CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  25 import jalview.api.FeaturesSourceI;
  26 import jalview.bin.JalviewLite;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  29 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.io.AlignmentFileReaderI;
  32 import jalview.io.AnnotationFile;
  33 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  34 import jalview.io.DataSourceType;
  35 import jalview.io.FileFormatI;
  36 import jalview.io.IdentifyFile;
  37 import jalview.io.NewickFile;
  38 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;
  39 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  40 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  41 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  42 import jalview.util.MessageManager;
  43
  44 import java.awt.BorderLayout;
  45 import java.awt.Button;
  46 import java.awt.Dialog;
  47 import java.awt.Font;
  48 import java.awt.Frame;
  49 import java.awt.Label;
  50 import java.awt.Panel;
  51 import java.awt.TextArea;
  52 import java.awt.event.ActionEvent;
  53 import java.awt.event.ActionListener;
  54 import java.awt.event.MouseEvent;
  55 import java.awt.event.MouseListener;
  56 import java.io.IOException;
  57
  58 public class CutAndPasteTransfer extends Panel implements ActionListener,
  59         MouseListener
  60 {
  61   boolean pdbImport = false;
  62
  63   boolean treeImport = false;
  64
  65   boolean annotationImport = false;
  66
  67   SequenceI seq;
  68
  69   AlignFrame alignFrame;
  70
  71   AlignmentFileReaderI source = null;
  72
  73   public CutAndPasteTransfer(boolean forImport, AlignFrame alignFrame)
  74   {
  75     try
  76     {
  77       jbInit();
  78     } catch (Exception e)
  79     {
  80       e.printStackTrace();
  81     }
  82
  83     this.alignFrame = alignFrame;
  84
  85     if (!forImport)
  86     {
  87       buttonPanel.setVisible(false);
  88     }
  89   }
  90
  91   public String getText()
  92   {
  93     return textarea.getText();
  94   }
  95
  96   public void setText(String text)
  97   {
  98     textarea.setText(text);
  99   }
 100
 101   public void setPDBImport(SequenceI seq)
 102   {
 103     this.seq = seq;
 104     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
 105     addSequences.setVisible(false);
 106     pdbImport = true;
 107   }
 108
 109   public void setTreeImport()
 110   {
 111     treeImport = true;
 112     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
 113     addSequences.setVisible(false);
 114   }
 115
 116   public void setAnnotationImport()
 117   {
 118     annotationImport = true;
 119     accept.setLabel(MessageManager.getString("action.accept"));
 120     addSequences.setVisible(false);
 121   }
 122
 123   @Override
 124   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 125   {
 126     if (evt.getSource() == accept)
 127     {
 128       ok(true);
 129     }
 130     else if (evt.getSource() == addSequences)
 131     {
 132       ok(false);
 133     }
 134     else if (evt.getSource() == cancel)
 135     {
 136       cancel();
 137     }
 138   }
 139
 140   protected void ok(boolean newWindow)
 141   {
 142     String text = getText();
 143     int length = text.length();
 144     textarea.append("\n");
 145     if (textarea.getText().length() == length)
 146     {
 147       String warning = "\n\n#################################################\n"
 148               + "WARNING!! THIS IS THE MAXIMUM SIZE OF TEXTAREA!!\n"
 149               + "\nCAN'T INPUT FULL ALIGNMENT"
 150               + "\n\nYOU MUST DELETE THIS WARNING TO CONTINUE"
 151               + "\n\nMAKE SURE LAST SEQUENCE PASTED IS COMPLETE"
 152               + "\n#################################################\n";
 153       textarea.setText(text.substring(0, text.length() - warning.length())
 154               + warning);
 155
 156       textarea.setCaretPosition(text.length());
 157     }
 158
 159     if (pdbImport)
 160     {
 161       openPdbViewer(text);
 162
 163     }
 164     else if (treeImport)
 165     {
 166       if (!loadTree())
 167       {
 168         return;
 169       }
 170     }
 171     else if (annotationImport)
 172     {
 173       loadAnnotations();
 174     }
 175     else if (alignFrame != null)
 176     {
 177       loadAlignment(text, newWindow, alignFrame.getAlignViewport());
 178     }
 179
 180     // TODO: dialog should indicate if data was parsed correctly or not - see
 181     // JAL-1102
 182     if (this.getParent() instanceof Frame)
 183     {
 184       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 185     }
 186     else
 187     {
 188       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 189     }
 190   }
 191
 192   /**
 193    * Parses text as Newick Tree format, and loads on to the alignment. Returns
 194    * true if successful, else false.
 195    */
 196   protected boolean loadTree()
 197   {
 198     try
 199     {
 200       NewickFile fin = new NewickFile(textarea.getText(),
 201               DataSourceType.PASTE);
 202
 203       fin.parse();
 204       if (fin.getTree() != null)
 205       {
 206         alignFrame.loadTree(fin, "Pasted tree file");
 207         return true;
 208       }
 209     } catch (Exception ex)
 210     {
 211       // TODO: JAL-1102 - should have a warning message in dialog, not simply
 212       // overwrite the broken input data with the exception
 213       textarea.setText(MessageManager.formatMessage(
 214               "label.could_not_parse_newick_file",
 215               new Object[] { ex.getMessage() }));
 216       return false;
 217     }
 218     return false;
 219   }
 220
 221   /**
 222    * Parse text as an alignment file and add to the current or a new window.
