AppletPDBViewer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.appletgui.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 import java.awt.event.ActionListener;\r
  28 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  29 \r
  30 \r
  31 public class AppletPDBViewer extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33       AppletPDBCanvas pdbcanvas;\r
  34       public AppletPDBViewer(String pdbtext,String type,\r
  35                        Sequence seq,\r
  36                        SeqCanvas seqcanvas)\r
  37       {\r
  38 \r
  39         try\r
  40         {\r
  41           jbInit();\r
  42         }\r
  43         catch (Exception ex)\r
  44         {\r
  45           ex.printStackTrace();\r
  46         }\r
  47 \r
  48         pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(seqcanvas, seq);\r
  49 \r
  50         add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  51 \r
  52         StringBuffer title = new StringBuffer(seq.getName() + ":");\r
  53 \r
  54         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this,title.toString(),400, 400);\r
  55 \r
  56         try{\r
  57         PDBfile pdbfile = new PDBfile(pdbtext, type);\r
  58         pdbcanvas.setPDBFile(pdbfile);\r
  59         }\r
  60         catch(Exception ex){\r
  61           pdbcanvas.errorLoading = true;\r
  62           pdbcanvas.repaint();\r
  63         }\r
  64       }\r
  65 \r
  66       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  67       {\r
  68         if(evt.getSource()==mapping)\r
  69                mapping_actionPerformed();\r
  70        else if(evt.getSource()==wire)\r
  71                wire_actionPerformed();\r
  72        else if(evt.getSource()==depth)\r
  73                depth_actionPerformed();\r
  74        else if(evt.getSource()==zbuffer)\r
  75                zbuffer_actionPerformed();\r
  76        else if(evt.getSource()==charge)\r
  77                charge_actionPerformed();\r
  78 \r
  79        else if(evt.getSource()==chain)\r
  80                chain_actionPerformed();\r
  81        else if(evt.getSource()==seqButton)\r
  82                seqButton_actionPerformed();\r
  83        else if(evt.getSource()==zappo)\r
  84                 pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());\r
  85        else if(evt.getSource()==taylor)\r
  86                pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());\r
  87       else if(evt.getSource()==hydro)\r
  88                pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());\r
  89       else if(evt.getSource()==helix)\r
  90                pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());\r
  91        else if(evt.getSource()==strand)\r
  92                pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());\r
  93        else if(evt.getSource()==turn)\r
  94                pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());\r
  95        else if(evt.getSource()==buried)\r
  96               pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());\r
  97        else if(evt.getSource()==user)\r
  98        {\r
  99          pdbcanvas.bysequence = false;\r
 100          new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);\r
 101        }\r
 102       }\r
 103 \r
 104       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 105       {\r
 106         if (evt.getSource() == allchains)\r
 107           allchains_itemStateChanged();\r
 108         else if (evt.getSource() == wire)\r
 109           wire_actionPerformed();\r
 110         else if (evt.getSource() == depth)\r
 111           depth_actionPerformed();\r
 112         else if (evt.getSource() == zbuffer)\r
 113           zbuffer_actionPerformed();\r
 114       }\r
 115 \r
 116 \r
 117       private void jbInit()\r
 118           throws Exception\r
 119       {\r
 120         setMenuBar(jMenuBar1);\r
 121         fileMenu.setLabel("File");\r
 122         coloursMenu.setLabel("Colours");\r
 123         mapping.setLabel("View Mapping");\r
 124         mapping.addActionListener(this);\r
 125         wire.setLabel("Wireframe");\r
 126         wire.addItemListener(this);\r
 127         depth.setState(true);\r
 128         depth.setLabel("Depthcue");\r
 129         depth.addItemListener(this);\r
 130         zbuffer.setState(true);\r
 131         zbuffer.setLabel("Z Buffering");\r
 132         zbuffer.addItemListener(this);\r
 133         charge.setLabel("Charge & Cysteine");\r
 134         charge.addActionListener(this);\r
 135         hydro.setLabel("Hydrophobicity");\r
 136         hydro.addActionListener(this);\r
 137         chain.setLabel("By Chain");\r
 138         chain.addActionListener(this);\r
 139         seqButton.setLabel("By Sequence");\r
