src/uk/ac/vamsas/objects/utils/DocumentStuff.java

   1 /*\r
   2  * This file is part of the Vamsas Client version 0.1. \r
   3  * Copyright 2009 by Jim Procter, Iain Milne, Pierre Marguerite, \r
   4  *  Andrew Waterhouse and Dominik Lindner.\r
   5  * \r
   6  * Earlier versions have also been incorporated into Jalview version 2.4 \r
   7  * since 2008, and TOPALi version 2 since 2007.\r
   8  * \r
   9  * The Vamsas Client is free software: you can redistribute it and/or modify\r
  10  * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published by\r
  11  * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r
  12  * (at your option) any later version.\r
  13  *  \r
  14  * The Vamsas Client is distributed in the hope that it will be useful,\r
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  17  * GNU Lesser General Public License for more details.\r
  18  * \r
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License\r
  20  * along with the Vamsas Client.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  21  */\r
  22 package uk.ac.vamsas.objects.utils;\r
  23 \r
  24 import uk.ac.vamsas.objects.core.*;\r
  25 import uk.ac.vamsas.objects.utils.document.VersionEntries;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * various vamsas-client independent helpers for creating and manipulating the\r
  29  * vamsasDocument Vobject\r
  30  * \r
  31  * @author jimp\r
  32  * \r
  33  */\r
  34 public class DocumentStuff {\r
  35   public static VamsasDocument newVamsasDocument(VAMSAS root[], String version) {\r
  36     return newVamsasDocument(root, ProvenanceStuff.newProvenance(\r
  37         "AUTO:org.vamsas.DocumentStuff.newVamsasDocument",\r
  38         "Vamsas Document created"), version);\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public static VamsasDocument newVamsasDocument(VAMSAS root[]) {\r
  42     return newVamsasDocument(root, ProvenanceStuff.newProvenance(\r
  43         "AUTO:org.vamsas.DocumentStuff.newVamsasDocument",\r
  44         "Vamsas Document created"), VersionEntries.latestVersion());\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public static VamsasDocument newVamsasDocument(VAMSAS root[], Provenance p,\r
  48       String version) {\r
  49     VamsasDocument doc = new VamsasDocument();\r
  50     for (int r = 0; r < root.length; r++) {\r
  51       doc.addVAMSAS(root[r]);\r
  52     }\r
  53     doc.setProvenance(p);\r
  54     doc.setVersion(version);\r
  55     return doc;\r
  56   }\r
  57 }\r