DnaUtils.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import java.text.ParseException;
  24 import java.util.ArrayList;
  25 import java.util.Collections;
  26 import java.util.List;
  27
  28 public class DnaUtils
  29 {
  30
  31   /**
  32    * Parses an ENA/GenBank format location specifier and returns a list of
  33    * [start, end] ranges. Throws an exception if not able to parse.
  34    * <p>
  35    * Currently we do not parse "order()" specifiers, or indeterminate ranges of
  36    * the format "&lt;start..end" or "start..&gt;end" or "start.end" or
  37    * "start^end"
  38    *
  39    * @param location
  40    * @return
  41    * @throws ParseException
  42    *           if unable to parse the location (the exception message is the
  43    *           location specifier being parsed); we use ParseException in
  44    *           preference to the unchecked IllegalArgumentException
  45    * @see http://www.insdc.org/files/feature_table.html#3.4
  46    */
  47   public static List<int[]> parseLocation(String location)
  48           throws ParseException
  49   {
  50     if (location.startsWith("join("))
  51     {
  52       return parseJoin(location);
  53     }
  54     else if (location.startsWith("complement("))
  55     {
  56       return parseComplement(location);
  57     }
  58     if (location.startsWith("order("))
  59     {
  60       throw new ParseException(location, 0);
  61     }
  62
  63     /*
  64      * try to parse m..n (or simply m)
  65      */
  66     String[] range = location.split("\\.\\.");
  67     if (range.length == 1 || range.length == 2)
  68     {
  69       try
  70       {
  71         int start = Integer.valueOf(range[0]);
  72         int end = range.length == 1 ? start : Integer.valueOf(range[1]);
  73         return Collections.singletonList(new int[] { start, end });
  74       } catch (NumberFormatException e)
  75       {
  76         /*
  77          * could be a location like <1..888 or 1..>888
  78          */
  79         throw new ParseException(location, 0);
  80       }
  81     }
  82     else
  83     {
  84       /*
  85        * could be a location like 102.110 or 123^124
  86        */
  87       throw new ParseException(location, 0);
  88     }
  89   }
  90
  91   /**
  92    * Parses a complement(locationSpec) into a list of start-end ranges
  93    *
  94    * @param location
  95    * @return
  96    * @throws ParseException
  97    */
  98   static List<int[]> parseComplement(String location) throws ParseException
  99   {
 100     /*
 101      * take what is inside complement()
 102      */
 103     if (!location.endsWith(")"))
 104     {
 105       throw new ParseException(location, 0);
 106     }
 107     String toComplement = location.substring("complement(".length(),
 108             location.length() - 1);
 109     List<int[]> ranges = parseLocation(toComplement);
 110
 111     /*
 112      * reverse the order and direction of ranges
 113      */
 114     Collections.reverse(ranges);
 115     for (int[] range : ranges)
 116     {
 117       int temp = range[0];
 118       range[0] = range[1];
 119       range[1] = temp;
 120     }
 121     return ranges;
 122   }
 123
 124   /**
 125    * Parses a join(loc1,loc2,...,locn) into a list of start-end ranges
 126    *
 127    * @param location
 128    * @return
 129    * @throws ParseException
 130    */
 131   static List<int[]> parseJoin(String location) throws ParseException
 132   {
 133     List<int[]> ranges = new ArrayList<int[]>();
 134
 135     /*
 136      * take what is inside join()
 137      */
 138     if (!location.endsWith(")"))
 139     {
 140       throw new ParseException(location, 0);
 141     }
 142     String joinedLocs = location.substring("join(".length(),
 143             location.length() - 1);
 144     String[] locations = joinedLocs.split(",");
 145     for (String loc : locations)
 146     {
 147       List<int[]> range = parseLocation(loc);
 148       ranges.addAll(range);
 149     }
 150     return ranges;
 151   }
 152
 153 }