Configuration.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.io.BufferedReader;
  33 import java.io.File;
  34 import java.io.FileReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.io.InputStreamReader;
  37 import java.net.URL;
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.SortedMap;
  42 import java.util.StringTokenizer;
  43 import java.util.TreeMap;
  44
  45 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  52 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  53 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  54 import org.forester.util.ForesterUtil;
  55
  56 public final class Configuration {
  57
  58     final static String                     clickto_options[][]                                    = {
  59             { "Display Node Data", "display" }, { "Collapse/Uncollapse", "display" }, { "Root/Reroot", "display" },
  60             { "Go to Sub-/Super-Tree", "display" }, { "Swap Descendants", "display" },
  61             { "Colorize Node(s)", "display" }, { "Change Node Font(s)", "display" },
  62             { "Colorize Subtree(s)", "display" }, { "Open Sequence DB", "display" }, { "Open PDB", "display" },
  63             { "Open Taxonomy DB", "display" }, { "Launch BLAST", "display" }, { "Cut Subtree", "display" },
  64             { "Copy Subtree", "display" }, { "Paste Subtree", "display" }, { "Delete Subtree/Node", "display" },
  65             { "Add New Node", "display" }, { "Edit Node Data", "display" }, { "Sort Descendants", "display" },
  66             { "Return", "display" }, { "Select Node(s)", "display" }                              };
  67     final static int                        display_node_data                                      = 0;
  68     final static int                        collapse_uncollapse                                    = 1;
  69     final static int                        reroot                                                 = 2;
  70     final static int                        subtree                                                = 3;
  71     final static int                        swap                                                   = 4;
  72     final static int                        color_node_font                                        = 5;
  73     final static int                        change_node_font                                       = 6;
  74     final static int                        color_subtree                                          = 7;
  75     final static int                        open_seq_web                                           = 8;
  76     final static int                        open_pdb_web                                           = 9;
  77     final static int                        open_tax_web                                           = 10;
  78     final static int                        blast                                                  = 11;
  79     final static int                        cut_subtree                                            = 12;
  80     final static int                        copy_subtree                                           = 13;
  81     final static int                        paste_subtree                                          = 14;
  82     final static int                        delete_subtree_or_node                                 = 15;
  83     final static int                        add_new_node                                           = 16;
  84     final static int                        edit_node_data                                         = 17;
  85     final static int                        sort_descendents                                       = 18;
  86     final static int                        get_ext_desc_data                                      = 19;
  87     final static int                        select_nodes                                           = 20;
  88     // ------------------
  89     // Click-to options
  90     // ------------------
  91     final static String                     display_options[][]                                    = {
  92             { "Phylogram", "display", "?" }, { "Node Name", "display", "yes" }, { "Taxonomy Code", "display", "yes" },
  93             { "Seq Annotations", "display", "no" }, { "Confidence Values", "display", "?" },
  94             { "Node Events", "display", "?" }, { "Colorize by Taxonomy", "display", "no" },
  95             { "Colorize by Sequence", "display", "no" }, { "Visual Styles/Branch Colors", "display", "no" },
  96             { "Branch Widths", "display", "no" }, { "Domain Architectures", "display", "no" },
  97             { "Binary Characters", "nodisplay", "no" }, { "Binary Char Counts", "nodisplay", "no" },
  98             { "Seq Name", "display", "yes" }, { "Seq Accession", "display", "no" },
  99             { "Show Internal Data", "display", "yes" }, { "Dyna Hide", "display", "yes" },
 100             { "Taxonomy Scientific", "display", "yes" }, { "Taxonomy Common", "display", "no" },
 101             { "Colorize by Annotation", "display", "no" }, { "Seq Symbol", "display", "yes" },
 102             { "Rollover", "display", "yes" }, { "Relation Confidence", "nodisplay", "no" },
 103             { "Vector Data", "nodisplay", "no" }, { "Taxonomy Images", "display", "no" },
 104             { "Properties", "display", "no" }, { "Gene Name", "display", "yes" },
 105             { "Multiple Seq Alignment", "display", "no" }, { "Branch Length Values", "display", "no" } };
 106     final static int                        display_as_phylogram                                   = 0;
 107     final static int                        show_node_names                                        = 1;
 108     final static int                        show_tax_code                                          = 2;
 109     final static int                        show_annotation                                        = 3;
 110     final static int                        write_confidence_values                                = 4;
 111     final static int                        write_events                                           = 5;
 112     final static int                        color_according_to_species                             = 6;
 113     final static int                        color_according_to_sequence                            = 7;
 114     final static int                        use_style                                              = 8;
 115     final static int                        width_branches                                         = 9;
 116     final static int                        show_domain_architectures                              = 10;
 117     final static int                        show_binary_characters                                 = 11;
 118     final static int                        show_binary_character_counts                           = 12;
 119     final static int                        show_seq_names                                         = 13;
 120     final static int                        show_sequence_acc                                      = 14;
 121     final static int                        display_internal_data                                  = 15;
 122     final static int                        dynamically_hide_data                                  = 16;
 123     final static int                        show_taxonomy_scientific_names                         = 17;
 124     final static int                        show_taxonomy_common_names                             = 18;
 125     final static int                        color_according_to_annotation                          = 19;
 126     final static int                        show_seq_symbols                                       = 20;
 127     final static int                        node_data_popup                                        = 21;
 128     final static int                        show_relation_confidence                               = 22;
 129     final static int                        show_vector_data                                       = 23;
 130     final static int                        show_taxonomy_images                                   = 24;
 131     final static int                        show_properties                                        = 25;
 132     final static int                        show_gene_names                                        = 26;
 133     final static int                        show_mol_seqs                                          = 27;
 134     final static int                        write_branch_length_values                             = 28;
 135     static final String                     VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA                   = "validate_against_phyloxml_xsd_schema";
 136     private static Hashtable<String, Color> _sequence_colors;
 137     private static Hashtable<String, Color> _annotation_colors;
 138     private static Hashtable<String, Color> _domain_colors;
 139     private static Hashtable<String, Color> _species_colors;
 140     private static String                   DEFAULT_FONT_FAMILY                                    = "";
 141     private static final int                DEPRECATED                                             = -2;
 142     private static final String             DISPLAY_COLOR_KEY                                      = "display_color";
 143     // ---------------------------
 144     // Display options for trees
 145     // ---------------------------
 146     // ---------------------------------
 147     // Pertaining to the config itself
 148     // ---------------------------------
 149     // Full path to config (may be URL)
 150     String                                  config_filename;
 151     // This option is selected in the dropdown
 152     int                                     default_clickto                                        = Configuration.display_node_data;
 153     String                                  default_config_filename                                = Constants.DEFAULT_CONFIGURATION_FILE_NAME;
 154     // --------------
 155     // Color set
 156     // --------------
 157     TreeColorSet                            tree_color_set;
 158     // -------
 159     // Fonts
 160     // -------
 161     TreeFontSet                             tree_font_set;
 162     boolean                                 verbose                                                = Constants.VERBOSE_DEFAULT;
 163     private boolean                         _abbreviate_scientific_names                           = false;
 164     private boolean                         _antialias_screen                                      = true;
 165     private boolean                         _background_color_gradient                             = false;
 166     private String                          _base_font_family_name                                 = "";
 167     private int                             _base_font_size                                        = -1;
 168     private CLADOGRAM_TYPE                  _cladogram_type                                        = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 169     private boolean                         _color_labels_same_as_parent_branch                    = false;
 170     private int                             _default_bootstrap_samples                             = -1;
 171     private NodeFill                        _default_node_fill                                     = NodeFill.SOLID;
 172     private NodeShape                       _default_node_shape                                    = NodeShape.RECTANGLE;
 173     private short                           _default_node_shape_size                               = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 174     private SortedMap<String, Color>        _display_colors                                        = null;
 175     private boolean                         _display_sequence_relations                            = false;
