor.util.CycleBreaker
 316                   .releaseCycleHandle(temp._instanceList);
 317               return false;
 318             }
 319             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._instanceList);
 320             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._instanceList);
 321           }
 322         }
 323       } else if (temp._instanceList != null)
 324         return false;
 325       return true;
 326     }
 327     return false;
 328   }
 329
 330   /**
 331    * Returns the value of field 'common'.
 332    *
 333    * @return the value of field 'Common'.
 334    */
 335   public uk.ac.vamsas.objects.core.Common getCommon() {
 336     return this._common;
 337   }
 338
 339   /**
 340    * Method getInstance.
 341    *
 342    * @param index
 343    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 344    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 345    * @return the value of the uk.ac.vamsas.objects.core.Instance at the given
 346    *         index
 347    */
 348   public uk.ac.vamsas.objects.core.Instance getInstance(final int index)
 349       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 350     // check bounds for index
 351     if (index < 0 || index >= this._instanceList.size()) {
 352       throw new IndexOutOfBoundsException("getInstance: Index value '" + index
 353           + "' not in range [0.." + (this._instanceList.size() - 1) + "]");
 354     }
 355
 356     return (uk.ac.vamsas.objects.core.Instance) _instanceList.get(index);
 357   }
 358
 359   /**
 360    * Method getInstance.Returns the contents of the collection in an Array.
 361    * <p>
 362    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 363    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 364    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 365    *
 366    * @return this collection as an Array
 367    */
 368   public uk.ac.vamsas.objects.core.Instance[] getInstance() {
 369     uk.ac.vamsas.objects.core.Instance[] array = new uk.ac.vamsas.objects.core.Instance[0];
 370     return (uk.ac.vamsas.objects.core.Instance[]) this._instanceList
 371         .toArray(array);
 372   }
 373
 374   /**
 375    * Method getInstanceAsReference.Returns a reference to '_instanceList'. No
 376    * type checking is performed on any modifications to the Vector.
 377    *
 378    * @return a reference to the Vector backing this class
 379    */
 380   public java.util.Vector getInstanceAsReference() {
 381     return this._instanceList;
 382   }
 383
 384   /**
 385    * Method getInstanceCount.
 386    *
 387    * @return the size of this collection
 388    */
 389   public int getInstanceCount() {
 390     return this._instanceList.size();
 391   }
 392
 393   /**
 394    * Returns the value of field 'name'. The field 'name' has the following
 395    * description: Canonical name of application
 396    *
 397    * @return the value of field 'Name'.
 398    */
 399   public java.lang.String getName() {
 400     return this._name;
 401   }
 402
 403   /**
 404    * Method getUser.
 405    *
 406    * @param index
 407    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 408    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 409    * @return the value of the uk.ac.vamsas.objects.core.User at the given index
 410    */
 411   public uk.ac.vamsas.objects.core.User getUser(final int index)
 412       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 413     // check bounds for index
 414     if (index < 0 || index >= this._userList.size()) {
 415       throw new IndexOutOfBoundsException("getUser: Index value '" + index
 416           + "' not in range [0.." + (this._userList.size() - 1) + "]");
 417     }
 418
 419     return (uk.ac.vamsas.objects.core.User) _userList.get(index);
 420   }
 421
 422   /**
 423    * Method getUser.Returns the contents of the collection in an Array.
 424    * <p>
 425    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 426    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 427    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 428    *
 429    * @return this collection as an Array
 430    */
 431   public uk.ac.vamsas.objects.core.User[] getUser() {
 432     uk.ac.vamsas.objects.core.User[] array = new uk.ac.vamsas.objects.core.User[0];
 433     return (uk.ac.vamsas.objects.core.User[]) this._userList.toArray(array);
 434   }
 435
 436   /**
 437    * Method getUserAsReference.Returns a reference to '_userList'. No type
 438    * checking is performed on any modifications to the Vector.
 439    *
 440    * @return a reference to the Vector backing this class
 441    */
 442   public java.util.Vector getUserAsReference() {
 443     return this._userList;
 444   }
 445
 446   /**
 447    * Method getUserCount.
 448    *
 449    * @return the size of this collection
 450    */
 451   public int getUserCount() {
 452     return this._userList.size();
 453   }
 454
 455   /**
 456    * Returns the value of field 'version'. The field 'version' has the following
 457    * description: Version string describing the application specific data
 458    * storage version used
 459    *
 460    * @return the value of field 'Version'.
