Dna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.Arrays;
  25 import java.util.Comparator;
  26 import java.util.List;
  27 import java.util.Map;
  28
  29 import jalview.api.AlignViewportI;
  30 import jalview.datamodel.AlignedCodon;
  31 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  32 import jalview.datamodel.Alignment;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.Annotation;
  36 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  37 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  38 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  39 import jalview.datamodel.GraphLine;
  40 import jalview.datamodel.Mapping;
  41 import jalview.datamodel.Sequence;
  42 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  43 import jalview.datamodel.SequenceI;
  44 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  45 import jalview.util.Comparison;
  46 import jalview.util.DBRefUtils;
  47 import jalview.util.MapList;
  48 import jalview.util.ShiftList;
  49
  50 public class Dna
  51 {
  52   private static final String STOP_X = "X";
  53
  54   private static final Comparator<AlignedCodon> comparator = new CodonComparator();
  55
  56   /*
  57    * 'final' variables describe the inputs to the translation, which should not
  58    * be modified.
  59    */
  60   final private List<SequenceI> selection;
  61
  62   final private String[] seqstring;
  63
  64   final private int[] contigs;
  65
  66   final private char gapChar;
  67
  68   final private AlignmentAnnotation[] annotations;
  69
  70   final private int dnaWidth;
  71
  72   final private Alignment dataset;
  73
  74   /*
  75    * Working variables for the translation.
  76    *
  77    * The width of the translation-in-progress protein alignment.
  78    */
  79   private int aaWidth = 0;
  80
  81   /*
  82    * This array will be built up so that position i holds the codon positions
  83    * e.g. [7, 9, 10] that match column i (base 0) in the aligned translation.
  84    * Note this implies a contract that if two codons do not align exactly, their
  85    * translated products must occupy different column positions.
  86    */
  87   private AlignedCodon[] alignedCodons;
  88
  89   /**
  90    * Constructor given a viewport and the visible contigs.
  91    *
  92    * @param viewport
  93    * @param visibleContigs
  94    */
  95   public Dna(AlignViewportI viewport, int[] visibleContigs)
  96   {
  97     this.selection = Arrays.asList(viewport.getSequenceSelection());
  98     this.seqstring = viewport.getViewAsString(true);
  99     this.contigs = visibleContigs;
 100     this.gapChar = viewport.getGapCharacter();
 101     this.annotations = viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 102     this.dnaWidth = viewport.getAlignment().getWidth();
 103     this.dataset = viewport.getAlignment().getDataset();
 104   }
 105
 106   /**
 107    * Test whether codon positions cdp1 should align before, with, or after cdp2.
 108    * Returns zero if all positions match (or either argument is null). Returns
 109    * -1 if any position in the first codon precedes the corresponding position
 110    * in the second codon. Else returns +1 (some position in the second codon
 111    * precedes the corresponding position in the first).
 112    *
 113    * Note this is not necessarily symmetric, for example:
 114    * <ul>
 115    * <li>compareCodonPos([2,5,6], [3,4,5]) returns -1</li>
 116    * <li>compareCodonPos([3,4,5], [2,5,6]) also returns -1</li>
 117    * </ul>
 118    *
 119    * @param ac1
 120    * @param ac2
 121    * @return
 122    */
 123   public static final int compareCodonPos(AlignedCodon ac1, AlignedCodon ac2)
 124   {
 125     return comparator.compare(ac1, ac2);
 126     // return jalview_2_8_2compare(ac1, ac2);
 127   }
 128
 129   /**
 130    * Codon comparison up to Jalview 2.8.2. This rule is sequence order dependent
 131    * - see http://issues.jalview.org/browse/JAL-1635
 132    *
 133    * @param ac1
 134    * @param ac2
 135    * @return
 136    */
 137   private static int jalview_2_8_2compare(AlignedCodon ac1, AlignedCodon ac2)
 138   {
 139     if (ac1 == null || ac2 == null || (ac1.equals(ac2)))
 140     {
 141       return 0;
 142     }
 143     if (ac1.pos1 < ac2.pos1 || ac1.pos2 < ac2.pos2 || ac1.pos3 < ac2.pos3)
 144     {
 145       // one base in cdp1 precedes the corresponding base in the other codon
 146       return -1;
 147     }
 148     // one base in cdp1 appears after the corresponding base in the other codon.
