AlcodMap.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class AlcodMap.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class AlcodMap implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * internal jalview id for the dnasq for this mapping.
  31      *
  32      */
  33     private java.lang.String _dnasq;
  34
  35     /**
  36      * a Mapping entry and an associated protein sequence
  37      *
  38      */
  39     private jalview.schemabinding.version2.Mapping _mapping;
  40
  41
  42       //----------------/
  43      //- Constructors -/
  44     //----------------/
  45
  46     public AlcodMap() {
  47         super();
  48     }
  49
  50
  51       //-----------/
  52      //- Methods -/
  53     //-----------/
  54
  55     /**
  56      * Returns the value of field 'dnasq'. The field 'dnasq' has
  57      * the following description: internal jalview id for the dnasq
  58      * for this mapping.
  59      *
  60      *
  61      * @return the value of field 'Dnasq'.
  62      */
  63     public java.lang.String getDnasq(
  64     ) {
  65         return this._dnasq;
  66     }
  67
  68     /**
  69      * Returns the value of field 'mapping'. The field 'mapping'
  70      * has the following description: a Mapping entry and an
  71      * associated protein sequence
  72      *
  73      *
  74      * @return the value of field 'Mapping'.
  75      */
  76     public jalview.schemabinding.version2.Mapping getMapping(
  77     ) {
  78         return this._mapping;
  79     }
  80
  81     /**
  82      * Method isValid.
  83      *
  84      * @return true if this object is valid according to the schema
  85      */
  86     public boolean isValid(
  87     ) {
  88         try {
  89             validate();
  90         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
  91             return false;
  92         }
  93         return true;
  94     }
  95
  96     /**
  97      *
  98      *
  99      * @param out
 100      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 101      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 102      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 103      * object is an invalid instance according to the schema
 104      */
 105     public void marshal(
 106             final java.io.Writer out)
 107     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 108         Marshaller.marshal(this, out);
 109     }
 110
 111     /**
 112      *
 113      *
 114      * @param handler
 115      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 116      * marshaling
 117      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 118      * object is an invalid instance according to the schema
 119      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 120      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 121      */
 122     public void marshal(
 123             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 124     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 125         Marshaller.marshal(this, handler);
 126     }
 127
 128     /**
 129      * Sets the value of field 'dnasq'. The field 'dnasq' has the
 130      * following description: internal jalview id for the dnasq for
 131      * this mapping.
 132      *
 133      *
 134      * @param dnasq the value of field 'dnasq'.
 135      */
 136     public void setDnasq(
 137             final java.lang.String dnasq) {
 138         this._dnasq = dnasq;
 139     }
 140
 141     /**
 142      * Sets the value of field 'mapping'. The field 'mapping' has
 143      * the following description: a Mapping entry and an associated
 144      * protein sequence
 145      *
 146      *
 147      * @param mapping the value of field 'mapping'.
 148      */
 149     public void setMapping(
 150             final jalview.schemabinding.version2.Mapping mapping) {
 151         this._mapping = mapping;
 152     }
 153
 154     /**
 155      * Method unmarshal.
 156      *
 157      * @param reader
 158      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 159      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 160      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 161      * object is an invalid instance according to the schema
 162      * @return the unmarshaled
 163      * jalview.schemabinding.version2.AlcodMap
 164      */
 165     public static jalview.schemabinding.version2.AlcodMap unmarshal(
 166             final java.io.Reader reader)
 167     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 168         return (jalview.schemabinding.version2.AlcodMap) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.AlcodMap.class, reader);
 169     }
 170
 171     /**
 172      *
 173      *
 174      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 175      * object is an invalid instance according to the schema
 176      */
 177     public void validate(
 178     )
 179     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 180         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 181         validator.validate(this);
 182     }
 183
 184 }