Cache.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.io.BufferedReader;
  25 import java.io.File;
  26 import java.io.FileInputStream;
  27 import java.io.FileOutputStream;
  28 import java.io.InputStream;
  29 import java.io.InputStreamReader;
  30 import java.io.PrintWriter;
  31 import java.io.StringWriter;
  32 import java.net.Authenticator;
  33 import java.net.PasswordAuthentication;
  34 import java.net.URL;
  35 import java.text.DateFormat;
  36 import java.text.SimpleDateFormat;
  37 import java.util.Arrays;
  38 import java.util.Collections;
  39 import java.util.Date;
  40 import java.util.Enumeration;
  41 import java.util.Locale;
  42 import java.util.Properties;
  43 import java.util.StringTokenizer;
  44 import java.util.TreeSet;
  45 import java.util.regex.Pattern;
  46
  47 import javax.swing.LookAndFeel;
  48 import javax.swing.UIManager;
  49
  50 import org.apache.log4j.ConsoleAppender;
  51 import org.apache.log4j.Level;
  52 import org.apache.log4j.Logger;
  53 import org.apache.log4j.SimpleLayout;
  54
  55 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  56 import jalview.gui.Preferences;
  57 import jalview.gui.UserDefinedColours;
  58 import jalview.schemes.ColourSchemeLoader;
  59 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  60 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  61 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  62 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  63 import jalview.util.ChannelProperties;
  64 import jalview.util.ColorUtils;
  65 import jalview.util.MessageManager;
  66 import jalview.util.Platform;
  67 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  68
  69 /**
  70  * Stores and retrieves Jalview Application Properties Lists and fields within
  71  * list entries are separated by '|' symbols unless otherwise stated (|) clauses
  72  * are alternative values for a tag. <br>
  73  * <br>
  74  * Current properties include:
  75  * <ul>
  76  * <br>
  77  * logs.Axis.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling the
  78  * logging level for axis (used for web services) <br>
  79  * </li>
  80  * <li>logs.Castor.Level - one of the stringified Levels for log4j controlling
  81  * the logging level for castor (used for serialization) <br>
  82  * </li>
  83  * <li>logs.Jalview.Level - Cache.log stringified level. <br>
  84  * </li>
  85  * <li>SCREEN_WIDTH</li>
  86  * <li>SCREEN_HEIGHT</li>
  87  * <li>SCREEN_Y=285</li>
  88  * <li>SCREEN_X=371</li>
  89  * <li>SHOW_FULLSCREEN boolean</li>
  90  * <li>FONT_NAME java font name for alignment text display</li>
  91  * <li>FONT_SIZE size of displayed alignment text</li>
  92  * <li>FONT_STYLE style of font displayed (sequence labels are always
  93  * italic)</li>
  94  * <li>GAP_SYMBOL character to treat as gap symbol (usually -,.,' ')</li>
  95  * <li>LAST_DIRECTORY last directory for browsing alignment</li>
  96  * <li>USER_DEFINED_COLOURS list of user defined colour scheme files</li>
  97  * <li>SHOW_FULL_ID show id with '/start-end' numbers appended</li>
  98  * <li>SHOW_IDENTITY show percentage identity annotation</li>
  99  * <li>SHOW_QUALITY show alignment quality annotation</li>
 100  * <li>SHOW_ANNOTATIONS show alignment annotation rows</li>
 101  * <li>SHOW_CONSERVATION show alignment conservation annotation</li>
 102  * <li>SORT_ANNOTATIONS currently either SEQUENCE_AND_LABEL or
 103  * LABEL_AND_SEQUENCE</li>
 104  * <li>SHOW_AUTOCALC_ABOVE true to show autocalculated annotations above
 105  * sequence annotations</li>
 106  * <li>CENTRE_COLUMN_LABELS centre the labels at each column in a displayed
 107  * annotation row</li>
 108  * <li>DEFAULT_COLOUR default colour scheme to apply for a new alignment</li>
 109  * <li>DEFAULT_FILE_FORMAT file format used to save</li>
 110  * <li>STARTUP_FILE file loaded on startup (may be a fully qualified url)</li>
 111  * <li>SHOW_STARTUP_FILE flag to control loading of startup file</li>
 112  * <li>VERSION the version of the jalview build</li>
 113  * <li>BUILD_DATE date of this build</li>
 114  * <li>LATEST_VERSION the latest jalview version advertised on the
 115  * www.jalview.org</li>
 116  * <li>PIR_MODELLER boolean indicating if PIR files are written with MODELLER
 117  * descriptions</li>
 118  * <li>(FASTA,MSF,PILEUP,CLUSTAL,BLC,PIR,PFAM)_JVSUFFIX boolean for adding jv
 119  * suffix to file</li>
 120  * <li>RECENT_URL list of recently retrieved URLs</li>
 121  * <li>RECENT_FILE list of recently opened files</li>
 122  * <li>USE_PROXY flag for whether a http proxy is to be used</li>
 123  * <li>PROXY_SERVER the proxy</li>
 124  * <li>PROXY_PORT</li>
 125  * <li>NOQUESTIONNAIRES true to prevent jalview from checking the questionnaire
 126  * service</li>
 127  * <li>QUESTIONNAIRE last questionnaire:responder id string from questionnaire
 128  * service</li>
 129  * <li>USAGESTATS (false - user prompted) Enable google analytics tracker for
 130  * collecting usage statistics</li>
 131  * <li>SHOW_OVERVIEW boolean for overview window display</li>
 132  * <li>ANTI_ALIAS boolean for smooth fonts</li>
 133  * <li>RIGHT_ALIGN_IDS boolean</li>
 134  * <li>AUTO_CALC_CONSENSUS boolean for automatic recalculation of consensus</li>
 135  * <li>PAD_GAPS boolean</li>
 136  * <li>ID_ITALICS boolean</li>
 137  * <li>SHOW_JV_SUFFIX</li>
 138  * <li>WRAP_ALIGNMENT</li>
 139  * <li>EPS_RENDERING (Prompt each time|Lineart|Text) default for EPS rendering
 140  * style check</li>
 141  * <li>SORT_ALIGNMENT (No sort|Id|Pairwise Identity)</li>
 142  * <li>SEQUENCE_LINKS list of name|URL pairs for opening a url with
 143  * $SEQUENCE_ID$</li>
 144  * <li>STORED_LINKS list of name|url pairs which user has entered but are not
 145  * currently used
 146  * <li>DEFAULT_LINK name of single url to be used when user double clicks a
 147  * sequence id (must be in SEQUENCE_LINKS or STORED_LINKS)
 148  * <li>GROUP_LINKS list of name|URL[|&lt;separator&gt;] tuples - see
 149  * jalview.utils.GroupURLLink for more info</li>
 150  * <li>DEFAULT_BROWSER for unix</li>
 151  * <li>SHOW_MEMUSAGE boolean show memory usage and warning indicator on desktop
 152  * (false)</li>
 153  * <li>VERSION_CHECK (true) check for the latest release version from
 154  * www.jalview.org (or the alias given by the www.jalview.org property)</li>
 155  * <li>SHOW_NPFEATS_TOOLTIP (true) show non-positional features in the Sequence
 156  * ID tooltip</li>
 157  * <li>SHOW_DBREFS_TOOLTIP (true) show Database Cross References in the Sequence
 158  * ID tooltip</li>
 159  * <li>SHOW_UNCONSERVED (false) only render unconserved residues - conserved
 160  * displayed as '.'</li>
 161  * <li>SORT_BY_TREE (false) sort the current alignment view according to the
 162  * order of a newly displayed tree</li>
 163  * <li>DBFETCH_USEPICR (false) use PICR to recover valid DB references from
 164  * sequence ID strings before attempting retrieval from any datasource</li>
 165  * <li>SHOW_GROUP_CONSENSUS (false) Show consensus annotation for groups in the
 166  * alignment.</li>
 167  * <li>SHOW_GROUP_CONSERVATION (false) Show conservation annotation for groups
 168  * in the alignment.</li>
 169  * <li>SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM (false) Show consensus annotation row's
 170  * histogram.</li>
 171  * <li>SHOW_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 172  * logo.</li>
 173  * <li>NORMALISE_CONSENSUS_LOGO (false) Show consensus annotation row's sequence
 174  * logo normalised to row height rather than histogram height.</li>
 175  * <li>FOLLOW_SELECTIONS (true) Controls whether a new alignment view should
 176  * respond to selections made in other alignments containing the same sequences.
