ConsensusThread.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcWorkerI", "jalview.workers.AlignCalcWorker"], "jalview.workers.ConsensusThread", ["jalview.analysis.AAFrequency", "java.lang.Thread"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.workers, "ConsensusThread", jalview.workers.AlignCalcWorker, jalview.api.AlignCalcWorkerI);
   4 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
   5 function () {
   6 if (this.calcMan.isPending (this)) {
   7 return;
   8 }this.calcMan.notifyStart (this);
   9 var started = System.currentTimeMillis ();
  10 try {
  11 var consensus = this.getConsensusAnnotation ();
  12 if (consensus == null || this.calcMan.isPending (this)) {
  13 this.calcMan.workerComplete (this);
  14 return;
  15 }while (!this.calcMan.notifyWorking (this)) {
  16 try {
  17 if (this.ap != null) {
  18 this.ap.paintAlignment (false);
  19 }Thread.sleep (200);
  20 } catch (ex) {
  21 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  22 ex.printStackTrace ();
  23 } else {
  24 throw ex;
  25 }
  26 }
  27 }
  28 if (this.alignViewport.isClosed ()) {
  29 this.abortAndDestroy ();
  30 return;
  31 }var alignment = this.alignViewport.getAlignment ();
  32 var aWidth = -1;
  33 if (alignment == null || (aWidth = alignment.getWidth ()) < 0) {
  34 this.calcMan.workerComplete (this);
  35 return;
  36 }this.eraseConsensus (aWidth);
  37 this.computeConsensus (alignment);
  38 this.updateResultAnnotation (true);
  39 if (this.ap != null) {
  40 this.ap.paintAlignment (true);
  41 }} catch (error) {
  42 if (Clazz.exceptionOf (error, OutOfMemoryError)) {
  43 this.calcMan.workerCannotRun (this);
  44 this.ap.raiseOOMWarning ("calculating consensus", error);
  45 } else {
  46 throw error;
  47 }
  48 } finally {
  49 this.calcMan.workerComplete (this);
  50 }
  51 });
  52 Clazz.defineMethod (c$, "eraseConsensus",
  53 function (aWidth) {
  54 var consensus = this.getConsensusAnnotation ();
  55 consensus.annotations =  new Array (aWidth);
  56 }, "~N");
  57 Clazz.defineMethod (c$, "computeConsensus",
  58 function (alignment) {
  59 var hconsensus =  new Array (alignment.getWidth ());
  60 var aseqs = this.getSequences ();
  61 jalview.analysis.AAFrequency.calculate (aseqs, 0, alignment.getWidth (), hconsensus, true);
  62 this.alignViewport.setSequenceConsensusHash (hconsensus);
  63 this.setColourSchemeConsensus (hconsensus);
  64 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
  65 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences",
  66 function () {
  67 return this.alignViewport.getAlignment ().getSequencesArray ();
  68 });
  69 Clazz.defineMethod (c$, "setColourSchemeConsensus",
  70 function (hconsensus) {
  71 var globalColourScheme = this.alignViewport.getGlobalColourScheme ();
  72 if (globalColourScheme != null) {
  73 globalColourScheme.setConsensus (hconsensus);
  74 }}, "~A");
  75 Clazz.defineMethod (c$, "getConsensusAnnotation",
  76 function () {
  77 return this.alignViewport.getAlignmentConsensusAnnotation ();
  78 });
  79 Clazz.overrideMethod (c$, "updateAnnotation",
  80 function () {
  81 this.updateResultAnnotation (false);
  82 });
  83 Clazz.defineMethod (c$, "updateResultAnnotation",
  84 function (immediate) {
  85 var consensus = this.getConsensusAnnotation ();
  86 var hconsensus = this.getViewportConsensus ();
  87 if (immediate || !this.calcMan.isWorking (this) && consensus != null && hconsensus != null) {
  88 this.deriveConsensus (consensus, hconsensus);
  89 }}, "~B");
  90 Clazz.defineMethod (c$, "deriveConsensus",
  91 function (consensusAnnotation, consensusData) {
  92 var nseq = this.getSequences ().length;
  93 jalview.analysis.AAFrequency.completeConsensus (consensusAnnotation, consensusData, 0, consensusData.length, this.alignViewport.isIgnoreGapsConsensus (), this.alignViewport.isShowSequenceLogo (), nseq);
  94 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A");
  95 Clazz.defineMethod (c$, "getViewportConsensus",
  96 function () {
  97 return this.alignViewport.getSequenceConsensusHash ();
  98 });
  99 });