 461    */
 462   public java.lang.String getVersion() {
 463     return this._version;
 464   }
 465
 466   /**
 467    * Overrides the java.lang.Object.hashCode method.
 468    * <p>
 469    * The following steps came from <b>Effective Java Programming Language
 470    * Guide</b> by Joshua Bloch, Chapter 3
 471    *
 472    * @return a hash code value for the object.
 473    */
 474   public int hashCode() {
 475     int result = super.hashCode();
 476
 477     long tmp;
 478     if (_version != null
 479         && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_version)) {
 480       result = 37 * result + _version.hashCode();
 481       org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_version);
 482     }
 483     if (_name != null && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_name)) {
 484       result = 37 * result + _name.hashCode();
 485       org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_name);
 486     }
 487     if (_userList != null
 488         && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_userList)) {
 489       result = 37 * result + _userList.hashCode();
 490       org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_userList);
 491     }
 492     if (_common != null
 493         && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_common)) {
 494       result = 37 * result + _common.hashCode();
 495       org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_common);
 496     }
 497     if (_instanceList != null
 498         && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_instanceList)) {
 499       result = 37 * result + _instanceList.hashCode();
 500       org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_instanceList);
 501     }
 502
 503     return result;
 504   }
 505
 506   /**
 507    * Method isValid.
 508    *
 509    * @return true if this object is valid according to the schema
 510    */
 511   public boolean isValid() {
 512     try {
 513       validate();
 514     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 515       return false;
 516     }
 517     return true;
 518   }
 519
 520   /**
 521    *
 522    *
 523    * @param out
 524    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 525    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 526    *           marshaling
 527    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 528    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 529    */
 530   public void marshal(final java.io.Writer out)
 531       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 532       org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 533     Marshaller.marshal(this, out);
 534   }
 535
 536   /**
 537    *
 538    *
 539    * @param handler
 540    * @throws java.io.IOException
 541    *           if an IOException occurs during marshaling
 542    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 543    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 544    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 545    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 546    *           marshaling
 547    */
 548   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 549       throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 550       org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 551     Marshaller.marshal(this, handler);
 552   }
 553
 554   /**
 555      */
 556   public void removeAllInstance() {
 557     this._instanceList.clear();
 558   }
 559
 560   /**
 561      */
 562   public void removeAllUser() {
 563     this._userList.clear();
 564   }
 565
 566   /**
 567    * Method removeInstance.
 568    *
 569    * @param vInstance
 570    * @return true if the object was removed from the collection.
 571    */
 572   public boolean removeInstance(
 573       final uk.ac.vamsas.objects.core.Instance vInstance) {
 574     boolean removed = _instanceList.remove(vInstance);
 575     return removed;
 576   }
 577
 578   /**
 579    * Method removeInstanceAt.
 580    *
 581    * @param index
 582    * @return the element removed from the collection
 583    */
 584   public uk.ac.vamsas.objects.core.Instance removeInstanceAt(final int index) {
 585     java.lang.Object obj = this._instanceList.remove(index);
 586     return (uk.ac.vamsas.objects.core.Instance) obj;
 587   }
 588
 589   /**
 590    * Method removeUser.
 591    *
 592    * @param vUser
 593    * @return true if the object was removed from the collection.
 594    */
 595   public boolean removeUser(final uk.ac.vamsas.objects.core.User vUser) {
 596     boolean removed = _userList.remove(vUser);
 597     return removed;
 598   }
 599
 600   /**
 601    * Method removeUserAt.
 602    *
 603    * @param index
 604    * @return the element removed from the collection
 605    */
 606   public uk.ac.vamsas.objects.core.User removeUserAt(final int index) {
 607     java.lang.Object obj = this._userList.remove(index);
 608     return (uk.ac.vamsas.objects.core.User) obj;
 609   }
 610
 611   /**
 612    * Sets the value of field 'common'.
 613    *
 614    * @param common
 615    *          the value of field 'common'.
