src/uk/ac/vamsas/test/simpleclient/VamsasArchive.java

   1 package uk.ac.vamsas.test.simpleclient;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.ObjectOutputStream;
   5 import java.io.RandomAccessFile;
   6 import java.util.jar.JarFile;
   7
   8 import org.apache.commons.logging.Log;
   9 import org.apache.commons.logging.LogFactory;
  10
  11 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.Lock;
  12 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.SessionFile;
  13 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.SimpleDocument;
  14 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchiveReader;
  15 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasFile;
  16 import uk.ac.vamsas.objects.core.ApplicationData;
  17 import uk.ac.vamsas.objects.core.User;
  18 import uk.ac.vamsas.objects.core.VAMSAS;
  19 import uk.ac.vamsas.objects.core.VamsasDocument;
  20 import uk.ac.vamsas.test.objects.Core;
  21
  22 public class VamsasArchive {
  23   /**
  24    * test the org.vamsas.simpleclient.vamsasArchive class
  25    */
  26   static Log log = LogFactory.getLog(VamsasArchive.class);
  27   public static ApplicationData makeDemoAppdata(uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive va, String apname, String userName, String userOrg) {
  28     if (va==null)
  29       return null;
  30     VamsasArchiveReader vread=null;
  31     try {
  32       vread = va.getOriginalArchiveReader();
  33     }
  34     catch (Exception e) {
  35       log.error("Failed to get original archive reader!",e);
  36       return null;
  37     }
  38     ApplicationData appdata = new ApplicationData();
  39     appdata.setName("uk.ac.vamsas.test.simpleclient.VamsasArchive");
  40     appdata.setData(new String("this is some test data.").getBytes());
  41     User apuser = new User();
  42     apuser.setFullname(userName);
  43     apuser.setOrganization(userOrg);
  44     String appdata_ref = "vamsas:"+apname+"/"+apuser.getOrganization()+"/"+apuser.getFullname();
  45     SimpleDocument sdoc = new SimpleDocument("test.simpleclient.VamsasArchive");
  46     if (vread!=null) {
  47       VamsasDocument orignalnew;
  48       try {
  49         orignalnew = sdoc.getVamsasDocument(vread);
  50         log.info("*** Dump follows ***");
  51
  52         ArchiveReports.reportDocument(orignalnew, vread, false, System.out);
  53         log.info("*** Dump precedes ***");
  54       } catch (Exception e) {
  55         log.info("makeDemoAppdata: Problems accessing original document");
  56       }
  57
  58       log.info("Reading (and avoiding references to) original data");
  59       if (vread.getAppdataStream(appdata_ref)!=null) {
  60         // transfer over
  61         try {
  62           va.transferAppDataEntry(appdata_ref);
  63         } catch (Exception e) {
  64           log.warn("Exception when transferring appdata reference : "+appdata_ref, e);
  65         }
  66         int i=0;
  67         while (vread.getAppdataStream(appdata_ref+"/"+Integer.toString(++i))!=null) {
  68           try {
  69             // copy over another duplicate.
  70             va.transferAppDataEntry(appdata_ref+"/"+Integer.toString(i));
  71           } catch (Exception e) {
  72             log.warn("Exception when transferring appdata reference : "+appdata_ref, e);
  73           }
  74         }
  75         // this one must be unique!
  76         appdata_ref+="/"+Integer.toString(i);
  77       }
  78     }
  79
  80     log.info("Adding new data stuff.");
  81     log.info("Writing an apdata reference using AppDataStream interface.");
  82     apuser.setDataReference(appdata_ref);
  83     appdata.addUser(apuser);
  84     appdata.setVersion("noggin");
  85     //TODO: write instance appdata  appdata.setUrn("program:/the.nog/");
  86     try {
  87       ObjectOutputStream ost = new ObjectOutputStream(va.getAppDataStream(appdata_ref));
  88       ost.writeObject(appdata);
  89       ost.close();
  90     } catch (Exception e) {
  91       log.warn("Couldn't write appdata reference "+appdata_ref);
  92     }
  93     return appdata;
  94   }
  95   public static void main(String args[]) {
  96
  97     try {
  98       File av;
  99       if (args.length>0)
 100         av = new File(args[0]);
 101       else
 102         av = new File("test/vamsas.zip");
 103       try {
 104         RandomAccessFile raf = new RandomAccessFile(av, "r");
 105         raf.readByte();
 106         raf.close();
 107       } catch (Exception f)
 108       {
 109         log.info("Couldn't random access file archive "+av, f);
 110       }
 111       try {
 112         JarFile jf = new JarFile(av, true, JarFile.OPEN_READ);
 113         if (jf.getEntry("vamsasDocument.xml")!=null)
 114         {
 115           log.info("Valid archive (sun) "+av);
 116         }
 117         jf.close();
 118       } catch (Exception f)
 119       {
 120         log.warn("Couldn't access jar archive with sun jartools: "+av, f);
 121       }
 122       try {
 123         org.apache.tools.zip.ZipFile jf = new org.apache.tools.zip.ZipFile(av);
 124         if (jf.getEntry("vamsasDocument.xml")!=null)
 125         {
 126           log.info("Valid archive (apache) "+av);
