AlignmentUtils.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.Arrays;
  25 import java.util.Collection;
  26 import java.util.HashMap;
  27 import java.util.HashSet;
  28 import java.util.Iterator;
  29 import java.util.LinkedHashMap;
  30 import java.util.LinkedHashSet;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33 import java.util.Map.Entry;
  34 import java.util.Set;
  35 import java.util.TreeMap;
  36
  37 import jalview.datamodel.AlignedCodon;
  38 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  39 import jalview.datamodel.Alignment;
  40 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  41 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  42 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  43 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  44 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  45 import jalview.datamodel.Mapping;
  46 import jalview.datamodel.SearchResults;
  47 import jalview.datamodel.Sequence;
  48 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  49 import jalview.datamodel.SequenceI;
  50 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  51 import jalview.util.DBRefUtils;
  52 import jalview.util.MapList;
  53 import jalview.util.MappingUtils;
  54
  55 /**
  56  * grab bag of useful alignment manipulation operations Expect these to be
  57  * refactored elsewhere at some point.
  58  *
  59  * @author jimp
  60  *
  61  */
  62 public class AlignmentUtils
  63 {
  64
  65   /**
  66    * given an existing alignment, create a new alignment including all, or up to
  67    * flankSize additional symbols from each sequence's dataset sequence
  68    *
  69    * @param core
  70    * @param flankSize
  71    * @return AlignmentI
  72    */
  73   public static AlignmentI expandContext(AlignmentI core, int flankSize)
  74   {
  75     List<SequenceI> sq = new ArrayList<SequenceI>();
  76     int maxoffset = 0;
  77     for (SequenceI s : core.getSequences())
  78     {
  79       SequenceI newSeq = s.deriveSequence();
  80       final int newSeqStart = newSeq.getStart() - 1;
  81       if (newSeqStart > maxoffset
  82               && newSeq.getDatasetSequence().getStart() < s.getStart())
  83       {
  84         maxoffset = newSeqStart;
  85       }
  86       sq.add(newSeq);
  87     }
  88     if (flankSize > -1)
  89     {
  90       maxoffset = Math.min(maxoffset, flankSize);
  91     }
  92
  93     /*
  94      * now add offset left and right to create an expanded alignment
  95      */
  96     for (SequenceI s : sq)
  97     {
  98       SequenceI ds = s;
  99       while (ds.getDatasetSequence() != null)
 100       {
 101         ds = ds.getDatasetSequence();
 102       }
 103       int s_end = s.findPosition(s.getStart() + s.getLength());
 104       // find available flanking residues for sequence
 105       int ustream_ds = s.getStart() - ds.getStart();
 106       int dstream_ds = ds.getEnd() - s_end;
 107
 108       // build new flanked sequence
 109
 110       // compute gap padding to start of flanking sequence
 111       int offset = maxoffset - ustream_ds;
 112
 113       // padding is gapChar x ( maxoffset - min(ustream_ds, flank)
 114       if (flankSize >= 0)
 115       {
 116         if (flankSize < ustream_ds)
 117         {
 118           // take up to flankSize residues
 119           offset = maxoffset - flankSize;
 120           ustream_ds = flankSize;
 121         }
 122         if (flankSize <= dstream_ds)
 123         {
 124           dstream_ds = flankSize - 1;
 125         }
 126       }
 127       // TODO use Character.toLowerCase to avoid creating String objects?
 128       char[] upstream = new String(ds.getSequence(s.getStart() - 1
 129               - ustream_ds, s.getStart() - 1)).toLowerCase().toCharArray();
 130       char[] downstream = new String(ds.getSequence(s_end - 1, s_end
 131               + dstream_ds)).toLowerCase().toCharArray();
 132       char[] coreseq = s.getSequence();
 133       char[] nseq = new char[offset + upstream.length + downstream.length
 134               + coreseq.length];
 135       char c = core.getGapCharacter();
 136
 137       int p = 0;
 138       for (; p < offset; p++)
 139       {
 140         nseq[p] = c;
 141       }
 142
 143       System.arraycopy(upstream, 0, nseq, p, upstream.length);
 144       System.arraycopy(coreseq, 0, nseq, p + upstream.length,
 145               coreseq.length);
 146       System.arraycopy(downstream, 0, nseq, p + coreseq.length
 147               + upstream.length, downstream.length);
 148       s.setSequence(new String(nseq));
 149       s.setStart(s.getStart() - ustream_ds);
 150       s.setEnd(s_end + downstream.length);
 151     }
 152     AlignmentI newAl = new jalview.datamodel.Alignment(
 153             sq.toArray(new SequenceI[0]));
 154     for (SequenceI s : sq)
 155     {
 156       if (s.getAnnotation() != null)
 157       {
 158         for (AlignmentAnnotation aa : s.getAnnotation())
 159         {
 160           aa.adjustForAlignment(); // JAL-1712 fix
 161           newAl.addAnnotation(aa);
 162         }
 163       }
 164     }
 165     newAl.setDataset(core.getDataset());
 166     return newAl;
 167   }
 168
 169   /**
 170    * Returns the index (zero-based position) of a sequence in an alignment, or
 171    * -1 if not found.
 172    *
 173    * @param al
 174    * @param seq
 175    * @return
 176    */
 177   public static int getSequenceIndex(AlignmentI al, SequenceI seq)
 178   {
 179     int result = -1;
 180     int pos = 0;
 181     for (SequenceI alSeq : al.getSequences())
 182     {
 183       if (alSeq == seq)
 184       {
 185         result = pos;
 186         break;
 187       }
 188       pos++;
 189     }
 190     return result;
 191   }
 192
 193   /**
 194    * Returns a map of lists of sequences in the alignment, keyed by sequence
 195    * name. For use in mapping between different alignment views of the same
 196    * sequences.
