src/uk/ac/vamsas/test/simpleclient/ArchiveStreamReader.java

   1 package uk.ac.vamsas.test.simpleclient;
   2
   3 import java.io.BufferedInputStream;
   4 import java.io.File;
   5 import java.io.InputStream;
   6 import java.io.InputStreamReader;
   7
   8
   9 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.SessionFile;
  10 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchiveReader;
  11 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasFile;
  12 import uk.ac.vamsas.objects.core.VAMSAS;
  13 import uk.ac.vamsas.objects.core.VamsasDocument;
  14
  15 public class ArchiveStreamReader {
  16   /**
  17    * tests VamsasArchiveReader archive reader on a vamsas jar file opened as a stream
  18    * @param args
  19    */
  20   public static void main(String args[]) {
  21
  22     try {
  23       VamsasFile av = new VamsasFile(new File(args[0]));
  24       VamsasArchiveReader var = new VamsasArchiveReader(av.getLock());
  25       VAMSAS roots[]=null;
  26       if (var.isValid()) {
  27         InputStreamReader vdoc = new InputStreamReader(var.getVamsasDocumentStream());
  28         VamsasDocument doc = VamsasDocument.unmarshal(vdoc);
  29         if (ArchiveReports.reportDocument(doc, var, true, System.out)) {
  30           roots = doc.getVAMSAS();
  31         }
  32       } else {
  33         InputStream vxmlis = var.getVamsasXmlStream();
  34
  35         if (vxmlis!=null) { // Might be an old vamsas file.
  36           BufferedInputStream ixml = new BufferedInputStream(var.getVamsasXmlStream());
  37           InputStreamReader vxml = new InputStreamReader(ixml);
  38           VAMSAS root;
  39           // unmarshal seems to always close the stream (should check this)
  40           if ((root = VAMSAS.unmarshal(vxml))!=null) {
  41             System.out.println("Read a root.");
  42             roots = new VAMSAS[1];
  43             roots[0] = root;
  44           }
  45         }
  46       }
  47       if (!ArchiveReports.rootReport(roots, true, System.out))
  48         System.err.print(args[0]+" is not a valid vamsas archive.");
  49     } catch (Exception e) {
  50       e.printStackTrace(System.err);
  51     }
  52   }
  53 }