FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.Button;
  31 import java.awt.Checkbox;
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.awt.Component;
  34 import java.awt.Dimension;
  35 import java.awt.Font;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Frame;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.GridLayout;
  40 import java.awt.Image;
  41 import java.awt.Label;
  42 import java.awt.MenuItem;
  43 import java.awt.Panel;
  44 import java.awt.PopupMenu;
  45 import java.awt.ScrollPane;
  46 import java.awt.Scrollbar;
  47 import java.awt.event.ActionEvent;
  48 import java.awt.event.ActionListener;
  49 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  50 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  51 import java.awt.event.InputEvent;
  52 import java.awt.event.ItemEvent;
  53 import java.awt.event.ItemListener;
  54 import java.awt.event.MouseEvent;
  55 import java.awt.event.MouseListener;
  56 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  57 import java.awt.event.WindowAdapter;
  58 import java.awt.event.WindowEvent;
  59 import java.util.Arrays;
  60 import java.util.Enumeration;
  61 import java.util.List;
  62 import java.util.Map;
  63 import java.util.Vector;
  64
  65 public class FeatureSettings extends Panel implements ItemListener,
  66         MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener,
  67         AdjustmentListener, FeatureSettingsControllerI
  68 {
  69   FeatureRenderer fr;
  70
  71   AlignmentPanel ap;
  72
  73   AlignViewport av;
  74
  75   Frame frame;
  76
  77   Panel groupPanel;
  78
  79   Panel featurePanel = new Panel();
  80
  81   ScrollPane scrollPane;
  82
  83   Image linkImage;
  84
  85   Scrollbar transparency;
  86
  87   public FeatureSettings(final AlignmentPanel ap)
  88   {
  89     this.ap = ap;
  90     this.av = ap.av;
  91     ap.av.featureSettings = this;
  92     fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();
  93
  94     transparency = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL,
  95             100 - (int) (fr.getTransparency() * 100), 1, 1, 100);
  96
  97     transparency.addAdjustmentListener(this);
  98
  99     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/link.gif");
 100     if (url != null)
 101     {
 102       linkImage = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().getImage(url);
 103     }
 104
 105     if (av.isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 106     {
 107       fr.findAllFeatures(true); // was default - now true to make all visible
 108     }
 109
 110     discoverAllFeatureData();
 111
 112     this.setLayout(new BorderLayout());
 113     scrollPane = new ScrollPane();
 114     scrollPane.add(featurePanel);
 115     if (fr.getAllFeatureColours() != null
 116             && fr.getAllFeatureColours().size() > 0)
 117     {
 118       add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 119     }
 120
 121     Button invert = new Button("Invert Selection");
 122     invert.addActionListener(this);
 123
 124     Panel lowerPanel = new Panel(new GridLayout(2, 1, 5, 10));
 125     lowerPanel.add(invert);
 126
 127     Panel tPanel = new Panel(new BorderLayout());
 128
 129     tPanel.add(transparency, BorderLayout.CENTER);
 130     tPanel.add(new Label("Transparency"), BorderLayout.EAST);
 131
 132     lowerPanel.add(tPanel, BorderLayout.SOUTH);
 133
 134     add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);
 135
 136     if (groupPanel != null)
 137     {
 138       groupPanel.setLayout(new GridLayout(
 139               (fr.getFeatureGroupsSize()) / 4 + 1, 4)); // JBPNote - this was
 140                                                         // scaled on number of
 141                                                         // visible groups. seems
 142                                                         // broken
 143       groupPanel.validate();
 144
 145       add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
 146     }
 147     frame = new Frame();
 148     frame.add(this);
 149     final FeatureSettings me = this;
 150     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
 151     {
 152       @Override
 153       public void windowClosing(WindowEvent e)
 154       {
 155         if (me.av.featureSettings == me)
 156         {
 157           me.av.featureSettings = null;
 158           me.ap = null;
 159           me.av = null;
 160         }
 161       }
 162     });
 163     int height = featurePanel.getComponentCount() * 50 + 60;
 164
 165     height = Math.max(200, height);
 166     height = Math.min(400, height);
 167     int width = 300;
 168     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 169             MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 170             width, height);
 171   }
 172
 173   @Override
 174   public void paint(Graphics g)
 175   {
 176     g.setColor(Color.black);
 177     g.drawString(MessageManager
 178             .getString("label.no_features_added_to_this_alignment"), 10, 20);
 179     g.drawString(MessageManager
 180             .getString("label.features_can_be_added_from_searches_1"), 10,
 181             40);
 182     g.drawString(MessageManager
 183             .getString("label.features_can_be_added_from_searches_2"), 10,
 184             60);
 185   }
 186
 187   protected void popupSort(final MyCheckbox check,
 188           final Map<String, float[][]> minmax, int x, int y)
 189   {
 190     final String type = check.type;
 191     final FeatureColourI typeCol = fr.getFeatureStyle(type);
 192     PopupMenu men = new PopupMenu(MessageManager.formatMessage(
 193             "label.settings_for_type", new String[] { type }));