 197    *
 198    * @see jalview.datamodel.AlignmentI#getSequencesByName()
 199    */
 200   public static Map<String, List<SequenceI>> getSequencesByName(
 201           AlignmentI al)
 202   {
 203     Map<String, List<SequenceI>> theMap = new LinkedHashMap<String, List<SequenceI>>();
 204     for (SequenceI seq : al.getSequences())
 205     {
 206       String name = seq.getName();
 207       if (name != null)
 208       {
 209         List<SequenceI> seqs = theMap.get(name);
 210         if (seqs == null)
 211         {
 212           seqs = new ArrayList<SequenceI>();
 213           theMap.put(name, seqs);
 214         }
 215         seqs.add(seq);
 216       }
 217     }
 218     return theMap;
 219   }
 220
 221   /**
 222    * Build mapping of protein to cDNA alignment. Mappings are made between
 223    * sequences where the cDNA translates to the protein sequence. Any new
 224    * mappings are added to the protein alignment. Returns true if any mappings
 225    * either already exist or were added, else false.
 226    *
 227    * @param proteinAlignment
 228    * @param cdnaAlignment
 229    * @return
 230    */
 231   public static boolean mapProteinToCdna(
 232           final AlignmentI proteinAlignment,
 233           final AlignmentI cdnaAlignment)
 234   {
 235     if (proteinAlignment == null || cdnaAlignment == null)
 236     {
 237       return false;
 238     }
 239
 240     Set<SequenceI> mappedDna = new HashSet<SequenceI>();
 241     Set<SequenceI> mappedProtein = new HashSet<SequenceI>();
 242
 243     /*
 244      * First pass - map sequences where cross-references exist. This include
 245      * 1-to-many mappings to support, for example, variant cDNA.
 246      */
 247     boolean mappingPerformed = mapProteinToCdna(proteinAlignment,
 248             cdnaAlignment, mappedDna, mappedProtein, true);
 249
 250     /*
 251      * Second pass - map sequences where no cross-references exist. This only
 252      * does 1-to-1 mappings and assumes corresponding sequences are in the same
 253      * order in the alignments.
 254      */
 255     mappingPerformed |= mapProteinToCdna(proteinAlignment, cdnaAlignment,
 256             mappedDna, mappedProtein, false);
 257     return mappingPerformed;
 258   }
 259
 260   /**
 261    * Make mappings between compatible sequences (where the cDNA translation
 262    * matches the protein).
 263    *
 264    * @param proteinAlignment
 265    * @param cdnaAlignment
 266    * @param mappedDna
 267    *          a set of mapped DNA sequences (to add to)
 268    * @param mappedProtein
 269    *          a set of mapped Protein sequences (to add to)
 270    * @param xrefsOnly
 271    *          if true, only map sequences where xrefs exist
 272    * @return
 273    */
 274   protected static boolean mapProteinToCdna(
 275           final AlignmentI proteinAlignment,
 276           final AlignmentI cdnaAlignment, Set<SequenceI> mappedDna,
 277           Set<SequenceI> mappedProtein, boolean xrefsOnly)
 278   {
 279     boolean mappingPerformed = false;
 280     List<SequenceI> thisSeqs = proteinAlignment.getSequences();
 281     for (SequenceI aaSeq : thisSeqs)
 282     {
 283       boolean proteinMapped = false;
 284       AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 285
 286       for (SequenceI cdnaSeq : cdnaAlignment.getSequences())
 287       {
 288         /*
 289          * Always try to map if sequences have xref to each other; this supports
 290          * variant cDNA or alternative splicing for a protein sequence.
 291          *
 292          * If no xrefs, try to map progressively, assuming that alignments have
 293          * mappable sequences in corresponding order. These are not
 294          * many-to-many, as that would risk mixing species with similar cDNA
 295          * sequences.
 296          */
 297         if (xrefsOnly && !AlignmentUtils.haveCrossRef(aaSeq, cdnaSeq))
 298         {
 299           continue;
 300         }
 301
 302         /*
 303          * Don't map non-xrefd sequences more than once each. This heuristic
 304          * allows us to pair up similar sequences in ordered alignments.
 305          */
 306         if (!xrefsOnly
 307                 && (mappedProtein.contains(aaSeq) || mappedDna
 308                         .contains(cdnaSeq)))
 309         {
 310           continue;
 311         }
 312         if (!mappingExists(proteinAlignment.getCodonFrames(),
 313                 aaSeq.getDatasetSequence(), cdnaSeq.getDatasetSequence()))
 314         {
 315           MapList map = mapProteinToCdna(aaSeq, cdnaSeq);
 316           if (map != null)
 317           {
 318             acf.addMap(cdnaSeq, aaSeq, map);
 319             mappingPerformed = true;
 320             proteinMapped = true;
 321             mappedDna.add(cdnaSeq);
 322             mappedProtein.add(aaSeq);
 323           }
 324         }
 325       }
 326       if (proteinMapped)
 327       {
 328         proteinAlignment.addCodonFrame(acf);
 329       }
 330     }
 331     return mappingPerformed;
 332   }
 333
 334   /**
 335    * Answers true if the mappings include one between the given (dataset)
 336    * sequences.
 337    */
 338   public static boolean mappingExists(Set<AlignedCodonFrame> set,
 339           SequenceI aaSeq, SequenceI cdnaSeq)
 340   {
 341     if (set != null)
 342     {
 343       for (AlignedCodonFrame acf : set)
 344       {
 345         if (cdnaSeq == acf.getDnaForAaSeq(aaSeq))
 346         {
 347           return true;
 348         }
 349       }
 350     }
 351     return false;
 352   }
 353
 354   /**
 355    * Build a mapping (if possible) of a protein to a cDNA sequence. The cDNA
 356    * must be three times the length of the protein, possibly after ignoring
 357    * start and/or stop codons, and must translate to the protein. Returns null
 358    * if no mapping is determined.
 359    *
 360    * @param proteinSeqs
 361    * @param cdnaSeq
 362    * @return
 363    */
 364   public static MapList mapProteinToCdna(SequenceI proteinSeq,
 365           SequenceI cdnaSeq)
 366   {
 367     /*
 368      * Here we handle either dataset sequence set (desktop) or absent (applet).
 369      * Use only the char[] form of the sequence to avoid creating possibly large
 370      * String objects.