 176     private boolean                         _editable                                              = true;
 177     private NODE_DATA                       _ext_desc_data_to_return                               = NODE_DATA.UNKNOWN;
 178     private EXT_NODE_DATA_RETURN_ON         _ext_node_data_return_on                               = EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW;
 179     private int                             _frame_x_size;
 180     private int                             _frame_y_size;
 181     private int                             _graphics_export_x                                     = -1;
 182     private int                             _graphics_export_y                                     = -1;
 183     private Color                           _gui_background_color                                  = Constants.GUI_BACKGROUND_DEFAULT;
 184     private Color                           _gui_button_background_color                           = Constants.BUTTON_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 185     private Color                           _gui_button_border_color                               = Constants.BUTTON_BORDER_COLOR_DEFAULT;
 186     private Color                           _gui_button_text_color                                 = Constants.BUTTON_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 187     private Color                           _gui_checkbox_and_button_active_color                  = Constants.CHECKBOX_AND_BUTTON_ACTIVE_COLOR_DEFAULT;
 188     private Color                           _gui_checkbox_text_color                               = Constants.CHECKBOX_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 189     private Color                           _gui_menu_background_color                             = Constants.MENU_BACKGROUND_COLOR_DEFAULT;
 190     private Color                           _gui_menu_text_color                                   = Constants.MENU_TEXT_COLOR_DEFAULT;
 191     private boolean                         _hide_controls_and_menus                               = false;
 192     private boolean                         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing         = false;
 193     private String                          _label_for_get_ext_descendents_data                    = "";
 194     private int                             _max_base_font_size                                    = 20;
 195     private boolean                         _midpoint_root                                         = false;
 196     private int                             _min_base_font_size                                    = 2;
 197     private double                          _min_confidence_value                                  = Options.MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 198     private boolean                         _nh_parsing_replace_underscores                        = false;
 199     private NODE_LABEL_DIRECTION            _node_label_direction                                  = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 200     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 201     private short                           _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values    = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 202     private short                           _ov_max_height                                         = 80;
 203     private short                           _ov_max_width                                          = 80;
 204     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE         _ov_placement                                          = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 205     private File                            _path_to_local_fastme                                  = null;
 206     private File                            _path_to_local_mafft                                   = null;
 207     private File                            _path_to_local_raxml                                   = null;
 208     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE         _phylogeny_graphics_type                               = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 209     private float                           _print_line_width                                      = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 210     private boolean                         _show_annotation_ref_source                            = true;
 211     private boolean                         _show_default_node_shapes_external                     = false;
 212     private boolean                         _show_default_node_shapes_internal                     = false;
 213     private boolean                         _show_domain_labels                                    = true;
 214     private boolean                         _show_overview                                         = true;
 215     private boolean                         _show_scale                                            = false;
 216     private TAXONOMY_EXTRACTION             _taxonomy_extraction                                   = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 217     private UI                              _ui                                                    = UI.UNKNOWN;
 218     private boolean                         _use_tabbed_display                                    = false;
 219     private boolean                         _validate_against_phyloxml_xsd_schema                  = Constants.VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCJEMA_DEFAULT;
 220     private Color                           _vector_data_min_color                                 = Color.BLUE;
 221     private Color                           _vector_data_max_color                                 = Color.YELLOW;
 222     private Color                           _vector_data_mean_color                                = Color.WHITE;
 223     private double                          _vector_data_height                                    = 12;
 224     private int                             _vector_data_width                                     = 120;
 225     private boolean                         _line_up_renderable_node_data;
 226     private boolean                         _right_align_domains;
 227     static {
 228         for( final String font_name : Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES ) {
 229             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font_name ) >= 0 ) {
 230                 DEFAULT_FONT_FAMILY = font_name;
 231                 break;
 232             }
 233         }
 234         if ( ForesterUtil.isEmpty( DEFAULT_FONT_FAMILY ) ) {
 235             DEFAULT_FONT_FAMILY = Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES[ Constants.DEFAULT_FONT_CHOICES.length - 1 ];
 236         }
 237     }
 238
 239     public Configuration() {
 240         this( null, false, false, false );
 241     }
 242
 243     public Configuration( final String cf, final boolean is_url, final boolean is_applet, final boolean verbose ) {
 244         if ( ForesterUtil.isEmpty( cf ) ) {
 245             config_filename = default_config_filename;
 246         }
 247         else {
 248             config_filename = cf;
 249         }
 250         setDisplayColors( new TreeMap<String, Color>() );
 251         config_filename = config_filename.trim();
 252         URL u = null;
 253         if ( is_url ) {
 254             // If URL, open accordingly
 255             try {
 256                 u = new URL( config_filename );
 257                 try {
 258                     final InputStreamReader isr = new InputStreamReader( u.openStream() );
 259                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( isr );
 260                     readConfig( bf );
 261                     bf.close();
 262                     ForesterUtil.programMessage( Constants.PRG_NAME, "successfully read from configuration url ["
 263                             + config_filename + "]" );
 264                 }
 265                 catch ( final Exception e ) {
 266                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 267                             + config_filename + "]: " + e.getLocalizedMessage() );
 268                 }
 269             }
 270             catch ( final Exception e ) {
 271                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration url ["
 272                         + config_filename + "]" );
 273             }
 274         }
 275         else {
 276             // Otherwise, open as a file
 277             File f = new File( config_filename );
 278             if ( !f.exists() ) {
 279                 f = new File( config_filename + ".txt" );
 280             }
 281             if ( f.exists() && f.canRead() ) {
 282                 try {
 283                     final BufferedReader bf = new BufferedReader( new FileReader( f ) );
 284                     readConfig( bf );
 285                     bf.close();
 286                 }
 287                 catch ( final Exception e ) {
 288                     if ( verbose ) {
 289                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "failed to read configuration from ["
 290                                 + config_filename + "]: " + e );
 291                     }
 292                 }
 293             }
 294             else {
 295                 if ( verbose ) {
 296                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "cannot find or open configuration file ["
 297                             + config_filename + "]" );
 298                 }
 299             }
 300         }
 301     }
 302
 303     public String getBaseFontFamilyName() {
 304         return _base_font_family_name;
 305     }
 306
 307     public int getDefaultBootstrapSamples() {
 308         return _default_bootstrap_samples;
 309     }
 310
 311     public NodeFill getDefaultNodeFill() {
 312         return _default_node_fill;
 313     }
 314
 315     public NodeShape getDefaultNodeShape() {
 316         return _default_node_shape;
 317     }
 318
 319     public short getDefaultNodeShapeSize() {
 320         return _default_node_shape_size;
 321     }
 322
 323     public NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
 324         return _ext_desc_data_to_return;
 325     }
 326
 327     public EXT_NODE_DATA_RETURN_ON getExtNodeDataReturnOn() {
 328         return _ext_node_data_return_on;
 329     }
 330
 331     public int getFrameXSize() {
 332         return _frame_x_size;
 333     }
 334
 335     public int getFrameYSize() {
 336         return _frame_y_size;
 337     }
 338
 339     public String getLabelForGetExtDescendentsData() {
 340         return _label_for_get_ext_descendents_data;
 341     }
 342
 343     public File getPathToLocalFastme() {
 344         return _path_to_local_fastme;
 345     }
 346
 347     public File getPathToLocalMafft() {
 348         return _path_to_local_mafft;
 349     }
 350
 351     public File getPathToLocalRaxml() {
 352         return _path_to_local_raxml;
 353     }
 354
 355     public boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 356         return _abbreviate_scientific_names;
 357     }
 358
 359     public boolean isBackgroundColorGradient() {
 360         return _background_color_gradient;
 361     }
 362
 363     public boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 364         return false;
 365     }
 366
 367     public boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 368         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 369     }
 370
 371     public boolean isMidpointReroot() {
 372         return _midpoint_root;
 373     }
 374
 375     public boolean isShowAnnotationRefSource() {
 376         return _show_annotation_ref_source;
 377     }
 378
 379     public boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 380         return _show_default_node_shapes_external;
