src/uk/ac/vamsas/test/simpleclient/VamsasArchive.java

   1 package uk.ac.vamsas.test.simpleclient;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.ObjectOutputStream;
   5
   6 import org.apache.commons.logging.Log;
   7 import org.apache.commons.logging.LogFactory;
   8
   9 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.Lock;
  10 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.SessionFile;
  11 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.SimpleDocument;
  12 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchiveReader;
  13 import uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasFile;
  14 import uk.ac.vamsas.objects.core.ApplicationData;
  15 import uk.ac.vamsas.objects.core.User;
  16 import uk.ac.vamsas.objects.core.VAMSAS;
  17 import uk.ac.vamsas.objects.core.VamsasDocument;
  18 import uk.ac.vamsas.test.objects.Core;
  19
  20 public class VamsasArchive {
  21   /**
  22    * test the org.vamsas.simpleclient.vamsasArchive class
  23    */
  24   static Log log = LogFactory.getLog(VamsasArchive.class);
  25   public static ApplicationData makeDemoAppdata(uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive va, String apname, String userName, String userOrg) {
  26     if (va==null)
  27       return null;
  28     VamsasArchiveReader vread=null;
  29     try {
  30       vread = va.getOriginalArchiveReader();
  31     }
  32     catch (Exception e) {
  33       log.error("Failed to get original archive reader!",e);
  34       return null;
  35     }
  36     ApplicationData appdata = new ApplicationData();
  37     appdata.setName("uk.ac.vamsas.test.simpleclient.VamsasArchive");
  38     appdata.setData(new String("this is some test data.").getBytes());
  39     User apuser = new User();
  40     apuser.setFullname(userName);
  41     apuser.setOrganization(userOrg);
  42     String appdata_ref = "vamsas:"+apname+"/"+apuser.getOrganization()+"/"+apuser.getFullname();
  43     SimpleDocument sdoc = new SimpleDocument("test.simpleclient.VamsasArchive");
  44     if (vread!=null) {
  45       VamsasDocument orignalnew;
  46       try {
  47         orignalnew = sdoc.getVamsasDocument(vread);
  48         log.info("*** Dump follows ***");
  49
  50         ArchiveReports.reportDocument(orignalnew, vread, false, System.out);
  51         log.info("*** Dump precedes ***");
  52       } catch (Exception e) {
  53         log.info("makeDemoAppdata: Problems accessing original document");
  54       }
  55
  56       log.info("Reading (and avoiding references to) original data");
  57       if (vread.getAppdataStream(appdata_ref)!=null) {
  58         // transfer over
  59         try {
  60           va.transferAppDataEntry(appdata_ref);
  61         } catch (Exception e) {
  62           log.warn("Exception when transferring appdata reference : "+appdata_ref, e);
  63         }
  64         int i=0;
  65         while (vread.getAppdataStream(appdata_ref+"/"+Integer.toString(++i))!=null) {
  66           try {
  67             // copy over another duplicate.
  68             va.transferAppDataEntry(appdata_ref+"/"+Integer.toString(i));
  69           } catch (Exception e) {
  70             log.warn("Exception when transferring appdata reference : "+appdata_ref, e);
  71           }
  72         }
  73         // this one must be unique!
  74         appdata_ref+="/"+Integer.toString(i);
  75       }
  76     }
  77
  78     log.info("Adding new data stuff.");
  79     log.info("Writing an apdata reference using AppDataStream interface.");
  80     apuser.setDataReference(appdata_ref);
  81     appdata.addUser(apuser);
  82     appdata.setVersion("noggin");
  83     //TODO: write instance appdata  appdata.setUrn("program:/the.nog/");
  84     try {
  85       ObjectOutputStream ost = new ObjectOutputStream(va.getAppDataStream(appdata_ref));
  86       ost.writeObject(appdata);
  87       ost.close();
  88     } catch (Exception e) {
  89       log.warn("Couldn't write appdata reference "+appdata_ref);
  90     }
  91     return appdata;
  92   }
  93   public static void main(String args[]) {
  94
  95     try {
  96       File av;
  97       if (args.length>0)
  98         av = new File(args[0]);
  99       else
 100         av = new File("test/vamsas.zip");
 101       log.info("Opening archive "+av);
 102       uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive varchive = new uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive(av, true);
 103
 104       VAMSAS[] roots = (VAMSAS[]) varchive.getOriginalRoots();
 105
 106       if (roots!=null) {
 107         log.info("Report on Original roots in archive:");
 108         ArchiveReports.rootReport(roots, true, System.out);
 109       }
 110       log.info("Getting current vamsas document.");
 111       VamsasDocument doc = varchive.getVamsasDocument();
 112       ArchiveReports.reportDocument(doc, varchive.getOriginalArchiveReader(), true, System.out); // not modified document so references will still be valid
 113       // do some stuff
 114       log.info("Retrieving backup");
 115       File backup = varchive.backupFile();
 116       if (backup==null)
 117         log.info(av+" is a New Archive.");
 118       else
 119         log.info(av+" has been backed up as "+backup);
 120       File newf=new File(av.getAbsolutePath()+"_new.zip");
 121       VamsasFile sfile = new VamsasFile(newf);
 122       /* if (newf.exists()) {
 123         int q=1;
 124         do {
 125           newf=new File(av.getAbsolutePath()+"_"+q+++"_new.zip");
 126         }
 127         while (newf.exists());
 128       } */
 129       if (newf.exists()) {
 130         log.info("Removing existing "+newf);
 131         newf.delete();
 132       }
 133
 134       log.info("Now writing new Archive into "+newf.getAbsolutePath());
 135       uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive va=null;
 136       { // hold lock over deletion and write of new archive.
