APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.bin.JalviewLite;
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  38 import jalview.io.DataSourceType;
  39 import jalview.io.FileFormatI;
  40 import jalview.io.FileFormats;
  41 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  42 import jalview.renderer.ResidueShader;
  43 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  44 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  45 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  46 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  47 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  48 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  49 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  50 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  51 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  52 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  53 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  54 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  55 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  56 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  57 import jalview.util.MessageManager;
  58 import jalview.util.UrlLink;
  59
  60 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  61 import java.awt.Frame;
  62 import java.awt.Menu;
  63 import java.awt.MenuItem;
  64 import java.awt.event.ActionEvent;
  65 import java.awt.event.ActionListener;
  66 import java.awt.event.ItemEvent;
  67 import java.awt.event.ItemListener;
  68 import java.util.Arrays;
  69 import java.util.Collection;
  70 import java.util.Collections;
  71 import java.util.LinkedHashMap;
  72 import java.util.List;
  73 import java.util.Map;
  74 import java.util.SortedMap;
  75 import java.util.TreeMap;
  76 import java.util.Vector;
  77
  78 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  79         ActionListener, ItemListener
  80 {
  81   Menu groupMenu = new Menu();
  82
  83   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  84
  85   CheckboxMenuItem noColour = new CheckboxMenuItem();
  86
  87   protected CheckboxMenuItem clustalColour = new CheckboxMenuItem();
  88
  89   protected CheckboxMenuItem zappoColour = new CheckboxMenuItem();
  90
  91   protected CheckboxMenuItem taylorColour = new CheckboxMenuItem();
  92
  93   protected CheckboxMenuItem hydrophobicityColour = new CheckboxMenuItem();
  94
  95   protected CheckboxMenuItem helixColour = new CheckboxMenuItem();
  96
  97   protected CheckboxMenuItem strandColour = new CheckboxMenuItem();
  98
  99   protected CheckboxMenuItem turnColour = new CheckboxMenuItem();
 100
 101   protected CheckboxMenuItem buriedColour = new CheckboxMenuItem();
 102
 103   protected CheckboxMenuItem PIDColour = new CheckboxMenuItem();
 104
 105   protected CheckboxMenuItem BLOSUM62Colour = new CheckboxMenuItem();
 106
 107   CheckboxMenuItem nucleotideColour = new CheckboxMenuItem();
 108
 109   CheckboxMenuItem purinePyrimidineColour = new CheckboxMenuItem();
 110
 111   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
 112
 113   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
 114
 115   MenuItem modifyPID = new MenuItem();
 116
 117   protected CheckboxMenuItem conservationColour = new CheckboxMenuItem();
 118
 119   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();
 120
 121   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
 122
 123   final AlignmentPanel ap;
 124
 125   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
 126
 127   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 128
 129   Menu colourMenu = new Menu();
 130
 131   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 132
 133   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 134
 135   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 136
 137   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 138
 139   Menu seqShowAnnotationsMenu = new Menu(
 140           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 141
 142   Menu seqHideAnnotationsMenu = new Menu(
 143           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 144
 145   MenuItem seqAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 146           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 147
 148   Menu groupShowAnnotationsMenu = new Menu(
 149           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 150
 151   Menu groupHideAnnotationsMenu = new Menu(
 152           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 153
 154   MenuItem groupAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 155           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 156
 157   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 158
 159   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 160
 161   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 162
 163   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 164           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 165
 166   MenuItem toLower = new MenuItem(
 167           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 168
 169   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 170           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 171
 172   Menu outputmenu = new Menu();
 173
 174   Menu seqMenu = new Menu();
 175
 176   MenuItem pdb = new MenuItem();
 177
 178   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 179
 180   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 181
 182   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 183           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 184
 185   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 186           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 187
 188   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 189           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 190
 191   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 192           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 193
 194   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 195           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 196
 197   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 198
 199   SequenceI seq;
 200
 201   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 202
 203   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 204