 381     }
 382
 383     public boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 384         return _show_default_node_shapes_internal;
 385     }
 386
 387     public boolean isShowDomainLabels() {
 388         return _show_domain_labels;
 389     }
 390
 391     public void putDisplayColors( final String key, final Color color ) {
 392         getDisplayColors().put( key, color );
 393     }
 394
 395     public void setAddTaxonomyImagesCB( final boolean b ) {
 396         display_options[ show_taxonomy_images ][ 1 ] = b ? "yes" : "no";
 397     }
 398
 399     public void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 400         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 401     }
 402
 403     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 404         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 405     }
 406
 407     public void setBaseFontFamilyName( final String base_font_family_name ) {
 408         _base_font_family_name = base_font_family_name;
 409     }
 410
 411     public void setBaseFontSize( final int base_font_size ) {
 412         _base_font_size = base_font_size;
 413     }
 414
 415     public void setColorizeBranches( final boolean b ) {
 416         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 417     }
 418
 419     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 420         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 421     }
 422
 423     public void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 424         _default_node_fill = default_node_fill;
 425     }
 426
 427     public void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 428         _default_node_shape = default_node_shape;
 429     }
 430
 431     public void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 432         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 433     }
 434
 435     public void setDisplayAsPhylogram( final boolean b ) {
 436         display_options[ display_as_phylogram ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 437     }
 438
 439     public void setUseStyle( final boolean b ) {
 440         display_options[ use_style ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 441     }
 442
 443     public void setDisplayColors( final SortedMap<String, Color> display_colors ) {
 444         _display_colors = display_colors;
 445     }
 446
 447     public void setDisplayConfidenceValues( final boolean b ) {
 448         display_options[ write_confidence_values ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 449     }
 450
 451     public void setDisplayInternalData( final boolean b ) {
 452         display_options[ display_internal_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 453     }
 454
 455     public void setDisplayNodeNames( final boolean b ) {
 456         display_options[ show_node_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 457     }
 458
 459     public void setDisplaySequenceAcc( final boolean b ) {
 460         display_options[ show_sequence_acc ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 461     }
 462
 463     public void setDisplaySequenceNames( final boolean b ) {
 464         display_options[ show_seq_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 465     }
 466
 467     public void setDisplayGeneNames( final boolean b ) {
 468         display_options[ show_gene_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 469     }
 470
 471     public void setDisplaySequenceRelations( final boolean display_sequence_relations ) {
 472         _display_sequence_relations = display_sequence_relations;
 473     }
 474
 475     public void setDisplaySequenceSymbols( final boolean b ) {
 476         display_options[ show_seq_symbols ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 477     }
 478
 479     public void setDisplayTaxonomyCode( final boolean b ) {
 480         display_options[ show_tax_code ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 481     }
 482
 483     public void setDisplayTaxonomyCommonNames( final boolean b ) {
 484         display_options[ show_taxonomy_common_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 485     }
 486
 487     public void setDisplayTaxonomyImages( final boolean b ) {
 488         display_options[ show_taxonomy_images ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 489     }
 490
 491     public void setDisplayTaxonomyScientificNames( final boolean b ) {
 492         display_options[ show_taxonomy_scientific_names ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 493     }
 494
 495     public void setDynamicallyHideData( final boolean b ) {
 496         display_options[ dynamically_hide_data ][ 2 ] = b ? "yes" : "no";
 497     }
 498
 499     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 500         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 501     }
 502
 503     public void setFrameXSize( final int frame_x_size ) {
 504         _frame_x_size = frame_x_size;
 505     }
 506
 507     public void setFrameYSize( final int frame_y_size ) {
 508         _frame_y_size = frame_y_size;
 509     }
 510
 511     public void setMidpointReroot( final boolean midpoint_root ) {
 512         _midpoint_root = midpoint_root;
 513     }
 514
 515     public void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 516         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 517     }
 518
 519     public void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 520         _node_label_direction = node_label_direction;
 521     }
 522
 523     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 524         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 525     }
 526
 527     public void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 528         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 529     }
 530
 531     public void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 532         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 533     }
 534
 535     public void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 536         _print_line_width = print_line_width;
 537     }
 538
 539     public void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 540         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 541     }
 542
 543     public void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 544         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 545     }
 546
 547     public void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 548         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 549     }
 550
 551     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 552         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 553     }
 554
 555     public void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 556         _show_scale = show_scale;
 557     }
 558
 559     boolean displaySequenceRelations() {
 560         return _display_sequence_relations;
 561     }
 562
 563     boolean doCheckOption( final int which ) {
 564         return ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "yes" ) )
 565                 || ( display_options[ which ][ 2 ].equalsIgnoreCase( "true" ) );
 566     }
 567
 568     boolean doDisplayClickToOption( final int which ) {
 569         return clickto_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 570     }
 571
 572     boolean doDisplayOption( final int which ) {
 573         return display_options[ which ][ 1 ].equalsIgnoreCase( "display" );
 574     }
 575
 576     /**
 577      * Will attempt to use the phylogeny to determine whether to check
 578      * this or not (e.g. phylogram)
 579      *
 580      */
 581     boolean doGuessCheckOption( final int which ) {
 582         return display_options[ which ][ 2 ].equals( "?" );
 583     }
 584
 585     Map<String, Color> getAnnotationColors() {
 586         if ( _annotation_colors == null ) {
 587             _annotation_colors = new Hashtable<String, Color>();
 588         }
 589         return _annotation_colors;
 590     }
 591
 592     int getBaseFontSize() {
 593         return _base_font_size;
 594     }
 595
 596     CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 597         return _cladogram_type;
 598     }
 599
 600     int getClickToOptionsCount() {
 601         return clickto_options.length;
 602     }
 603
 604     String getClickToTitle( final int which ) {
 605         return clickto_options[ which ][ 0 ];
 606     }
 607
 608     int getDefaultDisplayClicktoOption() {
 609         return default_clickto;
 610     }
 611
 612     SortedMap<String, Color> getDisplayColors() {
 613         return _display_colors;
 614     }
 615
 616     String getDisplayTitle( final int which ) {
 617         return display_options[ which ][ 0 ];
 618     }
 619
 620     Map<String, Color> getDomainColors() {
 621         if ( _domain_colors == null ) {
 622             _domain_colors = new Hashtable<String, Color>();
 623         }
 624         return _domain_colors;
 625     }
 626
 627     int getGraphicsExportX() {
 628         return _graphics_export_x;
 629     }
 630
 631     int getGraphicsExportY() {
 632         return _graphics_export_y;
 633     }
 634
 635     Color getGuiBackgroundColor() {
 636         return _gui_background_color;
 637     }
 638
 639     Color getGuiButtonBackgroundColor() {
 640         return _gui_button_background_color;
 641     }
 642
 643     Color getGuiButtonBorderColor() {
 644         return _gui_button_border_color;
 645     }
 646
 647     Color getGuiButtonTextColor() {
 648         return _gui_button_text_color;
 649     }
 650
 651     Color getGuiCheckboxAndButtonActiveColor() {
 652         return _gui_checkbox_and_button_active_color;
 653     }
 654
 655     Color getGuiCheckboxTextColor() {
 656         return _gui_checkbox_text_color;
 657     }
 658
 659     Color getGuiMenuBackgroundColor() {
 660         return _gui_menu_background_color;
 661     }
 662
 663     Color getGuiMenuTextColor() {
 664         return _gui_menu_text_color;
 665     }
 666
 667     int getMaxBaseFontSize() {
 668         return _max_base_font_size;
 669     }
 670
 671     int getMinBaseFontSize() {
 672         return _min_base_font_size;
 673     }
 674
 675     double getMinConfidenceValue() {
 676         return _min_confidence_value;
 677     }
 678
 679     NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 680         return _node_label_direction;
 681     }
 682
 683     short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 684         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 685     }
 686
 687     short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 688         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 689     }
 690
 691     short getOvMaxHeight() {
 692         return _ov_max_height;
 693     }
 694
 695     short getOvMaxWidth() {
 696         return _ov_max_width;
 697     }
 698
 699     OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 700         return _ov_placement;
 701     }
 702
 703     PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 704         return _phylogeny_graphics_type;
 705     }
 706
 707     float getPrintLineWidth() {
 708         return _print_line_width;
 709     }
 710
 711     Hashtable<String, Color> getSpeciesColors() {
 712         if ( _species_colors == null ) {
 713             _species_colors = new Hashtable<String, Color>();
 714         }
 715         return _species_colors;
 716     }
 717
 718     Hashtable<String, Color> getSequenceColors() {
 719         if ( _sequence_colors == null ) {
 720             _sequence_colors = new Hashtable<String, Color>();
 721         }
 722         return _sequence_colors;
 723     }
 724
 725     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 726         return _taxonomy_extraction;
 727     }
 728
 729     boolean isAntialiasScreen() {
 730         if ( ForesterUtil.isMac() ) {
 731             //Apple Macintosh graphics are slow, turn off anti-alias.