 149     return 1;
 150   }
 151
 152   /**
 153    *
 154    * @return
 155    */
 156   public AlignmentI translateCdna()
 157   {
 158     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 159
 160     alignedCodons = new AlignedCodon[dnaWidth];
 161
 162     int s;
 163     int sSize = selection.size();
 164     List<SequenceI> pepseqs = new ArrayList<SequenceI>();
 165     for (s = 0; s < sSize; s++)
 166     {
 167       SequenceI newseq = translateCodingRegion(selection.get(s),
 168               seqstring[s], acf, pepseqs);
 169
 170       if (newseq != null)
 171       {
 172         pepseqs.add(newseq);
 173         SequenceI ds = newseq;
 174         if (dataset != null)
 175         {
 176           while (ds.getDatasetSequence() != null)
 177           {
 178             ds = ds.getDatasetSequence();
 179           }
 180           dataset.addSequence(ds);
 181         }
 182       }
 183     }
 184
 185     SequenceI[] newseqs = pepseqs.toArray(new SequenceI[pepseqs.size()]);
 186     AlignmentI al = new Alignment(newseqs);
 187     // ensure we look aligned.
 188     al.padGaps();
 189     // link the protein translation to the DNA dataset
 190     al.setDataset(dataset);
 191     translateAlignedAnnotations(al, acf);
 192     al.addCodonFrame(acf);
 193     return al;
 194   }
 195
 196   /**
 197    * fake the collection of DbRefs with associated exon mappings to identify if
 198    * a translation would generate distinct product in the currently selected
 199    * region.
 200    *
 201    * @param selection
 202    * @param viscontigs
 203    * @return
 204    */
 205   public static boolean canTranslate(SequenceI[] selection,
 206           int viscontigs[])
 207   {
 208     for (int gd = 0; gd < selection.length; gd++)
 209     {
 210       SequenceI dna = selection[gd];
 211       DBRefEntry[] dnarefs = DBRefUtils
 212               .selectRefs(dna.getDBRef(),
 213                       jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 214       if (dnarefs != null)
 215       {
 216         // intersect with pep
 217         List<DBRefEntry> mappedrefs = new ArrayList<DBRefEntry>();
 218         DBRefEntry[] refs = dna.getDBRef();
 219         for (int d = 0; d < refs.length; d++)
 220         {
 221           if (refs[d].getMap() != null && refs[d].getMap().getMap() != null
 222                   && refs[d].getMap().getMap().getFromRatio() == 3
 223                   && refs[d].getMap().getMap().getToRatio() == 1)
 224           {
 225             mappedrefs.add(refs[d]); // add translated protein maps
 226           }
 227         }
 228         dnarefs = mappedrefs.toArray(new DBRefEntry[mappedrefs.size()]);
 229         for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 230         {
 231           Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 232           if (mp != null)
 233           {
 234             for (int vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2)
 235             {
 236               int[] mpr = mp.locateMappedRange(viscontigs[vc],
 237                       viscontigs[vc + 1]);
 238               if (mpr != null)
 239               {
 240                 return true;
 241               }
 242             }
 243           }
 244         }
 245       }
 246     }
 247     return false;
 248   }
 249
 250   /**
 251    * Translate nucleotide alignment annotations onto translated amino acid
 252    * alignment using codon mapping codons
 253    *
 254    * @param al
 255    *          the translated protein alignment
 256    */
 257   protected void translateAlignedAnnotations(AlignmentI al,
 258           AlignedCodonFrame acf)
 259   {
 260     // Can only do this for columns with consecutive codons, or where
 261     // annotation is sequence associated.
 262
 263     if (annotations != null)
 264     {
 265       for (AlignmentAnnotation annotation : annotations)
 266       {
 267         /*
 268          * Skip hidden or autogenerated annotation. Also (for now), RNA
 269          * secondary structure annotation. If we want to show this against
 270          * protein we need a smarter way to 'translate' without generating
 271          * invalid (unbalanced) structure annotation.
 272          */
 273         if (annotation.autoCalculated || !annotation.visible
 274                 || annotation.isRNA())
 275         {
 276           continue;
 277         }
 278
 279         int aSize = aaWidth;
 280         Annotation[] anots = (annotation.annotations == null) ? null
 281                 : new Annotation[aSize];
 282         if (anots != null)
 283         {
 284           for (int a = 0; a < aSize; a++)
 285           {
 286             // process through codon map.
