src/uk/ac/vamsas/test/simpleclient/VamsasArchive.java

   1 package uk.ac.vamsas.test.simpleclient;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.ObjectOutputStream;
   5 import java.io.RandomAccessFile;
   6 import java.util.jar.JarFile;
   7
   8 import org.apache.commons.logging.Log;
   9 import org.apache.commons.logging.LogFactory;
  10
  11 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.Lock;
  12 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.SessionFile;
  13 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.SimpleDocument;
  14 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchiveReader;
  15 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasFile;
  16 import uk.ac.vamsas.objects.core.ApplicationData;
  17 import uk.ac.vamsas.objects.core.User;
  18 import uk.ac.vamsas.objects.core.VAMSAS;
  19 import uk.ac.vamsas.objects.core.VamsasDocument;
  20 import uk.ac.vamsas.test.objects.Core;
  21
  22 public class VamsasArchive {
  23   /**
  24    * test the org.vamsas.simpleclient.vamsasArchive class
  25    */
  26   static Log log = LogFactory.getLog(VamsasArchive.class);
  27   public static ApplicationData makeDemoAppdata(uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive va, String apname, String userName, String userOrg) {
  28     if (va==null)
  29       return null;
  30     VamsasArchiveReader vread=null;
  31     try {
  32       vread = va.getOriginalArchiveReader();
  33     }
  34     catch (Exception e) {
  35       log.error("Failed to get original archive reader!",e);
  36       return null;
  37     }
  38     ApplicationData appdata = new ApplicationData();
  39     appdata.setName("uk.ac.vamsas.test.simpleclient.VamsasArchive");
  40     appdata.setData(new String("this is some test data.").getBytes());
  41     User apuser = new User();
  42     apuser.setFullname(userName);
  43     apuser.setOrganization(userOrg);
  44     String appdata_ref = "vamsas:"+apname+"/"+apuser.getOrganization()+"/"+apuser.getFullname();
  45     SimpleDocument sdoc = new SimpleDocument("test.simpleclient.VamsasArchive");
  46     if (vread!=null) {
  47       VamsasDocument orignalnew;
  48       try {
  49         orignalnew = sdoc.getVamsasDocument(vread);
  50         log.info("*** Dump follows ***");
  51
  52         ArchiveReports.reportDocument(orignalnew, vread, false, System.out);
  53         log.info("*** Dump precedes ***");
  54       } catch (Exception e) {
  55         log.info("makeDemoAppdata: Problems accessing original document");
  56       }
  57
  58       log.info("Reading (and avoiding references to) original data");
  59       if (vread.getAppdataStream(appdata_ref)!=null) {
  60         // transfer over
  61         try {
  62           va.transferAppDataEntry(appdata_ref);
  63         } catch (Exception e) {
  64           log.warn("Exception when transferring appdata reference : "+appdata_ref, e);
  65         }
  66         int i=0;
  67         while (vread.getAppdataStream(appdata_ref+"/"+Integer.toString(++i))!=null) {
  68           try {
  69             // copy over another duplicate.
  70             va.transferAppDataEntry(appdata_ref+"/"+Integer.toString(i));
  71           } catch (Exception e) {
  72             log.warn("Exception when transferring appdata reference : "+appdata_ref, e);
  73           }
  74         }
  75         // this one must be unique!
  76         appdata_ref+="/"+Integer.toString(i);
  77       }
  78     }
  79
  80     log.info("Adding new data stuff.");
  81     log.info("Writing an apdata reference using AppDataStream interface.");
  82     apuser.setDataReference(appdata_ref);
  83     appdata.addUser(apuser);
  84     appdata.setVersion("noggin");
  85     //TODO: write instance appdata  appdata.setUrn("program:/the.nog/");
  86     try {
  87       ObjectOutputStream ost = new ObjectOutputStream(va.getAppDataStream(appdata_ref));
  88       ost.writeObject(appdata);
  89       ost.close();
  90     } catch (Exception e) {
  91       log.warn("Couldn't write appdata reference "+appdata_ref);
  92     }
  93     return appdata;
  94   }
  95   public static void main(String args[]) {
  96
  97     try {
  98       File av;
  99       if (args.length>0)
 100         av = new File(args[0]);
 101       else
 102         av = new File("test/vamsas.zip");
 103       try {
 104         RandomAccessFile raf = new RandomAccessFile(av, "r");
 105         raf.readByte();
 106         raf.close();
 107       } catch (Exception f)
 108       {
 109         log.info("Couldn't random access file archive "+av, f);
 110       }
 111       try {
 112         JarFile jf = new JarFile(av, true, JarFile.OPEN_READ);
 113         if (jf.getEntry("vamsasDocument.xml")!=null)
 114         {
 115           log.info("Valid archive "+av);
 116         }
 117         jf.close();
 118       } catch (Exception f)
 119       {
 120         log.info("Couldn't access jar archive "+av, f);
 121       }