 177  * </li>
 178  * <li>JWS2HOSTURLS comma-separated list of URLs to try for JABAWS services</li>
 179  * <li>SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS (true) Controls if the web service URL discovery
 180  * warning dialog box is displayed.</li>
 181  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MIN (orange) Shade used for minimum value of annotation
 182  * when shading by annotation</li>
 183  * <li>ANNOTATIONCOLOUR_MAX (red) Shade used for maximum value of annotation
 184  * when shading by annotation</li>
 185  * <li>www.jalview.org (http://www.jalview.org) a property enabling all HTTP
 186  * requests to be redirected to a mirror of http://www.jalview.org</li>
 187  * <li>FIGURE_AUTOIDWIDTH (false) Expand the left hand column of an exported
 188  * alignment figure to accommodate even the longest sequence ID or annotation
 189  * label.</li>
 190  * <li>FIGURE_FIXEDIDWIDTH Specifies the width to use for the left-hand column
 191  * when exporting an alignment as a figure (setting FIGURE_AUTOIDWIDTH to true
 192  * will override this).</li>
 193  * <li>STRUCT_FROM_PDB (false) derive secondary structure annotation from PDB
 194  * record</li>
 195  * <li>USE_RNAVIEW (false) use RNAViewer to derive secondary structure</li>
 196  * <li>ADD_SS_ANN (false) add secondary structure annotation to alignment
 197  * display</li>
 198  * <li>ADD_TEMPFACT_ANN (false) add Temperature Factor annotation to alignment
 199  * display</li>
 200  * <li>STRUCTURE_DISPLAY choose from JMOL (default) or CHIMERA for 3D structure
 201  * display</li>
 202  * <li>CHIMERA_PATH specify full path to Chimera program (if non-standard)</li>
 203  * <li>ID_ORG_HOSTURL location of jalview service providing identifiers.org urls
 204  * </li>
 205  *
 206  * </ul>
 207  * Deprecated settings:
 208  * <ul>
 209  * *
 210  * <li>DISCOVERY_START - Boolean - controls if discovery services are queried on
 211  * startup (JWS1 services only)</li>
 212  * <li>DISCOVERY_URLS - comma separated list of Discovery Service endpoints.
 213  * (JWS1 services only)</li>
 214  * <li>SHOW_JWS1_SERVICES (true) enable or disable the original Jalview 2
 215  * services in the desktop GUI</li>
 216  * <li>ENABLE_RSBS_EDITOR (false for 2.7 release) enable or disable RSBS editing
 217  * panel in web service preferences</li>
 218  * </ul>
 219  *
 220  * @author $author$
 221  * @version $Revision$
 222  */
 223 public class Cache
 224 {
 225   /**
 226    * property giving log4j level for CASTOR loggers
 227    */
 228   public static final String CASTORLOGLEVEL = "logs.Castor.level";
 229
 230   /**
 231    * property giving log4j level for AXIS loggers
 232    */
 233   public static final String AXISLOGLEVEL = "logs.Axis.level";
 234
 235   /**
 236    * property giving log4j level for Jalview Log
 237    */
 238   public static final String JALVIEWLOGLEVEL = "logs.Jalview.level";
 239
 240   /**
 241    * Sifts settings
 242    */
 243   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
 244           .getProperty("user.home") + File.separatorChar
 245           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
 246
 247   private final static String DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS = "2";
 248
 249   private final static String DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD = "30";
 250
 251   /**
 252    * Identifiers.org download settings
 253    */
 254   private static final String ID_ORG_FILE = System.getProperty("user.home")
 255           + File.separatorChar + ".identifiers.org.ids.json";
 256
 257   /**
 258    * Allowed values are PDB or mmCIF
 259    */
 260   private final static String PDB_DOWNLOAD_FORMAT = PDBEntry.Type.MMCIF
 261           .toString();
 262
 263   private final static String DEFAULT_PDB_FILE_PARSER = StructureImportSettings.StructureParser.JMOL_PARSER
 264           .toString();
 265
 266   /*
 267    * a date formatter using a fixed (rather than the user's) locale;
 268    * this ensures that date properties can be written and re-read successfully
 269    * even if the user changes their locale setting
 270    */
 271   private static final DateFormat date_format = SimpleDateFormat
 272           .getDateTimeInstance(SimpleDateFormat.MEDIUM,
 273                   SimpleDateFormat.MEDIUM, Locale.UK);
 274
 275   /**
 276    * Initialises the Jalview Application Log
 277    */
 278   public static Logger log;
 279
 280   // save the proxy properties set at startup
 281   public final static String[] startupProxyProperties = {
 282       System.getProperty("http.proxyHost"),
 283       System.getProperty("http.proxyPort"),
 284       System.getProperty("https.proxyHost"),
 285       System.getProperty("https.proxyPort"),
 286       System.getProperty("http.proxyUser"),
 287       System.getProperty("http.proxyPassword"),
 288       System.getProperty("https.proxyUser"),
 289       System.getProperty("https.proxyPassword"),
 290       System.getProperty("http.nonProxyHosts") };
 291
 292   public final static String PROXYTYPE_NONE = "none";
 293
 294   // "false" and "true" for backward compatibility
 295   public final static String PROXYTYPE_SYSTEM = "false";
 296
 297   public final static String PROXYTYPE_CUSTOM = "true";
 298
 299   // in-memory only storage of proxy password, safer to use char array
 300   public static char[] proxyAuthPassword = null;
 301
 302   /** Jalview Properties */
 303   public static Properties applicationProperties = new Properties()
 304   {
 305     // override results in properties output in alphabetical order
 306     @Override
 307     public synchronized Enumeration<Object> keys()
 308     {
 309       return Collections.enumeration(new TreeSet<>(super.keySet()));
 310     }
 311   };
 312
 313   /* build Properties (not all saved to .jalview_properties) */
 314   public static Properties buildProperties = new Properties();
 315
 316   /** Default file is ~/.jalview_properties */
 317   static String propertiesFile;
 318
 319   private static boolean propsAreReadOnly = Platform.isJS();
 320
 321   private final static String JS_PROPERTY_PREFIX = "jalview_";
 322
 323   public static void initLogger()
 324   {
 325     if (log != null)
 326     {
 327       return;
 328     }
 329     try
 330     {
 331       // TODO: redirect stdout and stderr here in order to grab the output of
 332       // the log
 333
 334       ConsoleAppender ap = new ConsoleAppender(new SimpleLayout(),
 335               "System.err");
 336       ap.setName("JalviewLogger");
 337       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger().addAppender(ap); // catch all for
 338       // log output
 339       Logger laxis = Logger.getLogger("org.apache.axis");
 340       Logger lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor");
 341       jalview.bin.Cache.log = Logger.getLogger("jalview.bin.Jalview");
 342
 343       laxis.setLevel(Level.toLevel(
 344               Cache.getDefault("logs.Axis.Level", Level.INFO.toString())));
 345       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 346               Level.INFO.toString())));
 347       lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml");
 348       lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 349               Level.INFO.toString())));
 350       // lcastor = Logger.getLogger("org.exolab.castor.xml.Marshaller");
 351       // lcastor.setLevel(Level.toLevel(Cache.getDefault("logs.Castor.Level",
 352       // Level.INFO.toString())));
 353       // we shouldn't need to do this
 354       org.apache.log4j.Logger.getRootLogger()
 355               .setLevel(org.apache.log4j.Level.INFO);
 356
 357       jalview.bin.Cache.log.setLevel(Level.toLevel(Cache
 358               .getDefault("logs.Jalview.level", Level.INFO.toString())));
 359       // laxis.addAppender(ap);
 360       // lcastor.addAppender(ap);
 361       // jalview.bin.Cache.log.addAppender(ap);
 362       // Tell the user that debug is enabled
 363       jalview.bin.Cache.log.debug(ChannelProperties.getProperty("app_name")
 364               + " Debugging Output Follows.");
 365     } catch (Exception ex)
 366     {
 367       System.err.println("Problems initializing the log4j system\n");
 368       ex.printStackTrace(System.err);
 369     }
 370   }
 371
 372   /**
 373    * Loads properties from the given properties file. Any existing properties are
 374    * first cleared.