 732             return false;
 733         }
 734         return _antialias_screen;
 735     }
 736
 737     /**
 738      * Convenience method.
 739      *
 740      * @return true if value in configuration file was 'yes'
 741      */
 742     boolean isDrawAsPhylogram() {
 743         return doCheckOption( display_as_phylogram );
 744     }
 745
 746     boolean isEditable() {
 747         return _editable;
 748     }
 749
 750     /**
 751      * Only used by ArchaeoptryxE.
 752      *
 753      */
 754     boolean isHideControlPanelAndMenubar() {
 755         return _hide_controls_and_menus;
 756     }
 757
 758     boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 759         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 760     }
 761
 762     boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 763         return _nh_parsing_replace_underscores;
 764     }
 765
 766     boolean isShowOverview() {
 767         return _show_overview;
 768     }
 769
 770     boolean isShowScale() {
 771         return _show_scale;
 772     }
 773
 774     final boolean isUseNativeUI() {
 775         if ( ( _ui == UI.UNKNOWN ) && ForesterUtil.isMac() ) {
 776             _ui = UI.NATIVE;
 777         }
 778         return _ui == UI.NATIVE;
 779     }
 780
 781     /**
 782      * Only used by ArchaeoptryxE.
 783      *
 784      */
 785     boolean isUseTabbedDisplay() {
 786         return _use_tabbed_display;
 787     }
 788
 789     boolean isValidatePhyloXmlAgainstSchema() {
 790         return _validate_against_phyloxml_xsd_schema;
 791     }
 792
 793     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 794         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 795     }
 796
 797     private int getClickToIndex( final String name ) {
 798         int index = -1;
 799         if ( name.equals( "edit_info" ) ) {
 800             index = Configuration.display_node_data;
 801             ForesterUtil
 802                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 803                                           "configuration key [edit_info] is deprecated, use [display node data] instead" );
 804         }
 805         else if ( name.equals( "display_node_data" ) ) {
 806             index = Configuration.display_node_data;
 807         }
 808         else if ( name.equals( "collapse_uncollapse" ) ) {
 809             index = Configuration.collapse_uncollapse;
 810         }
 811         else if ( name.equals( "reroot" ) ) {
 812             index = Configuration.reroot;
 813         }
 814         else if ( name.equals( "subtree" ) ) {
 815             index = Configuration.subtree;
 816         }
 817         else if ( name.equals( "swap" ) ) {
 818             index = Configuration.swap;
 819         }
 820         else if ( name.equals( "sort_descendants" ) ) {
 821             index = Configuration.sort_descendents;
 822         }
 823         else if ( name.equals( "get_ext_descendents_data" ) ) {
 824             index = Configuration.get_ext_desc_data;
 825         }
 826         else if ( name.equals( "display_sequences" ) ) {
 827             ForesterUtil
 828                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [display_sequences] is deprecated" );
 829             return DEPRECATED;
 830         }
 831         else if ( name.equals( "open_seq_web" ) ) {
 832             index = Configuration.open_seq_web;
 833         }
 834         else if ( name.equals( "open_pdb_web" ) ) {
 835             index = Configuration.open_pdb_web;
 836         }
 837         else if ( name.equals( "open_tax_web" ) ) {
 838             index = Configuration.open_tax_web;
 839         }
 840         else if ( name.equals( "blast" ) ) {
 841             index = Configuration.blast;
 842         }
 843         else if ( name.equals( "cut_subtree" ) ) {
 844             index = Configuration.cut_subtree;
 845         }
 846         else if ( name.equals( "copy_subtree" ) ) {
 847             index = Configuration.copy_subtree;
 848         }
 849         else if ( name.equals( "paste_subtree" ) ) {
 850             index = Configuration.paste_subtree;
 851         }
 852         else if ( name.equals( "delete" ) ) {
 853             index = Configuration.delete_subtree_or_node;
 854         }
 855         else if ( name.equals( "add_new_node" ) ) {
 856             index = Configuration.add_new_node;
 857         }
 858         else if ( name.equals( "edit_node_data" ) ) {
 859             index = Configuration.edit_node_data;
 860         }
 861         else if ( name.equals( "select_nodes" ) ) {
 862             index = Configuration.select_nodes;
 863         }
 864         else if ( name.equals( "display_node_popup" ) ) {
 865             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
 866                                               "configuration key [display_node_popup] is deprecated" );
 867             return DEPRECATED;
 868         }
 869         else if ( name.equals( "custom_option" ) ) {
 870             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "configuration key [custom_option] is deprecated" );
 871             return DEPRECATED;
 872         }
 873         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 874             index = Configuration.color_subtree;
 875         }
 876         else if ( name.equals( "change_node_font" ) ) {
 877             index = Configuration.change_node_font;
 878         }
 879         else if ( name.equals( "color_node_font" ) ) {
 880             index = Configuration.color_node_font;
 881         }
 882         else if ( name.equals( "color_subtree" ) ) {
 883             index = Configuration.color_subtree;
 884         }
 885         return index;
 886     }
 887
 888     private boolean parseBoolean( final String str ) {
 889         final String my_str = str.trim().toLowerCase();
 890         if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
 891             return true;
 892         }
 893         else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
 894             return false;
 895         }
 896         else {
 897             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse boolean value from [" + str + "]" );
 898             return false;
 899         }
 900     }
 901
 902     private double parseDouble( final String str ) {
 903         double d = 0.0;
 904         try {
 905             d = Double.parseDouble( str.trim() );
 906         }
 907         catch ( final Exception e ) {
 908             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse double from [" + str + "]" );
 909             d = 0.0;
 910         }
 911         return d;
 912     }
 913
 914     private float parseFloat( final String str ) {
 915         float f = 0.0f;
 916         try {
 917             f = Float.parseFloat( str.trim() );
 918         }
 919         catch ( final Exception e ) {
 920             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse float from [" + str + "]" );
 921             f = 0.0f;
 922         }
 923         return f;
 924     }
 925
 926     private int parseInt( final String str ) {
 927         int i = -1;
 928         try {
 929             i = Integer.parseInt( str.trim() );
 930         }
 931         catch ( final Exception e ) {
 932             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse integer from [" + str + "]" );
 933             i = -1;
 934         }
 935         return i;
 936     }
 937
 938     private short parseShort( final String str ) {
 939         short i = -1;
 940         try {
 941             i = Short.parseShort( str.trim() );
 942         }
 943         catch ( final Exception e ) {
 944             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse short from [" + str + "]" );
 945             i = -1;
 946         }
 947         return i;
 948     }
 949
 950     private void processFontFamily( final StringTokenizer st ) {
 951         setBaseFontFamilyName( "" );
 952         final String font_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
 953         final String[] fonts = font_str.split( ",+" );
 954         for( String font : fonts ) {
 955             font = font.replace( '_', ' ' ).trim();
 956             if ( Arrays.binarySearch( AptxUtil.getAvailableFontFamiliesSorted(), font ) >= 0 ) {
 957                 setBaseFontFamilyName( font );
 958                 break;
 959             }
 960         }
 961     }
 962
 963     /**
 964      * read each line of config file, process non-comment lines
 965      * @throws IOException
 966      */
 967     private void readConfig( final BufferedReader conf_in ) throws IOException {
 968         String line;
 969         do {
 970             line = conf_in.readLine();
 971             if ( line != null ) {
 972                 line = line.trim();
 973                 // skip comments and blank lines
 974                 if ( !line.startsWith( "#" ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( line ) ) ) {
 975                     // convert runs of spaces to tabs
 976                     line = line.replaceAll( "\\s+", "\t" );
 977                     final StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, "\t" );
 978                     setKeyValue( st );
 979                 }
 980             }
 981         } while ( line != null );
 982     }