 287             if (a < alignedCodons.length && alignedCodons[a] != null
 288                     && alignedCodons[a].pos1 == (alignedCodons[a].pos3 - 2))
 289             {
 290               anots[a] = getCodonAnnotation(alignedCodons[a],
 291                       annotation.annotations);
 292             }
 293           }
 294         }
 295
 296         AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation(annotation.label,
 297                 annotation.description, anots);
 298         aa.graph = annotation.graph;
 299         aa.graphGroup = annotation.graphGroup;
 300         aa.graphHeight = annotation.graphHeight;
 301         if (annotation.getThreshold() != null)
 302         {
 303           aa.setThreshold(new GraphLine(annotation
 304                   .getThreshold()));
 305         }
 306         if (annotation.hasScore)
 307         {
 308           aa.setScore(annotation.getScore());
 309         }
 310
 311         final SequenceI seqRef = annotation.sequenceRef;
 312         if (seqRef != null)
 313         {
 314           SequenceI aaSeq = acf.getAaForDnaSeq(seqRef);
 315           if (aaSeq != null)
 316           {
 317             // aa.compactAnnotationArray(); // throw away alignment annotation
 318             // positioning
 319             aa.setSequenceRef(aaSeq);
 320             // rebuild mapping
 321             aa.createSequenceMapping(aaSeq, aaSeq.getStart(), true);
 322             aa.adjustForAlignment();
 323             aaSeq.addAlignmentAnnotation(aa);
 324           }
 325         }
 326         al.addAnnotation(aa);
 327       }
 328     }
 329   }
 330
 331   private static Annotation getCodonAnnotation(AlignedCodon is,
 332           Annotation[] annotations)
 333   {
 334     // Have a look at all the codon positions for annotation and put the first
 335     // one found into the translated annotation pos.
 336     int contrib = 0;
 337     Annotation annot = null;
 338     for (int p = 1; p <= 3; p++)
 339     {
 340       int dnaCol = is.getBaseColumn(p);
 341       if (annotations[dnaCol] != null)
 342       {
 343         if (annot == null)
 344         {
 345           annot = new Annotation(annotations[dnaCol]);
 346           contrib = 1;
 347         }
 348         else
 349         {
 350           // merge with last
 351           Annotation cpy = new Annotation(annotations[dnaCol]);
 352           if (annot.colour == null)
 353           {
 354             annot.colour = cpy.colour;
 355           }
 356           if (annot.description == null || annot.description.length() == 0)
 357           {
 358             annot.description = cpy.description;
 359           }
 360           if (annot.displayCharacter == null)
 361           {
 362             annot.displayCharacter = cpy.displayCharacter;
 363           }
 364           if (annot.secondaryStructure == 0)
 365           {
 366             annot.secondaryStructure = cpy.secondaryStructure;
 367           }
 368           annot.value += cpy.value;
 369           contrib++;
 370         }
 371       }
 372     }
 373     if (contrib > 1)
 374     {
 375       annot.value /= contrib;
 376     }
 377     return annot;
 378   }
 379
 380   /**
 381    * Translate a na sequence
 382    *
 383    * @param selection
 384    *          sequence displayed under viscontigs visible columns
 385    * @param seqstring
 386    *          ORF read in some global alignment reference frame
 387    * @param acf
 388    *          Definition of global ORF alignment reference frame
 389    * @param proteinSeqs
 390    * @return sequence ready to be added to alignment.
 391    */
 392   protected SequenceI translateCodingRegion(SequenceI selection,
 393           String seqstring, AlignedCodonFrame acf,
 394           List<SequenceI> proteinSeqs)
 395   {
 396     List<int[]> skip = new ArrayList<int[]>();
 397     int skipint[] = null;
 398     ShiftList vismapping = new ShiftList(); // map from viscontigs to seqstring
 399     // intervals
 400     int vc;
 401     int[] scontigs = new int[contigs.length];
 402     int npos = 0;
 403     for (vc = 0; vc < contigs.length; vc += 2)
 404     {
 405       if (vc == 0)
 406       {
 407         vismapping.addShift(npos, contigs[vc]);
 408       }
 409       else
 410       {
 411         // hidden region
 412         vismapping.addShift(npos, contigs[vc] - contigs[vc - 1] + 1);
 413       }
 414       scontigs[vc] = contigs[vc];
 415       scontigs[vc + 1] = contigs[vc + 1];
 416     }
 417
 418     // allocate a roughly sized buffer for the protein sequence
 419     StringBuilder protein = new StringBuilder(seqstring.length() / 2);
 420     String seq = seqstring.replace('U', 'T').replace('u', 'T');
 421     char codon[] = new char[3];
 422     int cdp[] = new int[3];
 423     int rf = 0;
 424     int lastnpos = 0;
 425     int nend;
 426     int aspos = 0;
 427     int resSize = 0;
 428     for (npos = 0, nend = seq.length(); npos < nend; npos++)
 429     {
 430       if (!Comparison.isGap(seq.charAt(npos)))
 431       {
 432         cdp[rf] = npos; // store position
 433         codon[rf++] = seq.charAt(npos); // store base
 434       }
 435       if (rf == 3)
 436       {
 437         /*
 438          * Filled up a reading frame...