 194     java.awt.MenuItem scr = new MenuItem(
 195             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 196     men.add(scr);
 197     final FeatureSettings me = this;
 198     scr.addActionListener(new ActionListener()
 199     {
 200
 201       @Override
 202       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 203       {
 204         me.ap.alignFrame.avc.sortAlignmentByFeatureScore(Arrays
 205                 .asList(new String[] { type }));
 206       }
 207
 208     });
 209     MenuItem dens = new MenuItem(
 210             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 211     dens.addActionListener(new ActionListener()
 212     {
 213
 214       @Override
 215       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 216       {
 217         me.ap.alignFrame.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays
 218                 .asList(new String[] { type }));
 219       }
 220
 221     });
 222     men.add(dens);
 223
 224     if (minmax != null)
 225     {
 226       final float[][] typeMinMax = minmax.get(type);
 227       /*
 228        * final java.awt.CheckboxMenuItem chb = new
 229        * java.awt.CheckboxMenuItem("Vary Height"); // this is broken at the
 230        * moment chb.setState(minmax.get(type) != null);
 231        * chb.addActionListener(new ActionListener() {
 232        *
 233        * public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 234        * chb.setState(chb.getState()); if (chb.getState()) { minmax.put(type,
 235        * null); } else { minmax.put(type, typeMinMax); } }
 236        *
 237        * }); men.add(chb);
 238        */
 239       if (typeMinMax != null && typeMinMax[0] != null)
 240       {
 241         // graduated colourschemes for those where minmax exists for the
 242         // positional features
 243         MenuItem mxcol = new MenuItem(
 244                 (typeCol.isSimpleColour()) ? "Graduated Colour"
 245                         : "Single Colour");
 246         men.add(mxcol);
 247         mxcol.addActionListener(new ActionListener()
 248         {
 249
 250           @Override
 251           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 252           {
 253             if (typeCol.isSimpleColour())
 254             {
 255               new FeatureColourChooser(me, type);
 256               // write back the current colour object to update the table
 257               check.updateColor(fr.getFeatureStyle(type));
 258             }
 259             else
 260             {
 261               new UserDefinedColours(me, check.type, typeCol);
 262             }
 263           }
 264
 265         });
 266       }
 267     }
 268
 269     MenuItem selectContaining = new MenuItem(
 270             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 271     selectContaining.addActionListener(new ActionListener()
 272     {
 273       @Override
 274       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 275       {
 276         me.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 277                 false, type);
 278       }
 279     });
 280     men.add(selectContaining);
 281
 282     MenuItem selectNotContaining = new MenuItem(
 283             MessageManager.getString("label.select_columns_not_containing"));
 284     selectNotContaining.addActionListener(new ActionListener()
 285     {
 286       @Override
 287       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 288       {
 289         me.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 290                 false, type);
 291       }
 292     });
 293     men.add(selectNotContaining);
 294
 295     MenuItem hideContaining = new MenuItem(
 296             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 297     hideContaining.addActionListener(new ActionListener()
 298     {
 299       @Override
 300       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 301       {
 302         hideFeatureColumns(type, true);
 303       }
 304     });
 305     men.add(hideContaining);
 306
 307     MenuItem hideNotContaining = new MenuItem(
 308             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 309     hideNotContaining.addActionListener(new ActionListener()
 310     {
 311       @Override
 312       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 313       {
 314         hideFeatureColumns(type, false);
 315       }
 316     });
 317     men.add(hideNotContaining);
 318
 319     this.featurePanel.add(men);
 320     men.show(this.featurePanel, x, y);
 321   }
 322
 323   @Override
 324   public void discoverAllFeatureData()
 325   {
 326     if (fr.getAllFeatureColours() != null
 327             && fr.getAllFeatureColours().size() > 0)
 328     {
 329       rebuildGroups();
 330
 331     }
 332     resetTable(false);
 333   }
 334
 335   /**
 336    * rebuilds the group panel
 337    */
 338   public void rebuildGroups()
 339   {
 340     boolean rdrw = false;
 341     if (groupPanel == null)
 342     {
 343       groupPanel = new Panel();
 344     }
 345     else
 346     {
 347       rdrw = true;
 348       groupPanel.removeAll();
 349     }
 350     // TODO: JAL-964 - smoothly incorporate new group entries if panel already
 351     // displayed and new groups present
 352     for (String group : fr.getFeatureGroups())
 353     {
 354       boolean vis = fr.checkGroupVisibility(group, false);
 355       Checkbox check = new MyCheckbox(group, vis, false);
 356       check.addMouseListener(this);
 357       check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 358       check.addItemListener(groupItemListener);
 359       // note - visibility seems to correlate with displayed. ???wtf ??