 205   /**
 206    * index of sequence to be revealed
 207    */
 208   int revealSeq_index = -1;
 209
 210   Menu menu1 = new Menu();
 211
 212   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 213           List<String> links)
 214   {
 215     // /////////////////////////////////////////////////////////
 216     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 217     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 218     //
 219     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 220     // ////////////////////////////////////////////////////////
 221
 222     this.ap = apanel;
 223     this.seq = seq;
 224
 225     try
 226     {
 227       jbInit();
 228     } catch (Exception e)
 229     {
 230       e.printStackTrace();
 231     }
 232
 233     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 234     {
 235       MenuItem item = new MenuItem(ff);
 236
 237       item.addActionListener(this);
 238       outputmenu.add(item);
 239     }
 240
 241     buildAnnotationSubmenus();
 242
 243     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 244     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 245     {
 246       if (sg.isNucleotide())
 247       {
 248         conservationColour.setEnabled(false);
 249         clustalColour.setEnabled(false);
 250         BLOSUM62Colour.setEnabled(false);
 251         zappoColour.setEnabled(false);
 252         taylorColour.setEnabled(false);
 253         hydrophobicityColour.setEnabled(false);
 254         helixColour.setEnabled(false);
 255         strandColour.setEnabled(false);
 256         turnColour.setEnabled(false);
 257         buriedColour.setEnabled(false);
 258       }
 259       else
 260       {
 261         purinePyrimidineColour.setEnabled(false);
 262         nucleotideColour.setEnabled(false);
 263       }
 264       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 265               "label.name_param", new Object[] { sg.getName() }));
 266       showText.setState(sg.getDisplayText());
 267       showColourText.setState(sg.getColourText());
 268       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 269       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 270       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 271       {
 272         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 273         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 274       }
 275       else
 276       {
 277         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 278         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 279         if (sg.cs != null)
 280         {
 281           abovePIDColour.setState(sg.cs.getThreshold() > 0);
 282           conservationColour.setState(sg.cs.conservationApplied());
 283           modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.getState());
 284           modifyConservation.setEnabled(conservationColour.getState());
 285         }
 286       }
 287       setSelectedColour(sg.cs);
 288     }
 289     else
 290     {
 291       remove(hideSeqs);
 292       remove(groupMenu);
 293     }
 294
 295     if (links != null && links.size() > 0)
 296     {
 297       addFeatureLinks(seq, links);
 298     }
 299
 300     // TODO: add group link menu entry here
 301     if (seq != null)
 302     {
 303       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 304       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 305       {
 306         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 307                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 308                                                           // representative");
 309       }
 310       else
 311       {
 312         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 313                 .getString("action.set_as_reference")); // );
 314       }
 315       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 316               "label.represent_group_with", new Object[] { seq.getName() }));
 317     }
 318     else
 319     {
 320       remove(seqMenu);
 321     }
 322
 323     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 324     {
 325       remove(revealAll);
 326       remove(revealSeq);
 327     }
 328     else
 329     {
 330       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 331
 332       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 333               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 334       {
 335         revealSeq_index = index;
 336       }
 337       else
 338       {
 339         remove(revealSeq);
 340       }
 341     }
 342   }
 343
 344   /**
 345    * Select the menu item (if any) matching the current colour scheme. This
 346    * works by matching the menu item name (not display text) to the canonical
 347    * name of the colour scheme.
 348    *
 349    * @param cs
 350    */
 351   protected void setSelectedColour(ResidueShaderI cs)
 352   {
 353     if (cs == null || cs.getColourScheme() == null)
 354     {
 355       noColour.setState(true);
 356     }
 357     else
 358     {
 359       String name = cs.getColourScheme().getSchemeName();
 360       for (int i = 0; i < colourMenu.getItemCount(); i++)
 361       {
 362         MenuItem item = colourMenu.getItem(i);
 363         if (item instanceof CheckboxMenuItem)
 364         {
 365           if (name.equals(item.getName()))
 366           {
 367             ((CheckboxMenuItem) item).setState(true);
 368           }
 369         }
 370       }
 371     }
 372   }
 373
 374   /**
 375    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 376    *
 377    * @param seq
 378    * @param links
 379    */
 380   void addFeatureLinks(final SequenceI seq, List<String> links)
 381   {
 382     Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 383     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
 384
 385     for (String link : links)
 386     {
 387       UrlLink urlLink = null;
 388       try
 389       {
 390         urlLink = new UrlLink(link);
 391       } catch (Exception foo)
 392       {
 393         System.err.println("Exception for URLLink '" + link + "': "
 394                 + foo.getMessage());
 395         continue;
 396       }
 397
 398       if (!urlLink.isValid())
 399       {
 400         System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 401         continue;