 140         seqButton.addActionListener(this);\r
 141     allchains.setLabel("All Chains Visible");\r
 142     allchains.addItemListener(this);\r
 143     viewMenu.setLabel("View");\r
 144     zappo.setLabel("Zappo");\r
 145     zappo.addActionListener(this);\r
 146     taylor.setLabel("Taylor");\r
 147     taylor.addActionListener(this);\r
 148     helix.setLabel("Helix Propensity");\r
 149     helix.addActionListener(this);\r
 150     strand.setLabel("Strand Propensity");\r
 151     strand.addActionListener(this);\r
 152     turn.setLabel("Turn Propensity");\r
 153     turn.addActionListener(this);\r
 154     buried.setLabel("Buried Index");\r
 155     buried.addActionListener(this);\r
 156     user.setLabel("User Defined...");\r
 157     user.addActionListener(this);\r
 158     jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 159         jMenuBar1.add(coloursMenu);\r
 160     jMenuBar1.add(viewMenu);\r
 161     fileMenu.add(mapping);;\r
 162 \r
 163         coloursMenu.add(seqButton);\r
 164         coloursMenu.add(chain);\r
 165     coloursMenu.add(charge);\r
 166     coloursMenu.add(zappo);\r
 167     coloursMenu.add(taylor);\r
 168     coloursMenu.add(hydro);\r
 169     coloursMenu.add(helix);\r
 170     coloursMenu.add(strand);\r
 171     coloursMenu.add(turn);\r
 172     coloursMenu.add(buried);\r
 173     coloursMenu.add(user);\r
 174     viewMenu.add(wire);\r
 175     viewMenu.add(depth);\r
 176     viewMenu.add(zbuffer);\r
 177     viewMenu.add(allchains);\r
 178     allchains.setState(true);\r
 179   }\r
 180 \r
 181       MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 182       Menu fileMenu = new Menu();\r
 183       Menu coloursMenu = new Menu();\r
 184       MenuItem mapping = new MenuItem();\r
 185       CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();\r
 186       CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();\r
 187       CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();\r
 188       CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();\r
 189 \r
 190       MenuItem charge = new MenuItem();\r
 191       MenuItem hydro = new MenuItem();\r
 192       MenuItem chain = new MenuItem();\r
 193       MenuItem seqButton = new MenuItem();\r
 194 \r
 195      CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();\r
 196   Menu viewMenu = new Menu();\r
 197   MenuItem turn = new MenuItem();\r
 198   MenuItem strand = new MenuItem();\r
 199   MenuItem helix = new MenuItem();\r
 200   MenuItem taylor = new MenuItem();\r
 201   MenuItem zappo = new MenuItem();\r
 202   MenuItem buried = new MenuItem();\r
 203   MenuItem user = new MenuItem();\r
 204 \r
 205   public void charge_actionPerformed()\r
 206       {\r
 207         pdbcanvas.bysequence = false;\r
 208         pdbcanvas.pdb.setChargeColours();\r
 209         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 210         pdbcanvas.repaint();\r
 211       }\r
 212 \r
 213       public void chain_actionPerformed()\r
 214       {\r
 215          pdbcanvas.bysequence = false;\r
 216          pdbcanvas.pdb.setChainColours();\r
 217         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 218         pdbcanvas.repaint();\r
 219       }\r
 220 \r
 221       public void zbuffer_actionPerformed()\r
 222       {\r
 223         pdbcanvas.zbuffer = ! pdbcanvas.zbuffer;\r
 224         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 225         pdbcanvas.repaint();\r
 226       }\r
 227 \r
 228       public void depth_actionPerformed()\r
 229       {\r
 230       pdbcanvas.depthcue = ! pdbcanvas.depthcue;\r
 231       pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 232         pdbcanvas.repaint();\r
 233       }\r
 234 \r
 235       public void wire_actionPerformed()\r
 236       {\r
 237         pdbcanvas.wire = ! pdbcanvas.wire;\r
 238         pdbcanvas.redrawneeded=true;\r
 239         pdbcanvas.repaint();\r
 240       }\r
 241 \r
 242       public void seqButton_actionPerformed()\r
 243       {\r
 244         pdbcanvas.bysequence = true;\r
 245         pdbcanvas.updateSeqColours();\r
 246         pdbcanvas.repaint();\r
 247       }\r
 248 \r
 249 \r
 250       public void mapping_actionPerformed()\r
 251       {\r
 252         jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap\r
 253             = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);\r
 254         Frame frame = new Frame();\r
 255         frame.add(cap);\r
 256         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 500, 600);\r
 257         cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());\r
 258       }\r
 259 \r
 260       public void allchains_itemStateChanged()\r
 261       {\r
 262         pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());\r
 263       }\r
 264 \r
 265 }\r