 371      */
 372     final SequenceI proteinDataset = proteinSeq.getDatasetSequence();
 373     char[] aaSeqChars = proteinDataset != null ? proteinDataset
 374             .getSequence() : proteinSeq.getSequence();
 375     final SequenceI cdnaDataset = cdnaSeq.getDatasetSequence();
 376     char[] cdnaSeqChars = cdnaDataset != null ? cdnaDataset.getSequence()
 377             : cdnaSeq.getSequence();
 378     if (aaSeqChars == null || cdnaSeqChars == null)
 379     {
 380       return null;
 381     }
 382
 383     /*
 384      * cdnaStart/End, proteinStartEnd are base 1 (for dataset sequence mapping)
 385      */
 386     final int mappedLength = 3 * aaSeqChars.length;
 387     int cdnaLength = cdnaSeqChars.length;
 388     int cdnaStart = 1;
 389     int cdnaEnd = cdnaLength;
 390     final int proteinStart = 1;
 391     final int proteinEnd = aaSeqChars.length;
 392
 393     /*
 394      * If lengths don't match, try ignoring stop codon.
 395      */
 396     if (cdnaLength != mappedLength && cdnaLength > 2)
 397     {
 398       String lastCodon = String.valueOf(cdnaSeqChars, cdnaLength - 3, 3)
 399               .toUpperCase();
 400       for (String stop : ResidueProperties.STOP)
 401       {
 402         if (lastCodon.equals(stop))
 403         {
 404           cdnaEnd -= 3;
 405           cdnaLength -= 3;
 406           break;
 407         }
 408       }
 409     }
 410
 411     /*
 412      * If lengths still don't match, try ignoring start codon.
 413      */
 414     if (cdnaLength != mappedLength
 415             && cdnaLength > 2
 416             && String.valueOf(cdnaSeqChars, 0, 3).toUpperCase()
 417                     .equals(
 418                     ResidueProperties.START))
 419     {
 420       cdnaStart += 3;
 421       cdnaLength -= 3;
 422     }
 423
 424     if (cdnaLength != mappedLength)
 425     {
 426       return null;
 427     }
 428     if (!translatesAs(cdnaSeqChars, cdnaStart - 1, aaSeqChars))
 429     {
 430       return null;
 431     }
 432     MapList map = new MapList(new int[]
 433     { cdnaStart, cdnaEnd }, new int[]
 434     { proteinStart, proteinEnd }, 3, 1);
 435     return map;
 436   }
 437
 438   /**
 439    * Test whether the given cdna sequence, starting at the given offset,
 440    * translates to the given amino acid sequence, using the standard translation
 441    * table. Designed to fail fast i.e. as soon as a mismatch position is found.
 442    *
 443    * @param cdnaSeqChars
 444    * @param cdnaStart
 445    * @param aaSeqChars
 446    * @return
 447    */
 448   protected static boolean translatesAs(char[] cdnaSeqChars, int cdnaStart,
 449           char[] aaSeqChars)
 450   {
 451     int aaResidue = 0;
 452     for (int i = cdnaStart; i < cdnaSeqChars.length - 2
 453             && aaResidue < aaSeqChars.length; i += 3, aaResidue++)
 454     {
 455       String codon = String.valueOf(cdnaSeqChars, i, 3);
 456       final String translated = ResidueProperties.codonTranslate(
 457               codon);
 458       /*
 459        * ? allow X in protein to match untranslatable in dna ?
 460        */
 461       final char aaRes = aaSeqChars[aaResidue];
 462       if ((translated == null || "STOP".equals(translated)) && aaRes == 'X')
 463       {
 464         continue;
 465       }
 466       if (translated == null
 467               || !(aaRes == translated.charAt(0)))
 468       {
 469         // debug
 470         // System.out.println(("Mismatch at " + i + "/" + aaResidue + ": "
 471         // + codon + "(" + translated + ") != " + aaRes));
 472         return false;
 473       }
 474     }
 475     // fail if we didn't match all of the aa sequence
 476     return (aaResidue == aaSeqChars.length);
 477   }
 478
 479   /**
 480    * Align sequence 'seq' to match the alignment of a mapped sequence. Note this
 481    * currently assumes that we are aligning cDNA to match protein.
 482    *
 483    * @param seq
 484    *          the sequence to be realigned
 485    * @param al
 486    *          the alignment whose sequence alignment is to be 'copied'
 487    * @param gap
 488    *          character string represent a gap in the realigned sequence
 489    * @param preserveUnmappedGaps
 490    * @param preserveMappedGaps
 491    * @return true if the sequence was realigned, false if it could not be
 492    */
 493   public static boolean alignSequenceAs(SequenceI seq, AlignmentI al,
 494           String gap, boolean preserveMappedGaps,
 495           boolean preserveUnmappedGaps)
 496   {
 497     /*
 498      * Get any mappings from the source alignment to the target (dataset) sequence.
 499      */
 500     // TODO there may be one AlignedCodonFrame per dataset sequence, or one with
 501     // all mappings. Would it help to constrain this?
 502     List<AlignedCodonFrame> mappings = al.getCodonFrame(seq);
 503     if (mappings == null || mappings.isEmpty())
 504     {
 505       return false;
 506     }
 507
 508     /*
 509      * Locate the aligned source sequence whose dataset sequence is mapped. We
 510      * just take the first match here (as we can't align cDNA like more than one
 511      * protein sequence).
 512      */
 513     SequenceI alignFrom = null;
 514     AlignedCodonFrame mapping = null;
 515     for (AlignedCodonFrame mp : mappings)
 516     {
 517       alignFrom = mp.findAlignedSequence(seq.getDatasetSequence(), al);
 518       if (alignFrom != null)
 519       {
 520         mapping = mp;
 521         break;
 522       }
 523     }
 524
 525     if (alignFrom == null)
 526     {
 527       return false;
 528     }
 529     alignSequenceAs(seq, alignFrom, mapping, gap, al.getGapCharacter(),
 530             preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps);
 531     return true;
 532   }
 533
 534   /**
 535    * Align sequence 'alignTo' the same way as 'alignFrom', using the mapping to
 536    * match residues and codons. Flags control whether existing gaps in unmapped
 537    * (intron) and mapped (exon) regions are preserved or not. Gaps linking intro
 538    * and exon are only retained if both flags are set.