 375    */
 376   public static void loadProperties(String propsFile)
 377   {
 378     propertiesFile = propsFile;
 379     String releasePropertiesFile = null;
 380     boolean defaultProperties = false;
 381     if (propsFile == null && !propsAreReadOnly)
 382     {
 383       String channelPrefsFilename = ChannelProperties
 384               .getProperty("preferences.filename");
 385       String releasePrefsFilename = ".jalview_properties";
 386       propertiesFile = System.getProperty("user.home") + File.separatorChar
 387               + channelPrefsFilename;
 388       releasePropertiesFile = System.getProperty("user.home")
 389               + File.separatorChar + releasePrefsFilename;
 390       defaultProperties = true;
 391     }
 392     else
 393     {
 394       // don't corrupt the file we've been given.
 395       propsAreReadOnly = true;
 396     }
 397
 398     if (propertiesFile == null)
 399     { // BH 2019
 400       Platform.readInfoProperties(JS_PROPERTY_PREFIX,
 401               applicationProperties);
 402     }
 403     else
 404     {
 405       try
 406       {
 407         InputStream fis;
 408         try
 409         {
 410           // props file provided as URL
 411           fis = new URL(propertiesFile).openStream();
 412           System.out.println(
 413                   "Loading jalview properties from : " + propertiesFile);
 414           System.out.println(
 415                   "Disabling Jalview writing to user's local properties file.");
 416           propsAreReadOnly = true;
 417         } catch (Exception ex)
 418         {
 419           fis = null;
 420         }
 421         if (fis == null)
 422         {
 423           String readPropertiesFile = propertiesFile;
 424           // if we're using the usual properties file and the channel properties
 425           // file doesn't exist, read .jalview_properties
 426           // (but we'll still save to the channel properties file).
 427           if (defaultProperties && (!new File(propertiesFile).exists())
 428                   && (new File(releasePropertiesFile).exists()))
 429           {
 430             readPropertiesFile = releasePropertiesFile;
 431           }
 432           fis = new FileInputStream(readPropertiesFile);
 433         }
 434         applicationProperties.clear();
 435         applicationProperties.load(fis);
 436
 437         // remove any old build properties
 438
 439         deleteBuildProperties();
 440         fis.close();
 441       } catch (Exception ex)
 442       {
 443         System.out.println("Error reading properties file: " + ex);
 444       }
 445     }
 446
 447     /* TO BE REPLACED WITH PROXY_TYPE SETTINGS
 448     if (getDefault("USE_PROXY", false))
 449     {
 450       String proxyServer = getDefault("PROXY_SERVER", ""),
 451               proxyPort = getDefault("PROXY_PORT", "8080");
 452     }
 453     */
 454
 455     // PROXY TYPE settings (now three options "none", "false", "true", but using
 456     // backward compatible strings)
 457     String proxyType = getDefault("USE_PROXY", PROXYTYPE_SYSTEM);
 458     // default to upgrading old settings
 459     switch (proxyType)
 460     {
 461     case PROXYTYPE_NONE:
 462       clearProxyProperties();
 463       break;
 464     case PROXYTYPE_SYSTEM: // use system settings
 465       resetProxyProperties();
 466       break;
 467     case PROXYTYPE_CUSTOM: // use specified proxy settings
 468       String httpHost = getDefault("PROXY_SERVER", "");
 469       String httpPort = getDefault("PROXY_PORT", "8080");
 470       String httpsHost = getDefault("PROXY_SERVER_HTTPS", httpHost);
 471       String httpsPort = getDefault("PROXY_PORT_HTTPS", httpPort);
 472       String httpUser = getDefault("PROXY_AUTH_USER", null);
 473       // https.proxyUser and https.proxyPassword are not able to be
 474       // independently set in Preferences yet (or http.nonProxyHosts)
 475       String httpsUser = getDefault("PROXY_AUTH_USER_HTTPS", httpUser);
 476       setProxyProperties(httpHost, httpPort, httpsHost, httpsPort, httpUser,
 477               proxyAuthPassword, httpsUser, proxyAuthPassword, "localhost");
 478       break;
 479     default:
 480       String message = "Incorrect PROXY_TYPE - should be 'none' (clear proxy properties), 'false' (system settings), 'true' (custom settings): "
 481               + proxyType;
 482       Cache.warn(message);
 483     }
 484
 485     // LOAD THE AUTHORS FROM THE authors.props file
 486     String authorDetails = resolveResourceURLFor("/authors.props");
 487
 488     try
 489     {
 490       if (authorDetails != null)
 491       {
 492         URL localJarFileURL = new URL(authorDetails);
 493         InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 494         applicationProperties.load(in);
 495         in.close();
 496       }
 497     } catch (Exception ex)
 498     {
 499       System.out.println("Error reading author details: " + ex);
 500       authorDetails = null;
 501     }
 502     if (authorDetails == null)
 503     {
 504       applicationProperties.remove("AUTHORS");
 505       applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 506       applicationProperties.remove("YEAR");
 507     }
 508
 509     loadBuildProperties(false);
 510
 511     SiftsSettings
 512             .setMapWithSifts(Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false));
 513
 514     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache
 515             .getDefault("sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 516
 517     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold(
 518             jalview.bin.Cache.getDefault("sifts_fail_safe_pid_threshold",
 519                     DEFAULT_FAIL_SAFE_PID_THRESHOLD));
 520
 521     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays(
 522             jalview.bin.Cache.getDefault("sifts_cache_threshold_in_days",
 523                     DEFAULT_CACHE_THRESHOLD_IN_DAYS));
 524
 525     IdOrgSettings.setUrl(getDefault("ID_ORG_HOSTURL",
 526             "http://www.jalview.org/services/identifiers"));
 527     IdOrgSettings.setDownloadLocation(ID_ORG_FILE);
 528
 529     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat(jalview.bin.Cache
 530             .getDefault("PDB_DOWNLOAD_FORMAT", PDB_DOWNLOAD_FORMAT));
 531     StructureImportSettings
 532             .setDefaultPDBFileParser(DEFAULT_PDB_FILE_PARSER);
 533     // StructureImportSettings
 534     // .setDefaultPDBFileParser(jalview.bin.Cache.getDefault(
 535     // "DEFAULT_PDB_FILE_PARSER", DEFAULT_PDB_FILE_PARSER));
 536
 537     String jnlpVersion = System.getProperty("jalview.version");
 538
 539     // jnlpVersion will be null if a latest version check for the channel needs
 540     // to be done
 541     // Dont do this check if running in headless mode
 542
 543     if (jnlpVersion == null && getDefault("VERSION_CHECK", true)
 544             && (System.getProperty("java.awt.headless") == null || System
 545                     .getProperty("java.awt.headless").equals("false")))
 546     {
 547
 548       class VersionChecker extends Thread
 549       {
 550
 551         @Override
 552         public void run()
 553         {
 554           String remoteBuildPropertiesUrl = Cache
 555                   .getAppbaseBuildProperties();
 556
 557           String orgtimeout = System
 558                   .getProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout");
 559           if (orgtimeout == null)
 560           {
 561             orgtimeout = "30";
 562             System.out.println("# INFO: Setting default net timeout to "
 563                     + orgtimeout + " seconds.");
 564           }
 565           String remoteVersion = null;
 566           try
 567           {
 568             System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 569                     "5000");
 570             java.net.URL url = new java.net.URL(remoteBuildPropertiesUrl);
 571
 572             BufferedReader in = new BufferedReader(
 573                     new InputStreamReader(url.openStream()));
 574
 575             Properties remoteBuildProperties = new Properties();
 576             remoteBuildProperties.load(in);
 577             remoteVersion = remoteBuildProperties.getProperty("VERSION");
 578           } catch (Exception ex)
 579           {
 580             System.out