 983
 984     private void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 985         _antialias_screen = antialias_screen;
 986     }
 987
 988     private void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 989         _cladogram_type = cladogram_type;
 990     }
 991
 992     private void setDefaultBootstrapSamples( final int default_bootstrap_samples ) {
 993         _default_bootstrap_samples = default_bootstrap_samples;
 994     }
 995
 996     private void setEditable( final boolean editable ) {
 997         _editable = editable;
 998     }
 999
1000     private void setExtNodeDataReturnOn( final EXT_NODE_DATA_RETURN_ON ext_node_data_return_on ) {
1001         _ext_node_data_return_on = ext_node_data_return_on;
1002     }
1003
1004     private void setGraphicsExportX( final int graphics_export_x ) {
1005         _graphics_export_x = graphics_export_x;
1006     }
1007
1008     private void setGraphicsExportY( final int graphics_export_y ) {
1009         _graphics_export_y = graphics_export_y;
1010     }
1011
1012     private void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
1013         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
1014     }
1015
1016     /**
1017      * Set a key-value(s) tuple
1018      */
1019     private void setKeyValue( final StringTokenizer st ) {
1020         final String key = ( ( String ) st.nextElement() ).replace( ':', ' ' ).trim().toLowerCase();
1021         if ( !st.hasMoreElements() ) {
1022             return;
1023         }
1024         // Handle single value settings first:
1025         if ( key.equals( "default_click_to" ) ) {
1026             final String clickto_name = ( String ) st.nextElement();
1027             default_clickto = getClickToIndex( clickto_name );
1028             if ( default_clickto == -1 ) {
1029                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "invalid value [" + clickto_name
1030                         + "] for [default_click_to]" );
1031                 default_clickto = 0;
1032             }
1033             else if ( default_clickto == DEPRECATED ) {
1034                 // Deprecated.
1035             }
1036         }
1037         else if ( key.equals( "native_ui" ) ) {
1038             final String my_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1039             if ( my_str.equals( "yes" ) || my_str.equals( "true" ) ) {
1040                 _ui = UI.NATIVE;
1041             }
1042             else if ( my_str.equals( "no" ) || my_str.equals( "false" ) ) {
1043                 _ui = UI.CROSSPLATFORM;
1044             }
1045             else if ( my_str.equals( "?" ) ) {
1046                 _ui = UI.UNKNOWN;
1047             }
1048             else {
1049                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "could not parse yes/no/? value from [" + my_str
1050                         + "]" );
1051                 _ui = UI.UNKNOWN;
1052             }
1053         }
1054         else if ( key.equals( VALIDATE_AGAINST_PHYLOXML_XSD_SCHEMA ) ) {
1055             setValidatePhyloXmlAgainstSchema( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1056         }
1057         else if ( key.equals( "antialias_screen" ) ) {
1058             setAntialiasScreen( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1059         }
1060         else if ( key.equals( "phylogeny_graphics_type" ) ) {
1061             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1062             if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX.toString() ) ) {
1063                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1064             }
1065             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED.toString() ) ) {
1066                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1067             }
1068             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE.toString() ) ) {
1069                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1070             }
1071             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED.toString() ) ) {
1072                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1073             }
1074             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR.toString() ) ) {
1075                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1076             }
1077             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR.toString() ) ) {
1078                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1079             }
1080             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED.toString() ) ) {
1081                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1082             }
1083             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR.toString() ) ) {
1084                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1085             }
1086             else {
1087                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1088                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1089                         + "] for [phylogeny_graphics_type]" );
1090             }
1091         }
1092         else if ( key.equals( "min_confidence_value" ) ) {
1093             final String mcv_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1094             final double d = parseDouble( mcv_str );
1095             setMinConfidenceValue( d );
1096         }
1097         else if ( key.equals( "font_family" ) ) {
1098             processFontFamily( st );
1099         }
1100         else if ( key.equals( "font_size" ) ) {
1101             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1102             final int i = parseInt( size_str );
1103             if ( i > 0 ) {
1104                 setBaseFontSize( i );
1105             }
1106         }
1107         else if ( key.equals( "font_size_min" ) ) {
1108             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1109             final int i = parseInt( size_str );
1110             if ( i > 0 ) {
1111                 setMinBaseFontSize( i );
1112             }
1113         }
1114         else if ( key.equals( "font_size_max" ) ) {
1115             final String size_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1116             final int i = parseInt( size_str );
1117             if ( i > 1 ) {
1118                 setMaxBaseFontSize( i );
1119             }
1120         }
1121         else if ( key.equals( "graphics_export_x" ) ) {
1122             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1123             final int i = parseInt( str );
1124             if ( i > 0 ) {
1125                 setGraphicsExportX( i );
1126             }
1127         }
1128         else if ( key.equals( "graphics_export_y" ) ) {
1129             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1130             final int i = parseInt( str );
1131             if ( i > 0 ) {
1132                 setGraphicsExportY( i );
1133             }
1134         }
1135         else if ( key.equals( "pdf_export_line_width" ) ) {
1136             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1137             final float f = parseFloat( str );
1138             if ( f > 0 ) {
1139                 setPrintLineWidth( f );
1140             }
1141             else {
1142                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1143                                                   "value for [pdf_export_line_width] cannot be zero or negative" );
1144             }
1145         }
1146         else if ( key.equals( "window_initial_size_x" ) ) {
1147             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1148             final int i = parseInt( str );
1149             if ( i > 0 ) {
1150                 setFrameXSize( i );
1151             }
1152         }
1153         else if ( key.equals( "window_initial_size_y" ) ) {
1154             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1155             final int i = parseInt( str );
1156             if ( i > 0 ) {
1157                 setFrameYSize( i );
1158             }
1159         }
1160         else if ( key.equals( "default_number_of_bootstrap_resamples" ) ) {
1161             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1162             final int i = parseInt( str );
1163             if ( i >= 0 ) {
1164                 setDefaultBootstrapSamples( i );
1165             }
1166             else {
1167                 ForesterUtil
1168                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1169                                               "value for [default_number_of_bootstrap_resamples] cannot be negative" );
1170             }
1171         }
1172         else if ( key.equals( "mafft_local" ) ) {
1173             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1174             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1175                 setPathToLocalMafft( new File( str ) );
1176             }
1177         }
1178         else if ( key.equals( "fastme_local" ) ) {
1179             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1180             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1181                 setPathToLocalFastme( new File( str ) );
1182             }
1183         }
1184         else if ( key.equals( "raxml_local" ) ) {