 539    *
 540    * @param alignTo
 541    * @param alignFrom
 542    * @param mapping
 543    * @param myGap
 544    * @param sourceGap
 545    * @param preserveUnmappedGaps
 546    * @param preserveMappedGaps
 547    */
 548   public static void alignSequenceAs(SequenceI alignTo,
 549           SequenceI alignFrom,
 550           AlignedCodonFrame mapping, String myGap, char sourceGap,
 551           boolean preserveMappedGaps, boolean preserveUnmappedGaps)
 552   {
 553     // TODO generalise to work for Protein-Protein, dna-dna, dna-protein
 554     final char[] thisSeq = alignTo.getSequence();
 555     final char[] thatAligned = alignFrom.getSequence();
 556     StringBuilder thisAligned = new StringBuilder(2 * thisSeq.length);
 557
 558     // aligned and dataset sequence positions, all base zero
 559     int thisSeqPos = 0;
 560     int sourceDsPos = 0;
 561
 562     int basesWritten = 0;
 563     char myGapChar = myGap.charAt(0);
 564     int ratio = myGap.length();
 565
 566     /*
 567      * Traverse the aligned protein sequence.
 568      */
 569     int sourceGapMappedLength = 0;
 570     boolean inExon = false;
 571     for (char sourceChar : thatAligned)
 572     {
 573       if (sourceChar == sourceGap)
 574       {
 575         sourceGapMappedLength += ratio;
 576         continue;
 577       }
 578
 579       /*
 580        * Found a residue. Locate its mapped codon (start) position.
 581        */
 582       sourceDsPos++;
 583       // Note mapping positions are base 1, our sequence positions base 0
 584       int[] mappedPos = mapping.getMappedRegion(alignTo, alignFrom,
 585               sourceDsPos);
 586       if (mappedPos == null)
 587       {
 588         /*
 589          * Abort realignment if unmapped protein. Or could ignore it??
 590          */
 591         System.err.println("Can't align: no codon mapping to residue "
 592                 + sourceDsPos + "(" + sourceChar + ")");
 593         return;
 594       }
 595
 596       int mappedCodonStart = mappedPos[0]; // position (1...) of codon start
 597       int mappedCodonEnd = mappedPos[mappedPos.length - 1]; // codon end pos
 598       StringBuilder trailingCopiedGap = new StringBuilder();
 599
 600       /*
 601        * Copy dna sequence up to and including this codon. Optionally, include
 602        * gaps before the codon starts (in introns) and/or after the codon starts
 603        * (in exons).
 604        *
 605        * Note this only works for 'linear' splicing, not reverse or interleaved.
 606        * But then 'align dna as protein' doesn't make much sense otherwise.
 607        */
 608       int intronLength = 0;
 609       while (basesWritten < mappedCodonEnd && thisSeqPos < thisSeq.length)
 610       {
 611         final char c = thisSeq[thisSeqPos++];
 612         if (c != myGapChar)
 613         {
 614           basesWritten++;
 615
 616           if (basesWritten < mappedCodonStart)
 617           {
 618             /*
 619              * Found an unmapped (intron) base. First add in any preceding gaps
 620              * (if wanted).
 621              */
 622             if (preserveUnmappedGaps && trailingCopiedGap.length() > 0)
 623             {
 624               thisAligned.append(trailingCopiedGap.toString());
 625               intronLength += trailingCopiedGap.length();
 626               trailingCopiedGap = new StringBuilder();
 627             }
 628             intronLength++;
 629             inExon = false;
 630           }
 631           else
 632           {
 633             final boolean startOfCodon = basesWritten == mappedCodonStart;
 634             int gapsToAdd = calculateGapsToInsert(preserveMappedGaps,
 635                     preserveUnmappedGaps, sourceGapMappedLength, inExon,
 636                     trailingCopiedGap.length(), intronLength, startOfCodon);
 637             for (int i = 0; i < gapsToAdd; i++)
 638             {
 639               thisAligned.append(myGapChar);
 640             }
 641             sourceGapMappedLength = 0;
 642             inExon = true;
 643           }
 644           thisAligned.append(c);
 645           trailingCopiedGap = new StringBuilder();
 646         }
 647         else
 648         {
 649           if (inExon && preserveMappedGaps)
 650           {
 651             trailingCopiedGap.append(myGapChar);
 652           }
 653           else if (!inExon && preserveUnmappedGaps)
 654           {
 655             trailingCopiedGap.append(myGapChar);
 656           }
 657         }
 658       }
 659     }
 660
 661     /*
 662      * At end of protein sequence. Copy any remaining dna sequence, optionally
 663      * including (intron) gaps. We do not copy trailing gaps in protein.
 664      */
 665     while (thisSeqPos < thisSeq.length)
 666     {
 667       final char c = thisSeq[thisSeqPos++];
 668       if (c != myGapChar || preserveUnmappedGaps)
 669       {
 670         thisAligned.append(c);
 671       }
 672     }
 673
 674     /*
 675      * All done aligning, set the aligned sequence.
 676      */
 677     alignTo.setSequence(new String(thisAligned));
 678   }
 679
 680   /**
 681    * Helper method to work out how many gaps to insert when realigning.
 682    *
 683    * @param preserveMappedGaps
 684    * @param preserveUnmappedGaps
 685    * @param sourceGapMappedLength
 686    * @param inExon
 687    * @param trailingCopiedGap
 688    * @param intronLength
 689    * @param startOfCodon
 690    * @return
 691    */
 692   protected static int calculateGapsToInsert(boolean preserveMappedGaps,
 693           boolean preserveUnmappedGaps, int sourceGapMappedLength,
 694           boolean inExon, int trailingGapLength,
 695           int intronLength, final boolean startOfCodon)
 696   {
 697     int gapsToAdd = 0;
 698     if (startOfCodon)
 699     {
 700       /*
 701        * Reached start of codon. Ignore trailing gaps in intron unless we are
 702        * preserving gaps in both exon and intron. Ignore them anyway if the
 703        * protein alignment introduces a gap at least as large as the intronic
 704        * region.
