src/uk/ac/vamsas/objects/core/Sequence.java

   1 /*
   2  * This file is part of the Vamsas Client version 0.1.
   3  * Copyright 2009 by Jim Procter, Iain Milne, Pierre Marguerite,
   4  *  Andrew Waterhouse and Dominik Lindner.
   5  *
   6  * Earlier versions have also been incorporated into Jalview version 2.4
   7  * since 2008, and TOPALi version 2 since 2007.
   8  *
   9  * The Vamsas Client is free software: you can redistribute it and/or modify
  10  * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published by
  11  * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
  12  * (at your option) any later version.
  13  *
  14  * The Vamsas Client is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  17  * GNU Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
  20  * along with the Vamsas Client.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  21  */
  22 package uk.ac.vamsas.objects.core;
  23
  24 //---------------------------------/
  25 //- Imported classes and packages -/
  26 //---------------------------------/
  27
  28 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  29 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  30
  31 /**
  32  * Class Sequence.
  33  *
  34  * @version $Revision$ $Date: 2007-06-28 14:51:44 +0100 (Thu, 28 Jun 2007)
  35  *          $
  36  */
  37 public class Sequence extends uk.ac.vamsas.objects.core.SequenceType implements
  38     java.io.Serializable {
  39
  40   // --------------------------/
  41   // - Class/Member Variables -/
  42   // --------------------------/
  43
  44   /**
  45    * Primary Key for vamsas object referencing
  46    *
  47    */
  48   private java.lang.String _id;
  49
  50   /**
  51    * symbol class for sequence
  52    *
  53    */
  54   private java.lang.String _dictionary;
  55
  56   /**
  57    * Store a list of database references for this sequence record - with
  58    * optional mapping from database sequence to the given sequence record
  59    */
  60   private java.util.Vector _dbRefList;
  61
  62   /**
  63    * explicitly named cross reference to other objects in the document.
  64    */
  65   private java.util.Vector _vxrefList;
  66
  67   // ----------------/
  68   // - Constructors -/
  69   // ----------------/
  70
  71   public Sequence() {
  72     super();
  73     this._dbRefList = new java.util.Vector();
  74     this._vxrefList = new java.util.Vector();
  75   }
  76
  77   // -----------/
  78   // - Methods -/
  79   // -----------/
  80
  81   /**
  82    *
  83    *
  84    * @param vDbRef
  85    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  86    *           if the index given is outside the bounds of the collection
  87    */
  88   public void addDbRef(final uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef vDbRef)
  89       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
  90     this._dbRefList.addElement(vDbRef);
  91   }
  92
  93   /**
  94    *
  95    *
  96    * @param index
  97    * @param vDbRef
  98    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  99    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 100    */
 101   public void addDbRef(final int index,
 102       final uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef vDbRef)
 103       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 104     this._dbRefList.add(index, vDbRef);
 105   }
 106
 107   /**
 108    *
 109    *
 110    * @param vVxref
 111    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 112    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 113    */
 114   public void addVxref(final uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref vVxref)
 115       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 116     this._vxrefList.addElement(vVxref);
 117   }
 118
 119   /**
 120    *
 121    *
 122    * @param index
 123    * @param vVxref
 124    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 125    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 126    */
 127   public void addVxref(final int index,
 128       final uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref vVxref)
 129       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 130     this._vxrefList.add(index, vVxref);
 131   }
 132
 133   /**
 134    * Method enumerateDbRef.
 135    *
 136    * @return an Enumeration over all uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef elements
 137    */
 138   public java.util.Enumeration enumerateDbRef() {
 139     return this._dbRefList.elements();
 140   }
 141
 142   /**
 143    * Method enumerateVxref.
 144    *
 145    * @return an Enumeration over all uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref elements
 146    */
 147   public java.util.Enumeration enumerateVxref() {
 148     return this._vxrefList.elements();
 149   }
 150
 151   /**
 152    * Overrides the java.lang.Object.equals method.
 153    *
 154    * @param obj
 155    * @return true if the objects are equal.
