AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.api.AlignViewportI;
  31 import jalview.api.FeatureColourI;
  32 import jalview.bin.Cache;
  33 import jalview.bin.Jalview;
  34 import jalview.datamodel.Alignment;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  37 import jalview.datamodel.Sequence;
  38 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;
  41 import jalview.io.DataSourceType;
  42 import jalview.io.FileLoader;
  43 import jalview.project.Jalview2xmlTests;
  44 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  45 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  46 import jalview.schemes.FeatureColour;
  47 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  48 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  49 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  50 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  51 import jalview.util.MessageManager;
  52 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  53
  54 import java.awt.Color;
  55 import java.util.Iterator;
  56
  57 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  58 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  59 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  60 import org.testng.annotations.Test;
  61
  62 public class AlignFrameTest
  63 {
  64   AlignFrame af;
  65
  66   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  67   public void setUpJvOptionPane()
  68   {
  69     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  70     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  71   }
  72
  73   @Test(groups = "Functional")
  74   public void testHideFeatureColumns()
  75   {
  76     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
  77     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
  78     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5, 0f, null));
  79     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10, 10f,
  80             null));
  81     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
  82             Float.NaN, null));
  83     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
  84             Float.NaN, null));
  85     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  86     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  87             al.getHeight());
  88
  89     /*
  90      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
  91      */
  92     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  93
  94     /*
  95      * hiding a feature not present does nothing
  96      */
  97     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
  98     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  99
 100     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 101             .getNumberOfRegions(), 0);
 102
 103     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
 104     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 105
 106     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 107             .getNumberOfRegions(), 0);
 108
 109     /*
 110      * hiding a feature in all columns does nothing
 111      */
 112     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 113     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 114
 115     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 116             .getNumberOfRegions(), 0);
 117
 118
 119     /*
 120      * threshold Metal to hide features where score < 5
 121      * seq1 feature in columns 1-5 is hidden
 122      * seq2 feature in columns 6-10 is shown
 123      */
 124     FeatureColourI fc = new FeatureColour(null, Color.red, Color.blue, null,
 125             0f, 10f);
 126     fc.setAboveThreshold(true);
 127     fc.setThreshold(5f);
 128     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour("Metal", fc);
 129     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 130     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 131     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 132     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 133     int[] next = regions.next();
 134     assertEquals(next[0], 5);
 135     assertEquals(next[1], 9);
 136
 137     /*
 138      * hide a feature present in some columns
 139      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 140      * [1-3], [6-8] base zero
 141      */
 142     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 143     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 144     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 145             .getHiddenColumns().iterator();
 146     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 147             .getNumberOfRegions(), 2);
 148     next = regions.next();
 149     assertEquals(next[0], 1);
 150     assertEquals(next[1], 3);
 151     next = regions.next();
 152     assertEquals(next[0], 6);
 153     assertEquals(next[1], 8);
 154   }
 155
 156   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 157   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 158   {
 159     /*
 160      * use read-only test properties file
 161      */
 162     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 163     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
 164   }
 165
 166   @AfterMethod(alwaysRun = true)
 167   public void tearDown()
 168   {
 169     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 170   }
 171
 172   /**
 173    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
 174    * for colour Above PID testing
 175    */
 176   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 177   public void setUp()
 178   {
 179     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 180     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
 181             Boolean.TRUE.toString());
 182     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
 183             DataSourceType.FILE);
 184
 185     /*
 186      * wait for Consensus thread to complete
 187      */
 188     synchronized (this)
 189     {
 190       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 191       {
 192         try
 193         {
 194           wait(50);
 195         } catch (InterruptedException e)
 196         {
 197         }
 198       }
 199     }
 200   }
 201
 202   /**
 203    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 204    * <ul>
 205    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 206    * colours</li>
 207    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 208    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 209    * Conservation)</li>
 210    * </ul>
 211    */
 212   @Test(groups = "Functional")
 213   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 214   {
 215     AlignViewportI av = af.getViewport();
 216     AlignmentI al = av.getAlignment();
 217
 218     /*
 219      * Colour alignment by Buried Index
 220      */
 221     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 222     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 223     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 224     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 225     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 226
 227     /*
 228      * Apply Conservation 20%
 229      */
 230     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 231     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 232     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 233             "label.conservation_colour_increment",
 234             new String[] { "Background" }));
 235     assertTrue(sp.isForConservation());
 236     sp.valueChanged(20);
 237     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 238     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 239
 240     /*
 241      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 242      */
