AlignCalcWorker.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcWorkerI"], "jalview.workers.AlignCalcWorker", null, function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.alignViewport = null;
   5 this.calcMan = null;
   6 this.ap = null;
   7 this.ourAnnots = null;
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);
   9 }, jalview.workers, "AlignCalcWorker", null, jalview.api.AlignCalcWorkerI);
  10 Clazz.makeConstructor (c$,
  11 function (alignViewport, alignPanel) {
  12 this.alignViewport = alignViewport;
  13 this.calcMan = alignViewport.getCalcManager ();
  14 this.ap = alignPanel;
  15 }, "jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignmentViewPanel");
  16 Clazz.defineMethod (c$, "abortAndDestroy",
  17 function () {
  18 if (this.calcMan != null) {
  19 this.calcMan.workerComplete (this);
  20 }this.alignViewport = null;
  21 this.calcMan = null;
  22 this.ap = null;
  23 });
  24 Clazz.overrideMethod (c$, "involves",
  25 function (i) {
  26 return this.ourAnnots != null && this.ourAnnots.contains (i);
  27 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
  28 Clazz.overrideMethod (c$, "removeOurAnnotation",
  29 function () {
  30 if (this.ourAnnots != null && this.alignViewport != null) {
  31 var alignment = this.alignViewport.getAlignment ();
  32 {
  33 for (var aa, $aa = this.ourAnnots.iterator (); $aa.hasNext () && ((aa = $aa.next ()) || true);) {
  34 alignment.deleteAnnotation (aa, true);
  35 }
  36 }}});
  37 });