src/uk/ac/vamsas/test/simpleclient/ArchiveReader.java

   1 /*\r
   2  * This file is part of the Vamsas Client version 0.1. \r
   3  * Copyright 2009 by Jim Procter, Iain Milne, Pierre Marguerite, \r
   4  *  Andrew Waterhouse and Dominik Lindner.\r
   5  * \r
   6  * Earlier versions have also been incorporated into Jalview version 2.4 \r
   7  * since 2008, and TOPALi version 2 since 2007.\r
   8  * \r
   9  * The Vamsas Client is free software: you can redistribute it and/or modify\r
  10  * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published by\r
  11  * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r
  12  * (at your option) any later version.\r
  13  *  \r
  14  * The Vamsas Client is distributed in the hope that it will be useful,\r
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  17  * GNU Lesser General Public License for more details.\r
  18  * \r
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License\r
  20  * along with the Vamsas Client.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  21  */\r
  22 package uk.ac.vamsas.test.simpleclient;\r
  23 \r
  24 import java.io.BufferedInputStream;\r
  25 import java.io.File;\r
  26 import java.io.InputStream;\r
  27 import java.io.InputStreamReader;\r
  28 \r
  29 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchiveReader;\r
  30 import uk.ac.vamsas.objects.core.VAMSAS;\r
  31 import uk.ac.vamsas.objects.core.VamsasDocument;\r
  32 \r
  33 public class ArchiveReader {\r
  34   /**\r
  35    * tests VamsasArchiveReader archive reader on a vamsas jar file\r
  36    * \r
  37    * @param args\r
  38    */\r
  39   public static void main(String args[]) {\r
  40 \r
  41     try {\r
  42       File av = new File(args[0]);\r
  43       VamsasArchiveReader var = new VamsasArchiveReader(av);\r
  44       VAMSAS roots[] = null;\r
  45       if (var.isValid()) {\r
  46         InputStreamReader vdoc = new InputStreamReader(var\r
  47             .getVamsasDocumentStream());\r
  48         VamsasDocument doc = VamsasDocument.unmarshal(vdoc);\r
  49         if (ArchiveReports.reportDocument(doc, var, true, System.out)) {\r
  50           roots = doc.getVAMSAS();\r
  51         }\r
  52       } else {\r
  53         InputStream vxmlis = var.getVamsasXmlStream();\r
  54 \r
  55         if (vxmlis != null) { // Might be an old vamsas file.\r
  56           BufferedInputStream ixml = new BufferedInputStream(var\r
  57               .getVamsasXmlStream());\r
  58           InputStreamReader vxml = new InputStreamReader(ixml);\r
  59           VAMSAS root;\r
  60           // unmarshal seems to always close the stream (should check this)\r
  61           if ((root = VAMSAS.unmarshal(vxml)) != null) {\r
  62             System.out.println("Read a root.");\r
  63             roots = new VAMSAS[1];\r
  64             roots[0] = root;\r
  65           }\r
  66         }\r
  67       }\r
  68       if (!ArchiveReports.rootReport(roots, true, System.out))\r
  69         System.err.print(args[0] + " is not a valid vamsas archive.");\r
  70     } catch (Exception e) {\r
  71       e.printStackTrace(System.err);\r
  72     }\r
  73   }\r
  74 }\r