 581                     .println("Non-fatal exception when checking version at "
 582                             + remoteBuildPropertiesUrl + ":");
 583             System.out.println(ex);
 584             remoteVersion = getProperty("VERSION");
 585           }
 586           System.setProperty("sun.net.client.defaultConnectTimeout",
 587                   orgtimeout);
 588
 589           setProperty("LATEST_VERSION", remoteVersion);
 590         }
 591       }
 592
 593       VersionChecker vc = new VersionChecker();
 594       vc.start();
 595     }
 596     else
 597     {
 598       if (jnlpVersion != null)
 599       {
 600         setProperty("LATEST_VERSION", jnlpVersion);
 601       }
 602       else
 603       {
 604         applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 605       }
 606     }
 607
 608     // LOAD USERDEFINED COLOURS
 609     Cache.initUserColourSchemes(getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"));
 610     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = Cache.getDefault("PIR_MODELLER",
 611             false);
 612   }
 613
 614   /**
 615    * construct a resource URL for the given absolute resource pathname
 616    *
 617    * @param resourcePath
 618    * @return
 619    */
 620   private static String resolveResourceURLFor(String resourcePath)
 621   {
 622     String url = null;
 623     if (Platform.isJS() || !Cache.class.getProtectionDomain()
 624             .getCodeSource().getLocation().toString().endsWith(".jar"))
 625     {
 626       try
 627       {
 628         url = Cache.class.getResource(resourcePath).toString();
 629       } catch (Exception ex)
 630       {
 631         System.err.println("Failed to resolve resource " + resourcePath
 632                 + ": " + ex.getMessage());
 633       }
 634     }
 635     else
 636     {
 637       url = "jar:".concat(Cache.class.getProtectionDomain().getCodeSource()
 638               .getLocation().toString().concat("!" + resourcePath));
 639     }
 640     return url;
 641   }
 642
 643   public static void loadBuildProperties(boolean reportVersion)
 644   {
 645     String codeInstallation = getProperty("INSTALLATION");
 646     boolean printVersion = codeInstallation == null;
 647
 648     /*
 649      * read build properties - from the Jalview jar for a Java distribution,
 650      * or from codebase file in test or JalviewJS context
 651      */
 652     try
 653     {
 654       String buildDetails = resolveResourceURLFor("/.build_properties");
 655       URL localJarFileURL = new URL(buildDetails);
 656       InputStream in = localJarFileURL.openStream();
 657       buildProperties.load(in);
 658       in.close();
 659       if (buildProperties.getProperty("BUILD_DATE", null) != null)
 660       {
 661         applicationProperties.put("BUILD_DATE",
 662                 buildProperties.getProperty("BUILD_DATE"));
 663       }
 664       if (buildProperties.getProperty("INSTALLATION", null) != null)
 665       {
 666         applicationProperties.put("INSTALLATION",
 667                 buildProperties.getProperty("INSTALLATION"));
 668       }
 669       if (buildProperties.getProperty("VERSION", null) != null)
 670       {
 671         applicationProperties.put("VERSION",
 672                 buildProperties.getProperty("VERSION"));
 673       }
 674     } catch (Exception ex)
 675     {
 676       System.out.println("Error reading build details: " + ex);
 677       applicationProperties.remove("VERSION");
 678     }
 679     String codeVersion = getProperty("VERSION");
 680     codeInstallation = getProperty("INSTALLATION");
 681
 682     if (codeVersion == null)
 683     {
 684       // THIS SHOULD ONLY BE THE CASE WHEN TESTING!!
 685       codeVersion = "Test";
 686       codeInstallation = "";
 687     }
 688     else
 689     {
 690       codeInstallation = " (" + codeInstallation + ")";
 691     }
 692     setProperty("VERSION", codeVersion);
 693     new BuildDetails(codeVersion, null, codeInstallation);
 694     if (printVersion && reportVersion)
 695     {
 696       System.out.println(ChannelProperties.getProperty("app_name")
 697               + " Version: " + codeVersion + codeInstallation);
 698     }
 699   }
 700
 701   private static void deleteBuildProperties()
 702   {
 703     applicationProperties.remove("LATEST_VERSION");
 704     applicationProperties.remove("VERSION");
 705     applicationProperties.remove("AUTHORS");
 706     applicationProperties.remove("AUTHORFNAMES");
 707     applicationProperties.remove("YEAR");
 708     applicationProperties.remove("BUILD_DATE");
 709     applicationProperties.remove("INSTALLATION");
 710   }
 711
 712   /**
 713    * Gets Jalview application property of given key. Returns null if key not found
 714    *
 715    * @param key
 716    *              Name of property
 717    *
 718    * @return Property value
 719    */
 720   public static String getProperty(String key)
 721   {
 722     String prop = applicationProperties.getProperty(key);
 723     if (prop == null && Platform.isJS())
 724     {
 725       prop = applicationProperties.getProperty(Platform.getUniqueAppletID()
 726               + "_" + JS_PROPERTY_PREFIX + key);
 727     }
 728     return prop;
 729   }
 730
 731   /**
 732    * These methods are used when checking if the saved preference is different to
 733    * the default setting
 734    */
 735
 736   public static boolean getDefault(String property, boolean def)
 737   {
 738     String string = getProperty(property);
 739     if (string != null)
 740     {
 741       def = Boolean.valueOf(string).booleanValue();
 742     }
 743
 744     return def;
 745   }
 746
 747   public static int getDefault(String property, int def)
 748   {
 749     String string = getProperty(property);
 750     if (string != null)
 751     {
 752       try
 753       {
 754         def = Integer.parseInt(string);
 755       } catch (NumberFormatException e)
 756       {
 757         System.out.println("Error parsing int property '" + property
 758                 + "' with value '" + string + "'");
 759       }
 760     }
 761
 762     return def;
 763   }
 764
 765   /**
 766    * Answers the value of the given property, or the supplied default value if the
 767    * property is not set
 768    */
 769   public static String getDefault(String property, String def)
 770   {
 771     String value = getProperty(property);
 772     return value == null ? def : value;
 773   }
 774
 775   /**
 776    * Stores property in the file "HOME_DIR/.jalview_properties"
 777    *
 778    * @param key
 779    *              Name of object
 780    * @param obj
 781    *              String value of property
 782    *
 783    * @return previous value of property (or null)
 784    */
 785   public static Object setProperty(String key, String obj)
 786   {
 787     Object oldValue = null;
 788     try
 789     {
 790       oldValue = applicationProperties.setProperty(key, obj);
 791       if (propertiesFile != null && !propsAreReadOnly)
 792       {
 793         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 794         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 795         out.close();
 796       }
 797     } catch (Exception ex)
 798     {
 799       System.out.println(
 800               "Error setting property: " + key + " " + obj + "\n" + ex);
 801     }
 802     return oldValue;
 803   }
 804
 805   /**
 806    * remove the specified property from the jalview properties file
 807    *
 808    * @param string
 809    */
 810   public static void removeProperty(String string)
 811   {
 812     applicationProperties.remove(string);
 813     saveProperties();
 814   }
 815
 816   /**
 817    * save the properties to the jalview properties path
 818    */
 819   public static void saveProperties()
 820   {
 821     if (!propsAreReadOnly)
 822     {
 823       try
 824       {
 825         FileOutputStream out = new FileOutputStream(propertiesFile);
 826         applicationProperties.store(out, "---JalviewX Properties File---");
 827         out.close();
 828       } catch (Exception ex)
 829       {
 830         System.out.println("Error saving properties: " + ex);
 831       }
 832     }
 833   }
 834
 835   /**
 836    * internal vamsas class discovery state
 837    */
 838   private static int vamsasJarsArePresent = -1;
 839
 840   /**
 841    * Searches for vamsas client classes on class path.