 439          */
 440         AlignedCodon alignedCodon = new AlignedCodon(cdp[0], cdp[1], cdp[2]);
 441         String aa = ResidueProperties.codonTranslate(new String(codon));
 442         rf = 0;
 443         final String gapString = String.valueOf(gapChar);
 444         if (aa == null)
 445         {
 446           aa = gapString;
 447           if (skipint == null)
 448           {
 449             skipint = new int[]
 450             { alignedCodon.pos1, alignedCodon.pos3 /* cdp[0], cdp[2] */};
 451           }
 452           skipint[1] = alignedCodon.pos3; // cdp[2];
 453         }
 454         else
 455         {
 456           if (skipint != null)
 457           {
 458             // edit scontigs
 459             skipint[0] = vismapping.shift(skipint[0]);
 460             skipint[1] = vismapping.shift(skipint[1]);
 461             for (vc = 0; vc < scontigs.length;)
 462             {
 463               if (scontigs[vc + 1] < skipint[0])
 464               {
 465                 // before skipint starts
 466                 vc += 2;
 467                 continue;
 468               }
 469               if (scontigs[vc] > skipint[1])
 470               {
 471                 // finished editing so
 472                 break;
 473               }
 474               // Edit the contig list to include the skipped region which did
 475               // not translate
 476               int[] t;
 477               // from : s1 e1 s2 e2 s3 e3
 478               // to s: s1 e1 s2 k0 k1 e2 s3 e3
 479               // list increases by one unless one boundary (s2==k0 or e2==k1)
 480               // matches, and decreases by one if skipint intersects whole
 481               // visible contig
 482               if (scontigs[vc] <= skipint[0])
 483               {
 484                 if (skipint[0] == scontigs[vc])
 485                 {
 486                   // skipint at start of contig
 487                   // shift the start of this contig
 488                   if (scontigs[vc + 1] > skipint[1])
 489                   {
 490                     scontigs[vc] = skipint[1];
 491                     vc += 2;
 492                   }
 493                   else
 494                   {
 495                     if (scontigs[vc + 1] == skipint[1])
 496                     {
 497                       // remove the contig
 498                       t = new int[scontigs.length - 2];
 499                       if (vc > 0)
 500                       {
 501                         System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc - 1);
 502                       }
 503                       if (vc + 2 < t.length)
 504                       {
 505                         System.arraycopy(scontigs, vc + 2, t, vc, t.length
 506                                 - vc + 2);
 507                       }
 508                       scontigs = t;
 509                     }
 510                     else
 511                     {
 512                       // truncate contig to before the skipint region
 513                       scontigs[vc + 1] = skipint[0] - 1;
 514                       vc += 2;
 515                     }
 516                   }
 517                 }
 518                 else
 519                 {
 520                   // scontig starts before start of skipint
 521                   if (scontigs[vc + 1] < skipint[1])
 522                   {
 523                     // skipint truncates end of scontig
 524                     scontigs[vc + 1] = skipint[0] - 1;
 525                     vc += 2;
 526                   }
 527                   else
 528                   {
 529                     // divide region to new contigs
 530                     t = new int[scontigs.length + 2];
 531                     System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 1);
 532                     t[vc + 1] = skipint[0];
 533                     t[vc + 2] = skipint[1];
 534                     System.arraycopy(scontigs, vc + 1, t, vc + 3,
 535                             scontigs.length - (vc + 1));
 536                     scontigs = t;
 537                     vc += 4;
 538                   }
 539                 }
 540               }
 541             }
 542             skip.add(skipint);
 543             skipint = null;
 544           }
 545           if (aa.equals("STOP"))
 546           {
 547             aa = STOP_X;
 548           }
 549           resSize++;
 550         }
 551         boolean findpos = true;
 552         while (findpos)
 553         {
 554           /*
 555            * Compare this codon's base positions with those currently aligned to
 556            * this column in the translation.