 243     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 244     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 245     assertFalse(sp.isForConservation());
 246     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 247             "label.percentage_identity_threshold",
 248             new String[] { "Background" }));
 249     sp.valueChanged(10);
 250     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 251     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 252     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 253
 254     /*
 255      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 256      * and 40% PID threshold
 257      */
 258     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 259     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 260     sg.setStartRes(15);
 261     sg.setEndRes(25);
 262     av.setSelectionGroup(sg);
 263
 264     /*
 265      * apply 30% Conservation to group
 266      */
 267     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 268     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 269             .toString());
 270     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 271     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 272     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 273     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 274     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 275     assertTrue(sp.isForConservation());
 276     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 277             "label.conservation_colour_increment",
 278             new String[] { sg.getName() }));
 279     sp.valueChanged(30);
 280     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 281     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 282
 283     /*
 284      * apply 40% PID threshold to group
 285      */
 286     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 287     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 288     assertFalse(sp.isForConservation());
 289     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 290             "label.percentage_identity_threshold",
 291             new String[] { sg.getName() }));
 292     sp.valueChanged(40);
 293     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 294     // conservation threshold is unchanged:
 295     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 296     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 297
 298     /*
 299      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 300      * should be unaffected
 301      */
 302     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 303     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 304     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 305     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 306     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 307     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 308     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 309     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 310     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 311
 312     /*
 313      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 314      * - group colour should change, but not colour thresholds
 315      */
 316     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 317     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 318     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 319     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 320     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 321     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 322     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 323     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 324     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 325     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 326   }
 327
 328   /**
 329    * Test residue colouring with various options
 330    * <ol>
 331    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 332    * <li>colour by Conservation applied</li>
 333    * <li>colour by Conservation removed</li>
 334    * <li>colour above PID - various values</li>
 335    * <li>colour above PID removed</li>
 336    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 337    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 338    * <li>re-add Above PID</li>
 339    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 340    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 341    * </ol>
 342    */
 343   @Test(groups = "Functional")
 344   public void testColourThresholdActions()
 345   {
 346     AlignViewportI av = af.getViewport();
 347     AlignmentI al = av.getAlignment();
 348
 349     /*
 350      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 351      */
 352     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 353     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 354     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 355     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 356     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 357
 358     /*
 359      * inspect the colour of
 360      * FER_CAPAN.9(I), column 14 (14 base 0)
 361      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 362      */
 363     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 364     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 365     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 366     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 367     assertEquals(c, i_original);
 368     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 369     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 370     assertEquals(c, s_original);
 371
 372     /*
 373      * colour by conservation with increment 10
 374      */
 375     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 376     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 377     assertTrue(sp.isForConservation());
 378     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 379     sp.valueChanged(10);
 380     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 381     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 382     Color i_faded = new Color(196, 186, 196);
 383     assertEquals(c, i_faded);
 384     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 385     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 386     assertEquals(c, s_faded);
 387
 388     /*
 389      * deselect By Conservation - colour should revert
 390      */
 391     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 392     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 393     assertEquals(c, s_original);
 394
 395     /*
 396      * now Above PID, threshold = 0%
 397      * should be no change
 398      */
 399     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 400     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 401     assertFalse(sp.isForConservation());
 402     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 403     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 404     assertEquals(c, i_original);
 405     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 406     assertEquals(c, s_original);
 407
 408     /*
 409      * Above PID, threshold = 1%
 410      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 411      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 412      */
 413     sp.valueChanged(1);
 414     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 415     assertEquals(c, Color.white);
 416     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 417     assertEquals(c, s_original);
 418
 419     /*
 420      * threshold 66% - no further change yet...