 842    *
 843    * @return true if vamsas client is present on classpath
 844    */
 845   public static boolean vamsasJarsPresent()
 846   {
 847     if (vamsasJarsArePresent == -1)
 848     {
 849       try
 850       {
 851         if (jalview.jbgui.GDesktop.class.getClassLoader()
 852                 .loadClass("uk.ac.vamsas.client.VorbaId") != null)
 853         {
 854           jalview.bin.Cache.log.debug(
 855                   "Found Vamsas Classes (uk.ac..vamsas.client.VorbaId can be loaded)");
 856           vamsasJarsArePresent = 1;
 857           Logger lvclient = Logger.getLogger("uk.ac.vamsas");
 858           lvclient.setLevel(Level.toLevel(Cache
 859                   .getDefault("logs.Vamsas.Level", Level.INFO.toString())));
 860
 861           lvclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 862           // Tell the user that debug is enabled
 863           lvclient.debug(ChannelProperties.getProperty("app_name")
 864                   + " Vamsas Client Debugging Output Follows.");
 865         }
 866       } catch (Exception e)
 867       {
 868         vamsasJarsArePresent = 0;
 869         jalview.bin.Cache.log.debug("Vamsas Classes are not present");
 870       }
 871     }
 872     return (vamsasJarsArePresent > 0);
 873   }
 874
 875   /**
 876    * internal vamsas class discovery state
 877    */
 878   private static int groovyJarsArePresent = -1;
 879
 880   /**
 881    * Searches for vamsas client classes on class path.
 882    *
 883    * @return true if vamsas client is present on classpath
 884    */
 885   public static boolean groovyJarsPresent()
 886   {
 887     if (groovyJarsArePresent == -1)
 888     {
 889       try
 890       {
 891         if (Cache.class.getClassLoader()
 892                 .loadClass("groovy.lang.GroovyObject") != null)
 893         {
 894           jalview.bin.Cache.log.debug(
 895                   "Found Groovy (groovy.lang.GroovyObject can be loaded)");
 896           groovyJarsArePresent = 1;
 897           Logger lgclient = Logger.getLogger("groovy");
 898           lgclient.setLevel(Level.toLevel(Cache
 899                   .getDefault("logs.Groovy.Level", Level.INFO.toString())));
 900
 901           lgclient.addAppender(log.getAppender("JalviewLogger"));
 902           // Tell the user that debug is enabled
 903           lgclient.debug(ChannelProperties.getProperty("app_name")
 904                   + " Groovy Client Debugging Output Follows.");
 905         }
 906       } catch (Error e)
 907       {
 908         groovyJarsArePresent = 0;
 909         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present", e);
 910       } catch (Exception e)
 911       {
 912         groovyJarsArePresent = 0;
 913         jalview.bin.Cache.log.debug("Groovy Classes are not present");
 914       }
 915     }
 916     return (groovyJarsArePresent > 0);
 917   }
 918
 919   /**
 920    * GA tracker object - actually JGoogleAnalyticsTracker null if tracking not
 921    * enabled.
 922    */
 923   protected static Object tracker = null;
 924
 925   protected static Class trackerfocus = null;
 926
 927   protected static Class jgoogleanalyticstracker = null;
 928
 929   /**
 930    * Initialise the google tracker if it is not done already.
 931    */
 932   public static void initGoogleTracker()
 933   {
 934     if (tracker == null)
 935     {
 936       if (jgoogleanalyticstracker == null)
 937       {
 938         // try to get the tracker class
 939         try
 940         {
 941           jgoogleanalyticstracker = Cache.class.getClassLoader().loadClass(
 942                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics.JGoogleAnalyticsTracker");
 943           trackerfocus = Cache.class.getClassLoader()
 944                   .loadClass("com.boxysystems.jgoogleanalytics.FocusPoint");
 945         } catch (Exception e)
 946         {
 947           log.debug(
 948                   "com.boxysystems.jgoogleanalytics package is not present - tracking not enabled.");
 949           tracker = null;
 950           jgoogleanalyticstracker = null;
 951           trackerfocus = null;
 952           return;
 953         }
 954       }
 955       // now initialise tracker
 956       Exception re = null, ex = null;
 957       Error err = null;
 958       String vrs = "No Version Accessible";
 959       try
 960       {
 961         // Google analytics tracking code for Library Finder
 962         tracker = jgoogleanalyticstracker
 963                 .getConstructor(new Class[]
 964                 { String.class, String.class, String.class })
 965                 .newInstance(new Object[]
 966                 { ChannelProperties.getProperty("app_name") + " Desktop",
 967                     (vrs = jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "_"
 968                             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 969                                     "unknown")),
 970                     "UA-9060947-1" });
 971         jgoogleanalyticstracker
 972                 .getMethod("trackAsynchronously", new Class[]
 973                 { trackerfocus })
 974                 .invoke(tracker, new Object[]
 975                 { trackerfocus.getConstructor(new Class[] { String.class })
 976                         .newInstance(new Object[]
 977                         { "Application Started." }) });
 978       } catch (RuntimeException e)
 979       {
 980         re = e;
 981       } catch (Exception e)
 982       {
 983         ex = e;
 984       } catch (Error e)
 985       {
 986         err = e;
 987       }
 988       if (re != null || ex != null || err != null)
 989       {
 990         if (log != null)
 991         {
 992           if (re != null)
 993           {
 994             log.debug("Caught runtime exception in googletracker init:",
 995                     re);
 996           }
 997           if (ex != null)
 998           {
 999             log.warn(
1000                     "Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
1001                             + vrs,
1002                     ex);
1003           }
1004           if (err != null)
1005           {
1006             log.error(
1007                     "Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
1008                             + vrs,
1009                     err);
1010           }
1011         }
1012         else
1013         {
1014           if (re != null)
1015           {
1016             System.err.println(
1017                     "Debug: Caught runtime exception in googletracker init:"
1018                             + vrs);
1019             re.printStackTrace();
1020           }
1021           if (ex != null)
1022           {
1023             System.err.println(
1024                     "Warning:  Failed to initialise GoogleTracker for Jalview Desktop with version "
1025                             + vrs);
1026             ex.printStackTrace();
1027           }
1028
1029           if (err != null)
1030           {
1031             System.err.println(
1032                     "ERROR: Whilst initing GoogleTracker for Jalview Desktop version "
1033                             + vrs);
1034             err.printStackTrace();
1035           }
1036         }
1037       }
1038       else
1039       {
1040         log.debug("Successfully initialised tracker.");
1041       }
1042     }
1043   }
1044
1045   /**
1046    * get the user's default colour if available
1047    *
1048    * @param property
1049    * @param defcolour
1050    * @return
1051    */
1052   public static Color getDefaultColour(String property, Color defcolour)
1053   {
1054     String colprop = getProperty(property);
1055     if (colprop == null)
1056     {
1057       return defcolour;
1058     }
1059     Color col = ColorUtils.parseColourString(colprop);
1060     if (col == null)
1061     {
1062       log.warn("Couldn't parse '" + colprop + "' as a colour for "
1063               + property);
1064     }
1065     return (col == null) ? defcolour : col;
1066   }
1067
1068   /**
1069    * store a colour as a Jalview user default property
1070    *
1071    * @param property
1072    * @param colour
1073    */
1074   public static void setColourProperty(String property, Color colour)
1075   {
1076     setProperty(property, jalview.util.Format.getHexString(colour));
1077   }
1078
1079   /**
1080    * Stores a formatted date in a jalview property, using a fixed locale.