 402       }
 403
 404       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 405     }
 406
 407     addshowLinks(linkMenu, linkset.values());
 408
 409     // disable link menu if there are no valid entries
 410     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 411     {
 412       linkMenu.setEnabled(true);
 413     }
 414     else
 415     {
 416       linkMenu.setEnabled(false);
 417     }
 418
 419     if (seq != null)
 420     {
 421       seqMenu.add(linkMenu);
 422     }
 423     else
 424     {
 425       add(linkMenu);
 426     }
 427
 428   }
 429
 430   private void addshowLinks(Menu linkMenu, Collection<List<String>> linkset)
 431   {
 432     for (List<String> linkstrset : linkset)
 433     {
 434       // split linkstr into label and url
 435       addshowLink(linkMenu, linkstrset.get(1), linkstrset.get(3));
 436     }
 437   }
 438
 439   /**
 440    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 441    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 442    */
 443   private void buildAnnotationSubmenus()
 444   {
 445     /*
 446      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 447      */
 448     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 449             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 450     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 451             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 452     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 453             selectedSequence);
 454
 455     /*
 456      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 457      */
 458     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 459             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 460             .getSequences());
 461     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 462             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 463     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 464             selectedGroup);
 465   }
 466
 467   /**
 468    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 469    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 470    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 471    *
 472    * @param menu
 473    * @param forSequences
 474    */
 475   private void configureReferenceAnnotationsMenu(MenuItem menuItem,
 476           List<SequenceI> forSequences)
 477   {
 478     menuItem.setEnabled(false);
 479
 480     /*
 481      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 482      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 483      */
 484     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 485     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 486     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 487     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
 488             tipEntries, candidates, al);
 489     if (!candidates.isEmpty())
 490     {
 491       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 492       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 493
 494       /*
 495        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 496        * configure its action.
 497        */
 498       menuItem.setEnabled(true);
 499
 500       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 501       {
 502         @Override
 503         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 504         {
 505           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 506         }
 507       });
 508     }
 509   }
 510
 511   /**
 512    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 513    *
 514    * @param candidates
 515    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 516    *          of annotations to add to each sequence
 517    */
 518   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 519           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 520   {
 521     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 522     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 523     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 524             selectionGroup);
 525     refresh();
 526   }
 527
 528   /**
 529    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 530    *
 531    * @param linkMenu
 532    * @param target
 533    *          - menu label string
 534    * @param url
 535    *          - url to open
 536    */
 537   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 538           final String url)
 539   {
 540     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 541   }
 542
 543   /**
 544    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 545    *
 546    * @param linkMenu
 547    * @param target
 548    *          - URL target window
 549    * @param label
 550    *          - menu label string
 551    * @param url
 552    *          - url to open
 553    */
 554   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 555           final String label, final String url)
 556   {
 557     MenuItem item = new MenuItem(label);
 558     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 559     {
 560       @Override
 561       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 562       {
 563         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 564       }
 565     });
 566     linkMenu.add(item);
 567   }
 568
 569   /**
 570    * Actions on selecting / unselecting a checkbox menu item
 571    */
 572   @Override
 573   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 574   {
 575     Object source = evt.getSource();
 576     if (source == noColour)
 577     {
 578       noColourmenuItem_actionPerformed();
 579     }
 580     else if (source == clustalColour)
 581     {
 582       clustalColour_actionPerformed();
 583     }
 584     else if (source == BLOSUM62Colour)
 585     {
 586       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 587     }
 588     else if (evt.getSource() == PIDColour)
 589     {
 590       PIDColour_actionPerformed();
 591     }
 592     else if (source == zappoColour)
 593     {
 594       zappoColour_actionPerformed();
 595     }
 596     else if (source == taylorColour)
 597     {
 598       taylorColour_actionPerformed();
 599     }
 600     else if (source == hydrophobicityColour)
 601     {
 602       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 603     }