 421      */
 422     sp.valueChanged(66);
 423     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 424     assertEquals(c, Color.white);
 425     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 426     assertEquals(c, s_original);
 427
 428     /*
 429      * threshold 67% - now both residues are white
 430      */
 431     sp.valueChanged(67);
 432     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 433     assertEquals(c, Color.white);
 434     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 435     assertEquals(c, Color.white);
 436
 437     /*
 438      * deselect Above PID - colours should revert
 439      */
 440     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 441     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 442     assertEquals(c, i_original);
 443     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 444     assertEquals(c, s_original);
 445
 446     /*
 447      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 448      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 449      * 16.S is coloured but faded
 450      */
 451     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 452     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 453     assertFalse(sp.isForConservation());
 454     sp.valueChanged(50);
 455     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 456     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 457     assertTrue(sp.isForConservation());
 458     sp.valueChanged(10);
 459     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 460     assertEquals(c, Color.white);
 461     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 462     assertEquals(c, s_faded);
 463
 464     /*
 465      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 466      */
 467     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 468     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 469     assertEquals(c, i_faded);
 470     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 471     assertEquals(c, s_faded);
 472
 473     /*
 474      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 475      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 476      */
 477     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 478     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 479     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 480     assertEquals(c, Color.white);
 481     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 482     assertEquals(c, s_faded);
 483
 484     /*
 485      * turn off By Conservation
 486      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 487      */
 488     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 489     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 490     assertEquals(c, Color.white);
 491     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 492     assertEquals(c, s_original);
 493
 494     /*
 495      * finally turn off Above PID to leave original colours
 496      */
 497     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 498     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 499     assertEquals(c, i_original);
 500     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 501     assertEquals(c, s_original);
 502   }
 503
 504   /**
 505    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 506    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 507    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 508    * project save and reload.
 509    *
 510    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 511    */
 512   @Test(groups = "Functional")
 513   public void testNewView_colourThresholds()
 514   {
 515     AlignViewportI av = af.getViewport();
 516     AlignmentI al = av.getAlignment();
 517
 518     /*
 519      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 520      */
 521     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 522     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 523     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 524     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 525     assertFalse(sp.isForConservation());
 526     sp.valueChanged(10);
 527     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 528     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 529     assertTrue(sp.isForConservation());
 530     sp.valueChanged(20);
 531     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 532     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 533     assertTrue(rs.conservationApplied());
 534     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 535
 536     /*
 537      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 538      * and 40% PID threshold
 539      */
 540     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 541     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 542     sg.setStartRes(15);
 543     sg.setEndRes(25);
 544     av.setSelectionGroup(sg);
 545     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 546     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 547             .toString());
 548     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 549     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 550     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 551     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 552     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 553     assertTrue(sp.isForConservation());
 554     sp.valueChanged(30);
 555     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 556     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 557     assertFalse(sp.isForConservation());
 558     sp.valueChanged(40);
 559     rs = sg.getGroupColourScheme();
 560     assertTrue(rs.conservationApplied());
 561     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 562     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 563
 564     /*
 565      * set slider panel focus to the background alignment
 566      */
 567     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 568     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 569     assertTrue(sp.isForConservation());
 570     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 571             "label.conservation_colour_increment",
 572             new String[] { "Background" }));
 573
 574     /*
 575      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 576      */
 577     af.newView_actionPerformed(null);
 578     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 579     AlignmentViewport av2 = af.getViewport();
 580     assertNotSame(av, av2);
 581     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 582     rs = av2.getResidueShading();
 583     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 584     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 585     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 586     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 587     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 588     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 589     rs = sg.getGroupColourScheme();
 590     assertTrue(rs.conservationApplied());
 591     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 592     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 593
 594     /*
 595      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 596      * and updates the new view (JAL-2385)
 597      */
 598     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 599     assertTrue(sp.isForConservation());
 600     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 601             "label.conservation_colour_increment",
 602             new String[] { "View 1" }));
 603     sp.valueChanged(22);
 604     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 605   }
 606
 607   /**
 608    * Verify that making a New View preserves the dataset reference for the
 609    * alignment. Otherwise, see a 'duplicate jar entry' reference when trying to
 610    * save alignments with multiple views, and codon mappings will not be shared
 611    * across all panels in a split frame.
 612    *
 613    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 614    */
 615   @Test(groups = "Functional")
 616   public void testNewView_dsRefPreserved()
 617   {
 618     AlignViewport av = af.getViewport();
 619     AlignmentI al = av.getAlignment();
 620     AlignmentI original_ds = al.getDataset();
 621     af.newView_actionPerformed(null);
 622     assertNotEquals("New view didn't select the a new panel", av,
 623             af.getViewport());
 624     org.testng.Assert.assertEquals(original_ds,
 625             af.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 626             "Dataset was not preserved in new view");
 627   }
 628 }