 360       check.setVisible(vis);
 361       groupPanel.add(check);
 362     }
 363     if (rdrw)
 364     {
 365       groupPanel.validate();
 366     }
 367   }
 368
 369   // This routine adds and removes checkboxes depending on
 370   // Group selection states
 371   void resetTable(boolean groupsChanged)
 372   {
 373     SequenceFeature[] tmpfeatures;
 374     String group = null, type;
 375     Vector<String> visibleChecks = new Vector<String>();
 376     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 377     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 378     {
 379       if (alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures() == null)
 380       {
 381         continue;
 382       }
 383
 384       tmpfeatures = alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures();
 385       int index = 0;
 386       while (index < tmpfeatures.length)
 387       {
 388         group = tmpfeatures[index].featureGroup;
 389
 390         if (group == null || fr.checkGroupVisibility(group, true))
 391         {
 392           type = tmpfeatures[index].getType();
 393           if (!visibleChecks.contains(type))
 394           {
 395             visibleChecks.addElement(type);
 396           }
 397         }
 398         index++;
 399       }
 400     }
 401
 402     Component[] comps;
 403     int cSize = featurePanel.getComponentCount();
 404     MyCheckbox check;
 405     // This will remove any checkboxes which shouldn't be
 406     // visible
 407     for (int i = 0; i < cSize; i++)
 408     {
 409       comps = featurePanel.getComponents();
 410       check = (MyCheckbox) comps[i];
 411       if (!visibleChecks.contains(check.type))
 412       {
 413         featurePanel.remove(i);
 414         cSize--;
 415         i--;
 416       }
 417     }
 418
 419     if (fr.getRenderOrder() != null)
 420     {
 421       // First add the checks in the previous render order,
 422       // in case the window has been closed and reopened
 423       List<String> rol = fr.getRenderOrder();
 424       for (int ro = rol.size() - 1; ro > -1; ro--)
 425       {
 426         String item = rol.get(ro);
 427
 428         if (!visibleChecks.contains(item))
 429         {
 430           continue;
 431         }
 432
 433         visibleChecks.removeElement(item);
 434
 435         addCheck(false, item);
 436       }
 437     }
 438
 439     // now add checkboxes which should be visible,
 440     // if they have not already been added
 441     Enumeration<String> en = visibleChecks.elements();
 442
 443     while (en.hasMoreElements())
 444     {
 445       addCheck(groupsChanged, en.nextElement().toString());
 446     }
 447
 448     featurePanel.setLayout(new GridLayout(featurePanel.getComponentCount(),
 449             1, 10, 5));
 450     featurePanel.validate();
 451
 452     if (scrollPane != null)
 453     {
 454       scrollPane.validate();
 455     }
 456
 457     itemStateChanged(null);
 458   }
 459
 460   /**
 461    * update the checklist of feature types with the given type
 462    *
 463    * @param groupsChanged
 464    *          true means if the type is not in the display list then it will be
 465    *          added and displayed
 466    * @param type
 467    *          feature type to be checked for in the list.
 468    */
 469   void addCheck(boolean groupsChanged, String type)
 470   {
 471     boolean addCheck;
 472     Component[] comps = featurePanel.getComponents();
 473     MyCheckbox check;
 474     addCheck = true;
 475     for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)
 476     {
 477       check = (MyCheckbox) comps[i];
 478       if (check.type.equals(type))
 479       {
 480         addCheck = false;
 481         break;
 482       }
 483     }
 484
 485     if (addCheck)
 486     {
 487       boolean selected = false;
 488       if (groupsChanged || av.getFeaturesDisplayed().isVisible(type))
 489       {
 490         selected = true;
 491       }
 492
 493       check = new MyCheckbox(type, selected, false,
 494               fr.getFeatureStyle(type));
 495
 496       check.addMouseListener(this);
 497       check.addMouseMotionListener(this);
 498       check.addItemListener(this);
 499       if (groupsChanged)
 500       {
 501         // add at beginning of stack.