 604     else if (source == helixColour)
 605     {
 606       helixColour_actionPerformed();
 607     }
 608     else if (source == strandColour)
 609     {
 610       strandColour_actionPerformed();
 611     }
 612     else if (source == turnColour)
 613     {
 614       turnColour_actionPerformed();
 615     }
 616     else if (source == buriedColour)
 617     {
 618       buriedColour_actionPerformed();
 619     }
 620     else if (source == nucleotideColour)
 621     {
 622       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 623     }
 624     else if (source == purinePyrimidineColour)
 625     {
 626       purinePyrimidineColour_actionPerformed();
 627     }
 628     else if (source == abovePIDColour)
 629     {
 630       abovePIDColour_itemStateChanged();
 631     }
 632     else if (source == conservationColour)
 633     {
 634       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 635     }
 636     else if (source == showColourText)
 637     {
 638       showColourText_itemStateChanged();
 639     }
 640     else if (source == showText)
 641     {
 642       showText_itemStateChanged();
 643     }
 644     else if (source == showBoxes)
 645     {
 646       showBoxes_itemStateChanged();
 647     }
 648     else if (source == displayNonconserved)
 649     {
 650       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 651     }
 652   }
 653
 654   /**
 655    * Actions on clicking a menu item
 656    */
 657   @Override
 658   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 659   {
 660     Object source = evt.getSource();
 661     if (source == userDefinedColour)
 662     {
 663       userDefinedColour_actionPerformed();
 664     }
 665     else if (source == modifyConservation)
 666     {
 667       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 668     }
 669     else if (source == modifyPID)
 670     {
 671       abovePIDColour_itemStateChanged();
 672     }
 673     else if (source == unGroupMenuItem)
 674     {
 675       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 676     }
 677
 678     else if (source == createGroupMenuItem)
 679     {
 680       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 681     }
 682
 683     else if (source == sequenceName)
 684     {
 685       editName();
 686     }
 687     else if (source == makeReferenceSeq)
 688     {
 689       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 690     }
 691     else if (source == sequenceDetails)
 692     {
 693       showSequenceDetails();
 694     }
 695     else if (source == selSeqDetails)
 696     {
 697       showSequenceSelectionDetails();
 698     }
 699     else if (source == pdb)
 700     {
 701       addPDB();
 702     }
 703     else if (source == hideSeqs)
 704     {
 705       hideSequences(false);
 706     }
 707     else if (source == repGroup)
 708     {
 709       hideSequences(true);
 710     }
 711     else if (source == revealSeq)
 712     {
 713       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 714     }
 715     else if (source == revealAll)
 716     {
 717       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 718     }
 719
 720     else if (source == editGroupName)
 721     {
 722       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 723               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 724               "Group Description", ap.alignFrame,
 725               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 726
 727       if (dialog.accept)
 728       {
 729         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 730         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 731       }
 732
 733     }
 734     else if (source == copy)
 735     {
 736       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 737     }
 738     else if (source == cut)
 739     {
 740       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 741     }
 742     else if (source == editSequence)
 743     {
 744       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 745
 746       if (sg != null)
 747       {
 748         if (seq == null)
 749         {
 750           seq = sg.getSequenceAt(0);
 751         }
 752
 753         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 754                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 755                 "Edit Sequence ", null,
 756
 757                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 758
 759         if (dialog.accept)
 760         {
 761           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 762                   MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 763                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 764                           ap.av.getGapCharacter()),
 765                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 766                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 767                   ap.av.getAlignment());
 768
 769           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 770
 771           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 772                   .getSequences());
 773         }
 774       }
 775     }
 776     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 777     {
 778       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 779       if (sg != null)
 780       {
 781         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 782                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 783
 784         String description;
 785         int caseChange;
 786
 787         if (source == toggleCase)
 788         {
 789           description = "Toggle Case";
 790           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 791         }
 792         else if (source == toUpper)
 793         {
 794           description = "To Upper Case";
 795           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 796         }
 797         else
 798         {
 799           description = "To Lower Case";
 800           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 801         }
 802
 803         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 804                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 805                 startEnd, caseChange);
 806
 807         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 808