1185             final String str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1186             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
1187                 setPathToLocalRaxml( new File( str ) );
1188             }
1189         }
1190         else if ( key.equals( "show_scale" ) ) {
1191             setShowScale( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1192         }
1193         else if ( key.equals( "show_overview" ) ) {
1194             setShowOverview( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1195         }
1196         else if ( key.equals( "background_gradient" ) ) {
1197             setBackgroundColorGradient( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1198         }
1199         else if ( key.equals( "color_labels_same_as_branch_length_values" ) ) {
1200             setColorLabelsSameAsParentBranch( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1201         }
1202         else if ( key.equals( "show_domain_labels" ) ) {
1203             setShowDomainLabels( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1204         }
1205         else if ( key.equals( "show_seq_annotation_ref_sources" ) ) {
1206             setShowAnnotationRefSource( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1207         }
1208         else if ( key.equals( "abbreviate_scientific_names" ) ) {
1209             setAbbreviateScientificTaxonNames( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1210         }
1211         else if ( key.equals( "cladogram_type" ) ) {
1212             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1213             if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP.toString() ) ) {
1214                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1215             }
1216             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1217                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1218             }
1219             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP.toString() ) ) {
1220                 setCladogramType( Options.CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1221             }
1222             else {
1223                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1224                         + "] for [cladogram_type]" );
1225             }
1226         }
1227         else if ( key.equals( "non_lined_up_cladogram" ) ) {
1228             ForesterUtil
1229                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1230                                           "configuration key [non_lined_up_cladogram] is deprecated, use [cladogram_type] instead" );
1231         }
1232         else if ( key.equals( "hide_controls_and_menus" ) ) {
1233             _hide_controls_and_menus = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1234         }
1235         else if ( key.equals( "use_tabbed_display" ) ) {
1236             _use_tabbed_display = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1237         }
1238         else if ( key.equals( "overview_width" ) ) {
1239             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1240             setOvMaxWidth( i );
1241         }
1242         else if ( key.equals( "overview_height" ) ) {
1243             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ) );
1244             setOvMaxHeight( i );
1245         }
1246         else if ( key.equals( "overview_placement_type" ) ) {
1247             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1248             if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT.toTag() ) ) {
1249                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1250             }
1251             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT.toTag() ) ) {
1252                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1253             }
1254             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT.toTag() ) ) {
1255                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1256             }
1257             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT.toTag() ) ) {
1258                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1259             }
1260             else {
1261                 setOvPlacement( OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1262                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1263                         + "] for [overview_placement_type]" );
1264             }
1265         }
1266         else if ( key.equals( "node_label_direction" ) ) {
1267             final String type_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1268             if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL.toString() ) ) {
1269                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1270             }
1271             else if ( type_str.equalsIgnoreCase( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL.toString() ) ) {
1272                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1273             }
1274             else {
1275                 setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1276                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + type_str
1277                         + "] for [node_label_direction]" );
1278             }
1279         }
1280         else if ( key.equals( "branch_length_value_digits" ) ) {
1281             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1282             if ( i >= 0 ) {
1283                 setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValue( i );
1284             }
1285             else {
1286                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1287                         + "] for [branch_length_value_digits]" );
1288             }
1289         }
1290         else if ( key.equals( "confidence_value_digits" ) ) {
1291             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1292             if ( i >= 0 ) {
1293                 setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( i );
1294             }
1295             else {
1296                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + i
1297                         + "] for [confidence_value_digits]" );
1298             }
1299         }
1300         else if ( key.equals( "allow_editing" ) ) {
1301             setEditable( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1302         }
1303         else if ( key.equals( "display_sequence_relations" ) ) {
1304             setDisplaySequenceRelations( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1305         }
1306         else if ( key.equals( "replace_underscores_in_nh_parsing" ) ) {
1307             final boolean r = parseBoolean( ( String ) st.nextElement() );
1308             if ( r && ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) ) {
1309                 ForesterUtil
1310                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1311                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1312             }
1313             else {
1314                 setReplaceUnderscoresInNhParsing( r );
1315             }
1316         }
1317         else if ( key.equals( "taxonomy_extraction_in_nh_parsing" ) ) {
1318             final String s = ( String ) st.nextElement();
1319             if ( s.equalsIgnoreCase( "no" ) ) {
1320                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1321             }
1322             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_relaxed" ) ) {
1323                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
1324             }
1325             else if ( s.equalsIgnoreCase( "pfam_strict" ) ) {
1326                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1327             }
1328             else if ( s.equalsIgnoreCase( "aggressive" ) ) {
1329                 setTaxonomyExtraction( TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
1330             }
1331             else {
1332                 ForesterUtil
1333                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1334                                               "unknown value for \"taxonomy_extraction_in_nh_parsing\": "
1335                                                       + s
1336                                                       + " (must be either: no, pfam_relaxed, pfam_strict, or aggressive)" );
1337             }
1338             if ( ( getTaxonomyExtraction() != TAXONOMY_EXTRACTION.NO ) && isReplaceUnderscoresInNhParsing() ) {
1339                 ForesterUtil
1340                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1341                                               "attempt to extract taxonomies and replace underscores at the same time" );
1342             }
1343         }
1344         else if ( key.equals( "internal_labels_are_confidence_values" ) ) {
1345             setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1346         }
1347         else if ( key.equals( "gui_background_color" ) ) {
1348             _gui_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1349         }
1350         else if ( key.equals( "gui_checkbox_text_color" ) ) {
1351             _gui_checkbox_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1352         }
1353         else if ( key.equals( "gui_checkbox_and_button_active_color" ) ) {