 156    */
 157   public boolean equals(final java.lang.Object obj) {
 158     if (this == obj)
 159       return true;
 160
 161     if (super.equals(obj) == false)
 162       return false;
 163
 164     if (obj instanceof Sequence) {
 165
 166       Sequence temp = (Sequence) obj;
 167       boolean thcycle;
 168       boolean tmcycle;
 169       if (this._id != null) {
 170         if (temp._id == null)
 171           return false;
 172         if (this._id != temp._id) {
 173           thcycle = org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._id);
 174           tmcycle = org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._id);
 175           if (thcycle != tmcycle) {
 176             if (!thcycle) {
 177               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._id);
 178             }
 179             ;
 180             if (!tmcycle) {
 181               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._id);
 182             }
 183             ;
 184             return false;
 185           }
 186           if (!thcycle) {
 187             if (!this._id.equals(temp._id)) {
 188               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._id);
 189               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._id);
 190               return false;
 191             }
 192             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._id);
 193             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._id);
 194           }
 195         }
 196       } else if (temp._id != null)
 197         return false;
 198       if (this._dictionary != null) {
 199         if (temp._dictionary == null)
 200           return false;
 201         if (this._dictionary != temp._dictionary) {
 202           thcycle = org.castor.util.CycleBreaker
 203               .startingToCycle(this._dictionary);
 204           tmcycle = org.castor.util.CycleBreaker
 205               .startingToCycle(temp._dictionary);
 206           if (thcycle != tmcycle) {
 207             if (!thcycle) {
 208               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._dictionary);
 209             }
 210             ;
 211             if (!tmcycle) {
 212               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._dictionary);
 213             }
 214             ;
 215             return false;
 216           }
 217           if (!thcycle) {
 218             if (!this._dictionary.equals(temp._dictionary)) {
 219               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._dictionary);
 220               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._dictionary);
 221               return false;
 222             }
 223             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._dictionary);
 224             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._dictionary);
 225           }
 226         }
 227       } else if (temp._dictionary != null)
 228         return false;
 229       if (this._dbRefList != null) {
 230         if (temp._dbRefList == null)
 231           return false;
 232         if (this._dbRefList != temp._dbRefList) {
 233           thcycle = org.castor.util.CycleBreaker
 234               .startingToCycle(this._dbRefList);
 235           tmcycle = org.castor.util.CycleBreaker
 236               .startingToCycle(temp._dbRefList);
 237           if (thcycle != tmcycle) {
 238             if (!thcycle) {
 239               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._dbRefList);
 240             }
 241             ;
 242             if (!tmcycle) {
 243               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._dbRefList);
 244             }
 245             ;
 246             return false;
 247           }
 248           if (!thcycle) {
 249             if (!this._dbRefList.equals(temp._dbRefList)) {
 250               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._dbRefList);
 251               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._dbRefList);
 252               return false;
 253             }
 254             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._dbRefList);
 255             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._dbRefList);
 256           }
 257         }
 258       } else if (temp._dbRefList != null)
 259         return false;
 260       if (this._vxrefList != null) {
 261         if (temp._vxrefList == null)
 262           return false;
 263         if (this._vxrefList != temp._vxrefList) {
 264           thcycle = org.castor.util.CycleBreaker
 265               .startingToCycle(this._vxrefList);
 266           tmcycle = org.castor.util.CycleBreaker
 267               .startingToCycle(temp._vxrefList);
 268           if (thcycle != tmcycle) {
 269             if (!thcycle) {
 270               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._vxrefList);
 271             }
 272             ;
 273             if (!tmcycle) {
 274               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._vxrefList);
 275             }
 276             ;
 277             return false;
 278           }
 279           if (!thcycle) {
 280             if (!this._vxrefList.equals(temp._vxrefList)) {
 281               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._vxrefList);
 282               org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._vxrefList);
 283               return false;
 284             }
 285             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._vxrefList);
 286             org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._vxrefList);
 287           }
 288         }
 289       } else if (temp._vxrefList != null)
 290         return false;
 291       return true;
 292     }
 293     return false;
 294   }
 295
 296   /**
 297    * Method getDbRef.
