src/uk/ac/vamsas/objects/utils/GlyphDictionary.java

   1 /*\r
   2  * This file is part of the Vamsas Client version 0.1. \r
   3  * Copyright 2009 by Jim Procter, Iain Milne, Pierre Marguerite, \r
   4  *  Andrew Waterhouse and Dominik Lindner.\r
   5  * \r
   6  * Earlier versions have also been incorporated into Jalview version 2.4 \r
   7  * since 2008, and TOPALi version 2 since 2007.\r
   8  * \r
   9  * The Vamsas Client is free software: you can redistribute it and/or modify\r
  10  * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published by\r
  11  * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r
  12  * (at your option) any later version.\r
  13  *  \r
  14  * The Vamsas Client is distributed in the hope that it will be useful,\r
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  17  * GNU Lesser General Public License for more details.\r
  18  * \r
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License\r
  20  * along with the Vamsas Client.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  21  */\r
  22 package uk.ac.vamsas.objects.utils;\r
  23 \r
  24 /**\r
  25  * dict attribute values for glyph symbol sets found in\r
  26  * uk.ac.vamsas.objects.core.AnnotationElement TODO: add validators and\r
  27  * multilength symbols.\r
  28  * \r
  29  * @author JimP\r
  30  * \r
  31  */\r
  32 public class GlyphDictionary {\r
  33   /**\r
  34    * standard H, E, or C three state secondary structure assignment.\r
  35    */\r
  36   static final public String PROTEIN_SS_3STATE = "aasecstr_3"; // HE, blank or C\r
  37 \r
  38   /**\r
  39    * default glyph type attribute indicates a UTF8 character\r
  40    */\r
  41   static final public String DEFAULT = "utf8";\r
  42 \r
  43   /**\r
  44    * kyte and doolittle hydrophobicity TODO: specify this glyph set.\r
  45    */\r
  46   static final public String PROTEIN_HD_HYDRO = "kd_hydrophobicity";\r
  47 }\r