 502         featurePanel.add(check, 0);
 503       }
 504       else
 505       {
 506         // add at end of stack.
 507         featurePanel.add(check);
 508       }
 509     }
 510   }
 511
 512   @Override
 513   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 514   {
 515     for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)
 516     {
 517       Checkbox check = (Checkbox) featurePanel.getComponent(i);
 518       check.setState(!check.getState());
 519     }
 520     selectionChanged();
 521   }
 522
 523   private ItemListener groupItemListener = new ItemListener()
 524   {
 525     @Override
 526     public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 527     {
 528       Checkbox source = (Checkbox) evt.getSource();
 529       fr.setGroupVisibility(source.getLabel(), source.getState());
 530       ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 531       if (ap.overviewPanel != null)
 532       {
 533         ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 534       }
 535       resetTable(true);
 536       return;
 537     };
 538   };
 539
 540   @Override
 541   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 542   {
 543     selectionChanged();
 544   }
 545
 546   void selectionChanged()
 547   {
 548     Component[] comps = featurePanel.getComponents();
 549     int cSize = comps.length;
 550
 551     Object[][] tmp = new Object[cSize][3];
 552     int tmpSize = 0;
 553     for (int i = 0; i < cSize; i++)
 554     {
 555       MyCheckbox check = (MyCheckbox) comps[i];
 556       tmp[tmpSize][0] = check.type;
 557       tmp[tmpSize][1] = fr.getFeatureStyle(check.type);
 558       tmp[tmpSize][2] = new Boolean(check.getState());
 559       tmpSize++;
 560     }
 561
 562     Object[][] data = new Object[tmpSize][3];
 563     System.arraycopy(tmp, 0, data, 0, tmpSize);
 564
 565     fr.setFeaturePriority(data);
 566
 567     ap.paintAlignment(true);
 568   }
 569
 570   MyCheckbox selectedCheck;
 571
 572   boolean dragging = false;
 573
 574   @Override
 575   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 576   {
 577     if (((Component) evt.getSource()).getParent() != featurePanel)
 578     {
 579       return;
 580     }
 581     dragging = true;
 582   }
 583
 584   @Override
 585   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 586   {
 587     if (((Component) evt.getSource()).getParent() != featurePanel)
 588     {
 589       return;
 590     }
 591
 592     Component comp = null;
 593     Checkbox target = null;
 594
 595     int height = evt.getY() + evt.getComponent().getLocation().y;
 596
 597     if (height > featurePanel.getSize().height)
 598     {
 599
 600       comp = featurePanel
 601               .getComponent(featurePanel.getComponentCount() - 1);
 602     }
 603     else if (height < 0)
 604     {
 605       comp = featurePanel.getComponent(0);
 606     }
 607     else
 608     {
 609       comp = featurePanel.getComponentAt(evt.getX(), evt.getY()
 610               + evt.getComponent().getLocation().y);
 611     }
 612
 613     if (comp != null && comp instanceof Checkbox)
 614     {
 615       target = (Checkbox) comp;
 616     }
 617
 618     if (selectedCheck != null && target != null && selectedCheck != target)
 619     {
 620       int targetIndex = -1;
 621       for (int i = 0; i < featurePanel.getComponentCount(); i++)
 622       {
 623         if (target == featurePanel.getComponent(i))
 624         {
 625           targetIndex = i;
 626           break;
 627         }
 628       }
 629
 630       featurePanel.remove(selectedCheck);
 631       featurePanel.add(selectedCheck, targetIndex);
 632       featurePanel.validate();
 633       itemStateChanged(null);
 634     }
 635   }
 636
 637   public void setUserColour(String feature, FeatureColourI originalColour)
 638   {
 639     fr.setColour(feature, originalColour);
 640     refreshTable();
 641   }
 642
 643   public void refreshTable()
 644   {
 645     featurePanel.removeAll();
 646     resetTable(false);
 647     ap.paintAlignment(true);
 648   }
 649
 650   @Override
 651   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 652   {
 653   }
 654
 655   @Override
 656   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 657   {
 658   }
 659
 660   @Override
 661   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 662   {
 663     MyCheckbox check = (MyCheckbox) evt.getSource();
 664     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) != 0)
 665     {