 298    *
 299    * @param index
 300    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 301    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 302    * @return the value of the uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef at the given index
 303    */
 304   public uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef getDbRef(final int index)
 305       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 306     // check bounds for index
 307     if (index < 0 || index >= this._dbRefList.size()) {
 308       throw new IndexOutOfBoundsException("getDbRef: Index value '" + index
 309           + "' not in range [0.." + (this._dbRefList.size() - 1) + "]");
 310     }
 311
 312     return (uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef) _dbRefList.get(index);
 313   }
 314
 315   /**
 316    * Method getDbRef.Returns the contents of the collection in an Array.
 317    * <p>
 318    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 319    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 320    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 321    *
 322    * @return this collection as an Array
 323    */
 324   public uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef[] getDbRef() {
 325     uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef[] array = new uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef[0];
 326     return (uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef[]) this._dbRefList.toArray(array);
 327   }
 328
 329   /**
 330    * Method getDbRefAsReference.Returns a reference to '_dbRefList'. No type
 331    * checking is performed on any modifications to the Vector.
 332    *
 333    * @return a reference to the Vector backing this class
 334    */
 335   public java.util.Vector getDbRefAsReference() {
 336     return this._dbRefList;
 337   }
 338
 339   /**
 340    * Method getDbRefCount.
 341    *
 342    * @return the size of this collection
 343    */
 344   public int getDbRefCount() {
 345     return this._dbRefList.size();
 346   }
 347
 348   /**
 349    * Returns the value of field 'dictionary'. The field 'dictionary' has the
 350    * following description: symbol class for sequence
 351    *
 352    *
 353    * @return the value of field 'Dictionary'.
 354    */
 355   public java.lang.String getDictionary() {
 356     return this._dictionary;
 357   }
 358
 359   /**
 360    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following
 361    * description: Primary Key for vamsas object referencing
 362    *
 363    *
 364    * @return the value of field 'Id'.
 365    */
 366   public java.lang.String getId() {
 367     return this._id;
 368   }
 369
 370   /**
 371    * Method getVxref.
 372    *
 373    * @param index
 374    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 375    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 376    * @return the value of the uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref at the given index
 377    */
 378   public uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref getVxref(final int index)
 379       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 380     // check bounds for index
 381     if (index < 0 || index >= this._vxrefList.size()) {
 382       throw new IndexOutOfBoundsException("getVxref: Index value '" + index
 383           + "' not in range [0.." + (this._vxrefList.size() - 1) + "]");
 384     }
 385
 386     return (uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref) _vxrefList.get(index);
 387   }
 388
 389   /**
 390    * Method getVxref.Returns the contents of the collection in an Array.
 391    * <p>
 392    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 393    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 394    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 395    *
 396    * @return this collection as an Array
 397    */
 398   public uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref[] getVxref() {
 399     uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref[] array = new uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref[0];
 400     return (uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref[]) this._vxrefList.toArray(array);
 401   }
 402
 403   /**
 404    * Method getVxrefAsReference.Returns a reference to '_vxrefList'. No type
 405    * checking is performed on any modifications to the Vector.
 406    *
 407    * @return a reference to the Vector backing this class
 408    */
 409   public java.util.Vector getVxrefAsReference() {
 410     return this._vxrefList;
 411   }
 412
 413   /**
 414    * Method getVxrefCount.
 415    *
 416    * @return the size of this collection
 417    */
 418   public int getVxrefCount() {
 419     return this._vxrefList.size();
 420   }
 421
 422   /**
 423    * Overrides the java.lang.Object.hashCode method.
 424    * <p>
 425    * The following steps came from <b>Effective Java Programming Language
 426    * Guide</b> by Joshua Bloch, Chapter 3
 427    *
 428    * @return a hash code value for the object.
