src/uk/ac/vamsas/test/objects/Core.java

   1 /*\r
   2  * This file is part of the Vamsas Client version 0.1. \r
   3  * Copyright 2009 by Jim Procter, Iain Milne, Pierre Marguerite, \r
   4  *  Andrew Waterhouse and Dominik Lindner.\r
   5  * \r
   6  * Earlier versions have also been incorporated into Jalview version 2.4 \r
   7  * since 2008, and TOPALi version 2 since 2007.\r
   8  * \r
   9  * The Vamsas Client is free software: you can redistribute it and/or modify\r
  10  * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published by\r
  11  * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r
  12  * (at your option) any later version.\r
  13  *  \r
  14  * The Vamsas Client is distributed in the hope that it will be useful,\r
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  17  * GNU Lesser General Public License for more details.\r
  18  * \r
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License\r
  20  * along with the Vamsas Client.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  21  */\r
  22 package uk.ac.vamsas.test.objects;\r
  23 \r
  24 import org.apache.commons.logging.Log;\r
  25 import org.apache.commons.logging.LogFactory;\r
  26 \r
  27 import uk.ac.vamsas.objects.core.*;\r
  28 import uk.ac.vamsas.objects.utils.*;\r
  29 import uk.ac.vamsas.objects.utils.document.*;\r
  30 import uk.ac.vamsas.test.simpleclient.ArchiveReports;\r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * @author jim test XSD-Java binding classes in uk.ac.vamsas.objects.core\r
  34  */\r
  35 public class Core {\r
  36   static Log log = LogFactory.getLog(Core.class);\r
  37 \r
  38   /**\r
  39    * \r
  40    * complete any automatically completable entries in the dataset\r
  41    * \r
  42    * @param ds\r
  43    */\r
  44   public static String user = "uk.ac.vamsas.test.objects.Core";\r
  45 \r
  46   public static void complete(DataSet ds) {\r
  47     Sequence[] q = ds.getSequence();\r
  48     for (int i = 0, j = q.length; i < j; i++) {\r
  49       q[i].setStart(i + 1);\r
  50       q[i].setEnd(q[i].getSequence().length() + i + 1);\r
  51     }\r
  52   }\r
  53 \r
  54   public static VAMSAS getDemoVamsas() {\r
  55     VAMSAS v = new VAMSAS();\r
  56     DataSet ds = new DataSet();\r
  57     ds.addSequence(Seq.newSequence("Dummy1", "ASDFLEQ",\r
  58         SymbolDictionary.STANDARD_AA, 5, 11));\r
  59     ds.addSequence(Seq.newSequence("Dummy2", "ASFLEQ",\r
  60         SymbolDictionary.STANDARD_AA, 5, 10));\r
  61     ds.addSequence(Seq.newSequence("Dummy3", "ADFEQ",\r
  62         SymbolDictionary.STANDARD_AA, 3, 7));\r
  63     ds.setProvenance(ProvenanceStuff.newProvenance(user,\r
  64         "constructed some dummy sequences"));\r
  65     complete(ds);\r
  66     v.addDataSet(ds);\r
  67     Alignment al = new Alignment();\r
  68     al.setProvenance(ProvenanceStuff.newProvenance(user,\r
  69         "Created dummy alignment"));\r
  70     // rely on newAlignmentSequence to set start/end correctly\r
  71     al.addAlignmentSequence(Seq.newAlignmentSequence("Aligned1", "ASDFLEQ", ds\r
  72         .getSequence(0), -1, -1));\r
  73     al.addAlignmentSequence(Seq.newAlignmentSequence("Aligned2", "AS-FLEQ", ds\r
  74         .getSequence(1), -1, -1));\r
  75     al.addAlignmentSequence(Seq.newAlignmentSequence("Aligned3", "A-DF-EQ", ds\r
  76         .getSequence(2), -1, -1));\r
  77     al.setGapChar("-");\r
  78     ds.addAlignment(al);\r
  79     // TODO: create annotations\r
  80     // TODO: create tree\r
  81     return v;\r
  82   }\r
  83 \r
  84   /**\r
  85    * @param args\r
  86    */\r
  87   public static void main(String[] args) {\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * test constants and controlled vocab utils\r
  91      */\r
  92     System.out.println("VersionEntries.compare(invalid, ALPHA) returned "\r
  93         + VersionEntries.compare("invalid", VersionEntries.ALPHA_VERSION));\r
  94     System.out.println("VersionEntries.compare(ALPHA, invalid) returned "\r
  95         + VersionEntries.compare(VersionEntries.ALPHA_VERSION, "invalid"));\r
  96     System.out.println("VersionEntries.compare(BETA, ALPHA) returned "\r
  97         + VersionEntries.compare(VersionEntries.BETA_VERSION,\r
  98             VersionEntries.ALPHA_VERSION));\r
  99     System.out.println("VersionEntries.compare(ALPHA, BETA) returned "\r
 100         + VersionEntries.compare(VersionEntries.ALPHA_VERSION,\r
 101             VersionEntries.BETA_VERSION));\r
 102     System.out.println("VersionEntries.compare(ALPHA, ALPHA) returned "\r
 103         + VersionEntries.compare(VersionEntries.ALPHA_VERSION,\r
 104             VersionEntries.ALPHA_VERSION));\r
 105     System.out.println("VersionEntries.compare(invalid, invalid) returned "\r
 106         + VersionEntries.compare("invalid", "invalid"));\r
 107     System.out.println("VersionEntries.latestVersion()="\r
 108         + VersionEntries.latestVersion() + ", dict_aa="\r
 109         + SymbolDictionary.STANDARD_AA + ", dict_na="\r
 110         + SymbolDictionary.STANDARD_NA);\r
 111     /**\r
 112      * Test utils and autogenerated Vobject interfaces\r
 113      */\r
 114 \r
 115     VamsasDocument doc = DocumentStuff.newVamsasDocument(\r
 116         new VAMSAS[] { getDemoVamsas() }, ProvenanceStuff.newProvenance(\r
 117             "org.vamsas.objects.test.Core", "Created demo vamsasDocument"),\r
 118         VersionEntries.latestVersion());\r
 119     ArchiveReports.reportDocument(doc, null, true, System.out);\r
 120   }\r
 121 }\r