Bond.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 public class Bond {\r
  25     float[] start;\r
  26     float[] end;\r
  27     Color startCol;\r
  28     Color endCol;\r
  29     public Atom at1;\r
  30     public Atom at2;\r
  31 \r
  32     public Bond(float[] start, float[] end, Atom at1, Atom at2) {\r
  33         this.start = start;\r
  34         this.end = end;\r
  35         this.startCol = at1.color;\r
  36         this.endCol = at2.color;\r
  37         this.at1 = at1;\r
  38         this.at2 = at2;\r
  39     }\r
  40 \r
  41     public Bond(Bond bond) {\r
  42         this.start = new float[3];\r
  43 \r
  44         this.start[0] = bond.start[0];\r
  45         this.start[1] = bond.start[1];\r
  46         this.start[2] = bond.start[2];\r
  47 \r
  48         this.end = new float[3];\r
  49 \r
  50         this.end[0] = bond.end[0];\r
  51         this.end[1] = bond.end[1];\r
  52         this.end[2] = bond.end[2];\r
  53 \r
  54         this.startCol = bond.startCol;\r
  55         this.endCol = bond.endCol;\r
  56     }\r
  57 \r
  58     public float length() {\r
  59         float len = ((end[0] - start[0]) * (end[0] - start[0])) +\r
  60             ((end[1] - start[1]) * (end[1] - start[1])) +\r
  61             ((end[2] - start[2]) * (end[2] - start[2]));\r
  62 \r
  63         len = (float) (Math.sqrt(len));\r
  64 \r
  65         return len;\r
  66     }\r
  67 \r
  68     public void translate(float x, float y, float z) {\r
  69         start[0] = (start[0] + x);\r
  70         end[0] = (end[0] + x);\r
  71 \r
  72         start[1] = (start[1] + y);\r
  73         end[1] = (end[1] + y);\r
  74 \r
  75         start[2] = (start[2] + z);\r
  76         end[2] = (end[2] + z);\r
  77     }\r
  78 }\r