 429    */
 430   public int hashCode() {
 431     int result = super.hashCode();
 432
 433     long tmp;
 434     if (_id != null && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_id)) {
 435       result = 37 * result + _id.hashCode();
 436       org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_id);
 437     }
 438     if (_dictionary != null
 439         && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_dictionary)) {
 440       result = 37 * result + _dictionary.hashCode();
 441       org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_dictionary);
 442     }
 443     if (_dbRefList != null
 444         && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_dbRefList)) {
 445       result = 37 * result + _dbRefList.hashCode();
 446       org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_dbRefList);
 447     }
 448     if (_vxrefList != null
 449         && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_vxrefList)) {
 450       result = 37 * result + _vxrefList.hashCode();
 451       org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_vxrefList);
 452     }
 453
 454     return result;
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Method isValid.
 459    *
 460    * @return true if this object is valid according to the schema
 461    */
 462   public boolean isValid() {
 463     try {
 464       validate();
 465     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 466       return false;
 467     }
 468     return true;
 469   }
 470
 471   /**
 472    *
 473    *
 474    * @param out
 475    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 476    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 477    *           marshaling
 478    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 479    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 480    */
 481   public void marshal(final java.io.Writer out)
 482       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 483       org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 484     Marshaller.marshal(this, out);
 485   }
 486
 487   /**
 488    *
 489    *
 490    * @param handler
 491    * @throws java.io.IOException
 492    *           if an IOException occurs during marshaling
 493    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 494    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 495    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 496    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 497    *           marshaling
 498    */
 499   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 500       throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 501       org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 502     Marshaller.marshal(this, handler);
 503   }
 504
 505   /**
 506      */
 507   public void removeAllDbRef() {
 508     this._dbRefList.clear();
 509   }
 510
 511   /**
 512      */
 513   public void removeAllVxref() {
 514     this._vxrefList.clear();
 515   }
 516
 517   /**
 518    * Method removeDbRef.
 519    *
 520    * @param vDbRef
 521    * @return true if the object was removed from the collection.
 522    */
 523   public boolean removeDbRef(final uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef vDbRef) {
 524     boolean removed = _dbRefList.remove(vDbRef);
 525     return removed;
 526   }
 527
 528   /**
 529    * Method removeDbRefAt.
 530    *
 531    * @param index
 532    * @return the element removed from the collection
 533    */
 534   public uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef removeDbRefAt(final int index) {
 535     java.lang.Object obj = this._dbRefList.remove(index);
 536     return (uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef) obj;
 537   }
 538
 539   /**
 540    * Method removeVxref.
 541    *
 542    * @param vVxref
 543    * @return true if the object was removed from the collection.
 544    */
 545   public boolean removeVxref(final uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref vVxref) {
 546     boolean removed = _vxrefList.remove(vVxref);
 547     return removed;
 548   }
 549
 550   /**
 551    * Method removeVxrefAt.
 552    *
 553    * @param index
 554    * @return the element removed from the collection
 555    */
 556   public uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref removeVxrefAt(final int index) {
 557     java.lang.Object obj = this._vxrefList.remove(index);
 558     return (uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref) obj;
 559   }
 560
 561   /**
 562    *
 563    *
 564    * @param index
 565    * @param vDbRef
 566    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 567    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 568    */
 569   public void setDbRef(final int index,
 570       final uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef vDbRef)
 571       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 572     // check bounds for index
 573     if (index < 0 || index >= this._dbRefList.size()) {
 574       throw new IndexOutOfBoundsException("setDbRef: Index value '" + index
 575           + "' not in range [0.." + (this._dbRefList.size() - 1) + "]");
 576     }
 577
 578     this._dbRefList.set(index, vDbRef);
 579   }
 580
 581   /**
 582    *
 583    *
 584    * @param vDbRefArray
 585    */
 586   public void setDbRef(final uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef[] vDbRefArray) {
 587     // -- copy array
 588     _dbRefList.clear();
 589
 590     for (int i = 0; i < vDbRefArray.length; i++) {
 591       this._dbRefList.add(vDbRefArray[i]);
 592     }
 593   }
 594
 595   /**
 596    * Sets the value of '_dbRefList' by copying the given Vector. All elements
 597    * will be checked for type safety.