 809         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 810                 .getSequences());
 811
 812       }
 813     }
 814     else if (source == sequenceFeature)
 815     {
 816       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 817       if (sg == null)
 818       {
 819         return;
 820       }
 821
 822       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 823       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 824       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 825
 826       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 827       {
 828         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 829         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 830         if (start <= end)
 831         {
 832           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 833           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 834                   end, "Jalview");
 835           rsize++;
 836         }
 837       }
 838       rseqs = new SequenceI[rsize];
 839       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 840       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 841       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 842       features = tfeatures;
 843       seqs = rseqs;
 844
 845       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 846               features, true, ap))
 847       {
 848         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 849         ap.av.setShowSequenceFeatures(true);
 850         ;
 851         ap.highlightSearchResults(null);
 852       }
 853     }
 854     else
 855     {
 856       outputText(evt);
 857     }
 858
 859   }
 860
 861   void outputText(ActionEvent e)
 862   {
 863     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 864
 865     Frame frame = new Frame();
 866     frame.add(cap);
 867     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 868             "label.selection_output_command",
 869             new Object[] { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 870     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 871     // now returns a full copy of sequence data
 872     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 873
 874     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance().forName(
 875             e.getActionCommand());
 876     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(fileFormat,
 877             ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 878
 879   }
 880
 881   protected void showSequenceSelectionDetails()
 882   {
 883     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 884   }
 885
 886   protected void showSequenceDetails()
 887   {
 888     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { seq });
 889   }
 890
 891   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 892   {
 893
 894     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 895
 896     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
 897     for (SequenceI seq : sequences)
 898     {
 899       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 900               "label.annotation_for_displayid",
 901               new Object[] { seq.getDisplayId(true) }));
 902       new SequenceAnnotationReport(null).createSequenceAnnotationReport(
 903               contents,
 904               seq,
 905               true,
 906               true,
 907               (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr
 908                       .getMinMax() : null);
 909       contents.append("</p>");
 910     }
 911     Frame frame = new Frame();
 912     frame.add(cap);
 913     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 914             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 915                     : "Selection"), 600, 500);
 916     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 917             new Object[] { contents.toString() }));
 918   }
 919
 920   void editName()
 921   {
 922     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 923             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 924             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 925             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 926
 927     if (dialog.accept)
 928     {
 929       seq.setName(dialog.getName());
 930       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 931       ap.paintAlignment(false);
 932     }
 933   }
 934
 935   void addPDB()
 936   {
 937     Vector<PDBEntry> pdbs = seq.getAllPDBEntries();
 938     if (pdbs != null && !pdbs.isEmpty())
 939     {
 940       PDBEntry entry = pdbs.firstElement();
 941
 942       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 943       {
 944         new AppletJmol(entry, new SequenceI[] { seq }, null, ap,
 945                 DataSourceType.URL);
 946       }
 947       else
 948       {
 949         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[] { seq }, null,
 950                 ap, DataSourceType.URL);
 951       }
 952
 953     }
 954     else
 955     {
 956       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 957       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 958       cap.setPDBImport(seq);
 959       Frame frame = new Frame();
 960       frame.add(cap);
 961       JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 962               "label.paste_pdb_file_for_sequence",
 963               new Object[] { seq.getName() }), 400, 300);
 964     }
 965   }
 966
 967   private void jbInit() throws Exception
 968   {
 969     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 970     sequenceFeature.addActionListener(this);
 971
 972     editGroupName.addActionListener(this);
 973     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 974             .getString("action.remove_group"));
 975     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 976
 977     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 978             .getString("action.create_group"));
 979     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 980
 981     modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.getState());
 982     modifyConservation.setEnabled(conservationColour.getState());
