src/uk/ac/vamsas/objects/utils/Range.java

   1 package uk.ac.vamsas.objects.utils;\r
   2 \r
   3 import java.util.Vector;\r
   4 \r
   5 \r
   6 import uk.ac.vamsas.objects.core.RangeType;\r
   7 import uk.ac.vamsas.objects.core.Seg;\r
   8 \r
   9 public class Range {\r
  10 \r
  11   /**\r
  12    * get start<end range of segment, adjusting for inclusivity flag and\r
  13    * polarity.\r
  14    *\r
  15    * @param visSeg\r
  16    * @param ensureDirection when true - always ensure start is less than end.\r
  17    * @return int[] { start, end, direction} where direction==1 for range running from end to start.\r
  18    */\r
  19   public static int[] getSegRange(Seg visSeg, boolean ensureDirection)\r
  20   {\r
  21     boolean incl = visSeg.getInclusive();\r
  22     // adjust for inclusive flag.\r
  23     int pol = (visSeg.getStart() <= visSeg.getEnd()) ? 1 : -1; // polarity of\r
  24     // region.\r
  25     int start = visSeg.getStart() + (incl ? 0 : pol);\r
  26     int end = visSeg.getEnd() + (incl ? 0 : -pol);\r
  27     if (ensureDirection && pol == -1)\r
  28     {\r
  29       // jalview doesn't deal with inverted ranges, yet.\r
  30       int t = end;\r
  31       end = start;\r
  32       start = t;\r
  33     }\r
  34     return new int[]\r
  35         {\r
  36         start, end, pol < 0 ? 1 : 0};\r
  37   }\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * get real bounds of a RangeType's specification. start and end are an\r
  41    * inclusive range within which all segments and positions lie.\r
  42    * TODO: refactor to vamsas utils\r
  43    * @param dseta\r
  44    * @return int[] { start, end}\r
  45    */\r
  46   public static int[] getBounds(RangeType dseta)\r
  47   {\r
  48     if (dseta != null)\r
  49     {\r
  50       int[] se = null;\r
  51       if (dseta.getSegCount() > 0 && dseta.getPosCount() > 0)\r
  52       {\r
  53         throw new Error("Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!");\r
  54       }\r
  55       if (dseta.getSegCount() > 0)\r
  56       {\r
  57         se = getSegRange(dseta.getSeg(0), true);\r
  58         for (int s = 1, sSize = dseta.getSegCount(); s < sSize; s++)\r
  59         {\r
  60           int nse[] = getSegRange(dseta.getSeg(s), true);\r
  61           if (se[0] > nse[0])\r
  62           {\r
  63             se[0] = nse[0];\r
  64           }\r
  65           if (se[1] < nse[1])\r
  66           {\r
  67             se[1] = nse[1];\r
  68           }\r
  69         }\r
  70       }\r
  71       if (dseta.getPosCount() > 0)\r
  72       {\r
  73         // could do a polarity for pos range too. and pass back indication of discontinuities.\r
  74         int pos = dseta.getPos(0).getI();\r
  75         se = new int[]\r
  76             {\r
  77             pos, pos};\r
  78         for (int p = 0, pSize = dseta.getPosCount(); p < pSize; p++)\r
  79         {\r
  80           pos = dseta.getPos(p).getI();\r
  81           if (se[0] > pos)\r
  82           {\r
  83             se[0] = pos;\r
  84           }\r
  85           if (se[1] < pos)\r
  86           {\r
  87             se[1] = pos;\r
  88           }\r
  89         }\r
  90       }\r
  91       return se;\r
  92     }\r
  93     return null;\r
  94   }\r
  95 \r
  96   /**\r
  97    * map from a rangeType's internal frame to the referenced object's coordinate frame.\r
  98    * @param dseta\r
  99    * @return int [] { ref(pos)...} for all pos in rangeType's frame.\r
 100    */\r
 101   public static int[] getMapping(RangeType dseta)\r
 102   {\r
 103     Vector posList = new Vector();\r
 104     if (dseta != null)\r
 105     {\r
 106       int[] se = null;\r
 107       if (dseta.getSegCount() > 0 && dseta.getPosCount() > 0)\r
 108       {\r
 109         throw new Error("Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!");\r
 110       }\r
 111       if (dseta.getSegCount() > 0)\r
 112       {\r
 113         for (int s = 0, sSize = dseta.getSegCount(); s < sSize; s++)\r
 114         {\r
 115           se = getSegRange(dseta.getSeg(s), false);\r
 116           int se_end = se[1 - se[2]] + (se[2] == 0 ? 1 : -1);\r
 117           for (int p = se[se[2]]; p != se_end; p += se[2] == 0 ? 1 : -1)\r
 118           {\r
 119             posList.add(new Integer(p));\r
 120           }\r
 121         }\r
 122       }\r
 123       else if (dseta.getPosCount() > 0)\r
 124       {\r
 125         int pos = dseta.getPos(0).getI();\r
 126 \r
 127         for (int p = 0, pSize = dseta.getPosCount(); p < pSize; p++)\r
 128         {\r
 129           pos = dseta.getPos(p).getI();\r
 130           posList.add(new Integer(pos));\r
 131         }\r
 132       }\r
 133     }\r
 134     if (posList != null && posList.size() > 0)\r
 135     {\r
 136       int[] range = new int[posList.size()];\r
 137       for (int i = 0; i < range.length; i++)\r
 138       {\r
 139         range[i] = ( (Integer) posList.elementAt(i)).intValue();\r
 140       }\r
 141       posList.clear();\r
 142       return range;\r
 143     }\r
 144     return null;\r
 145   }\r
 146 }\r