 127         }
 128         jf.close();
 129       } catch (Exception f)
 130       {
 131         log.warn("Couldn't access jar archive with apache ziptool: "+av,f);
 132       }
 133
 134       log.info("Opening archive "+av);
 135       uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive varchive = new uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive(av, true);
 136
 137       VAMSAS[] roots = (VAMSAS[]) varchive.getOriginalRoots();
 138
 139       if (roots!=null) {
 140         log.info("Report on Original roots in archive:");
 141         ArchiveReports.rootReport(roots, true, System.out);
 142       }
 143       log.info("Getting current vamsas document.");
 144       VamsasDocument doc = varchive.getVamsasDocument();
 145       ArchiveReports.reportDocument(doc, varchive.getOriginalArchiveReader(), true, System.out); // not modified document so references will still be valid
 146       // do some stuff
 147       log.info("Retrieving backup");
 148       File backup = varchive.backupFile();
 149       if (backup==null)
 150         log.info(av+" is a New Archive.");
 151       else
 152         log.info(av+" has been backed up as "+backup);
 153       File newf=new File(av.getAbsolutePath()+"_new.zip");
 154       VamsasFile sfile = new VamsasFile(newf);
 155       /* if (newf.exists()) {
 156         int q=1;
 157         do {
 158           newf=new File(av.getAbsolutePath()+"_"+q+++"_new.zip");
 159         }
 160         while (newf.exists());
 161       } */
 162       if (newf.exists()) {
 163         log.info("Removing existing "+newf);
 164         newf.delete();
 165       }
 166
 167       log.info("Now writing new Archive into "+newf.getAbsolutePath());
 168       uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive va=null;
 169       { // hold lock over deletion and write of new archive.
 170         //Lock wlock = sfile.getLock();
 171         //newf.delete(); // clear out old file.
 172         sfile.getLock();
 173         va = new uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive(newf, true, true, sfile);
 174         // open another and...
 175         ApplicationData appdata = makeDemoAppdata(va,
 176             "uk.ac.vamsas.test.simpleclient.VamsasArchive", "arnold Bugger esq", "disOrganised");
 177         log.info("Preparing to write new document.");
 178         doc.addApplicationData(appdata);
 179         doc.addVAMSAS(Core.getDemoVamsas());
 180         va.putVamsasDocument(doc); // gets stream and puts it.
 181         va.closeArchive();
 182         sfile.unLock();
 183       }
 184       log.info("Dump of new vamsas document :");
 185       log.info("Testing update: ");
 186       {
 187         Lock lock=sfile.getLock();
 188         if (lock==null)
 189           while ((lock=sfile.getLock())==null) {
 190             log.info("Waiting for lock.");
 191             Thread.sleep(100);
 192           }
 193         VamsasArchiveReader vreader = new VamsasArchiveReader(sfile.getVamsasFile());// lock); // cannot do new JarFile on a locked file. // newf);
 194         SimpleDocument sdoc = new SimpleDocument("testing new vamsas write");
 195         ArchiveReports.reportDocument(sdoc.getVamsasDocument(vreader), vreader, true, System.out);
 196         sfile.unLock();
 197       }
 198       // backup.delete(); // tidy up
 199
 200       log.info("Now Cancelling write to original archive "+av);
 201       if (varchive.cancelArchive())
 202         log.info("Successfully cancelled.");
 203       else
 204         log.info("Didn't cancel.");
 205       long t=System.currentTimeMillis()+200; while (t>System.currentTimeMillis());
 206       log.info("Now testing archive update.");
 207       va = new uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive(newf, false, true, sfile);
 208       doc = va.getVamsasDocument();
 209       doc.addVAMSAS(Core.getDemoVamsas());
 210       doc.addApplicationData(makeDemoAppdata(va,
 211           "uk.ac.vamsas.test.simpleclient.VamsasArchive", "another old Bugger esq", "rescinded"));
 212       if (va.transferRemainingAppDatas())
 213         log.info("Remain appdatas were transferred.");
 214       else
 215         log.warn("No appdatas were transferred. This is wrong.");
 216       va.putVamsasDocument(doc);
 217       va.closeArchive();
 218       sfile.unLock();
 219       log.info("Testing update: ");
 220       {
 221         Lock lock=sfile.getLock();
 222         if (lock==null)
 223           while ((lock=sfile.getLock())==null)
 224             log.info("Waiting for lock.");
 225         // VamsasArchiveReader vreader = new VamsasArchiveReader(lock);
 226         VamsasArchiveReader vreader = new VamsasArchiveReader(newf);
 227
 228         SimpleDocument sdoc = new SimpleDocument("testing vamsas update");
 229         VamsasDocument finaldoc = sdoc.getVamsasDocument(vreader);
 230         if (finaldoc!=null)
 231           ArchiveReports.reportDocument(finaldoc, vreader, true, System.out);
 232         else
 233           log.error("Null Document Read from "+newf);
 234       }
 235     } catch (Exception e) {
 236       e.printStackTrace(System.err);
 237     }
 238   }
 239 }