 983     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 984     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 985     showBoxes.setState(true);
 986     showBoxes.addItemListener(this);
 987     sequenceName.addActionListener(this);
 988     sequenceDetails.addActionListener(this);
 989     selSeqDetails.addActionListener(this);
 990     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 991             .getString("label.show_non_conserved"));
 992     displayNonconserved.setState(false);
 993     displayNonconserved.addItemListener(this);
 994     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 995     showText.addItemListener(this);
 996     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 997     showColourText.addItemListener(this);
 998     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 999     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
1000     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
1001     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
1002     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
1003             "label.represent_group_with", new Object[] { "" }));
1004     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
1005     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
1006     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group:"));
1007     add(groupMenu);
1008     this.add(seqMenu);
1009     this.add(hideSeqs);
1010     this.add(revealSeq);
1011     this.add(revealAll);
1012     // groupMenu.add(selSeqDetails);
1013     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
1014     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
1015     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
1016     groupMenu.add(editMenu);
1017     groupMenu.add(outputmenu);
1018     groupMenu.add(sequenceFeature);
1019     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
1020     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
1021     groupMenu.add(menu1);
1022
1023     colourMenu.add(noColour);
1024     colourMenu.add(clustalColour);
1025     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
1026     colourMenu.add(PIDColour);
1027     colourMenu.add(zappoColour);
1028     colourMenu.add(taylorColour);
1029     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
1030     colourMenu.add(helixColour);
1031     colourMenu.add(strandColour);
1032     colourMenu.add(turnColour);
1033     colourMenu.add(buriedColour);
1034     colourMenu.add(nucleotideColour);
1035     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);
1036     colourMenu.add(userDefinedColour);
1037     colourMenu.addSeparator();
1038     colourMenu.add(conservationColour);
1039     colourMenu.add(modifyConservation);
1040     colourMenu.add(abovePIDColour);
1041     colourMenu.add(modifyPID);
1042
1043     noColour.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1044     noColour.addItemListener(this);
1045
1046     /*
1047      * setName allows setSelectedColour to do its thing
1048      */
1049     clustalColour.setLabel(MessageManager
1050             .getString("label.colourScheme_clustal"));
1051     clustalColour.setName(JalviewColourScheme.Clustal.toString());
1052     clustalColour.addItemListener(this);
1053     BLOSUM62Colour.setLabel(MessageManager
1054             .getString("label.colourScheme_blosum62"));
1055     BLOSUM62Colour.setName(JalviewColourScheme.Blosum62.toString());
1056     BLOSUM62Colour.addItemListener(this);
1057     PIDColour.setLabel(MessageManager
1058             .getString("label.colourScheme_%_identity"));
1059     PIDColour.setName(JalviewColourScheme.PID.toString());
1060     PIDColour.addItemListener(this);
1061     zappoColour.setLabel(MessageManager
1062             .getString("label.colourScheme_zappo"));
1063     zappoColour.setName(JalviewColourScheme.Zappo.toString());
1064     zappoColour.addItemListener(this);
1065     taylorColour.setLabel(MessageManager
1066             .getString("label.colourScheme_taylor"));
1067     taylorColour.setName(JalviewColourScheme.Taylor.toString());
1068     taylorColour.addItemListener(this);
1069     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager
1070             .getString("label.colourScheme_hydrophobic"));
1071     hydrophobicityColour
1072             .setName(JalviewColourScheme.Hydrophobic.toString());
1073     hydrophobicityColour.addItemListener(this);
1074     helixColour.setLabel(MessageManager
1075             .getString("label.colourScheme_helix_propensity"));
1076     helixColour.setName(JalviewColourScheme.Helix.toString());
1077     helixColour.addItemListener(this);
1078     strandColour.setLabel(MessageManager
1079             .getString("label.colourScheme_strand_propensity"));
1080     strandColour.setName(JalviewColourScheme.Strand.toString());
1081     strandColour.addItemListener(this);
1082     turnColour.setLabel(MessageManager
1083             .getString("label.colourScheme_turn_propensity"));
1084     turnColour.setName(JalviewColourScheme.Turn.toString());
1085     turnColour.addItemListener(this);
1086     buriedColour.setLabel(MessageManager
1087             .getString("label.colourScheme_buried_index"));
1088     buriedColour.setName(JalviewColourScheme.Buried.toString());
1089     buriedColour.addItemListener(this);
1090     nucleotideColour.setLabel(MessageManager
1091             .getString("label.colourScheme_nucleotide"));
1092     nucleotideColour.setName(JalviewColourScheme.Nucleotide.toString());
1093     nucleotideColour.addItemListener(this);
1094     purinePyrimidineColour.setLabel(MessageManager
1095             .getString("label.colourScheme_purine/pyrimidine"));
1096     purinePyrimidineColour.setName(JalviewColourScheme.PurinePyrimidine
1097             .toString());
1098     purinePyrimidineColour.addItemListener(this);
1099
1100     userDefinedColour.setLabel(MessageManager
1101             .getString("action.user_defined"));
1102     userDefinedColour.addActionListener(this);
1103
1104     abovePIDColour.setLabel(MessageManager
1105             .getString("label.above_identity_threshold"));
1106     abovePIDColour.addItemListener(this);
1107     modifyPID.setLabel(MessageManager
1108             .getString("label.modify_identity_threshold"));
1109     modifyPID.addActionListener(this);
1110     conservationColour.setLabel(MessageManager
1111             .getString("action.by_conservation"));
