AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  27 import jalview.io.DataSourceType;
  28 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  29
  30 import java.awt.Container;
  31 import java.util.Map;
  32
  33 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  34 import org.jmol.console.AppletConsole;
  35 import org.jmol.java.BS;
  36
  37 class AppletJmolBinding extends JalviewJmolBinding
  38 {
  39
  40   /**
  41    * Window that contains the bound Jmol instance
  42    */
  43   private AppletJmol appletJmolBinding;
  44
  45   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  46           StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  47           SequenceI[][] seq, DataSourceType protocol)
  48   {
  49     super(sSm, pdbentry, seq, protocol);
  50     appletJmolBinding = appletJmol;
  51   }
  52
  53   @Override
  54   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  55           AlignmentViewPanel alignment)
  56   {
  57     return appletJmolBinding.ap.getFeatureRenderer();
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  62           AlignmentViewPanel alignment)
  63   {
  64     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  65   }
  66
  67   @Override
  68   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  69   {
  70     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  71     {
  72       appletJmolBinding.showConsole(true);
  73     }
  74
  75     appletJmolBinding.addToHistory(strEcho);
  76   }
  77
  78   @Override
  79   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  80   {
  81     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  82             && !strStatus.equals("Script completed"))
  83     {
  84       appletJmolBinding.addToHistory(strStatus);
  85     }
  86   }
  87
  88   @Override
  89   public void showUrl(String url, String target)
  90   {
  91     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
  92
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public void refreshGUI()
  97   {
  98     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
  99   }
 100
 101   @Override
 102   public void updateColours(Object source)
 103   {
 104     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 105     colourBySequence(ap);
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public void showUrl(String url)
 110   {
 111     try
 112     {
 113       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 114               new java.net.URL(url), "jmol");
 115     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 116     {
 117     }
 118   }
 119
 120   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 121           boolean asPopup)
 122   {
 123     // jmolpopup = new JmolAwtPopup(); // is this used?
 124     // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 129   {
 130     // do nothing.
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public void selectionChanged(BS arg0)
 135   {
 136     // TODO Auto-generated method stub
 137
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public void refreshPdbEntries()
 142   {
 143     // noop
 144   }
 145
 146   @Override
 147   public void showConsole(boolean show)
 148   {
 149     appletJmolBinding.showConsole(show);
 150   }
 151
 152   @Override
 153   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 154           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 155   {
 156     JmolAppConsoleInterface appc = new AppletConsole();
 157     appc.start(viewer);
 158     return appc;
 159   }
 160
 161   @Override
 162   protected void releaseUIResources()
 163   {
 164     appletJmolBinding = null;
 165     closeConsole();
 166   }
 167
 168   @Override
 169   public void releaseReferences(Object svl)
 170   {
 171   }
 172
 173   @Override
 174   public int[] resizeInnerPanel(String data)
 175   {
 176     // TODO Auto-generated method stub
 177     return null;
 178   }
 179
 180   @Override
 181   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 182   {
 183     // TODO Auto-generated method stub
 184     return null;
 185   }
 186 }