1354             _gui_checkbox_and_button_active_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1355         }
1356         else if ( key.equals( "gui_button_text_color" ) ) {
1357             _gui_button_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1358         }
1359         else if ( key.equals( "gui_button_background_color" ) ) {
1360             _gui_button_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1361         }
1362         else if ( key.equals( "gui_menu_background_color" ) ) {
1363             _gui_menu_background_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1364         }
1365         else if ( key.equals( "gui_menu_text_color" ) ) {
1366             _gui_menu_text_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1367         }
1368         else if ( key.equals( "gui_button_border_color" ) ) {
1369             _gui_button_border_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1370         }
1371         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes" ) ) {
1372             ForesterUtil
1373                     .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1374                                           "configuration key [show_default_node_shapes] is deprecated, use [show_default_node_shapes_internal] and [show_default_node_shapes_external] instead" );
1375             final boolean b = parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1376             setShowDefaultNodeShapesInternal( b );
1377             setShowDefaultNodeShapesExternal( b );
1378         }
1379         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_internal" ) ) {
1380             setShowDefaultNodeShapesInternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1381         }
1382         else if ( key.equals( "show_default_node_shapes_external" ) ) {
1383             setShowDefaultNodeShapesExternal( parseBoolean( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() ) );
1384         }
1385         else if ( key.equals( "default_node_size" ) ) {
1386             final short i = parseShort( ( ( String ) st.nextElement() ).trim() );
1387             setDefaultNodeShapeSize( i );
1388         }
1389         else if ( key.equals( "default_node_fill" ) ) {
1390             final String fill_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1391             if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.NONE.toString() ) ) {
1392                 setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1393             }
1394             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT.toString() ) ) {
1395                 setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1396             }
1397             else if ( fill_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeFill.SOLID.toString() ) ) {
1398                 setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1399             }
1400             else {
1401                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + fill_str
1402                         + "] for [default_node_fill]" );
1403             }
1404         }
1405         else if ( key.equals( "default_node_shape" ) ) {
1406             final String shape_str = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1407             if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.CIRCLE.toString() ) ) {
1408                 setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1409             }
1410             else if ( shape_str.equalsIgnoreCase( NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE.toString() ) ) {
1411                 setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1412             }
1413             else {
1414                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + shape_str
1415                         + "] for [default_node_shape]" );
1416             }
1417         }
1418         else if ( key.equals( "midpoint_reroot" ) ) {
1419             setMidpointReroot( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1420         }
1421         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return" ) ) {
1422             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1423             if ( s.equalsIgnoreCase( "node_name" ) ) {
1424                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.NODE_NAME );
1425             }
1426             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_acc" ) ) {
1427                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_ACC );
1428             }
1429             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq_fasta" ) ) {
1430                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA );
1431             }
1432             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_mol_seq" ) ) {
1433                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_MOL_SEQ );
1434             }
1435             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_name" ) ) {
1436                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_NAME );
1437             }
1438             else if ( s.equalsIgnoreCase( "gene_name" ) ) {
1439                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.GENE_NAME );
1440             }
1441             else if ( s.equalsIgnoreCase( "sequence_symbol" ) ) {
1442                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.SEQUENCE_SYMBOL );
1443             }
1444             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_scientific_name" ) ) {
1445                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
1446             }
1447             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_code" ) ) {
1448                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_CODE );
1449             }
1450             else if ( s.equalsIgnoreCase( "taxonomy_common_name" ) ) {
1451                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.TAXONOMY_COMM0N_NAME );
1452             }
1453             else if ( s.equalsIgnoreCase( "user_selected" ) ) {
1454                 setExtDescNodeDataToReturn( NODE_DATA.UNKNOWN );
1455             }
1456             else {
1457                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1458                         + "] for [ext_descendents_data_to_return]" );
1459             }
1460         }
1461         else if ( key.equals( "label_for_get_ext_descendents_data" ) ) {
1462             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim();
1463             if ( ForesterUtil.isEmpty( s ) || ( s.length() < 2 ) ) {
1464                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "illegal value [" + s
1465                         + "] for [label_for_get_ext_descendents_data]" );
1466             }
1467             else {
1468                 setLabelForGetExtDescendentsData( s.replaceAll( "_", " " ) );
1469             }
1470         }
1471         else if ( key.equals( "ext_descendents_data_to_return_on" ) ) {
1472             final String s = ( ( String ) st.nextElement() ).trim().toLowerCase();
1473             if ( s.equals( "console" ) ) {
1474                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE );
1475             }
1476             else if ( s.equals( "window" ) ) {
1477                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW );
1478             }
1479             else if ( s.equals( "buffer_only" ) ) {
1480                 setExtNodeDataReturnOn( EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY );
1481             }
1482             else {
1483                 ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown value [" + s
1484                         + "] for [ext_descendents_data_to_return_on]" );
1485             }
1486         }
1487         else if ( key.equals( "vector_data_min_color" ) ) {
1488             _vector_data_min_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1489         }
1490         else if ( key.equals( "vector_data_max_color" ) ) {
1491             _vector_data_max_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1492         }
1493         else if ( key.equals( "vector_data_mean_color" ) ) {
1494             _vector_data_mean_color = Color.decode( ( String ) st.nextElement() );
1495         }
1496         else if ( key.equals( "vector_data_width" ) ) {
1497             _vector_data_width = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1498             if ( _vector_data_width < 1 ) {
1499                 _vector_data_width = 120;
1500             }
1501         }
1502         else if ( key.equals( "vector_data_height" ) ) {
1503             _vector_data_height = parseShort( ( String ) st.nextElement() );
1504             if ( _vector_data_height < 1 ) {
1505                 _vector_data_height = 12;
1506             }
1507         }
1508         else if ( key.equals( "line_up_renderable_data" ) ) {
1509             setLineUpRendarableNodeData( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1510         }
1511         else if ( key.equals( "right_align_domain_architectures" ) ) {
1512             setRightLineUpDomains( parseBoolean( ( String ) st.nextElement() ) );
1513         }
1514         else if ( st.countTokens() >= 2 ) { // counts the tokens that are not
1515             // yet retrieved!