1112     conservationColour.addItemListener(this);
1113     modifyConservation.setLabel(MessageManager
1114             .getString("label.modify_conservation_threshold"));
1115     modifyConservation.addActionListener(this);
1116
1117     PIDColour.addActionListener(this);
1118     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
1119
1120     editMenu.add(copy);
1121     copy.addActionListener(this);
1122     editMenu.add(cut);
1123     cut.addActionListener(this);
1124
1125     editMenu.add(editSequence);
1126     editSequence.addActionListener(this);
1127
1128     editMenu.add(toUpper);
1129     toUpper.addActionListener(this);
1130     editMenu.add(toLower);
1131     toLower.addActionListener(this);
1132     editMenu.add(toggleCase);
1133     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1134     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1135     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1136     seqMenu.add(sequenceName);
1137     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1138     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1139
1140     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1141     {
1142       seqMenu.add(pdb);
1143     }
1144     seqMenu.add(repGroup);
1145     menu1.add(editGroupName);
1146     menu1.add(colourMenu);
1147     menu1.add(showBoxes);
1148     menu1.add(showText);
1149     menu1.add(showColourText);
1150     menu1.add(displayNonconserved);
1151     toggleCase.addActionListener(this);
1152     pdb.addActionListener(this);
1153     hideSeqs.addActionListener(this);
1154     repGroup.addActionListener(this);
1155     revealAll.addActionListener(this);
1156     revealSeq.addActionListener(this);
1157     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1158   }
1159
1160   void refresh()
1161   {
1162     ap.paintAlignment(true);
1163   }
1164
1165   protected void clustalColour_actionPerformed()
1166   {
1167     SequenceGroup sg = getGroup();
1168     sg.cs = new ResidueShader(new ClustalxColourScheme(sg,
1169             ap.av.getHiddenRepSequences()));
1170     refresh();
1171   }
1172
1173   protected void zappoColour_actionPerformed()
1174   {
1175     getGroup().cs = new ResidueShader(new ZappoColourScheme());
1176     refresh();
1177   }
1178
1179   protected void taylorColour_actionPerformed()
1180   {
1181     getGroup().cs = new ResidueShader(new TaylorColourScheme());
1182     refresh();
1183   }
1184
1185   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1186   {
1187     getGroup().cs = new ResidueShader(new HydrophobicColourScheme());
1188     refresh();
1189   }
1190
1191   protected void helixColour_actionPerformed()
1192   {
1193     getGroup().cs = new ResidueShader(new HelixColourScheme());
1194     refresh();
1195   }
1196
1197   protected void strandColour_actionPerformed()
1198   {
1199     getGroup().cs = new ResidueShader(new StrandColourScheme());
1200     refresh();
1201   }
1202
1203   protected void turnColour_actionPerformed()
1204   {
1205     getGroup().cs = new ResidueShader(new TurnColourScheme());
1206     refresh();
1207   }
1208
1209   protected void buriedColour_actionPerformed()
1210   {
1211     getGroup().cs = new ResidueShader(new BuriedColourScheme());
1212     refresh();
1213   }
1214
1215   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1216   {
1217     getGroup().cs = new ResidueShader(new NucleotideColourScheme());
1218     refresh();
1219   }
1220
1221   public void purinePyrimidineColour_actionPerformed()
1222   {
1223     getGroup().cs = new ResidueShader(
1224             new PurinePyrimidineColourScheme());
1225     refresh();
1226   }
1227
1228   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1229   {
1230     SequenceGroup sg = getGroup();
1231     if (sg.cs == null)
1232     {
1233       return;
1234     }
1235
1236     if (abovePIDColour.getState())
1237     {
1238       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1239               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1240       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1241               .getName());
1242
1243       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1244
1245       SliderPanel.showPIDSlider();
1246
1247     }
1248     else
1249     // remove PIDColouring
1250     {
1251       SliderPanel.hidePIDSlider();
1252       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1253     }
1254     modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.getState());
1255     refresh();
1256   }
1257
1258   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1259   {
1260     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1261   }
1262
1263   protected void PIDColour_actionPerformed()
1264   {
1265     SequenceGroup sg = getGroup();
1266     sg.cs = new ResidueShader(new PIDColourScheme());
1267     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1268             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1269     refresh();
1270   }
1271
1272   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1273   {
1274     SequenceGroup sg = getGroup();
1275
1276     sg.cs = new ResidueShader(new Blosum62ColourScheme());
1277
1278     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1279             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1280
1281     refresh();
1282   }
1283
1284   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1285   {
1286     getGroup().cs = null;
1287     refresh();
1288   }
1289
1290   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1291   {
1292     SequenceGroup sg = getGroup();
1293     if (sg.cs == null)
1294     {
1295       return;
1296     }
1297
1298     if (conservationColour.getState())
1299     {
1300       Conservation conservation = Conservation.calculateConservation(
1301               "Group", sg
1302               .getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0, ap.av
1303               .getAlignment().getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(),
1304               false);
1305       sg.getGroupColourScheme().setConservation(conservation);
1306       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1307       SliderPanel.showConservationSlider();
1308     }
1309     else
1310     // remove ConservationColouring
1311     {
1312       SliderPanel.hideConservationSlider();
1313       sg.cs.setConservation(null);