 705        */
 706       if (inExon && !preserveMappedGaps)
 707       {
 708         trailingGapLength = 0;
 709       }
 710       if (!inExon && !(preserveMappedGaps && preserveUnmappedGaps))
 711       {
 712         trailingGapLength = 0;
 713       }
 714       if (inExon)
 715       {
 716         gapsToAdd = Math.max(sourceGapMappedLength, trailingGapLength);
 717       }
 718       else
 719       {
 720         if (intronLength + trailingGapLength <= sourceGapMappedLength)
 721         {
 722           gapsToAdd = sourceGapMappedLength - intronLength;
 723         }
 724         else
 725         {
 726           gapsToAdd = Math.min(intronLength + trailingGapLength
 727                   - sourceGapMappedLength, trailingGapLength);
 728         }
 729       }
 730     }
 731     else
 732     {
 733       /*
 734        * second or third base of codon; check for any gaps in dna
 735        */
 736       if (!preserveMappedGaps)
 737       {
 738         trailingGapLength = 0;
 739       }
 740       gapsToAdd = Math.max(sourceGapMappedLength, trailingGapLength);
 741     }
 742     return gapsToAdd;
 743   }
 744
 745   /**
 746    * Returns a list of sequences mapped from the given sequences and aligned
 747    * (gapped) in the same way. For example, the cDNA for aligned protein, where
 748    * a single gap in protein generates three gaps in cDNA.
 749    *
 750    * @param sequences
 751    * @param gapCharacter
 752    * @param mappings
 753    * @return
 754    */
 755   public static List<SequenceI> getAlignedTranslation(
 756           List<SequenceI> sequences, char gapCharacter,
 757           Set<AlignedCodonFrame> mappings)
 758   {
 759     List<SequenceI> alignedSeqs = new ArrayList<SequenceI>();
 760
 761     for (SequenceI seq : sequences)
 762     {
 763       List<SequenceI> mapped = getAlignedTranslation(seq, gapCharacter,
 764               mappings);
 765       alignedSeqs.addAll(mapped);
 766     }
 767     return alignedSeqs;
 768   }
 769
 770   /**
 771    * Returns sequences aligned 'like' the source sequence, as mapped by the
 772    * given mappings. Normally we expect zero or one 'mapped' sequences, but this
 773    * will support 1-to-many as well.
 774    *
 775    * @param seq
 776    * @param gapCharacter
 777    * @param mappings
 778    * @return
 779    */
 780   protected static List<SequenceI> getAlignedTranslation(SequenceI seq,
 781           char gapCharacter, Set<AlignedCodonFrame> mappings)
 782   {
 783     List<SequenceI> result = new ArrayList<SequenceI>();
 784     for (AlignedCodonFrame mapping : mappings)
 785     {
 786       if (mapping.involvesSequence(seq))
 787       {
 788         SequenceI mapped = getAlignedTranslation(seq, gapCharacter, mapping);
 789         if (mapped != null)
 790         {
 791           result.add(mapped);
 792         }
 793       }
 794     }
 795     return result;
 796   }
 797
 798   /**
 799    * Returns the translation of 'seq' (as held in the mapping) with
 800    * corresponding alignment (gaps).
 801    *
 802    * @param seq
 803    * @param gapCharacter
 804    * @param mapping
 805    * @return
 806    */
 807   protected static SequenceI getAlignedTranslation(SequenceI seq,
 808           char gapCharacter, AlignedCodonFrame mapping)
 809   {
 810     String gap = String.valueOf(gapCharacter);
 811     boolean toDna = false;
 812     int fromRatio = 1;
 813     SequenceI mapTo = mapping.getDnaForAaSeq(seq);
 814     if (mapTo != null)
 815     {
 816       // mapping is from protein to nucleotide
 817       toDna = true;
 818       // should ideally get gap count ratio from mapping
 819       gap = String.valueOf(new char[]
 820       { gapCharacter, gapCharacter, gapCharacter });
 821     }
 822     else
 823     {
 824       // mapping is from nucleotide to protein
 825       mapTo = mapping.getAaForDnaSeq(seq);
 826       fromRatio = 3;
 827     }
 828     StringBuilder newseq = new StringBuilder(seq.getLength()
 829             * (toDna ? 3 : 1));
 830
 831     int residueNo = 0; // in seq, base 1
 832     int[] phrase = new int[fromRatio];
 833     int phraseOffset = 0;
 834     int gapWidth = 0;
 835     boolean first = true;
 836     final Sequence alignedSeq = new Sequence("", "");
 837
 838     for (char c : seq.getSequence())
 839     {
 840       if (c == gapCharacter)
 841       {
 842         gapWidth++;
 843         if (gapWidth >= fromRatio)
 844         {
 845           newseq.append(gap);
 846           gapWidth = 0;
 847         }
 848       }
 849       else
 850       {
 851         phrase[phraseOffset++] = residueNo + 1;
 852         if (phraseOffset == fromRatio)
 853         {
 854           /*
 855            * Have read a whole codon (or protein residue), now translate: map
 856            * source phrase to positions in target sequence add characters at
 857            * these positions to newseq Note mapping positions are base 1, our
 858            * sequence positions base 0.
 859            */
 860           SearchResults sr = new SearchResults();
 861           for (int pos : phrase)
 862           {
 863             mapping.markMappedRegion(seq, pos, sr);
 864           }
 865           newseq.append(sr.toString());
 866           if (first)
 867           {
 868             first = false;
 869             // Hack: Copy sequence dataset, name and description from
 870             // SearchResults.match[0].sequence
 871             // TODO? carry over sequence names from original 'complement'
 872             // alignment
 873             SequenceI mappedTo = sr.getResultSequence(0);
 874             alignedSeq.setName(mappedTo.getName());
 875             alignedSeq.setDescription(mappedTo.getDescription());
 876             alignedSeq.setDatasetSequence(mappedTo);
 877           }
 878           phraseOffset = 0;
 879         }
 880         residueNo++;
 881       }
 882     }
 883     alignedSeq.setSequence(newseq.toString());
 884     return alignedSeq;
 885   }
 886
 887   /**
 888    * Realigns the given protein to match the alignment of the dna, using codon
 889    * mappings to translate aligned codon positions to protein residues.
 890    *
 891    * @param protein
 892    *          the alignment whose sequences are realigned by this method
 893    * @param dna
 894    *          the dna alignment whose alignment we are 'copying'
 895    * @return the number of sequences that were realigned
 896    */
 897   public static int alignProteinAsDna(AlignmentI protein, AlignmentI dna)
 898   {
 899     Set<AlignedCodonFrame> mappings = protein.getCodonFrames();
 900
 901     /*
 902      * Map will hold, for each aligned codon position e.g. [3, 5, 6], a map of
 903      * {dnaSequence, {proteinSequence, codonProduct}} at that position. The
 904      * comparator keeps the codon positions ordered.
