src/uk/ac/vamsas/test/simpleclient/ArchiveReader.java

   1 package uk.ac.vamsas.test.simpleclient;
   2
   3 import java.io.BufferedInputStream;
   4 import java.io.File;
   5 import java.io.InputStream;
   6 import java.io.InputStreamReader;
   7
   8
   9 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchiveReader;
  10 import uk.ac.vamsas.objects.core.VAMSAS;
  11 import uk.ac.vamsas.objects.core.VamsasDocument;
  12
  13 public class ArchiveReader {
  14   /**
  15    * tests VamsasArchiveReader archive reader on a vamsas jar file
  16    * @param args
  17    */
  18   public static void main(String args[]) {
  19
  20     try {
  21       File av = new File(args[0]);
  22       VamsasArchiveReader var = new VamsasArchiveReader(av);
  23       VAMSAS roots[]=null;
  24       if (var.isValid()) {
  25         InputStreamReader vdoc = new InputStreamReader(var.getVamsasDocumentStream());
  26         VamsasDocument doc = VamsasDocument.unmarshal(vdoc);
  27         if (ArchiveReports.reportDocument(doc, var, true, System.out)) {
  28           roots = doc.getVAMSAS();
  29         }
  30       } else {
  31         InputStream vxmlis = var.getVamsasXmlStream();
  32
  33         if (vxmlis!=null) { // Might be an old vamsas file.
  34           BufferedInputStream ixml = new BufferedInputStream(var.getVamsasXmlStream());
  35           InputStreamReader vxml = new InputStreamReader(ixml);
  36           VAMSAS root;
  37           // unmarshal seems to always close the stream (should check this)
  38           if ((root = VAMSAS.unmarshal(vxml))!=null) {
  39             System.out.println("Read a root.");
  40             roots = new VAMSAS[1];
  41             roots[0] = root;
  42           }
  43         }
  44       }
  45       if (!ArchiveReports.rootReport(roots, true, System.out))
  46         System.err.print(args[0]+" is not a valid vamsas archive.");
  47     } catch (Exception e) {
  48       e.printStackTrace(System.err);
  49     }
  50   }
  51 }