src/uk/ac/vamsas/objects/utils/SeqSet.java

   1 /*
   2  * Created on 17-May-2005
   3  * Slurped into VamsasClient object set on 12th Jan 2006
   4  *
   5  * TODO To change the template for this generated file go to
   6  * Window - Preferences - Java - Code Style - Code Templates
   7  */
   8 package uk.ac.vamsas.objects.utils;
   9
  10 import java.io.BufferedReader;
  11 import java.io.BufferedWriter;
  12 import java.io.IOException;
  13 import java.io.InputStream;
  14 import java.io.InputStreamReader;
  15 import java.io.OutputStream;
  16 import java.io.OutputStreamWriter;
  17 import java.util.Hashtable;
  18 import java.util.Vector;
  19 import java.util.regex.Pattern;
  20
  21 import uk.ac.vamsas.objects.core.*;
  22
  23 /**
  24  * @author jimp
  25  *
  26  * TODO To change the template for this generated type comment go to
  27  * Window - Preferences - Java - Code Style - Code Templates
  28  */
  29 public class SeqSet {
  30
  31   public static void write_Fasta(OutputStream os, SequenceType[] seqs) throws IOException {
  32     write_Fasta(os, seqs, 80);
  33   }
  34
  35   public static void write_Fasta(OutputStream os, SequenceType[] seqs, boolean width80) throws IOException {
  36     write_Fasta(os, seqs, (width80) ? 80 : 0);
  37   }
  38
  39   public static void write_Fasta(OutputStream os, SequenceType[] seqs, int width) throws IOException {
  40     int i, nseq = seqs.length;
  41     BufferedWriter fasta_out = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(os));
  42     System.err.println("NOT FULLY IMPLEMENTED!"); // TODO: Finish adapting this method
  43     for (i=0; i<nseq; i++) {
  44       fasta_out.write(">"+seqs[i].getName()+"\n");
  45       if (width<=0) {
  46         fasta_out.write(seqs[i].getSequence()+"\n");
  47       } else {
  48         // TODO: adapt to SymbolDictionary labelwidths
  49         String tempseq = seqs[i].getSequence();
  50         int j=0, k=tempseq.length();
  51         while (j<k) {
  52           int d = k-j;
  53           if (d>=width) {
  54             fasta_out.write(tempseq, j, width);
  55           } else {
  56             fasta_out.write(tempseq, j, d);
  57           }
  58           fasta_out.write("\n");
  59           j+=width;
  60         }
  61       }
  62     }
  63     fasta_out.flush();
  64   }
  65   /**
  66    * TODO: introduce a dictionary parameter for qualified sequence symbols
  67    * Reads a sequence set from a stream - will only read prescribed amino acid
  68    * symbols.
  69    * @param os
  70    * @return
  71    * @throws IOException
  72    */
  73   public static Sequence[] read_SeqFasta(InputStream os) throws IOException {
  74     Vector seqs = new Vector();
  75     int nseq = 0;
  76     BufferedReader infasta = new BufferedReader(new InputStreamReader(os));
  77     System.err.println("NOT FULLY IMPLEMENTED!"); // TODO: Finish adapting this method
  78     // TODO: decide on return type - SequenceType is a partly complete vamsas Vobject - either for a dataset or alignment sequence
  79     // so could go in either!
  80     String line;
  81     Sequence seq = null;
  82     Pattern aaMatch = Pattern.compile("[ARNDCQEGHILKMFPSTUWYV]", Pattern.CASE_INSENSITIVE);
  83     String sname = "", seqstr=null;
  84     do {
  85       line = infasta.readLine();
  86       if (line==null || line.startsWith(">")) {
  87         if (seqstr!=null)
  88           seqs.add((Object) Seq.newSequence(sname.substring(1), seqstr, SymbolDictionary.STANDARD_AA, 0,0));
  89         sname = line; // remove >
  90         seqstr="";
  91       } else {
  92         String subseq = Pattern.compile("//s+").matcher(line).replaceAll("");
  93         seqstr += subseq;
  94       }
  95     } while (line!=null);
  96     nseq = seqs.size();
  97     if (nseq>0) {
  98       // TODO:POSS: should really return a sequence if there's only one in the file.
  99       Sequence[] seqset = new Sequence[nseq];
 100       for (int i=0; i<nseq; i++) {
 101         seqset[i] = (Sequence) seqs.elementAt(i);
 102       }
 103       return seqset;
 104     }
 105
 106     return null;
 107   }
 108
 109   public static Hashtable uniquify(SequenceType[] sequences) {
 110     System.err.println("NOT FULLY IMPLEMENTED!"); // TODO: Finish adapting this method
 111     // TODO: do we need this with vamsas sequences ?
 112     // Generate a safely named sequence set and a hash to recover the sequence names
 113     Hashtable map = new Hashtable();
 114     for (int i = 0; i < sequences.length; i++) {
 115       String safename = new String("Sequence" + i);
 116       map.put(safename, sequences[i].getName());
 117       sequences[i].setName(safename);
 118     }
 119     return map;
 120   }
 121
 122   public static boolean deuniquify(Hashtable map, SequenceType[] sequences) {
 123     System.err.println("NOT FULLY IMPLEMENTED!"); // TODO: Finish adapting this method
 124     // TODO: do we need this with vamsas sequences ?
 125     // recover unsafe sequence names for a sequence set
 126     boolean allfound = true;
 127     for (int i = 0; i < sequences.length; i++) {
 128       if (map.containsKey(sequences[i].getName())) {
 129         String unsafename = (String) map.get(sequences[i].getName());
 130         sequences[i].setName(unsafename);
 131       } else {
 132         allfound = false;
 133       }
 134     }
 135     return allfound;
 136   }
 137
 138 }