1314     }
1315     modifyConservation.setEnabled(conservationColour.getState());
1316     refresh();
1317   }
1318
1319   SequenceGroup getGroup()
1320   {
1321     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1322
1323     // this method won't add a new group if it already exists
1324     if (sg != null)
1325     {
1326       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1327     }
1328
1329     return sg;
1330   }
1331
1332   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1333   {
1334     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1335     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1336     ap.av.setSelectionGroup(null);
1337     ap.paintAlignment(true);
1338   }
1339
1340   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1341   {
1342     getGroup(); // implicitly create group
1343     refresh();
1344   }
1345
1346   public void showColourText_itemStateChanged()
1347   {
1348     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1349     refresh();
1350   }
1351
1352   public void showText_itemStateChanged()
1353   {
1354     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1355     refresh();
1356   }
1357
1358   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1359   {
1360     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1361     {
1362       // initialise the display flags so the user sees something happen
1363       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1364       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1365       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1366     }
1367     else
1368     {
1369       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1370       {
1371         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1372       }
1373       else
1374       {
1375         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1376       }
1377     }
1378     refresh();
1379   }
1380
1381   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1382   {
1383     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1384     refresh();
1385   }
1386
1387   public void showBoxes_itemStateChanged()
1388   {
1389     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1390     refresh();
1391   }
1392
1393   void hideSequences(boolean representGroup)
1394   {
1395     ap.av.hideSequences(seq, representGroup);
1396   }
1397
1398   /**
1399    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1400    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1401    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1402    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1403    * <p>
1404    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1405    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1406    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1407    * composite type name, e.g.
1408    * <p>
1409    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1410    *
1411    * @param seq
1412    */
1413   protected void buildAnnotationTypesMenus(Menu showMenu, Menu hideMenu,
1414           List<SequenceI> forSequences)
1415   {
1416     showMenu.removeAll();
1417     hideMenu.removeAll();
1418
1419     final List<String> all = Arrays.asList(new String[] { MessageManager
1420             .getString("label.all") });
1421     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
1422     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1423             false);
1424     showMenu.addSeparator();
1425     hideMenu.addSeparator();
1426
1427     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1428             .getAlignmentAnnotation();
1429
1430     /*
1431      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1432      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1433      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1434      * alignment.
1435      */
1436     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1437     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1438     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1439             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1440
1441     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1442     {
1443       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1444       {
1445         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1446                 false, true);
1447       }
1448     }
1449     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1450     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1451
1452     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1453     {
1454       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1455       {
1456         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1457                 false, false);
1458       }
1459     }
1460     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1461     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1462   }
1463
1464   /**
1465    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1466    * menus.
1467    *
1468    * @param showOrHideMenu
1469    *          the menu to add to
1470    * @param forSequences
1471    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1472    * @param calcId
1473    * @param types
1474    *          the label to add
1475    * @param allTypes
1476    *          if true this is a special label meaning 'All'
1477    * @param actionIsShow
1478    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1479    *          type, else hide
1480    */
1481   protected void addAnnotationTypeToShowHide(Menu showOrHideMenu,
1482           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1483           final List<String> types, final boolean allTypes,
1484           final boolean actionIsShow)
1485   {
1486     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1487     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1488     final MenuItem item = new MenuItem(label);
1489     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1490     {
1491       @Override
1492       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1493       {
1494         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1495                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1496         refresh();
1497       }
1498     });
1499     showOrHideMenu.add(item);
1500   }
1501
1502 }