src/uk/ac/vamsas/objects/utils/GlyphDictionary.java

   1 package uk.ac.vamsas.objects.utils;\r
   2 \r
   3 /**\r
   4  * dict attribute values for glyph symbol sets found in uk.ac.vamsas.objects.core.AnnotationElement\r
   5  * TODO: add validators and multilength symbols.\r
   6  * @author JimP\r
   7  *\r
   8  */\r
   9 public class GlyphDictionary {\r
  10   /**\r
  11    * standard H, E, or C three state secondary structure assignment.\r
  12    */\r
  13   static final public String PROTEIN_SS_3STATE="aasecstr_3"; // HE, blank or C\r
  14   /**\r
  15    * default glyph type attribute indicates a UTF8 character\r
  16    */\r
  17   static final public String DEFAULT="utf8";\r
  18   /**\r
  19    * kyte and doolittle hydrophobicity\r
  20    * TODO: specify this glyph set.\r
  21    */\r
  22   static final public String PROTEIN_HD_HYDRO="kd_hydrophobicity";\r
  23 }\r