src/uk/ac/vamsas/objects/core/NodeType.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package uk.ac.vamsas.objects.core;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class NodeType.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class NodeType extends uk.ac.vamsas.client.Vobject \r
  23 implements java.io.Serializable\r
  24 {\r
  25 \r
  26 \r
  27       //--------------------------/\r
  28      //- Class/Member Variables -/\r
  29     //--------------------------/\r
  30 \r
  31     /**\r
  32      * Primary Key for vamsas object referencing \r
  33      */\r
  34     private java.lang.String _id;\r
  35 \r
  36     /**\r
  37      * Field _modifiable.\r
  38      */\r
  39     private java.lang.String _modifiable;\r
  40 \r
  41     /**\r
  42      * Short name for this node\r
  43      */\r
  44     private java.lang.String _name;\r
  45 \r
  46     /**\r
  47      * Descriptive text for this node\r
  48      */\r
  49     private java.lang.String _description;\r
  50 \r
  51     /**\r
  52      * Direct associations between this node and any vamsas\r
  53      *  objects\r
  54      */\r
  55     private java.util.Vector _vrefList;\r
  56 \r
  57     /**\r
  58      * Field _propertyList.\r
  59      */\r
  60     private java.util.Vector _propertyList;\r
  61 \r
  62 \r
  63       //----------------/\r
  64      //- Constructors -/\r
  65     //----------------/\r
  66 \r
  67     public NodeType() {\r
  68         super();\r
  69         this._vrefList = new java.util.Vector();\r
  70         this._propertyList = new java.util.Vector();\r
  71     }\r
  72 \r
  73 \r
  74       //-----------/\r
  75      //- Methods -/\r
  76     //-----------/\r
  77 \r
  78     /**\r
  79      * \r
  80      * \r
  81      * @param vProperty\r
  82      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
  83      * given is outside the bounds of the collection\r
  84      */\r
  85     public void addProperty(\r
  86             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property vProperty)\r
  87     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
  88         this._propertyList.addElement(vProperty);\r
  89     }\r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * \r
  93      * \r
  94      * @param index\r
  95      * @param vProperty\r
  96      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
  97      * given is outside the bounds of the collection\r
  98      */\r
  99     public void addProperty(\r
 100             final int index,\r
 101             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property vProperty)\r
 102     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 103         this._propertyList.add(index, vProperty);\r
 104     }\r
 105 \r
 106     /**\r
 107      * \r
 108      * \r
 109      * @param vVref\r
 110      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 111      * given is outside the bounds of the collection\r
 112      */\r
 113     public void addVref(\r
 114             final uk.ac.vamsas.objects.core.Vref vVref)\r
 115     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 116         this._vrefList.addElement(vVref);\r
 117     }\r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * \r
 121      * \r
 122      * @param index\r
 123      * @param vVref\r
 124      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 125      * given is outside the bounds of the collection\r
 126      */\r
 127     public void addVref(\r
 128             final int index,\r
 129             final uk.ac.vamsas.objects.core.Vref vVref)\r
 130     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 131         this._vrefList.add(index, vVref);\r
 132     }\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * Method enumerateProperty.\r
 136      * \r
 137      * @return an Enumeration over all\r
 138      * uk.ac.vamsas.objects.core.Property elements\r
 139      */\r
 140     public java.util.Enumeration enumerateProperty(\r
 141     ) {\r
 142         return this._propertyList.elements();\r
 143     }\r
 144 \r
 145     /**\r
 146      * Method enumerateVref.\r
 147      * \r
 148      * @return an Enumeration over all\r
 149      * uk.ac.vamsas.objects.core.Vref elements\r
 150      */\r
 151     public java.util.Enumeration enumerateVref(\r
 152     ) {\r
 153         return this._vrefList.elements();\r
 154     }\r
 155 \r
 156     /**\r
 157      * Overrides the java.lang.Object.equals method.\r
 158      * \r
 159      * @param obj\r
 160      * @return true if the objects are equal.\r
 161      */\r
 162     public boolean equals(\r
 163             final java.lang.Object obj) {\r
 164         if ( this == obj )\r
 165             return true;\r
 166         \r
 167         if (super.equals(obj)==false)\r
 168             return false;\r
 169         \r
 170         if (obj instanceof NodeType) {\r
 171         \r
 172             NodeType temp = (NodeType)obj;\r
 173             boolean thcycle;\r
 174             boolean tmcycle;\r
 175             if (this._id != null) {\r
 176                 if (temp._id == null) return false;\r
 177                 if (this._id != temp._id) {\r
 178                     thcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._id);\r
 179                     tmcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._id);\r
 180                     if (thcycle!=tmcycle) {\r
 181                         if (!thcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._id); };\r