 905      */
 906     Map<AlignedCodon, Map<SequenceI, String>> alignedCodons = new TreeMap<AlignedCodon, Map<SequenceI, String>>(
 907             new CodonComparator());
 908     for (SequenceI dnaSeq : dna.getSequences())
 909     {
 910       for (AlignedCodonFrame mapping : mappings)
 911       {
 912         Mapping seqMap = mapping.getMappingForSequence(dnaSeq);
 913         SequenceI prot = mapping.findAlignedSequence(
 914                 dnaSeq.getDatasetSequence(), protein);
 915         if (prot != null)
 916         {
 917           addCodonPositions(dnaSeq, prot, protein.getGapCharacter(),
 918                   seqMap, alignedCodons);
 919         }
 920       }
 921     }
 922     return alignProteinAs(protein, alignedCodons);
 923   }
 924
 925   /**
 926    * Update the aligned protein sequences to match the codon alignments given in
 927    * the map.
 928    *
 929    * @param protein
 930    * @param alignedCodons
 931    *          an ordered map of codon positions (columns), with sequence/peptide
 932    *          values present in each column
 933    * @return
 934    */
 935   protected static int alignProteinAs(AlignmentI protein,
 936           Map<AlignedCodon, Map<SequenceI, String>> alignedCodons)
 937   {
 938     /*
 939      * Prefill aligned sequences with gaps before inserting aligned protein
 940      * residues.
 941      */
 942     int alignedWidth = alignedCodons.size();
 943     char[] gaps = new char[alignedWidth];
 944     Arrays.fill(gaps, protein.getGapCharacter());
 945     String allGaps = String.valueOf(gaps);
 946     for (SequenceI seq : protein.getSequences())
 947     {
 948       seq.setSequence(allGaps);
 949     }
 950
 951     int column = 0;
 952     for (AlignedCodon codon : alignedCodons.keySet())
 953     {
 954       final Map<SequenceI, String> columnResidues = alignedCodons.get(codon);
 955       for (Entry<SequenceI, String> entry : columnResidues
 956               .entrySet())
 957       {
 958         // place translated codon at its column position in sequence
 959         entry.getKey().getSequence()[column] = entry.getValue().charAt(0);
 960       }
 961       column++;
 962     }
 963     return 0;
 964   }
 965
 966   /**
 967    * Populate the map of aligned codons by traversing the given sequence
 968    * mapping, locating the aligned positions of mapped codons, and adding those
 969    * positions and their translation products to the map.
 970    *
 971    * @param dna
 972    *          the aligned sequence we are mapping from
 973    * @param protein
 974    *          the sequence to be aligned to the codons
 975    * @param gapChar
 976    *          the gap character in the dna sequence
 977    * @param seqMap
 978    *          a mapping to a sequence translation
 979    * @param alignedCodons
 980    *          the map we are building up
 981    */
 982   static void addCodonPositions(SequenceI dna, SequenceI protein,
 983           char gapChar,
 984           Mapping seqMap,
 985           Map<AlignedCodon, Map<SequenceI, String>> alignedCodons)
 986   {
 987     Iterator<AlignedCodon> codons = seqMap.getCodonIterator(dna, gapChar);
 988     while (codons.hasNext())
 989     {
 990       AlignedCodon codon = codons.next();
 991       Map<SequenceI, String> seqProduct = alignedCodons.get(codon);
 992       if (seqProduct == null)
 993       {
 994         seqProduct = new HashMap<SequenceI, String>();
 995         alignedCodons.put(codon, seqProduct);
 996       }
 997       seqProduct.put(protein, codon.product);
 998     }
 999   }
1000
1001   /**
1002    * Returns true if a cDNA/Protein mapping either exists, or could be made,
1003    * between at least one pair of sequences in the two alignments. Currently,
1004    * the logic is:
1005    * <ul>
1006    * <li>One alignment must be nucleotide, and the other protein</li>
1007    * <li>At least one pair of sequences must be already mapped, or mappable</li>
1008    * <li>Mappable means the nucleotide translation matches the protein sequence</li>
1009    * <li>The translation may ignore start and stop codons if present in the
1010    * nucleotide</li>
1011    * </ul>
1012    *
1013    * @param al1
1014    * @param al2
1015    * @return
1016    */
1017   public static boolean isMappable(AlignmentI al1, AlignmentI al2)
1018   {
1019     /*
1020      * Require one nucleotide and one protein
1021      */
1022     if (al1.isNucleotide() == al2.isNucleotide())
1023     {
1024       return false;
1025     }
1026     AlignmentI dna = al1.isNucleotide() ? al1 : al2;
1027     AlignmentI protein = dna == al1 ? al2 : al1;
1028     Set<AlignedCodonFrame> mappings = protein.getCodonFrames();
1029     for (SequenceI dnaSeq : dna.getSequences())
1030     {
1031       for (SequenceI proteinSeq : protein.getSequences())
1032       {
1033         if (isMappable(dnaSeq, proteinSeq, mappings))
1034         {
1035           return true;
1036         }
1037       }
1038     }
1039     return false;
1040   }
1041
1042   /**
1043    * Returns true if the dna sequence is mapped, or could be mapped, to the
1044    * protein sequence.
1045    *
1046    * @param dnaSeq
1047    * @param proteinSeq
1048    * @param mappings
1049    * @return
1050    */
1051   public static boolean isMappable(SequenceI dnaSeq, SequenceI proteinSeq,
1052           Set<AlignedCodonFrame> mappings)
1053   {
1054     SequenceI dnaDs = dnaSeq.getDatasetSequence() == null ? dnaSeq : dnaSeq.getDatasetSequence();
1055     SequenceI proteinDs = proteinSeq.getDatasetSequence() == null ? proteinSeq
1056             : proteinSeq.getDatasetSequence();
1057
1058     /*
1059      * Already mapped?
1060      */
1061     for (AlignedCodonFrame mapping : mappings) {
1062       if ( proteinDs == mapping.getAaForDnaSeq(dnaDs)) {
1063         return true;
1064       }
1065     }
1066
1067     /*
1068      * Just try to make a mapping (it is not yet stored), test whether
1069      * successful.
