CovariationColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26 import java.util.Hashtable;
  27
  28 /**
  29  * Became RNAHelicesColour.java. Placeholder for true covariation color scheme
  30  *
  31  * @author Lauren Michelle Lui
  32  * @version 2.5
  33  */
  34 public class CovariationColourScheme extends ResidueColourScheme
  35 {
  36   public Hashtable helixcolorhash = new Hashtable();
  37
  38   public Hashtable positionsToHelix = new Hashtable();
  39
  40   int numHelix = 0;
  41
  42   public AlignmentAnnotation annotation;
  43
  44   /**
  45    * Creates a new CovariationColourScheme object.
  46    */
  47   public CovariationColourScheme(AlignmentAnnotation annotation)
  48   {
  49     this.annotation = annotation;
  50
  51     for (int x = 0; x < this.annotation._rnasecstr.length; x++)
  52     {
  53       // System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x] + " Begin" +
  54       // this.annotation._rnasecstr[x].getBegin());
  55       // System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
  56       // pairs.put(this.annotation._rnasecstr[x].getBegin(),
  57       // this.annotation._rnasecstr[x].getEnd());
  58
  59       positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getBegin(),
  60               this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
  61       positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getEnd(),
  62               this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
  63
  64       if (Integer.parseInt(this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup()) > numHelix)
  65       {
  66         numHelix = Integer.parseInt(this.annotation._rnasecstr[x]
  67                 .getFeatureGroup());
  68       }
  69
  70     }
  71
  72     for (int j = 0; j <= numHelix; j++)
  73     {
  74       helixcolorhash.put(Integer.toString(j),
  75               jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor(Color.white));
  76     }
  77
  78   }
  79
  80   /**
  81    * DOCUMENT ME!
  82    *
  83    * @param n
  84    *          DOCUMENT ME!
  85    *
  86    * @return DOCUMENT ME!
  87    */
  88   public Color findColour(char c)
  89   {
  90     // System.out.println("called"); log.debug
  91     // Generate a random pastel color
  92
  93     return ResidueProperties.purinepyrimidine[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];// jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor(Color.white);
  94   }
  95
  96   /**
  97    * DOCUMENT ME!
  98    *
  99    * @param n
 100    *          DOCUMENT ME!
 101    * @param j
 102    *          DOCUMENT ME!
 103    *
 104    * @return DOCUMENT ME!
 105    */
 106   public Color findColour(char c, int j)
 107   {
 108     Color currentColour = Color.white;
 109     String currentHelix = null;
 110     // System.out.println(c + " " + j);
 111     currentHelix = (String) positionsToHelix.get(j);
 112     // System.out.println(positionsToHelix.get(j));
 113
 114     if (currentHelix != null)
 115     {
 116       currentColour = (Color) helixcolorhash.get(currentHelix);
 117     }
 118
 119     // System.out.println(c + " " + j + " helix " + currentHelix + " " +
 120     // currentColour);
 121     return currentColour;
 122   }
 123
 124 }