 182                         if (!tmcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._id); };\r
 183                         return false;\r
 184                     }\r
 185                     if (!thcycle) {\r
 186                         if (!this._id.equals(temp._id)) {\r
 187                             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._id);\r
 188                             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._id);\r
 189                             return false;\r
 190                         }\r
 191                         org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._id);\r
 192                         org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._id);\r
 193                     }\r
 194                 }\r
 195             } else if (temp._id != null)\r
 196                 return false;\r
 197             if (this._modifiable != null) {\r
 198                 if (temp._modifiable == null) return false;\r
 199                 if (this._modifiable != temp._modifiable) {\r
 200                     thcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._modifiable);\r
 201                     tmcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._modifiable);\r
 202                     if (thcycle!=tmcycle) {\r
 203                         if (!thcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._modifiable); };\r
 204                         if (!tmcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._modifiable); };\r
 205                         return false;\r
 206                     }\r
 207                     if (!thcycle) {\r
 208                         if (!this._modifiable.equals(temp._modifiable)) {\r
 209                             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._modifiable);\r
 210                             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._modifiable);\r
 211                             return false;\r
 212                         }\r
 213                         org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._modifiable);\r
 214                         org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._modifiable);\r
 215                     }\r
 216                 }\r
 217             } else if (temp._modifiable != null)\r
 218                 return false;\r
 219             if (this._name != null) {\r
 220                 if (temp._name == null) return false;\r
 221                 if (this._name != temp._name) {\r
 222                     thcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._name);\r
 223                     tmcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._name);\r
 224                     if (thcycle!=tmcycle) {\r
 225                         if (!thcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._name); };\r
 226                         if (!tmcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._name); };\r
 227                         return false;\r
 228                     }\r
 229                     if (!thcycle) {\r
 230                         if (!this._name.equals(temp._name)) {\r
 231                             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._name);\r
 232                             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._name);\r
 233                             return false;\r
 234                         }\r
 235                         org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._name);\r
 236                         org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._name);\r
 237                     }\r
 238                 }\r
 239             } else if (temp._name != null)\r
 240                 return false;\r
 241             if (this._description != null) {\r
 242                 if (temp._description == null) return false;\r
 243                 if (this._description != temp._description) {\r
 244                     thcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._description);\r
 245                     tmcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._description);\r
 246                     if (thcycle!=tmcycle) {\r
 247                         if (!thcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._description); };\r
 248                         if (!tmcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._description); };\r
 249                         return false;\r
 250                     }\r
 251                     if (!thcycle) {\r
 252                         if (!this._description.equals(temp._description)) {\r
 253                             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._description);\r
 254                             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._description);\r
 255                             return false;\r
 256                         }\r
 257                         org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._description);\r
 258                         org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._description);\r
 259                     }\r
 260                 }\r
 261             } else if (temp._description != null)\r
 262                 return false;\r
 263             if (this._vrefList != null) {\r
 264                 if (temp._vrefList == null) return false;\r
 265                 if (this._vrefList != temp._vrefList) {\r