1070      */
1071     return mapProteinToCdna(proteinDs, dnaDs) != null;
1072   }
1073
1074   /**
1075    * Finds any reference annotations associated with the sequences in
1076    * sequenceScope, that are not already added to the alignment, and adds them
1077    * to the 'candidates' map. Also populates a lookup table of annotation
1078    * labels, keyed by calcId, for use in constructing tooltips or the like.
1079    *
1080    * @param sequenceScope
1081    *          the sequences to scan for reference annotations
1082    * @param labelForCalcId
1083    *          (optional) map to populate with label for calcId
1084    * @param candidates
1085    *          map to populate with annotations for sequence
1086    * @param al
1087    *          the alignment to check for presence of annotations
1088    */
1089   public static void findAddableReferenceAnnotations(
1090           List<SequenceI> sequenceScope, Map<String, String> labelForCalcId,
1091           final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates,
1092           AlignmentI al)
1093   {
1094     if (sequenceScope == null)
1095     {
1096       return;
1097     }
1098
1099     /*
1100      * For each sequence in scope, make a list of any annotations on the
1101      * underlying dataset sequence which are not already on the alignment.
1102      *
1103      * Add to a map of { alignmentSequence, <List of annotations to add> }
1104      */
1105     for (SequenceI seq : sequenceScope)
1106     {
1107       SequenceI dataset = seq.getDatasetSequence();
1108       if (dataset == null)
1109       {
1110         continue;
1111       }
1112       AlignmentAnnotation[] datasetAnnotations = dataset.getAnnotation();
1113       if (datasetAnnotations == null)
1114       {
1115         continue;
1116       }
1117       final List<AlignmentAnnotation> result = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
1118       for (AlignmentAnnotation dsann : datasetAnnotations)
1119       {
1120         /*
1121          * Find matching annotations on the alignment. If none is found, then
1122          * add this annotation to the list of 'addable' annotations for this
1123          * sequence.
1124          */
1125         final Iterable<AlignmentAnnotation> matchedAlignmentAnnotations = al
1126                 .findAnnotations(seq, dsann.getCalcId(),
1127                         dsann.label);
1128         if (!matchedAlignmentAnnotations.iterator().hasNext())
1129         {
1130           result.add(dsann);
1131           if (labelForCalcId != null)
1132           {
1133             labelForCalcId.put(dsann.getCalcId(), dsann.label);
1134           }
1135         }
1136       }
1137       /*
1138        * Save any addable annotations for this sequence
1139        */
1140       if (!result.isEmpty())
1141       {
1142         candidates.put(seq, result);
1143       }
1144     }
1145   }
1146
1147   /**
1148    * Adds annotations to the top of the alignment annotations, in the same order
1149    * as their related sequences.
1150    *
1151    * @param annotations
1152    *          the annotations to add
1153    * @param alignment
1154    *          the alignment to add them to
1155    * @param selectionGroup
1156    *          current selection group (or null if none)
1157    */
1158   public static void addReferenceAnnotations(
1159           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> annotations,
1160           final AlignmentI alignment, final SequenceGroup selectionGroup)
1161   {
1162     for (SequenceI seq : annotations.keySet())
1163     {
1164       for (AlignmentAnnotation ann : annotations.get(seq))
1165       {
1166         AlignmentAnnotation copyAnn = new AlignmentAnnotation(ann);
1167         int startRes = 0;
1168         int endRes = ann.annotations.length;
1169         if (selectionGroup != null)
1170         {
1171           startRes = selectionGroup.getStartRes();
1172           endRes = selectionGroup.getEndRes();
1173         }
1174         copyAnn.restrict(startRes, endRes);
1175
1176         /*
1177          * Add to the sequence (sets copyAnn.datasetSequence), unless the
1178          * original annotation is already on the sequence.
1179          */
1180         if (!seq.hasAnnotation(ann))
1181         {
1182           seq.addAlignmentAnnotation(copyAnn);
1183         }
1184         // adjust for gaps
1185         copyAnn.adjustForAlignment();
1186         // add to the alignment and set visible
1187         alignment.addAnnotation(copyAnn);
1188         copyAnn.visible = true;
1189       }
1190     }
1191   }
1192
1193   /**
1194    * Set visibility of alignment annotations of specified types (labels), for
1195    * specified sequences. This supports controls like
1196    * "Show all secondary structure", "Hide all Temp factor", etc.
1197    *
1198    * @al the alignment to scan for annotations
1199    * @param types
1200    *          the types (labels) of annotations to be updated
1201    * @param forSequences
1202    *          if not null, only annotations linked to one of these sequences are
1203    *          in scope for update; if null, acts on all sequence annotations
1204    * @param anyType
1205    *          if this flag is true, 'types' is ignored (label not checked)
1206    * @param doShow
1207    *          if true, set visibility on, else set off
1208    */
1209   public static void showOrHideSequenceAnnotations(AlignmentI al,
1210           Collection<String> types, List<SequenceI> forSequences,
1211           boolean anyType, boolean doShow)
1212   {
1213     for (AlignmentAnnotation aa : al
1214             .getAlignmentAnnotation())
1215     {
1216       if (anyType || types.contains(aa.label))
1217       {
1218         if ((aa.sequenceRef != null)
1219                 && (forSequences == null || forSequences
1220                         .contains(aa.sequenceRef)))
1221         {
1222           aa.visible = doShow;
1223         }
1224       }
1225     }
1226   }
1227
1228   /**
1229    * Returns true if either sequence has a cross-reference to the other
1230    *
1231    * @param seq1
1232    * @param seq2
1233    * @return
1234    */
1235   public static boolean haveCrossRef(SequenceI seq1, SequenceI seq2)
1236   {
1237     // Note: moved here from class CrossRef as the latter class has dependencies
1238     // not availability to the applet's classpath
1239     return hasCrossRef(seq1, seq2) || hasCrossRef(seq2, seq1);
1240   }
1241
1242   /**
1243    * Returns true if seq1 has a cross-reference to seq2. Currently this assumes
1244    * that sequence name is structured as Source|AccessId.
