src/uk/ac/vamsas/objects/utils/Trees.java

   1 package uk.ac.vamsas.objects.utils;\r
   2 \r
   3 import java.io.IOException;\r
   4 \r
   5 import uk.ac.vamsas.objects.core.Tree;\r
   6 import uk.ac.vamsas.objects.utils.trees.NewickFile;\r
   7 \r
   8 public class Trees {\r
   9 \r
  10   /**\r
  11    * TODO: implement\r
  12    * helper functions based on NewickFile tree parser\r
  13    * \r
  14    * 1. create a newickfile object from a newick string.\r
  15    * 2. let user map a vamsas object to each node by setting that node's ((SequenceNode)node).setElement(VorbaId) \r
  16    * 3. generate Tree object with newickString as a newick string, and added treenodes to  record mapping to vorba ids\r
  17    */\r
  18   \r
  19 }\r