 266                     thcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._vrefList);\r
 267                     tmcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._vrefList);\r
 268                     if (thcycle!=tmcycle) {\r
 269                         if (!thcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._vrefList); };\r
 270                         if (!tmcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._vrefList); };\r
 271                         return false;\r
 272                     }\r
 273                     if (!thcycle) {\r
 274                         if (!this._vrefList.equals(temp._vrefList)) {\r
 275                             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._vrefList);\r
 276                             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._vrefList);\r
 277                             return false;\r
 278                         }\r
 279                         org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._vrefList);\r
 280                         org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._vrefList);\r
 281                     }\r
 282                 }\r
 283             } else if (temp._vrefList != null)\r
 284                 return false;\r
 285             if (this._propertyList != null) {\r
 286                 if (temp._propertyList == null) return false;\r
 287                 if (this._propertyList != temp._propertyList) {\r
 288                     thcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._propertyList);\r
 289                     tmcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._propertyList);\r
 290                     if (thcycle!=tmcycle) {\r
 291                         if (!thcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._propertyList); };\r
 292                         if (!tmcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._propertyList); };\r
 293                         return false;\r
 294                     }\r
 295                     if (!thcycle) {\r
 296                         if (!this._propertyList.equals(temp._propertyList)) {\r
 297                             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._propertyList);\r
 298                             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._propertyList);\r
 299                             return false;\r
 300                         }\r
 301                         org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._propertyList);\r
 302                         org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._propertyList);\r
 303                     }\r
 304                 }\r
 305             } else if (temp._propertyList != null)\r
 306                 return false;\r
 307             return true;\r
 308         }\r
 309         return false;\r
 310     }\r
 311 \r
 312     /**\r
 313      * Returns the value of field 'description'. The field\r
 314      * 'description' has the following description: Descriptive\r
 315      * text for this node\r
 316      * \r
 317      * @return the value of field 'Description'.\r
 318      */\r
 319     public java.lang.String getDescription(\r
 320     ) {\r
 321         return this._description;\r
 322     }\r
 323 \r
 324     /**\r
 325      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
 326      * following description: Primary Key for vamsas object\r
 327      * referencing \r
 328      * \r
 329      * @return the value of field 'Id'.\r
 330      */\r
 331     public java.lang.String getId(\r
 332     ) {\r
 333         return this._id;\r
 334     }\r
 335 \r
 336     /**\r
 337      * Returns the value of field 'modifiable'.\r
 338      * \r
 339      * @return the value of field 'Modifiable'.\r
 340      */\r
 341     public java.lang.String getModifiable(\r
 342     ) {\r
 343         return this._modifiable;\r
 344     }\r
 345 \r
 346     /**\r
 347      * Returns the value of field 'name'. The field 'name' has the\r
 348      * following description: Short name for this node\r
 349      * \r
 350      * @return the value of field 'Name'.\r
 351      */\r
 352     public java.lang.String getName(\r
 353     ) {\r
 354         return this._name;\r
 355     }\r
 356 \r
 357     /**\r
 358      * Method getProperty.\r
 359      * \r
 360      * @param index\r
 361      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 362      * given is outside the bounds of the collection\r
 363      * @return the value of the uk.ac.vamsas.objects.core.Property\r
 364      * at the given index\r
 365      */\r
 366     public uk.ac.vamsas.objects.core.Property getProperty(\r
 367             final int index)\r
 368     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 369         // check bounds for index\r
 370         if (index < 0 || index >= this._propertyList.size()) {\r
 371             throw new IndexOutOfBoundsException("getProperty: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._propertyList.size() - 1) + "]");\r
 372         }\r
 373         \r
 374         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Property) _propertyList.get(index);\r
 375     }\r
 376 \r
 377     /**\r
 378      * Method getProperty.Returns the contents of the collection in\r
 379      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
 380      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