 616    */
 617   public void setCommon(final uk.ac.vamsas.objects.core.Common common) {
 618     this._common = common;
 619   }
 620
 621   /**
 622    *
 623    *
 624    * @param index
 625    * @param vInstance
 626    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 627    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 628    */
 629   public void setInstance(final int index,
 630       final uk.ac.vamsas.objects.core.Instance vInstance)
 631       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 632     // check bounds for index
 633     if (index < 0 || index >= this._instanceList.size()) {
 634       throw new IndexOutOfBoundsException("setInstance: Index value '" + index
 635           + "' not in range [0.." + (this._instanceList.size() - 1) + "]");
 636     }
 637
 638     this._instanceList.set(index, vInstance);
 639   }
 640
 641   /**
 642    *
 643    *
 644    * @param vInstanceArray
 645    */
 646   public void setInstance(
 647       final uk.ac.vamsas.objects.core.Instance[] vInstanceArray) {
 648     // -- copy array
 649     _instanceList.clear();
 650
 651     for (int i = 0; i < vInstanceArray.length; i++) {
 652       this._instanceList.add(vInstanceArray[i]);
 653     }
 654   }
 655
 656   /**
 657    * Sets the value of '_instanceList' by copying the given Vector. All elements
 658    * will be checked for type safety.
 659    *
 660    * @param vInstanceList
 661    *          the Vector to copy.
 662    */
 663   public void setInstance(final java.util.Vector vInstanceList) {
 664     // copy vector
 665     this._instanceList.clear();
 666
 667     this._instanceList.addAll(vInstanceList);
 668   }
 669
 670   /**
 671    * Sets the value of '_instanceList' by setting it to the given Vector. No
 672    * type checking is performed.
 673    *
 674    * @deprecated
 675    *
 676    * @param instanceVector
 677    *          the Vector to set.
 678    */
 679   public void setInstanceAsReference(final java.util.Vector instanceVector) {
 680     this._instanceList = instanceVector;
 681   }
 682
 683   /**
 684    * Sets the value of field 'name'. The field 'name' has the following
 685    * description: Canonical name of application
 686    *
 687    * @param name
 688    *          the value of field 'name'.
 689    */
 690   public void setName(final java.lang.String name) {
 691     this._name = name;
 692   }
 693
 694   /**
 695    *
 696    *
 697    * @param index
 698    * @param vUser
 699    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 700    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 701    */
 702   public void setUser(final int index,
 703       final uk.ac.vamsas.objects.core.User vUser)
 704       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 705     // check bounds for index
 706     if (index < 0 || index >= this._userList.size()) {
 707       throw new IndexOutOfBoundsException("setUser: Index value '" + index
 708           + "' not in range [0.." + (this._userList.size() - 1) + "]");
 709     }
 710
 711     this._userList.set(index, vUser);
 712   }
 713
 714   /**
 715    *
 716    *
 717    * @param vUserArray
 718    */
 719   public void setUser(final uk.ac.vamsas.objects.core.User[] vUserArray) {
 720     // -- copy array
 721     _userList.clear();
 722
 723     for (int i = 0; i < vUserArray.length; i++) {
 724       this._userList.add(vUserArray[i]);
 725     }
 726   }
 727
 728   /**
 729    * Sets the value of '_userList' by copying the given Vector. All elements
 730    * will be checked for type safety.
 731    *
 732    * @param vUserList
 733    *          the Vector to copy.
 734    */
 735   public void setUser(final java.util.Vector vUserList) {
 736     // copy vector
 737     this._userList.clear();
 738
 739     this._userList.addAll(vUserList);
 740   }
 741
 742   /**
 743    * Sets the value of '_userList' by setting it to the given Vector. No type
 744    * checking is performed.
 745    *
 746    * @deprecated
 747    *
 748    * @param userVector
 749    *          the Vector to set.
 750    */
 751   public void setUserAsReference(final java.util.Vector userVector) {
 752     this._userList = userVector;
 753   }
 754
 755   /**
 756    * Sets the value of field 'version'. The field 'version' has the following
 757    * description: Version string describing the application specific data
 758    * storage version used
 759    *
 760    * @param version
 761    *          the value of field 'version'.
 762    */
 763   public void setVersion(final java.lang.String version) {
 764     this._version = version;
 765   }
 766
 767   /**
 768    * Method unmarshal.
 769    *
 770    * @param reader
 771    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 772    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 773    *           marshaling
 774    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 775    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 776    * @return the unmarshaled uk.ac.vamsas.objects.core.AppData
 777    */
 778   public static uk.ac.vamsas.objects.core.AppData unmarshal(
 779       final java.io.Reader reader)
 780       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 781       org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 782     return (uk.ac.vamsas.objects.core.AppData) Unmarshaller.unmarshal(
 783         uk.ac.vamsas.objects.core.ApplicationData.class, reader);
 784   }
 785
 786   /**
 787    *
 788    *
 789    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 790    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 791    */
 792   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 793     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 794     validator.validate(this);
 795   }
 796
 797 }