 598    *
 599    * @param vDbRefList
 600    *          the Vector to copy.
 601    */
 602   public void setDbRef(final java.util.Vector vDbRefList) {
 603     // copy vector
 604     this._dbRefList.clear();
 605
 606     this._dbRefList.addAll(vDbRefList);
 607   }
 608
 609   /**
 610    * Sets the value of '_dbRefList' by setting it to the given Vector. No type
 611    * checking is performed.
 612    *
 613    * @deprecated
 614    *
 615    * @param dbRefVector
 616    *          the Vector to set.
 617    */
 618   public void setDbRefAsReference(final java.util.Vector dbRefVector) {
 619     this._dbRefList = dbRefVector;
 620   }
 621
 622   /**
 623    * Sets the value of field 'dictionary'. The field 'dictionary' has the
 624    * following description: symbol class for sequence
 625    *
 626    *
 627    * @param dictionary
 628    *          the value of field 'dictionary'.
 629    */
 630   public void setDictionary(final java.lang.String dictionary) {
 631     this._dictionary = dictionary;
 632   }
 633
 634   /**
 635    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:
 636    * Primary Key for vamsas object referencing
 637    *
 638    *
 639    * @param id
 640    *          the value of field 'id'.
 641    */
 642   public void setId(final java.lang.String id) {
 643     this._id = id;
 644   }
 645
 646   /**
 647    *
 648    *
 649    * @param index
 650    * @param vVxref
 651    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 652    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 653    */
 654   public void setVxref(final int index,
 655       final uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref vVxref)
 656       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 657     // check bounds for index
 658     if (index < 0 || index >= this._vxrefList.size()) {
 659       throw new IndexOutOfBoundsException("setVxref: Index value '" + index
 660           + "' not in range [0.." + (this._vxrefList.size() - 1) + "]");
 661     }
 662
 663     this._vxrefList.set(index, vVxref);
 664   }
 665
 666   /**
 667    *
 668    *
 669    * @param vVxrefArray
 670    */
 671   public void setVxref(final uk.ac.vamsas.objects.core.Vxref[] vVxrefArray) {
 672     // -- copy array
 673     _vxrefList.clear();
 674
 675     for (int i = 0; i < vVxrefArray.length; i++) {
 676       this._vxrefList.add(vVxrefArray[i]);
 677     }
 678   }
 679
 680   /**
 681    * Sets the value of '_vxrefList' by copying the given Vector. All elements
 682    * will be checked for type safety.
 683    *
 684    * @param vVxrefList
 685    *          the Vector to copy.
 686    */
 687   public void setVxref(final java.util.Vector vVxrefList) {
 688     // copy vector
 689     this._vxrefList.clear();
 690
 691     this._vxrefList.addAll(vVxrefList);
 692   }
 693
 694   /**
 695    * Sets the value of '_vxrefList' by setting it to the given Vector. No type
 696    * checking is performed.
 697    *
 698    * @deprecated
 699    *
 700    * @param vxrefVector
 701    *          the Vector to set.
 702    */
 703   public void setVxrefAsReference(final java.util.Vector vxrefVector) {
 704     this._vxrefList = vxrefVector;
 705   }
 706
 707   /**
 708    * Method unmarshal.
 709    *
 710    * @param reader
 711    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 712    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 713    *           marshaling
 714    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 715    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 716    * @return the unmarshaled uk.ac.vamsas.objects.core.SequenceTyp
 717    */
 718   public static uk.ac.vamsas.objects.core.SequenceType unmarshal(
 719       final java.io.Reader reader)
 720       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 721       org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 722     return (uk.ac.vamsas.objects.core.SequenceType) Unmarshaller.unmarshal(
 723         uk.ac.vamsas.objects.core.Sequence.class, reader);
 724   }
 725
 726   /**
 727    *
 728    *
 729    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 730    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 731    */
 732   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 733     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 734     validator.validate(this);
 735   }
 736
 737 }