1516             int key_index = -1;
1517             if ( key.equals( "phylogram" ) ) {
1518                 key_index = Configuration.display_as_phylogram;
1519             }
1520             else if ( key.equals( "rollover" ) ) {
1521                 key_index = Configuration.node_data_popup;
1522             }
1523             else if ( key.equals( "color_according_to_species" ) ) {
1524                 key_index = Configuration.color_according_to_species;
1525             }
1526             else if ( key.equals( "color_according_to_sequence" ) ) {
1527                 key_index = Configuration.color_according_to_sequence;
1528             }
1529             else if ( key.equals( "show_node_names" ) ) {
1530                 key_index = Configuration.show_node_names;
1531             }
1532             else if ( key.equals( "show_taxonomy_code" ) ) {
1533                 key_index = Configuration.show_tax_code;
1534             }
1535             else if ( key.equals( "write_confidence_values" ) ) {
1536                 key_index = Configuration.write_confidence_values;
1537             }
1538             else if ( key.equals( "write_branch_length_values" ) ) {
1539                 key_index = Configuration.write_branch_length_values;
1540             }
1541             else if ( key.equals( "write_events" ) ) {
1542                 key_index = Configuration.write_events;
1543             }
1544             else if ( key.equals( "use_visual_styles" ) ) {
1545                 key_index = Configuration.use_style;
1546             }
1547             else if ( key.equals( "color_branches" ) ) {
1548                 key_index = Configuration.use_style;
1549                 ForesterUtil
1550                         .printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1551                                               "configuration key [color_branches] is deprecated, use [use_visual_styles] instead" );
1552             }
1553             else if ( key.equals( "width_branches" ) ) {
1554                 key_index = Configuration.width_branches;
1555             }
1556             else if ( key.equals( "show_domain_architectures" ) ) {
1557                 key_index = Configuration.show_domain_architectures;
1558             }
1559             else if ( key.equals( "show_msa" ) ) {
1560                 key_index = Configuration.show_mol_seqs;
1561             }
1562             else if ( key.equals( "show_annotations" ) ) {
1563                 key_index = Configuration.show_annotation;
1564             }
1565             else if ( key.equals( "show_binary_characters" ) ) {
1566                 key_index = Configuration.show_binary_characters;
1567             }
1568             else if ( key.equals( "show_binary_character_counts" ) ) {
1569                 key_index = Configuration.show_binary_character_counts;
1570             }
1571             else if ( key.equals( "show_seq_names" ) ) {
1572                 key_index = Configuration.show_seq_names;
1573             }
1574             else if ( key.equals( "show_gene_names" ) ) {
1575                 key_index = Configuration.show_gene_names;
1576             }
1577             else if ( key.equals( "show_seq_symbols" ) ) {
1578                 key_index = Configuration.show_seq_symbols;
1579             }
1580             else if ( key.equals( "show_seq_acc" ) ) {
1581                 key_index = Configuration.show_sequence_acc;
1582             }
1583             else if ( key.equals( "display_internal_data" ) ) {
1584                 key_index = Configuration.display_internal_data;
1585             }
1586             else if ( key.equals( "dynamically_hide_data" ) ) {
1587                 key_index = Configuration.dynamically_hide_data;
1588             }
1589             else if ( key.equals( "show_taxonomy_scientific_names" ) ) {
1590                 key_index = Configuration.show_taxonomy_scientific_names;
1591             }
1592             else if ( key.equals( "show_taxonomy_common_names" ) ) {
1593                 key_index = Configuration.show_taxonomy_common_names;
1594             }
1595             else if ( key.equals( "show_taxonomy_images" ) ) {
1596                 key_index = Configuration.show_taxonomy_images;
1597             }
1598             else if ( key.equals( "color_according_to_annotation" ) ) {
1599                 key_index = Configuration.color_according_to_annotation;
1600             }
1601             else if ( key.equals( "show_vector_data" ) ) {
1602                 key_index = Configuration.show_vector_data;
1603             }
1604             else if ( key.equals( "show_properties" ) ) {
1605                 key_index = Configuration.show_properties;
1606             }
1607             else if ( key.equals( "show_relation_confidence" ) ) {
1608                 key_index = Configuration.show_relation_confidence;
1609             }
1610             // If we've found the key, set the values
1611             if ( key_index >= 0 ) {
1612                 display_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1613                 display_options[ key_index ][ 2 ] = ( String ) st.nextElement();
1614                 // otherwise, keep looking
1615             }
1616             else {
1617                 if ( key_index == DEPRECATED ) {
1618                     // Deprecated.
1619                 }
1620                 else if ( key.equals( "click_to" ) ) {
1621                     final String click_to_name = ( String ) st.nextElement();
1622                     key_index = getClickToIndex( click_to_name );
1623                     if ( key_index >= 0 ) {
1624                         clickto_options[ key_index ][ 1 ] = ( String ) st.nextElement();
1625                     }
1626                     else if ( key_index == DEPRECATED ) {
1627                         // Deprecated.
1628                     }
1629                     else {
1630                         ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown click-to option: "
1631                                 + click_to_name );
1632                     }
1633                 }
1634                 else if ( key.equals( "species_color" ) ) {
1635                     getSpeciesColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1636                                             Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1637                 }
1638                 else if ( key.equals( "sequence_color" ) ) {
1639                     getSequenceColors().put( ( ( String ) st.nextElement() ).replace( '_', ' ' ),
1640                                              Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1641                 }
1642                 else if ( key.equals( "domain_color" ) ) {
1643                     getDomainColors().put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1644                 }
1645                 else if ( key.equals( "annotation_color" ) ) {
1646                     getAnnotationColors()
1647                             .put( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1648                 }
1649                 else if ( key.equals( "function_color" ) ) {
1650                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME,
1651                                                       "configuration key [function_color] is deprecated" );
1652                 }
1653                 else if ( key.equals( DISPLAY_COLOR_KEY ) ) {
1654                     putDisplayColors( ( String ) st.nextElement(), Color.decode( ( String ) st.nextElement() ) );
1655                 }
1656                 else {
1657                     ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key
1658                             + "] in: " + config_filename );
1659                 }
1660             }
1661         }
1662         else {
1663             ForesterUtil.printWarningMessage( Constants.PRG_NAME, "unknown configuration key [" + key + "] in: "
1664                     + config_filename );
1665         }
1666     }
1667
1668     private void setLabelForGetExtDescendentsData( final String label_for_get_ext_descendents_data ) {
1669         _label_for_get_ext_descendents_data = label_for_get_ext_descendents_data;
1670     }
1671
1672     private void setMaxBaseFontSize( final int max_base_font_size ) {
1673         _max_base_font_size = max_base_font_size;
1674     }
1675
1676     private void setMinBaseFontSize( final int min_base_font_size ) {
1677         _min_base_font_size = min_base_font_size;
1678     }
1679
1680     private void setOvMaxHeight( final short ov_max_height ) {
1681         _ov_max_height = ov_max_height;
1682     }
1683
1684     private void setOvMaxWidth( final short ov_max_width ) {
1685         _ov_max_width = ov_max_width;
1686     }
1687
1688     private void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
1689         _ov_placement = ov_placement;
1690     }
1691
1692     private void setPathToLocalFastme( final File path_to_local_fastme ) {
1693         _path_to_local_fastme = path_to_local_fastme;
1694     }
1695
1696     private void setPathToLocalMafft( final File path_to_local_mafft ) {
1697         _path_to_local_mafft = path_to_local_mafft;
1698     }
1699
1700     private void setPathToLocalRaxml( final File path_to_local_raxml ) {
1701         _path_to_local_raxml = path_to_local_raxml;
1702     }
1703
1704     private void setShowAnnotationRefSource( final boolean b ) {
1705         _show_annotation_ref_source = b;
1706     }
1707
1708     private void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
1709         _show_overview = show_overview;
1710     }
1711
1712     private void setValidatePhyloXmlAgainstSchema( final boolean validate_against_phyloxml_xsd_schema ) {
1713         _validate_against_phyloxml_xsd_schema = validate_against_phyloxml_xsd_schema;
1714     }
1715
1716     static String getDefaultFontFamilyName() {
1717         return DEFAULT_FONT_FAMILY;
1718     }
1719
1720     public enum EXT_NODE_DATA_RETURN_ON {
1721         BUFFER_ONLY, CONSOLE, WINODW;
1722     }
1723
1724     public enum UI {
1725         CROSSPLATFORM, NATIVE, NIMBUS, UNKNOWN
1726     }
1727
1728     static enum TRIPLET {
1729         FALSE, TRUE, UNKNOWN
1730     }
1731
1732     public Color getVectorDataMinColor() {
1733         return _vector_data_min_color;
1734     }
1735
1736     public Color getVectorDataMaxColor() {
1737         return _vector_data_max_color;
1738     }
1739
1740     public Color getVectorDataMeanColor() {
1741         return _vector_data_mean_color;
1742     }
1743
1744     public double getVectorDataHeight() {
1745         return _vector_data_height;
1746     }
1747
1748     public int getVectorDataWidth() {
1749         return _vector_data_width;
1750     }
1751
1752     final public boolean isLineUpRendarableNodeData() {
1753         return _line_up_renderable_node_data;
1754     }
1755
1756     final public boolean isRightLineUpDomains() {
1757         return _right_align_domains;
1758     }
1759
1760     final public void setLineUpRendarableNodeData( final boolean line_up_renderable_node_data ) {
1761         _line_up_renderable_node_data = line_up_renderable_node_data;
1762     }
1763
1764     final public void setRightLineUpDomains( final boolean right_align_domains ) {
1765         _right_align_domains = right_align_domains;
1766     }
1767 }