 223    *
 224    * @param text
 225    * @param newWindow
 226    */
 227   protected void loadAlignment(String text, boolean newWindow,
 228           AlignViewport viewport)
 229   {
 230     AlignmentI al = null;
 231
 232     try
 233     {
 234       FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(text,
 235               DataSourceType.PASTE);
 236       AppletFormatAdapter afa = new AppletFormatAdapter(
 237               alignFrame.alignPanel);
 238       al = afa.readFile(text, DataSourceType.PASTE, format);
 239       source = afa.getAlignFile();
 240
 241     if (al != null)
 242     {
 243       al.setDataset(null); // set dataset on alignment/sequences
 244
 245       /*
 246        * SplitFrame option dependent on applet parameter for now.
 247        */
 248       boolean allowSplitFrame = alignFrame.viewport.applet
 249               .getDefaultParameter("enableSplitFrame", false);
 250       if (allowSplitFrame && openSplitFrame(al, format))
 251       {
 252         return;
 253       }
 254       if (newWindow)
 255       {
 256         AlignFrame af;
 257
 258         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 259         {
 260           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 261                   .getColumnSelection();
 262           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 263                   .getHiddenSequences();
 264           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 265                   .isShowSeqFeatures();
 266           String colourSchemeName = ((ComplexAlignFile) source)
 267                   .getGlobalColourScheme();
 268           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 269                   alignFrame.viewport.applet, "Cut & Paste input - "
 270                           + format, false);
 271           af.getAlignViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 272           ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper.getJalviewColourScheme(
 273                   colourSchemeName, al);
 274           if (cs != null)
 275           {
 276             af.changeColour(cs);
 277           }
 278         }
 279         else
 280         {
 281           af = new AlignFrame(al, alignFrame.viewport.applet,
 282                   "Cut & Paste input - " + format, false);
 283           if (source instanceof FeaturesSourceI)
 284           {
 285             af.getAlignViewport().setShowSequenceFeatures(true);
 286           }
 287         }
 288
 289         af.statusBar
 290                 .setText(MessageManager
 291                         .getString("label.successfully_pasted_annotation_to_alignment"));
 292       }
 293       else
 294       {
 295         alignFrame.addSequences(al.getSequencesArray());
 296         alignFrame.statusBar.setText(MessageManager
 297                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 298       }
 299     }
 300     } catch (IOException ex)
 301     {
 302       ex.printStackTrace();
 303     }
 304   }
 305
 306   /**
 307    * Check whether the new alignment could be mapped to the current one as
 308    * cDNA/protein, if so offer the option to open as split frame view. Returns
 309    * true if a split frame view is opened, false if not.
 310    *
 311    * @param al
 312    * @return
 313    */
 314   protected boolean openSplitFrame(AlignmentI al, FileFormatI format)
 315   {
 316     final AlignmentI thisAlignment = this.alignFrame.getAlignViewport()
 317             .getAlignment();
 318     if (thisAlignment.isNucleotide() == al.isNucleotide())
 319     {
 320       // both nucleotide or both protein
 321       return false;
 322     }
 323     AlignmentI protein = thisAlignment.isNucleotide() ? al : thisAlignment;
 324     AlignmentI dna = thisAlignment.isNucleotide() ? thisAlignment : al;
 325     boolean mapped = AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, dna);
 326     if (!mapped)
 327     {
 328       return false;
 329     }
 330
 331     /*
 332      * A mapping is possible; ask user if they want a split frame.
 333      */
 334     String title = MessageManager.getString("label.open_split_window");
 335     final JVDialog dialog = new JVDialog((Frame) this.getParent(), title,
 336             true, 100, 400);
 337     dialog.ok.setLabel(MessageManager.getString("action.yes"));
 338     dialog.cancel.setLabel(MessageManager.getString("action.no"));
 339     Panel question = new Panel(new BorderLayout());
 340     final String text = MessageManager
 341             .getString("label.open_split_window?");
 342     question.add(new Label(text, Label.CENTER), BorderLayout.CENTER);
 343     dialog.setMainPanel(question);
 344     dialog.setVisible(true);
 345     dialog.toFront();
 346
 347     if (!dialog.accept)
 348     {
 349       return false;
 350     }
 351
 352     /*
 353      * 'align' the added alignment to match the current one
 354      */
 355     al.alignAs(thisAlignment);
 356
 357     /*
 358      * Open SplitFrame with DNA above and protein below, including the alignment
 359      * from textbox and a copy of the original.