 137         //Lock wlock = sfile.getLock();
 138         //newf.delete(); // clear out old file.
 139         sfile.getLock();
 140         va = new uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive(newf, true, true, sfile);
 141         // open another and...
 142         ApplicationData appdata = makeDemoAppdata(va,
 143             "uk.ac.vamsas.test.simpleclient.VamsasArchive", "arnold Bugger esq", "disOrganised");
 144         log.info("Preparing to write new document.");
 145         doc.addApplicationData(appdata);
 146         doc.addVAMSAS(Core.getDemoVamsas());
 147         va.putVamsasDocument(doc); // gets stream and puts it.
 148         va.closeArchive();
 149         sfile.unLock();
 150       }
 151       log.info("Dump of new vamsas document :");
 152       log.info("Testing update: ");
 153       {
 154         Lock lock=sfile.getLock();
 155         if (lock==null)
 156           while ((lock=sfile.getLock())==null) {
 157             log.info("Waiting for lock.");
 158             Thread.sleep(100);
 159           }
 160         VamsasArchiveReader vreader = new VamsasArchiveReader(sfile.getVamsasFile());// lock); // cannot do new JarFile on a locked file. // newf);
 161         SimpleDocument sdoc = new SimpleDocument("testing new vamsas write");
 162         ArchiveReports.reportDocument(sdoc.getVamsasDocument(vreader), vreader, true, System.out);
 163         sfile.unLock();
 164       }
 165       // backup.delete(); // tidy up
 166
 167       log.info("Now Cancelling write to original archive "+av);
 168       if (varchive.cancelArchive())
 169         log.info("Successfully cancelled.");
 170       else
 171         log.info("Didn't cancel.");
 172       long t=System.currentTimeMillis()+200; while (t>System.currentTimeMillis());
 173       log.info("Now testing archive update.");
 174       va = new uk.ac.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive(newf, false, true, sfile);
 175       doc = va.getVamsasDocument();
 176       doc.addVAMSAS(Core.getDemoVamsas());
 177       doc.addApplicationData(makeDemoAppdata(va,
 178           "uk.ac.vamsas.test.simpleclient.VamsasArchive", "another old Bugger esq", "rescinded"));
 179       if (va.transferRemainingAppDatas())
 180         log.info("Remain appdatas were transferred.");
 181       else
 182         log.warn("No appdatas were transferred. This is wrong.");
 183       va.putVamsasDocument(doc);
 184       va.closeArchive();
 185       sfile.unLock();
 186       log.info("Testing update: ");
 187       {
 188         Lock lock=sfile.getLock();
 189         if (lock==null)
 190           while ((lock=sfile.getLock())==null)
 191             log.info("Waiting for lock.");
 192         // VamsasArchiveReader vreader = new VamsasArchiveReader(lock);
 193         VamsasArchiveReader vreader = new VamsasArchiveReader(newf);
 194
 195         SimpleDocument sdoc = new SimpleDocument("testing vamsas update");
 196         VamsasDocument finaldoc = sdoc.getVamsasDocument(vreader);
 197         if (finaldoc!=null)
 198           ArchiveReports.reportDocument(finaldoc, vreader, true, System.out);
 199         else
 200           log.error("Null Document Read from "+newf);
 201       }
 202     } catch (Exception e) {
 203       e.printStackTrace(System.err);
 204     }
 205   }
 206 }