 557            */
 558           final int compareCodonPos = compareCodonPos(alignedCodon,
 559                   alignedCodons[aspos]);
 560           switch (compareCodonPos)
 561           {
 562           case -1:
 563
 564             /*
 565              * This codon should precede the mapped positions - need to insert a
 566              * gap in all prior sequences.
 567              */
 568             insertAAGap(aspos, proteinSeqs);
 569             findpos = false;
 570             break;
 571
 572           case +1:
 573
 574             /*
 575              * This codon belongs after the aligned codons at aspos. Prefix it
 576              * with a gap and try the next position.
 577              */
 578             aa = gapString + aa;
 579             aspos++;
 580             break;
 581
 582           case 0:
 583
 584             /*
 585              * Exact match - codon 'belongs' at this translated position.
 586              */
 587             findpos = false;
 588           }
 589         }
 590         protein.append(aa);
 591         lastnpos = npos;
 592         if (alignedCodons[aspos] == null)
 593         {
 594           // mark this column as aligning to this aligned reading frame
 595           alignedCodons[aspos] = alignedCodon;
 596         }
 597         else if (!alignedCodons[aspos].equals(alignedCodon))
 598         {
 599           throw new IllegalStateException("Tried to coalign "
 600                   + alignedCodons[aspos].toString() + " with "
 601                   + alignedCodon.toString());
 602         }
 603         if (aspos >= aaWidth)
 604         {
 605           // update maximum alignment width
 606           aaWidth = aspos;
 607         }
 608         // ready for next translated reading frame alignment position (if any)
 609         aspos++;
 610       }
 611     }
 612     if (resSize > 0)
 613     {
 614       SequenceI newseq = new Sequence(selection.getName(),
 615               protein.toString());
 616       if (rf != 0)
 617       {
 618         final String errMsg = "trimming contigs for incomplete terminal codon.";
 619         System.err.println(errMsg);
 620         // map and trim contigs to ORF region
 621         vc = scontigs.length - 1;
 622         lastnpos = vismapping.shift(lastnpos); // place npos in context of
 623         // whole dna alignment (rather
 624         // than visible contigs)
 625         // incomplete ORF could be broken over one or two visible contig
 626         // intervals.
 627         while (vc >= 0 && scontigs[vc] > lastnpos)
 628         {
 629           if (vc > 0 && scontigs[vc - 1] > lastnpos)
 630           {
 631             vc -= 2;
 632           }
 633           else
 634           {
 635             // correct last interval in list.
 636             scontigs[vc] = lastnpos;
 637           }
 638         }
 639
 640         if (vc > 0 && (vc + 1) < scontigs.length)
 641         {
 642           // truncate map list to just vc elements
 643           int t[] = new int[vc + 1];
 644           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 1);
 645           scontigs = t;
 646         }
 647         if (vc <= 0)
 648         {
 649           scontigs = null;
 650         }
 651       }
 652       if (scontigs != null)
 653       {
 654         npos = 0;
 655         // map scontigs to actual sequence positions on selection
 656         for (vc = 0; vc < scontigs.length; vc += 2)
 657         {
 658           scontigs[vc] = selection.findPosition(scontigs[vc]); // not from 1!
 659           scontigs[vc + 1] = selection.findPosition(scontigs[vc + 1]); // exclusive
 660           if (scontigs[vc + 1] == selection.getEnd())
 661           {
 662             break;
 663           }
 664         }
 665         // trim trailing empty intervals.
 666         if ((vc + 2) < scontigs.length)
 667         {
 668           int t[] = new int[vc + 2];
 669           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 2);
 670           scontigs = t;
 671         }
 672         /*
 673          * delete intervals in scontigs which are not translated. 1. map skip
 674          * into sequence position intervals 2. truncate existing ranges and add
 675          * new ranges to exclude untranslated regions. if (skip.size()>0) {
 676          * Vector narange = new Vector(); for (vc=0; vc<scontigs.length; vc++) {
 677          * narange.addElement(new int[] {scontigs[vc]}); } int sint=0,iv[]; vc =
 678          * 0; while (sint<skip.size()) { skipint = (int[]) skip.elementAt(sint);
 679          * do { iv = (int[]) narange.elementAt(vc); if (iv[0]>=skipint[0] &&
 680          * iv[0]<=skipint[1]) { if (iv[0]==skipint[0]) { // delete beginning of
 681          * range } else { // truncate range and create new one if necessary iv =
 682          * (int[]) narange.elementAt(vc+1); if (iv[0]<=skipint[1]) { // truncate
 683          * range iv[0] = skipint[1]; } else { } } } else if (iv[0]<skipint[0]) {
 684          * iv = (int[]) narange.elementAt(vc+1); } } while (iv[0]) } }
 685          */
 686         MapList map = new MapList(scontigs, new int[]
 687         { 1, resSize }, 3, 1);
 688
 689         transferCodedFeatures(selection, newseq, map, null, null);
 690
 691         /*
 692          * Construct a dataset sequence for our new peptide.
