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[jalview.git] / AlcodMap.java
1 /*
2  * This class was automatically generated with 
3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
4  * Schema.
5  * $Id$
6  */
7
8 package jalview.schemabinding.version2;
9
10   //---------------------------------/
11  //- Imported classes and packages -/
12 //---------------------------------/
13
14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
16
17 /**
18  * Class AlcodMap.
19  * 
20  * @version $Revision$ $Date$
21  */
22 public class AlcodMap implements java.io.Serializable {
23
24
25       //--------------------------/
26      //- Class/Member Variables -/
27     //--------------------------/
28
29     /**
30      * internal jalview id for the dnasq for this mapping.
31      *  
32      */
33     private java.lang.String _dnasq;
34
35     /**
36      * a Mapping entry and an associated protein sequence
37      *  
38      */
39     private jalview.schemabinding.version2.Mapping _mapping;
40
41
42       //----------------/
43      //- Constructors -/
44     //----------------/
45
46     public AlcodMap() {
47         super();
48     }
49
50
51       //-----------/
52      //- Methods -/
53     //-----------/
54
55     /**
56      * Returns the value of field 'dnasq'. The field 'dnasq' has
57      * the following description: internal jalview id for the dnasq
58      * for this mapping.
59      *  
60      * 
61      * @return the value of field 'Dnasq'.
62      */
63     public java.lang.String getDnasq(
64     ) {
65         return this._dnasq;
66     }
67
68     /**
69      * Returns the value of field 'mapping'. The field 'mapping'
70      * has the following description: a Mapping entry and an
71      * associated protein sequence
72      *  
73      * 
74      * @return the value of field 'Mapping'.
75      */
76     public jalview.schemabinding.version2.Mapping getMapping(
77     ) {
78         return this._mapping;
79     }
80
81     /**
82      * Method isValid.
83      * 
84      * @return true if this object is valid according to the schema
85      */
86     public boolean isValid(
87     ) {
88         try {
89             validate();
90         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
91             return false;
92         }
93         return true;
94     }
95
96     /**
97      * 
98      * 
99      * @param out
100      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
101      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
102      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
103      * object is an invalid instance according to the schema
104      */
105     public void marshal(
106             final java.io.Writer out)
107     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
108         Marshaller.marshal(this, out);
109     }
110
111     /**
112      * 
113      * 
114      * @param handler
115      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
116      * marshaling
117      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
118      * object is an invalid instance according to the schema
119      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
120      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
121      */
122     public void marshal(
123             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
124     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
125         Marshaller.marshal(this, handler);
126     }
127
128     /**
129      * Sets the value of field 'dnasq'. The field 'dnasq' has the
130      * following description: internal jalview id for the dnasq for
131      * this mapping.
132      *  
133      * 
134      * @param dnasq the value of field 'dnasq'.
135      */
136     public void setDnasq(
137             final java.lang.String dnasq) {
138         this._dnasq = dnasq;
139     }
140
141     /**
142      * Sets the value of field 'mapping'. The field 'mapping' has
143      * the following description: a Mapping entry and an associated
144      * protein sequence
145      *  
146      * 
147      * @param mapping the value of field 'mapping'.
148      */
149     public void setMapping(
150             final jalview.schemabinding.version2.Mapping mapping) {
151         this._mapping = mapping;
152     }
153
154     /**
155      * Method unmarshal.
156      * 
157      * @param reader
158      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
159      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
160      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
161      * object is an invalid instance according to the schema
162      * @return the unmarshaled
163      * jalview.schemabinding.version2.AlcodMap
164      */
165     public static jalview.schemabinding.version2.AlcodMap unmarshal(
166             final java.io.Reader reader)
167     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
168         return (jalview.schemabinding.version2.AlcodMap) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.AlcodMap.class, reader);
169     }
170
171     /**
172      * 
173      * 
174      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
175      * object is an invalid instance according to the schema
176      */
177     public void validate(
178     )
179     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
180         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
181         validator.validate(this);
182     }
183
184 }