 122       log.info("Opening archive "+av);
 123       uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive varchive = new uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive(av, true);
 124
 125       VAMSAS[] roots = (VAMSAS[]) varchive.getOriginalRoots();
 126
 127       if (roots!=null) {
 128         log.info("Report on Original roots in archive:");
 129         ArchiveReports.rootReport(roots, true, System.out);
 130       }
 131       log.info("Getting current vamsas document.");
 132       VamsasDocument doc = varchive.getVamsasDocument();
 133       ArchiveReports.reportDocument(doc, varchive.getOriginalArchiveReader(), true, System.out); // not modified document so references will still be valid
 134       // do some stuff
 135       log.info("Retrieving backup");
 136       File backup = varchive.backupFile();
 137       if (backup==null)
 138         log.info(av+" is a New Archive.");
 139       else
 140         log.info(av+" has been backed up as "+backup);
 141       File newf=new File(av.getAbsolutePath()+"_new.zip");
 142       VamsasFile sfile = new VamsasFile(newf);
 143       /* if (newf.exists()) {
 144         int q=1;
 145         do {
 146           newf=new File(av.getAbsolutePath()+"_"+q+++"_new.zip");
 147         }
 148         while (newf.exists());
 149       } */
 150       if (newf.exists()) {
 151         log.info("Removing existing "+newf);
 152         newf.delete();
 153       }
 154
 155       log.info("Now writing new Archive into "+newf.getAbsolutePath());
 156       uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive va=null;
 157       { // hold lock over deletion and write of new archive.
 158         //Lock wlock = sfile.getLock();
 159         //newf.delete(); // clear out old file.
 160         sfile.getLock();
 161         va = new uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive(newf, true, true, sfile);
 162         // open another and...
 163         ApplicationData appdata = makeDemoAppdata(va,
 164             "uk.ac.vamsas.test.simpleclient.VamsasArchive", "arnold Bugger esq", "disOrganised");
 165         log.info("Preparing to write new document.");
 166         doc.addApplicationData(appdata);
 167         doc.addVAMSAS(Core.getDemoVamsas());
 168         va.putVamsasDocument(doc); // gets stream and puts it.
 169         va.closeArchive();
 170         sfile.unLock();
 171       }
 172       log.info("Dump of new vamsas document :");
 173       log.info("Testing update: ");
 174       {
 175         Lock lock=sfile.getLock();
 176         if (lock==null)
 177           while ((lock=sfile.getLock())==null) {
 178             log.info("Waiting for lock.");
 179             Thread.sleep(100);
 180           }
 181         VamsasArchiveReader vreader = new VamsasArchiveReader(sfile.getVamsasFile());// lock); // cannot do new JarFile on a locked file. // newf);
 182         SimpleDocument sdoc = new SimpleDocument("testing new vamsas write");
 183         ArchiveReports.reportDocument(sdoc.getVamsasDocument(vreader), vreader, true, System.out);
 184         sfile.unLock();
 185       }
 186       // backup.delete(); // tidy up
 187
 188       log.info("Now Cancelling write to original archive "+av);
 189       if (varchive.cancelArchive())
 190         log.info("Successfully cancelled.");
 191       else
 192         log.info("Didn't cancel.");
 193       long t=System.currentTimeMillis()+200; while (t>System.currentTimeMillis());
 194       log.info("Now testing archive update.");
 195       va = new uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive(newf, false, true, sfile);
 196       doc = va.getVamsasDocument();
 197       doc.addVAMSAS(Core.getDemoVamsas());
 198       doc.addApplicationData(makeDemoAppdata(va,
 199           "uk.ac.vamsas.test.simpleclient.VamsasArchive", "another old Bugger esq", "rescinded"));
 200       if (va.transferRemainingAppDatas())
 201         log.info("Remain appdatas were transferred.");
 202       else
 203         log.warn("No appdatas were transferred. This is wrong.");
 204       va.putVamsasDocument(doc);
 205       va.closeArchive();
 206       sfile.unLock();
 207       log.info("Testing update: ");
 208       {
 209         Lock lock=sfile.getLock();
 210         if (lock==null)
 211           while ((lock=sfile.getLock())==null)
 212             log.info("Waiting for lock.");
 213         // VamsasArchiveReader vreader = new VamsasArchiveReader(lock);
 214         VamsasArchiveReader vreader = new VamsasArchiveReader(newf);
 215
 216         SimpleDocument sdoc = new SimpleDocument("testing vamsas update");
 217         VamsasDocument finaldoc = sdoc.getVamsasDocument(vreader);
 218         if (finaldoc!=null)
 219           ArchiveReports.reportDocument(finaldoc, vreader, true, System.out);
 220         else
 221           log.error("Null Document Read from "+newf);
 222       }
 223     } catch (Exception e) {
 224       e.printStackTrace(System.err);
 225     }
 226   }
 227 }