 381      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 382      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 383      * \r
 384      * @return this collection as an Array\r
 385      */\r
 386     public uk.ac.vamsas.objects.core.Property[] getProperty(\r
 387     ) {\r
 388         uk.ac.vamsas.objects.core.Property[] array = new uk.ac.vamsas.objects.core.Property[0];\r
 389         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Property[]) this._propertyList.toArray(array);\r
 390     }\r
 391 \r
 392     /**\r
 393      * Method getPropertyAsReference.Returns a reference to\r
 394      * '_propertyList'. No type checking is performed on any\r
 395      * modifications to the Vector.\r
 396      * \r
 397      * @return a reference to the Vector backing this class\r
 398      */\r
 399     public java.util.Vector getPropertyAsReference(\r
 400     ) {\r
 401         return this._propertyList;\r
 402     }\r
 403 \r
 404     /**\r
 405      * Method getPropertyCount.\r
 406      * \r
 407      * @return the size of this collection\r
 408      */\r
 409     public int getPropertyCount(\r
 410     ) {\r
 411         return this._propertyList.size();\r
 412     }\r
 413 \r
 414     /**\r
 415      * Method getVref.\r
 416      * \r
 417      * @param index\r
 418      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 419      * given is outside the bounds of the collection\r
 420      * @return the value of the uk.ac.vamsas.objects.core.Vref at\r
 421      * the given index\r
 422      */\r
 423     public uk.ac.vamsas.objects.core.Vref getVref(\r
 424             final int index)\r
 425     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 426         // check bounds for index\r
 427         if (index < 0 || index >= this._vrefList.size()) {\r
 428             throw new IndexOutOfBoundsException("getVref: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._vrefList.size() - 1) + "]");\r
 429         }\r
 430         \r
 431         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Vref) _vrefList.get(index);\r
 432     }\r
 433 \r
 434     /**\r
 435      * Method getVref.Returns the contents of the collection in an\r
 436      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
 437      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
 438      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 439      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 440      * \r
 441      * @return this collection as an Array\r
 442      */\r
 443     public uk.ac.vamsas.objects.core.Vref[] getVref(\r
 444     ) {\r
 445         uk.ac.vamsas.objects.core.Vref[] array = new uk.ac.vamsas.objects.core.Vref[0];\r
 446         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Vref[]) this._vrefList.toArray(array);\r
 447     }\r
 448 \r
 449     /**\r
 450      * Method getVrefAsReference.Returns a reference to\r
 451      * '_vrefList'. No type checking is performed on any\r
 452      * modifications to the Vector.\r
 453      * \r
 454      * @return a reference to the Vector backing this class\r
 455      */\r
 456     public java.util.Vector getVrefAsReference(\r
 457     ) {\r
 458         return this._vrefList;\r
 459     }\r
 460 \r
 461     /**\r
 462      * Method getVrefCount.\r
 463      * \r
 464      * @return the size of this collection\r
 465      */\r
 466     public int getVrefCount(\r
 467     ) {\r
 468         return this._vrefList.size();\r
 469     }\r
 470 \r
 471     /**\r
 472      * Overrides the java.lang.Object.hashCode method.\r
 473      * <p>\r
 474      * The following steps came from <b>Effective Java Programming\r
 475      * Language Guide</b> by Joshua Bloch, Chapter 3\r
 476      * \r
 477      * @return a hash code value for the object.\r
 478      */\r
 479     public int hashCode(\r
 480     ) {\r
 481         int result = super.hashCode();\r
 482         \r
 483         long tmp;\r
 484         if (_id != null\r
 485             && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_id)) {\r
 486            result = 37 * result + _id.hashCode();\r
 487            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_id);\r
 488         }\r
 489         if (_modifiable != null\r
 490             && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_modifiable)) {\r
 491            result = 37 * result + _modifiable.hashCode();\r
 492            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_modifiable);\r
 493         }\r
 494         if (_name != null\r
 495             && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_name)) {\r
 496            result = 37 * result + _name.hashCode();\r
 497            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_name);\r
 498         }\r
 499         if (_description != null\r
 500             && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_description)) {\r
 501            result = 37 * result + _description.hashCode();\r
 502            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_description);\r
 503         }\r
 504         if (_vrefList != null\r
 505             && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_vrefList)) {\r
 506            result = 37 * result + _vrefList.hashCode();\r
 507            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_vrefList);\r
 508         }\r
 509         if (_propertyList != null\r
 510             && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_propertyList)) {\r
