src/uk/ac/vamsas/objects/utils/Trees.java

   1 /*\r
   2  * This file is part of the Vamsas Client version 0.1. \r
   3  * Copyright 2009 by Jim Procter, Iain Milne, Pierre Marguerite, \r
   4  *  Andrew Waterhouse and Dominik Lindner.\r
   5  * \r
   6  * Earlier versions have also been incorporated into Jalview version 2.4 \r
   7  * since 2008, and TOPALi version 2 since 2007.\r
   8  * \r
   9  * The Vamsas Client is free software: you can redistribute it and/or modify\r
  10  * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published by\r
  11  * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r
  12  * (at your option) any later version.\r
  13  *  \r
  14  * The Vamsas Client is distributed in the hope that it will be useful,\r
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  17  * GNU Lesser General Public License for more details.\r
  18  * \r
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License\r
  20  * along with the Vamsas Client.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  21  */\r
  22 package uk.ac.vamsas.objects.utils;\r
  23 \r
  24 import java.io.IOException;\r
  25 \r
  26 import uk.ac.vamsas.objects.core.Tree;\r
  27 import uk.ac.vamsas.objects.utils.trees.NewickFile;\r
  28 \r
  29 public class Trees {\r
  30 \r
  31   /**\r
  32    * TODO: implement helper functions based on NewickFile tree parser\r
  33    * \r
  34    * 1. create a newickfile object from a newick string. 2. let user map a\r
  35    * vamsas object to each node by setting that node's\r
  36    * ((SequenceNode)node).setElement(VorbaId) 3. generate Tree object with\r
  37    * newickString as a newick string, and added treenodes to record mapping to\r
  38    * vorba ids\r
  39    */\r
  40 \r
  41 }\r