 693          */
 694         SequenceI rseq = newseq.deriveSequence();
 695
 696         /*
 697          * Store a mapping (between the dataset sequences for the two
 698          * sequences).
 699          */
 700         // SIDE-EFFECT: acf stores the aligned sequence reseq; to remove!
 701         acf.addMap(selection, rseq, map);
 702         return rseq;
 703       }
 704     }
 705     // register the mapping somehow
 706     //
 707     return null;
 708   }
 709
 710   /**
 711    * Insert a gap into the aligned proteins and the codon mapping array.
 712    *
 713    * @param pos
 714    * @param proteinSeqs
 715    * @return
 716    */
 717   protected void insertAAGap(int pos,
 718           List<SequenceI> proteinSeqs)
 719   {
 720     aaWidth++;
 721     for (SequenceI seq : proteinSeqs)
 722     {
 723       seq.insertCharAt(pos, gapChar);
 724     }
 725
 726     checkCodonFrameWidth();
 727     if (pos < aaWidth)
 728     {
 729       aaWidth++;
 730
 731       /*
 732        * Shift from [pos] to the end one to the right, and null out [pos]
 733        */
 734       System.arraycopy(alignedCodons, pos, alignedCodons, pos + 1,
 735               alignedCodons.length - pos - 1);
 736       alignedCodons[pos] = null;
 737     }
 738   }
 739
 740   /**
 741    * Check the codons array can accommodate a single insertion, if not resize
 742    * it.
 743    */
 744   protected void checkCodonFrameWidth()
 745   {
 746     if (alignedCodons[alignedCodons.length - 1] != null)
 747     {
 748       /*
 749        * arraycopy insertion would bump a filled slot off the end, so expand.
 750        */
 751       AlignedCodon[] c = new AlignedCodon[alignedCodons.length + 10];
 752       System.arraycopy(alignedCodons, 0, c, 0, alignedCodons.length);
 753       alignedCodons = c;
 754     }
 755   }
 756
 757   /**
 758    * Given a peptide newly translated from a dna sequence, copy over and set any
 759    * features on the peptide from the DNA. If featureTypes is null, all features
 760    * on the dna sequence are searched (rather than just the displayed ones), and
 761    * similarly for featureGroups.
 762    *
 763    * @param dna
 764    * @param pep
 765    * @param map
 766    * @param featureTypes
 767    *          hash whose keys are the displayed feature type strings
 768    * @param featureGroups
 769    *          hash where keys are feature groups and values are Boolean objects
 770    *          indicating if they are displayed.
 771    */
 772   private static void transferCodedFeatures(SequenceI dna, SequenceI pep,
 773           MapList map, Map<String, Object> featureTypes,
 774           Map<String, Boolean> featureGroups)
 775   {
 776     SequenceFeature[] sfs = dna.getSequenceFeatures();
 777     Boolean fgstate;
 778     DBRefEntry[] dnarefs = DBRefUtils.selectRefs(dna.getDBRef(),
 779             DBRefSource.DNACODINGDBS);
 780     if (dnarefs != null)
 781     {
 782       // intersect with pep
 783       for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 784       {
 785         Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 786         if (mp != null)
 787         {
 788         }
 789       }
 790     }
 791     if (sfs != null)
 792     {
 793       for (SequenceFeature sf : sfs)
 794       {
 795         fgstate = (featureGroups == null) ? null : featureGroups
 796                 .get(sf.featureGroup);
 797         if ((featureTypes == null || featureTypes.containsKey(sf.getType()))
 798                 && (fgstate == null || fgstate.booleanValue()))
 799         {
 800           if (FeatureProperties.isCodingFeature(null, sf.getType()))
 801           {
 802             // if (map.intersectsFrom(sf[f].begin, sf[f].end))
 803             {
 804
 805             }
 806           }
 807         }
 808       }
 809     }
 810   }
 811 }