 511            result = 37 * result + _propertyList.hashCode();\r
 512            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_propertyList);\r
 513         }\r
 514         \r
 515         return result;\r
 516     }\r
 517 \r
 518     /**\r
 519      * Method isValid.\r
 520      * \r
 521      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 522      */\r
 523     public boolean isValid(\r
 524     ) {\r
 525         try {\r
 526             validate();\r
 527         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 528             return false;\r
 529         }\r
 530         return true;\r
 531     }\r
 532 \r
 533     /**\r
 534      * \r
 535      * \r
 536      * @param out\r
 537      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 538      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 539      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 540      * object is an invalid instance according to the schema\r
 541      */\r
 542     public void marshal(\r
 543             final java.io.Writer out)\r
 544     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 545         Marshaller.marshal(this, out);\r
 546     }\r
 547 \r
 548     /**\r
 549      * \r
 550      * \r
 551      * @param handler\r
 552      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 553      * marshaling\r
 554      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 555      * object is an invalid instance according to the schema\r
 556      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 557      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 558      */\r
 559     public void marshal(\r
 560             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 561     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 562         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 563     }\r
 564 \r
 565     /**\r
 566      */\r
 567     public void removeAllProperty(\r
 568     ) {\r
 569         this._propertyList.clear();\r
 570     }\r
 571 \r
 572     /**\r
 573      */\r
 574     public void removeAllVref(\r
 575     ) {\r
 576         this._vrefList.clear();\r
 577     }\r
 578 \r
 579     /**\r
 580      * Method removeProperty.\r
 581      * \r
 582      * @param vProperty\r
 583      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 584      */\r
 585     public boolean removeProperty(\r
 586             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property vProperty) {\r
 587         boolean removed = _propertyList.remove(vProperty);\r
 588         return removed;\r
 589     }\r
 590 \r
 591     /**\r
 592      * Method removePropertyAt.\r
 593      * \r
 594      * @param index\r
 595      * @return the element removed from the collection\r
 596      */\r
 597     public uk.ac.vamsas.objects.core.Property removePropertyAt(\r
 598             final int index) {\r
 599         java.lang.Object obj = this._propertyList.remove(index);\r
 600         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Property) obj;\r
 601     }\r
 602 \r
 603     /**\r
 604      * Method removeVref.\r
 605      * \r
 606      * @param vVref\r
 607      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 608      */\r
 609     public boolean removeVref(\r
 610             final uk.ac.vamsas.objects.core.Vref vVref) {\r
 611         boolean removed = _vrefList.remove(vVref);\r
 612         return removed;\r
 613     }\r
 614 \r
 615     /**\r
 616      * Method removeVrefAt.\r
 617      * \r
 618      * @param index\r
 619      * @return the element removed from the collection\r
 620      */\r
 621     public uk.ac.vamsas.objects.core.Vref removeVrefAt(\r
 622             final int index) {\r
 623         java.lang.Object obj = this._vrefList.remove(index);\r
 624         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Vref) obj;\r
 625     }\r
 626 \r
 627     /**\r
 628      * Sets the value of field 'description'. The field\r
 629      * 'description' has the following description: Descriptive\r
 630      * text for this node\r
 631      * \r
 632      * @param description the value of field 'description'.\r
 633      */\r
 634     public void setDescription(\r
 635             final java.lang.String description) {\r
 636         this._description = description;\r
 637     }\r
 638 \r
 639     /**\r
 640      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
 641      * following description: Primary Key for vamsas object\r
 642      * referencing \r
 643      * \r
 644      * @param id the value of field 'id'.\r
 645      */\r
 646     public void setId(\r
 647             final java.lang.String id) {\r
 648         this._id = id;\r
 649     }\r
 650 \r
 651     /**\r
 652      * Sets the value of field 'modifiable'.\r
 653      * \r
 654      * @param modifiable the value of field 'modifiable'.\r
 655      */\r
 656     public void setModifiable(\r
 657             final java.lang.String modifiable) {\r
 658         this._modifiable = modifiable;\r
 659     }\r
 660 \r
 661     /**\r
 662      * Sets the value of field 'name'. The field 'name' has the\r
 663      * following description: Short name for this node\r
 664      * \r
 665      * @param name the value of field 'name'.\r
 666      */\r
 667     public void setName(\r
 668             final java.lang.String name) {\r
 669         this._name = name;\r
 670     }\r
 671 \r
 672     /**\r
 673      * \r
 674      * \r
 675      * @param index\r
 676      * @param vProperty\r