1081    *
1082    * @param propertyName
1083    * @param date
1084    * @return the formatted date string
1085    */
1086   public static String setDateProperty(String propertyName, Date date)
1087   {
1088     String formatted = date_format.format(date);
1089     setProperty(propertyName, formatted);
1090     return formatted;
1091   }
1092
1093   /**
1094    * Reads a date stored in a Jalview property, parses it (using a fixed locale
1095    * format) and returns as a Date, or null if parsing fails
1096    *
1097    * @param propertyName
1098    * @return
1099    *
1100    */
1101   public static Date getDateProperty(String propertyName)
1102   {
1103     String val = getProperty(propertyName);
1104     if (val != null)
1105     {
1106       try
1107       {
1108         return date_format.parse(val);
1109       } catch (Exception ex)
1110       {
1111         System.err.println("Invalid or corrupt date in property '"
1112                 + propertyName + "' : value was '" + val + "'");
1113       }
1114     }
1115     return null;
1116   }
1117
1118   /**
1119    * get and parse a property as an integer. send any parsing problems to
1120    * System.err
1121    *
1122    * @param property
1123    * @return null or Integer
1124    */
1125   public static Integer getIntegerProperty(String property)
1126   {
1127     String val = getProperty(property);
1128     if (val != null && (val = val.trim()).length() > 0)
1129     {
1130       try
1131       {
1132         return Integer.valueOf(val);
1133       } catch (NumberFormatException x)
1134       {
1135         System.err.println("Invalid integer in property '" + property
1136                 + "' (value was '" + val + "')");
1137       }
1138     }
1139     return null;
1140   }
1141
1142   /**
1143    * Set the specified value, or remove it if null or empty. Does not save the
1144    * properties file.
1145    *
1146    * @param propName
1147    * @param value
1148    */
1149   public static void setOrRemove(String propName, String value)
1150   {
1151     if (propName == null)
1152     {
1153       return;
1154     }
1155     if (value == null || value.trim().length() < 1)
1156     {
1157       Cache.applicationProperties.remove(propName);
1158     }
1159     else
1160     {
1161       Cache.applicationProperties.setProperty(propName, value);
1162     }
1163   }
1164
1165   /**
1166    * Loads in user colour schemes from files.
1167    *
1168    * @param files
1169    *                a '|'-delimited list of file paths
1170    */
1171   public static void initUserColourSchemes(String files)
1172   {
1173     if (files == null || files.length() == 0)
1174     {
1175       return;
1176     }
1177
1178     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
1179     // from the default list here.
1180     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
1181     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
1182     while (st.hasMoreElements())
1183     {
1184       String file = st.nextToken();
1185       try
1186       {
1187         UserColourScheme ucs = ColourSchemeLoader.loadColourScheme(file);
1188         if (ucs != null)
1189         {
1190           if (coloursFound.length() > 0)
1191           {
1192             coloursFound.append("|");
1193           }
1194           coloursFound.append(file);
1195           ColourSchemes.getInstance().registerColourScheme(ucs);
1196         }
1197       } catch (Exception ex)
1198       {
1199         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
1200       }
1201     }
1202     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
1203     {
1204       if (coloursFound.toString().length() > 1)
1205       {
1206         setProperty(UserDefinedColours.USER_DEFINED_COLOURS,
1207                 coloursFound.toString());
1208       }
1209       else
1210       {
1211         applicationProperties
1212                 .remove(UserDefinedColours.USER_DEFINED_COLOURS);
1213       }
1214     }
1215   }
1216
1217   /**
1218    * Initial logging information helper for various versions output
1219    *
1220    * @param prefix
1221    * @param value
1222    * @param defaultValue
1223    */
1224   private static void appendIfNotNull(StringBuilder sb, String prefix,
1225           String value, String suffix, String defaultValue)
1226   {
1227     if (value == null && defaultValue == null)
1228     {
1229       return;
1230     }
1231     String line = prefix + (value != null ? value : defaultValue) + suffix;
1232     sb.append(line);
1233   }
1234
1235   /**
1236    *
1237    * @return Jalview version, build details and JVM platform version for console
1238    */
1239   public static String getVersionDetailsForConsole()
1240   {
1241     StringBuilder sb = new StringBuilder();
1242     sb.append(ChannelProperties.getProperty("app_name"))
1243             .append(" Version: ");
1244     sb.append(jalview.bin.Cache.getDefault("VERSION", "TEST"));
1245     sb.append("\n");
1246     sb.append(ChannelProperties.getProperty("app_name"))
1247             .append(" Installation: ");
1248     sb.append(jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown"));
1249     sb.append("\n");
1250     sb.append("Build Date: ");
1251     sb.append(jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1252     sb.append("\n");
1253     sb.append("Java version: ");
1254     sb.append(System.getProperty("java.version"));
1255     sb.append("\n");
1256     sb.append(System.getProperty("os.arch"));
1257     sb.append(" ");
1258     sb.append(System.getProperty("os.name"));
1259     sb.append(" ");
1260     sb.append(System.getProperty("os.version"));
1261     sb.append("\n");
1262     appendIfNotNull(sb, "Install4j version: ",
1263             System.getProperty("sys.install4jVersion"), "\n", null);
1264     appendIfNotNull(sb, "Install4j template version: ",
1265             System.getProperty("installer_template_version"), "\n", null);
1266     appendIfNotNull(sb, "Launcher version: ",
1267             System.getProperty("launcher_version"), "\n", null);
1268     LookAndFeel laf = UIManager.getLookAndFeel();
1269     String lafName = laf == null ? "Not obtained" : laf.getName();
1270     String lafClass = laf == null ? "unknown" : laf.getClass().getName();
1271     sb.append("LookAndFeel: ");
1272     sb.append(lafName);
1273     sb.append(" (");
1274     sb.append(lafClass);
1275     sb.append(")\n");
1276     // Not displayed in release version ( determined by possible version number
1277     // regex 9[9.]*9[.-_a9]* )
