EbiDbEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import org.forester.go.GoTerm;
  31 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  32 import org.forester.util.ForesterUtil;
  33
  34 public final class EbiDbEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  35
  36     //http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/emb/AAR37336/
  37     private String _pa;
  38     private String _de;
  39     private String _os;
  40     private String _tax_id;
  41     private String _symbol;
  42     private String _provider;
  43
  44     private EbiDbEntry() {
  45     }
  46
  47     @Override
  48     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
  49         throw new CloneNotSupportedException();
  50     }
  51
  52     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainTextForRefSeq( final List<String> lines ) {
  53         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  54         for( final String line : lines ) {
  55             //  System.out.println( "-" + line );
  56             if ( line.startsWith( "ACCESSION" ) ) {
  57                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "ACCESSION" ) );
  58             }
  59             else if ( line.startsWith( "DEFINITION" ) ) {
  60                 if ( line.indexOf( "[" ) > 0 ) {
  61                     e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DEFINITION", "[" ) );
  62                 }
  63                 else {
  64                     e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DEFINITION" ) );
  65                 }
  66             }
  67             else if ( line.startsWith( "SOURCE" ) ) {
  68                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  69                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "SOURCE", "(" ) );
  70                 }
  71                 else {
  72                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "SOURCE" ) );
  73                 }
  74             }
  75         }
  76         return e;
  77     }
  78
  79     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
  80         final EbiDbEntry e = new EbiDbEntry();
  81         for( final String line : lines ) {
  82             if ( line.startsWith( "PA" ) ) {
  83                 e.setPA( DatabaseTools.extract( line, "PA" ) );
  84             }
  85             else if ( line.startsWith( "DE" ) ) {
  86                 e.setDe( DatabaseTools.extract( line, "DE" ) );
  87             }
  88             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
  89                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
  90                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS", "(" ) );
  91                 }
  92                 else {
  93                     e.setOs( DatabaseTools.extract( line, "OS" ) );
  94                 }
  95             }
  96             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
  97                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
  98                     e.setTaxId( DatabaseTools.extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
  99                 }
 100             }
 101         }
 102         return e;
 103     }
 104
 105     @Override
 106     public String getAccession() {
 107         return _pa;
 108     }
 109
 110     private void setPA( final String pa ) {
 111         if ( _pa == null ) {
 112             _pa = pa;
 113         }
 114     }
 115
 116     @Override
 117     public String getSequenceName() {
 118         return _de;
 119     }
 120
 121     private void setDe( final String rec_name ) {
 122         if ( _de == null ) {
 123             _de = rec_name;
 124         }
 125     }
 126
 127     @Override
 128     public String getTaxonomyScientificName() {
 129         return _os;
 130     }
 131
 132     private void setOs( final String os ) {
 133         if ( _os == null ) {
 134             _os = os;
 135         }
 136     }
 137
 138     @Override
 139     public String getTaxonomyIdentifier() {
 140         return _tax_id;
 141     }
 142
 143     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 144         if ( _tax_id == null ) {
 145             _tax_id = tax_id;
 146         }
 147     }
 148
 149     @Override
 150     public String getSequenceSymbol() {
 151         return _symbol;
 152     }
 153
 154     @Override
 155     public boolean isEmpty() {
 156         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 157                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() )
 158                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() ) );
 159     }
 160
 161     @Override
 162     public String getProvider() {
 163         return _provider;
 164     }
 165
 166     public void setProvider( final String provider ) {
 167         _provider = provider;
 168     }
 169
 170     @Override
 171     public String getGeneName() {
 172         return null;
 173     }
 174
 175     @Override
 176     public List<GoTerm> getGoTerms() {
 177         return null;
 178     }
 179
 180     @Override
 181     public List<Accession> getCrossReferences() {
 182         return null;
 183     }
 184 }