1245    *
1246    * @param seq1
1247    * @param seq2
1248    * @return
1249    */
1250   public static boolean hasCrossRef(SequenceI seq1, SequenceI seq2)
1251   {
1252     if (seq1 == null || seq2 == null)
1253     {
1254       return false;
1255     }
1256     String name = seq2.getName();
1257     final DBRefEntry[] xrefs = seq1.getDBRef();
1258     if (xrefs != null)
1259     {
1260       for (DBRefEntry xref : xrefs)
1261       {
1262         String xrefName = xref.getSource() + "|" + xref.getAccessionId();
1263         // case-insensitive test, consistent with DBRefEntry.equalRef()
1264         if (xrefName.equalsIgnoreCase(name))
1265         {
1266           return true;
1267         }
1268       }
1269     }
1270     return false;
1271   }
1272
1273   /**
1274    * Constructs an alignment consisting of the mapped exon regions in the given
1275    * nucleotide sequences, and updates mappings to match.
1276    *
1277    * @param dna
1278    *          aligned dna sequences
1279    * @param mappings
1280    *          from dna to protein; these are replaced with new mappings
1281    * @return an alignment whose sequences are the exon-only parts of the dna
1282    *         sequences (or null if no exons are found)
1283    */
1284   public static AlignmentI makeExonAlignment(SequenceI[] dna,
1285           Set<AlignedCodonFrame> mappings)
1286   {
1287     Set<AlignedCodonFrame> newMappings = new LinkedHashSet<AlignedCodonFrame>();
1288     List<SequenceI> exonSequences = new ArrayList<SequenceI>();
1289
1290     for (SequenceI dnaSeq : dna)
1291     {
1292       final SequenceI ds = dnaSeq.getDatasetSequence();
1293       List<AlignedCodonFrame> seqMappings = MappingUtils
1294               .findMappingsForSequence(ds, mappings);
1295       for (AlignedCodonFrame acf : seqMappings)
1296       {
1297         AlignedCodonFrame newMapping = new AlignedCodonFrame();
1298         final List<SequenceI> mappedExons = makeExonSequences(ds, acf,
1299                 newMapping);
1300         if (!mappedExons.isEmpty())
1301         {
1302           exonSequences.addAll(mappedExons);
1303           newMappings.add(newMapping);
1304         }
1305       }
1306     }
1307     AlignmentI al = new Alignment(
1308             exonSequences.toArray(new SequenceI[exonSequences.size()]));
1309     al.setDataset(null);
1310
1311     /*
1312      * Replace the old mappings with the new ones
1313      */
1314     mappings.clear();
1315     mappings.addAll(newMappings);
1316
1317     return al;
1318   }
1319
1320   /**
1321    * Helper method to make exon-only sequences and populate their mappings to
1322    * protein products
1323    * <p>
1324    * For example, if ggCCaTTcGAg has mappings [3, 4, 6, 7, 9, 10] to protein
1325    * then generate a sequence CCTTGA with mapping [1, 6] to the same protein
1326    * residues
1327    * <p>
1328    * Typically eukaryotic dna will include exons encoding for a single peptide
1329    * sequence i.e. return a single result. Bacterial dna may have overlapping
1330    * exon mappings coding for multiple peptides so return multiple results
1331    * (example EMBL KF591215).
1332    *
1333    * @param dnaSeq
1334    *          a dna dataset sequence
1335    * @param mapping
1336    *          containing one or more mappings of the sequence to protein
1337    * @param newMapping
1338    *          the new mapping to populate, from the exon-only sequences to their
1339    *          mapped protein sequences
1340    * @return
1341    */
1342   protected static List<SequenceI> makeExonSequences(SequenceI dnaSeq,
1343           AlignedCodonFrame mapping, AlignedCodonFrame newMapping)
1344   {
1345     List<SequenceI> exonSequences = new ArrayList<SequenceI>();
1346     List<Mapping> seqMappings = mapping.getMappingsForSequence(dnaSeq);
1347     final char[] dna = dnaSeq.getSequence();
1348     for (Mapping seqMapping : seqMappings)
1349     {
1350       StringBuilder newSequence = new StringBuilder(dnaSeq.getLength());
1351
1352       /*
1353        * Get the codon regions as { [2, 5], [7, 12], [14, 14] etc }
1354        */
1355       final List<int[]> dnaExonRanges = seqMapping.getMap().getFromRanges();
1356       for (int[] range : dnaExonRanges)
1357       {
1358         for (int pos = range[0]; pos <= range[1]; pos++)
1359         {
1360           newSequence.append(dna[pos - 1]);
1361         }
1362       }
1363
1364       SequenceI exon = new Sequence(dnaSeq.getName(),
1365               newSequence.toString());
1366
1367       /*
1368        * Locate any xrefs to CDS database on the protein product and attach to
1369        * the CDS sequence. Also add as a sub-token of the sequence name.
1370        */
1371       // default to "CDS" if we can't locate an actual gene id
1372       String cdsAccId = FeatureProperties
1373               .getCodingFeature(DBRefSource.EMBL);
1374       DBRefEntry[] cdsRefs = DBRefUtils.selectRefs(seqMapping.getTo()
1375               .getDBRef(), DBRefSource.CODINGDBS);
1376       if (cdsRefs != null)
1377       {
1378         for (DBRefEntry cdsRef : cdsRefs)
1379         {
1380           exon.addDBRef(new DBRefEntry(cdsRef));
1381           cdsAccId = cdsRef.getAccessionId();
1382         }
1383       }
1384       exon.setName(exon.getName() + "|" + cdsAccId);
1385       exon.createDatasetSequence();
1386
1387       /*
1388        * Build new mappings - from the same protein regions, but now to
1389        * contiguous exons
1390        */
1391       List<int[]> exonRange = new ArrayList<int[]>();
1392       exonRange.add(new int[]
1393       { 1, newSequence.length() });
1394       MapList map = new MapList(exonRange, seqMapping.getMap()
1395               .getToRanges(),
1396               3, 1);
1397       newMapping.addMap(exon.getDatasetSequence(), seqMapping.getTo(), map);
1398       MapList cdsToDnaMap = new MapList(dnaExonRanges, exonRange, 1, 1);
1399       newMapping.addMap(dnaSeq, exon.getDatasetSequence(), cdsToDnaMap);
1400
1401       exonSequences.add(exon);
1402     }
1403     return exonSequences;
1404   }
1405 }