1278     if (Pattern.matches("^\\d[\\d\\.]*\\d[\\.\\-\\w]*$",
1279             jalview.bin.Cache.getDefault("VERSION", "TEST")))
1280     {
1281       appendIfNotNull(sb, "Getdown appdir: ",
1282               System.getProperty("getdownappdir"), "\n", null);
1283       appendIfNotNull(sb, "Getdown appbase: ",
1284               System.getProperty("getdownappbase"), "\n", null);
1285       appendIfNotNull(sb, "Java home: ", System.getProperty("java.home"),
1286               "\n", "unknown");
1287     }
1288     return sb.toString();
1289   }
1290
1291   /**
1292    *
1293    * @return build details as reported in splashscreen
1294    */
1295   public static String getBuildDetailsForSplash()
1296   {
1297     // consider returning more human friendly info
1298     // eg 'built from Source' or update channel
1299     return jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown");
1300   }
1301
1302   public static String getStackTraceString(Throwable t)
1303   {
1304     StringWriter sw = new StringWriter();
1305     PrintWriter pw = new PrintWriter(sw);
1306     t.printStackTrace(pw);
1307     return sw.toString();
1308   }
1309
1310   // proxy properties methods
1311   public static void clearProxyProperties()
1312   {
1313     setProxyProperties(null, null, null, null, null, null, null, null,
1314             null);
1315   }
1316
1317   public static void resetProxyProperties()
1318   {
1319     setProxyProperties(startupProxyProperties[0], startupProxyProperties[1],
1320             startupProxyProperties[2], startupProxyProperties[3],
1321             startupProxyProperties[4],
1322             startupProxyProperties[5] == null ? null
1323                     : startupProxyProperties[5].toCharArray(),
1324             startupProxyProperties[6],
1325             startupProxyProperties[7] == null ? null
1326                     : startupProxyProperties[7].toCharArray(),
1327             startupProxyProperties[8]);
1328     StringBuilder sb = new StringBuilder();
1329     sb.append("Setting proxy properties to: http.proxyHost=")
1330             .append(startupProxyProperties[0]).append(", http.proxyPort=")
1331             .append(startupProxyProperties[1])
1332             .append(startupProxyProperties[4] != null
1333                     && !startupProxyProperties[4].isEmpty()
1334                             ? " [" + startupProxyProperties[4] + "]"
1335                             : "")
1336             .append(", https.proxyHost=").append(startupProxyProperties[2])
1337             .append(", https.proxyPort=").append(startupProxyProperties[3])
1338             .append(startupProxyProperties[6] != null
1339                     && !startupProxyProperties[6].isEmpty()
1340                             ? " [" + startupProxyProperties[6] + "]"
1341                             : "");
1342
1343     Cache.debug(sb.toString());
1344   }
1345
1346   public static void setProxyPropertiesFromPreferences()
1347   {
1348     setProxyPropertiesFromPreferences(Cache.PROXYTYPE_SYSTEM);
1349   }
1350
1351   public static void setProxyPropertiesFromPreferences(
1352           String previousProxyType)
1353   {
1354     String proxyType = Cache.getDefault("USE_PROXY",
1355             Cache.PROXYTYPE_SYSTEM);
1356     if (previousProxyType != null
1357             && !proxyType.equals(Cache.PROXYTYPE_CUSTOM) // always apply
1358                                                          // customProxy
1359             && proxyType.equals(previousProxyType))
1360     {
1361       // no change
1362       return;
1363     }
1364     switch (proxyType)
1365     {
1366     case Cache.PROXYTYPE_NONE:
1367       if (!previousProxyType.equals(proxyType))
1368       {
1369         Cache.log.info("Setting no proxy settings");
1370         Cache.setProxyProperties(null, null, null, null, null, null, null,
1371                 null, null);
1372       }
1373       break;
1374     case Cache.PROXYTYPE_CUSTOM:
1375       // always re-set a custom proxy -- it might have changed, particularly
1376       // password
1377       Cache.log.info("Setting custom proxy settings");
1378       boolean proxyAuthSet = Cache.getDefault("PROXY_AUTH", false);
1379       Cache.setProxyProperties(Cache.getDefault("PROXY_SERVER", null),
1380               Cache.getDefault("PROXY_PORT", null),
1381               Cache.getDefault("PROXY_SERVER_HTTPS", null),
1382               Cache.getDefault("PROXY_PORT_HTTPS", null),
1383               proxyAuthSet ? Cache.getDefault("PROXY_AUTH_USERNAME", "")
1384                       : null,
1385               proxyAuthSet ? Cache.proxyAuthPassword : null,
1386               proxyAuthSet ? Cache.getDefault("PROXY_AUTH_USERNAME", "")
1387                       : null,
1388               proxyAuthSet ? Cache.proxyAuthPassword : null, "localhost");
1389       break;
1390     default: // system proxy settings by default
1391       Cache.log.info("Setting system proxy settings");
1392       Cache.resetProxyProperties();
1393     }
1394   }
1395
1396   public static void setProxyProperties(String httpHost, String httpPort,
1397           String httpsHost, String httpsPort, String httpUser,
1398           char[] httpPassword, String httpsUser, char[] httpsPassword,
1399           String nonProxyHosts)
1400   {
1401     setOrClearSystemProperty("http.proxyHost", httpHost);
1402     setOrClearSystemProperty("http.proxyPort", httpPort);
1403     setOrClearSystemProperty("https.proxyHost", httpsHost);
1404     setOrClearSystemProperty("https.proxyPort", httpsPort);
1405     setOrClearSystemProperty("http.proxyUser", httpUser);
1406     setOrClearSystemProperty("https.proxyUser", httpsUser);
1407     // note: passwords for http.proxyPassword and https.proxyPassword are sent
1408     // via the Authenticator, properties do not need to be set
1409
1410     // are we using a custom proxy (password prompt might be required)?
1411     boolean customProxySet = getDefault("USE_PROXY", PROXYTYPE_SYSTEM)
1412             .equals(PROXYTYPE_CUSTOM);
1413
1414     /*
1415      * A bug in Java means the AuthCache does not get reset, so once it has working credentials,
1416      * it never asks for more, so changing the Authenticator has no effect (as getPasswordAuthentication()
1417      * is not re-called).
1418      * This could lead to password leak to a hostile proxy server, so I'm putting in a hack to clear
1419      * the AuthCache.
1420      * see https://www.generacodice.com/en/articolo/154918/Reset-the-Authenticator-credentials
1421      * ...