 360      */
 361     final JalviewLite applet = this.alignFrame.viewport.applet;
 362     AlignFrame copyFrame = new AlignFrame(
 363             this.alignFrame.viewport.getAlignment(), applet,
 364             alignFrame.getTitle(), false, false);
 365     AlignFrame newFrame = new AlignFrame(al, alignFrame.viewport.applet,
 366             "Cut & Paste input - " + format, false, false);
 367     AlignFrame dnaFrame = al.isNucleotide() ? newFrame : copyFrame;
 368     AlignFrame proteinFrame = al.isNucleotide() ? copyFrame : newFrame;
 369     SplitFrame sf = new SplitFrame(dnaFrame, proteinFrame);
 370     sf.addToDisplay(false, applet);
 371     return true;
 372   }
 373
 374   /**
 375    * Parse the text as a TCoffee score file, if successful add scores as
 376    * alignment annotations.
 377    */
 378   protected void loadAnnotations()
 379   {
 380     TCoffeeScoreFile tcf = null;
 381     try
 382     {
 383       tcf = new TCoffeeScoreFile(textarea.getText(),
 384               jalview.io.DataSourceType.PASTE);
 385       if (tcf.isValid())
 386       {
 387         if (tcf.annotateAlignment(alignFrame.viewport.getAlignment(), true))
 388         {
 389           alignFrame.tcoffeeColour.setEnabled(true);
 390           alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 391           alignFrame.changeColour(new TCoffeeColourScheme(
 392                   alignFrame.viewport.getAlignment()));
 393           alignFrame.statusBar
 394                   .setText(MessageManager
 395                           .getString("label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment"));
 396         }
 397         else
 398         {
 399           // file valid but didn't get added to alignment for some reason
 400           alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 401                   "label.failed_add_tcoffee_scores",
 402                   new Object[] { (tcf.getWarningMessage() != null ? tcf
 403                           .getWarningMessage() : "") }));
 404         }
 405       }
 406       else
 407       {
 408         tcf = null;
 409       }
 410     } catch (Exception x)
 411     {
 412       tcf = null;
 413     }
 414     if (tcf == null)
 415     {
 416       if (new AnnotationFile().annotateAlignmentView(alignFrame.viewport,
 417               textarea.getText(), jalview.io.DataSourceType.PASTE))
 418       {
 419         alignFrame.alignPanel.fontChanged();
 420         alignFrame.alignPanel.setScrollValues(0, 0);
 421         alignFrame.statusBar
 422                 .setText(MessageManager
 423                         .getString("label.successfully_pasted_annotation_to_alignment"));
 424
 425       }
 426       else
 427       {
 428         if (!alignFrame.parseFeaturesFile(textarea.getText(),
 429                 jalview.io.DataSourceType.PASTE))
 430         {
 431           alignFrame.statusBar
 432                   .setText(MessageManager
 433                           .getString("label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file"));
 434         }
 435       }
 436     }
 437   }
 438
 439   /**
 440    * Open a Jmol viewer (if available), failing that the built-in PDB viewer,
 441    * passing the input text as the PDB file data.
 442    *
 443    * @param text
 444    */
 445   protected void openPdbViewer(String text)
 446   {
 447     PDBEntry pdb = new PDBEntry();
 448     pdb.setFile(text);
 449
 450     if (alignFrame.alignPanel.av.applet.jmolAvailable)
 451     {
 452       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, new SequenceI[] { seq }, null,
 453               alignFrame.alignPanel, DataSourceType.PASTE);
 454     }
 455     else
 456     {
 457       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, new SequenceI[] { seq }, null,
 458               alignFrame.alignPanel, DataSourceType.PASTE);
 459     }
 460   }
 461
 462   protected void cancel()
 463   {
 464     textarea.setText("");
 465     if (this.getParent() instanceof Frame)
 466     {
 467       ((Frame) this.getParent()).setVisible(false);
 468     }
 469     else
 470     {
 471       ((Dialog) this.getParent()).setVisible(false);
 472     }
 473   }
 474
 475   protected TextArea textarea = new TextArea();
 476
 477   Button accept = new Button("New Window");
 478
 479   Button addSequences = new Button("Add to Current Alignment");
 480
 481   Button cancel = new Button("Close");
 482
 483   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 484
 485   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 486
 487   private void jbInit() throws Exception
 488   {
 489     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", Font.PLAIN, 10));
 490     textarea.setText(MessageManager
 491             .getString("label.paste_your_alignment_file"));
 492     textarea.addMouseListener(this);
 493     this.setLayout(borderLayout1);
 494     accept.addActionListener(this);
 495     addSequences.addActionListener(this);
 496     cancel.addActionListener(this);
 497     this.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
 498     buttonPanel.add(accept, null);
 499     buttonPanel.add(addSequences);
 500     buttonPanel.add(cancel, null);
 501     this.add(textarea, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 502   }
 503
 504   @Override
 505   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 506   {
 507     if (textarea.getText().startsWith(
 508             MessageManager.getString("label.paste_your")))
 509     {
 510       textarea.setText("");
 511     }
 512   }
 513
 514   @Override
 515   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 516   {
 517   }
 518
 519   @Override
 520   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 521   {
 522   }
 523
 524   @Override
 525   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 526   {
 527   }
 528
 529   @Override
 530   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 531   {
 532   }
 533 }