CodonComparator.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignedCodon;
   4
   5 import java.util.Comparator;
   6
   7 /**
   8  * Implements rules for comparing two aligned codons, i.e. determining whether
   9  * they should occupy the same position in a translated protein alignment, or
  10  * one or the other should 'follow' (by preceded by a gap).
  11  *
  12  * @author gmcarstairs
  13  *
  14  */
  15 public final class CodonComparator implements Comparator<AlignedCodon>
  16 {
  17
  18   @Override
  19   public int compare(AlignedCodon ac1, AlignedCodon ac2)
  20   {
  21     if (ac1 == null || ac2 == null || ac1.equals(ac2))
  22     {
  23       return 0;
  24     }
  25
  26     /**
  27      * <pre>
  28      * Case 1: if one starts before the other, and doesn't end after it, then it
  29      * precedes. We ignore the middle base position here.
  30      * A--GT
  31      * -CT-G
  32      * </pre>
  33      */
  34     if (ac1.pos1 < ac2.pos1 && ac1.pos3 <= ac2.pos3)
  35     {
  36       return -1;
  37     }
  38     if (ac2.pos1 < ac1.pos1 && ac2.pos3 <= ac1.pos3)
  39     {
  40       return 1;
  41     }
  42
  43     /**
  44      * <pre>
  45      * Case 2: if one ends after the other, and doesn't start before it, then it
  46      * follows. We ignore the middle base position here.
  47      * -TG-A
  48      * G-TC
  49      * </pre>
  50      */
  51     if (ac1.pos3 > ac2.pos3 && ac1.pos1 >= ac2.pos1)
  52     {
  53       return 1;
  54     }
  55     if (ac2.pos3 > ac1.pos3 && ac2.pos1 >= ac1.pos1)
  56     {
  57       return -1;
  58     }
  59
  60     /*
  61      * Case 3: if start and end match, compare middle base positions.
  62      */
  63     if (ac1.pos1 == ac2.pos1 && ac1.pos3 == ac2.pos3)
  64     {
  65       return Integer.compare(ac1.pos2, ac2.pos2);
  66     }
  67
  68     /*
  69      * That just leaves the 'enclosing' case - one codon starts after but ends
  70      * before the other. If the middle bases don't match, use their comparison
  71      * (majority vote).
  72      */
  73     int compareMiddles = Integer.compare(ac1.pos2, ac2.pos2);
  74     if (compareMiddles != 0)
  75     {
  76       return compareMiddles;
  77     }
  78
  79     /**
  80      * <pre>
  81      * Finally just leaves overlap with matching middle base, e.g.
  82      * -A-A-A
  83      * G--GG
  84      * In this case the choice is arbitrary whether to compare based on
  85      * first or last base position. We pick the first. Note this preserves
  86      * symmetricality of the comparison.
  87      * </pre>
  88      */
  89     return Integer.compare(ac1.pos1, ac2.pos1);
  90   }
  91 }