src/uk/ac/vamsas/objects/utils/SymbolDictionary.java

   1 package uk.ac.vamsas.objects.utils;
   2
   3 public class SymbolDictionary {
   4   /**
   5    * defines standard names and properties for vamsas sequence dictionaries
   6    */
   7   static final public String STANDARD_AA="info:iubmb.org/aminoacids"; // strict 1 letter code
   8   static final public String STANDARD_NA="info:iubmb.org/nucleosides";// strict 1 letter code (do not allow arbitrary rare nucleosides)
   9   /**
  10    * TODO: Vamsas Dictionary properties interface
  11    * an interface for dictionary provides :
  12    * validation for a string
  13    * symbolwidth (or symbol next/previous)
  14    * mappings to certain other dictionaries (one2three, etc)
  15    * gap-character test
  16    *
  17    */
  18
  19 }