1422      * Turns out this is only accessible in Java 8, and not in Java 9 onwards, so commenting out
1423      */
1424     /*
1425     try
1426     {
1427       sun.net.www.protocol.http.AuthCacheValue
1428               .setAuthCache(new sun.net.www.protocol.http.AuthCacheImpl());
1429     } catch (Throwable t)
1430     {
1431       Cache.error(t.getMessage());
1432       Cache.debug(getStackTraceString(t));
1433     }
1434     */
1435
1436     if (httpUser != null || httpsUser != null)
1437     {
1438       try
1439       {
1440         char[] displayHttpPw = new char[httpPassword == null ? 0
1441                 : httpPassword.length];
1442         Arrays.fill(displayHttpPw, '*');
1443         Cache.debug("CACHE Proxy: setting new Authenticator with httpUser='"
1444                 + httpUser + "' httpPassword='" + displayHttpPw + "'");
1445         if (!Platform.isJS())
1446         /* *
1447          * java.net.Authenticator not implemented in SwingJS yet
1448          *
1449          * @j2sIgnore
1450          *
1451          */
1452         {
1453           Authenticator.setDefault(new Authenticator()
1454           {
1455             @Override
1456             protected PasswordAuthentication getPasswordAuthentication()
1457             {
1458               if (getRequestorType() == RequestorType.PROXY)
1459               {
1460                 String protocol = getRequestingProtocol();
1461                 boolean needProxyPasswordSet = false;
1462                 if (customProxySet &&
1463                 // we have a username but no password for the scheme being
1464                 // requested
1465                 (protocol.equalsIgnoreCase("http")
1466                         && (httpUser != null && httpUser.length() > 0
1467                                 && (httpPassword == null
1468                                         || httpPassword.length == 0)))
1469                         || (protocol.equalsIgnoreCase("https")
1470                                 && (httpsUser != null
1471                                         && httpsUser.length() > 0
1472                                         && (httpsPassword == null
1473                                                 || httpsPassword.length == 0))))
1474                 {
1475                   // open Preferences -> Connections
1476                   String message = MessageManager
1477                           .getString("label.proxy_password_required");
1478                   Preferences.openPreferences(
1479                           Preferences.TabRef.CONNECTIONS_TAB, message);
1480                   Preferences.getInstance()
1481                           .proxyAuthPasswordCheckHighlight(true, true);
1482                 }
1483                 else
1484                 {
1485                   try
1486                   {
1487                     if (protocol.equalsIgnoreCase("http")
1488                             && getRequestingHost()
1489                                     .equalsIgnoreCase(httpHost)
1490                             && getRequestingPort() == Integer
1491                                     .valueOf(httpPort))
1492                     {
1493                       Cache.debug(
1494                               "AUTHENTICATOR returning PasswordAuthentication(\""
1495                                       + httpUser + "\", '"
1496                                       + new String(displayHttpPw) + "')");
1497                       return new PasswordAuthentication(httpUser,
1498                               httpPassword);
1499                     }
1500                     if (protocol.equalsIgnoreCase("https")
1501                             && getRequestingHost()
1502                                     .equalsIgnoreCase(httpsHost)
1503                             && getRequestingPort() == Integer
1504                                     .valueOf(httpsPort))
1505                     {
1506                       char[] displayHttpsPw = new char[httpPassword.length];
1507                       Arrays.fill(displayHttpsPw, '*');
1508                       Cache.debug(
1509                               "AUTHENTICATOR returning PasswordAuthentication(\""
1510                                       + httpsUser + "\", '" + displayHttpsPw
1511                                       + "'");
1512                       return new PasswordAuthentication(httpsUser,
1513                               httpsPassword);
1514                     }
1515                   } catch (NumberFormatException e)
1516                   {
1517                     Cache.error("Problem with proxy port values [http:"
1518                             + httpPort + ", https:" + httpsPort + "]");
1519                   }
1520                   Cache.debug(
1521                           "AUTHENTICATOR after trying to get PasswordAuthentication");
1522                 }
1523               }
1524               // non proxy request
1525               Cache.debug("AUTHENTICATOR returning null");
1526               return null;
1527             }
1528           });
1529         } // end of j2sIgnore for java.net.Authenticator
1530
1531         // required to re-enable basic authentication (should be okay for a
1532         // local proxy)
1533         Cache.debug(
1534                 "AUTHENTICATOR setting property 'jdk.http.auth.tunneling.disabledSchemes' to \"\"");
1535         System.setProperty("jdk.http.auth.tunneling.disabledSchemes", "");
1536       } catch (SecurityException e)
1537       {
1538         Cache.error("Could not set default Authenticator");
1539         Cache.debug(getStackTraceString(e));
1540       }
1541     }
1542     else
1543     {
1544       // reset the Authenticator to protect http.proxyUser and
1545       // http.proxyPassword Just In Case
1546       /* as noted above, due to bug in java this doesn't work if the sun.net.www.protocol.http.AuthCache
1547        * has working credentials. No workaround for Java 11.
1548        */
1549       if (!Platform.isJS())
1550       /* *
1551        * java.net.Authenticator not implemented in SwingJS yet
1552        *
1553        * @j2sIgnore
1554        *
1555        */
1556       {
1557         Cache.debug("AUTHENTICATOR setting default Authenticator to null");
1558         Authenticator.setDefault(null);
1559       }
1560     }
1561
1562     // nonProxyHosts not currently configurable in Preferences
1563     Cache.debug("AUTHENTICATOR setting property 'http.nonProxyHosts' to \""
1564             + nonProxyHosts + "\"");
1565     setOrClearSystemProperty("http.nonProxyHosts", nonProxyHosts);
1566   }
1567
1568   public static void setOrClearSystemProperty(String key, char[] value)
1569   {
1570     setOrClearSystemProperty(key,
1571             (value == null) ? null : new String(value));
1572   }
1573
1574   public static void setOrClearSystemProperty(String key, String value)
1575   {
1576     if (key == null)
1577     {
1578       return;
1579     }
1580     if (value == null)
1581     {
1582       System.clearProperty(key);
1583     }
1584     else
1585     {
1586       System.setProperty(key, value);
1587     }
1588   }
1589
1590   public final static int TRACE = 10;
1591
1592   public final static int DEBUG = 20;
1593
1594   public final static int INFO = 30;
1595
1596   public final static int WARN = 40;
1597
1598   public final static int ERROR = 50;
1599
1600   public static boolean println(int level, String message)
1601   {
1602     if (Cache.log == null)
1603     {
1604       if (level >= WARN)
1605         System.err.println(message);
1606       else if (level >= INFO)
1607         System.out.println(message);
1608       // not printing debug or trace messages
1609       return false;
1610     }
1611     if (level >= ERROR)
1612     {
1613       Cache.log.error(message);
1614     }
1615     else if (level >= WARN)
1616     {
1617       Cache.log.warn(message);
1618     }
1619     else if (level >= INFO)
1620     {
1621       Cache.log.info(message);
1622     }
1623     else if (level >= DEBUG)
1624     {
1625       Cache.log.debug(message);
1626     }
1627     else
1628     {
1629       Cache.log.trace(message);
1630     }
1631     return true;
1632   }
1633
1634   public static void trace(String message)
1635   {
1636     println(TRACE, message);
1637   }
1638
1639   public static void debug(String message)
1640   {
1641     println(DEBUG, message);
1642   }
1643
1644   public static void info(String message)
1645   {
1646     println(INFO, message);
1647   }
1648
1649   public static void warn(String message)
1650   {
1651     println(WARN, message);
1652   }
1653
1654   public static void error(String message)
1655   {
1656     println(ERROR, message);
1657   }
1658
1659   /**
1660    * Getdown appbase methods
1661    */
1662
1663   private static final String releaseAppbase;
1664
1665   private static String getdownAppbase;
1666
1667   private static String getdownDistDir;
1668
1669   static
1670   {
1671     if (!Platform.isJS())
1672     {
1673       Float specversion = Float
1674               .parseFloat(System.getProperty("java.specification.version"));
1675       releaseAppbase = (specversion < 9)
1676               ? "https://www.jalview.org/getdown/release/1.8"
1677               : "https://www.jalview.org/getdown/release/11";
1678     }
1679     else
1680     {
1681       // this value currenly made up, can be changed to URL that will be
1682       // "https://www.jalview.org/jalview-js/swingjs/j2s/build_properties"
1683       releaseAppbase = "https://www.jalview.org/jalview-js";
1684       getdownAppbase = releaseAppbase;
1685       getdownDistDir = "/swingjs/j2s";
1686     }
1687   }
1688
1689   // look for properties (passed in by getdown) otherwise default to release
1690   private static void setGetdownAppbase()
1691   {
1692     if (getdownAppbase != null)
1693     {
1694       return;
1695     }
1696     String appbase = System.getProperty("getdownappbase");
1697     String distDir = System.getProperty("getdowndistdir");
1698     if (appbase == null)
1699     {
1700       appbase = buildProperties.getProperty("GETDOWNAPPBASE");
1701       distDir = buildProperties.getProperty("GETDOWNAPPDISTDIR");
1702     }
1703     if (appbase == null)
1704     {
1705       appbase = releaseAppbase;
1706       distDir = "release";
1707     }
1708     if (appbase.endsWith("/"))
1709     {
1710       appbase = appbase.substring(0, appbase.length() - 1);
1711     }
1712     if (distDir == null)
1713     {
1714       distDir = appbase.equals(releaseAppbase) ? "release" : "alt";
1715     }
1716     getdownAppbase = appbase;
1717     getdownDistDir = distDir;
1718   }
1719
1720   public static String getGetdownAppbase()
1721   {
1722     setGetdownAppbase();
1723     return getdownAppbase;
1724   }
1725
1726   public static String getAppbaseBuildProperties()
1727   {
1728     String appbase = getGetdownAppbase();
1729     return appbase + "/" + getdownDistDir + "/build_properties";
1730   }
1731 }