 666       this.popupSort(check, fr.getMinMax(), evt.getX(), evt.getY());
 667     }
 668
 669     if (check.getParent() != featurePanel)
 670     {
 671       return;
 672     }
 673
 674     if (evt.getClickCount() > 1)
 675     {
 676       FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(check.type);
 677       if (fcol.isSimpleColour())
 678       {
 679         new UserDefinedColours(this, check.type, fcol.getColour());
 680       }
 681       else
 682       {
 683         new FeatureColourChooser(this, check.type);
 684         // write back the current colour object to update the table
 685         check.updateColor(fr.getFeatureStyle(check.type));
 686       }
 687     }
 688   }
 689
 690   @Override
 691   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 692   {
 693   }
 694
 695   @Override
 696   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 697   {
 698     fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
 699     ap.paintAlignment(true);
 700   }
 701
 702   class MyCheckbox extends Checkbox
 703   {
 704     public String type;
 705
 706     public int stringWidth;
 707
 708     boolean hasLink;
 709
 710     FeatureColourI col;
 711
 712     public void updateColor(FeatureColourI newcol)
 713     {
 714       col = newcol;
 715       if (col.isSimpleColour())
 716       {
 717         setBackground(col.getColour());
 718       }
 719       else
 720       {
 721         String vlabel = type;
 722         if (col.isAboveThreshold())
 723         {
 724           vlabel += " (>)";
 725         }
 726         else if (col.isBelowThreshold())
 727         {
 728           vlabel += " (<)";
 729         }
 730         if (col.isColourByLabel())
 731         {
 732           setBackground(Color.white);
 733           vlabel += " (by Label)";
 734         }
 735         else
 736         {
 737           setBackground(col.getMinColour());
 738         }
 739         this.setLabel(vlabel);
 740       }
 741       repaint();
 742     }
 743
 744     public MyCheckbox(String label, boolean checked, boolean haslink)
 745     {
 746       super(label, checked);
 747       type = label;
 748       FontMetrics fm = av.nullFrame.getFontMetrics(av.nullFrame.getFont());
 749       stringWidth = fm.stringWidth(label);
 750       this.hasLink = haslink;
 751     }
 752
 753     public MyCheckbox(String type, boolean selected, boolean b,
 754             FeatureColourI featureStyle)
 755     {
 756       this(type, selected, b);
 757       updateColor(featureStyle);
 758     }
 759
 760     @Override
 761     public void paint(Graphics g)
 762     {
 763       Dimension d = getSize();
 764       if (col != null)
 765       {
 766         if (col.isColourByLabel())
 767         {
 768           g.setColor(Color.white);
 769           g.fillRect(d.width / 2, 0, d.width / 2, d.height);
 770           /*
 771            * g.setColor(Color.black); Font f=g.getFont().deriveFont(9);
 772            * g.setFont(f);
 773            *
 774            * // g.setFont(g.getFont().deriveFont( //
 775            * AffineTransform.getScaleInstance( //
 776            * width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"), //
 777            * height/g.getFontMetrics().getHeight()))); g.drawString("Label",
 778            * width/2, 0);
 779            */
 780
 781         }
 782         else if (col.isGraduatedColour())
 783         {
 784           Color maxCol = col.getMaxColour();
 785           g.setColor(maxCol);
 786           g.fillRect(d.width / 2, 0, d.width / 2, d.height);
 787
 788         }
 789       }
 790
 791       if (hasLink)
 792       {
 793         g.drawImage(linkImage, stringWidth + 25,
 794                 (getSize().height - linkImage.getHeight(this)) / 2, this);
 795       }
 796     }
 797   }
 798
 799   /**
 800    * Hide columns containing (or not containing) a given feature type
 801    *
 802    * @param type
 803    * @param columnsContaining
 804    */
 805   void hideFeatureColumns(final String type, boolean columnsContaining)
 806   {
 807     if (ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(columnsContaining,
 808             false, false, type))
 809     {
 810       if (ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 811               !columnsContaining, false, false, type))
 812       {
 813         ap.alignFrame.viewport.hideSelectedColumns();
 814       }
 815     }
 816   }
 817
 818   @Override
 819   public void mousePressed(MouseEvent e)
 820   {
 821     // TODO Auto-generated method stub
 822
 823   }
 824
 825 }