 677      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 678      * given is outside the bounds of the collection\r
 679      */\r
 680     public void setProperty(\r
 681             final int index,\r
 682             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property vProperty)\r
 683     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 684         // check bounds for index\r
 685         if (index < 0 || index >= this._propertyList.size()) {\r
 686             throw new IndexOutOfBoundsException("setProperty: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._propertyList.size() - 1) + "]");\r
 687         }\r
 688         \r
 689         this._propertyList.set(index, vProperty);\r
 690     }\r
 691 \r
 692     /**\r
 693      * \r
 694      * \r
 695      * @param vPropertyArray\r
 696      */\r
 697     public void setProperty(\r
 698             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property[] vPropertyArray) {\r
 699         //-- copy array\r
 700         _propertyList.clear();\r
 701         \r
 702         for (int i = 0; i < vPropertyArray.length; i++) {\r
 703                 this._propertyList.add(vPropertyArray[i]);\r
 704         }\r
 705     }\r
 706 \r
 707     /**\r
 708      * Sets the value of '_propertyList' by copying the given\r
 709      * Vector. All elements will be checked for type safety.\r
 710      * \r
 711      * @param vPropertyList the Vector to copy.\r
 712      */\r
 713     public void setProperty(\r
 714             final java.util.Vector vPropertyList) {\r
 715         // copy vector\r
 716         this._propertyList.clear();\r
 717         \r
 718         this._propertyList.addAll(vPropertyList);\r
 719     }\r
 720 \r
 721     /**\r
 722      * Sets the value of '_propertyList' by setting it to the given\r
 723      * Vector. No type checking is performed.\r
 724      * @deprecated\r
 725      * \r
 726      * @param propertyVector the Vector to set.\r
 727      */\r
 728     public void setPropertyAsReference(\r
 729             final java.util.Vector propertyVector) {\r
 730         this._propertyList = propertyVector;\r
 731     }\r
 732 \r
 733     /**\r
 734      * \r
 735      * \r
 736      * @param index\r
 737      * @param vVref\r
 738      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 739      * given is outside the bounds of the collection\r
 740      */\r
 741     public void setVref(\r
 742             final int index,\r
 743             final uk.ac.vamsas.objects.core.Vref vVref)\r
 744     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 745         // check bounds for index\r
 746         if (index < 0 || index >= this._vrefList.size()) {\r
 747             throw new IndexOutOfBoundsException("setVref: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._vrefList.size() - 1) + "]");\r
 748         }\r
 749         \r
 750         this._vrefList.set(index, vVref);\r
 751     }\r
 752 \r
 753     /**\r
 754      * \r
 755      * \r
 756      * @param vVrefArray\r
 757      */\r
 758     public void setVref(\r
 759             final uk.ac.vamsas.objects.core.Vref[] vVrefArray) {\r
 760         //-- copy array\r
 761         _vrefList.clear();\r
 762         \r
 763         for (int i = 0; i < vVrefArray.length; i++) {\r
 764                 this._vrefList.add(vVrefArray[i]);\r
 765         }\r
 766     }\r
 767 \r
 768     /**\r
 769      * Sets the value of '_vrefList' by copying the given Vector.\r
 770      * All elements will be checked for type safety.\r
 771      * \r
 772      * @param vVrefList the Vector to copy.\r
 773      */\r
 774     public void setVref(\r
 775             final java.util.Vector vVrefList) {\r
 776         // copy vector\r
 777         this._vrefList.clear();\r
 778         \r
 779         this._vrefList.addAll(vVrefList);\r
 780     }\r
 781 \r
 782     /**\r
 783      * Sets the value of '_vrefList' by setting it to the given\r
 784      * Vector. No type checking is performed.\r
 785      * @deprecated\r
 786      * \r
 787      * @param vrefVector the Vector to set.\r
 788      */\r
 789     public void setVrefAsReference(\r
 790             final java.util.Vector vrefVector) {\r
 791         this._vrefList = vrefVector;\r
 792     }\r
 793 \r
 794     /**\r
 795      * Method unmarshal.\r
 796      * \r
 797      * @param reader\r
 798      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 799      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 800      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 801      * object is an invalid instance according to the schema\r
 802      * @return the unmarshaled uk.ac.vamsas.objects.core.NodeType\r
 803      */\r
 804     public static uk.ac.vamsas.objects.core.NodeType unmarshal(\r
 805             final java.io.Reader reader)\r
 806     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 807         return (uk.ac.vamsas.objects.core.NodeType) Unmarshaller.unmarshal(uk.ac.vamsas.objects.core.NodeType.class, reader);\r
 808     }\r
 809 \r
 810     /**\r
 811      * \r
 812      * \r
 813      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 814      * object is an invalid instance according to the schema\r
 815      */\r
 816     public void validate(\r
 817     )\r
 818     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 819         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 820         validator.validate(this);\r
 821     }\r
 822 \r
 823 }\r