Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  29
  30 import java.awt.Button;
  31 import java.awt.Checkbox;
  32 import java.awt.Font;
  33 import java.awt.Frame;
  34 import java.awt.GridLayout;
  35 import java.awt.Label;
  36 import java.awt.Panel;
  37 import java.awt.Rectangle;
  38 import java.awt.TextField;
  39 import java.awt.event.ActionEvent;
  40 import java.awt.event.ActionListener;
  41 import java.awt.event.KeyEvent;
  42 import java.awt.event.WindowAdapter;
  43 import java.awt.event.WindowEvent;
  44 import java.util.Vector;
  45
  46 public class Finder extends Panel implements ActionListener
  47 {
  48   AlignmentViewport av;
  49
  50   AlignmentPanel ap;
  51
  52   Frame frame;
  53
  54   SearchResultsI searchResults;
  55
  56   int seqIndex = 0;
  57
  58   int resIndex = -1;
  59
  60   public Finder(final AlignmentPanel ap)
  61   {
  62     try
  63     {
  64       jbInit();
  65
  66     } catch (Exception e)
  67     {
  68       e.printStackTrace();
  69     }
  70
  71     this.av = ap.av;
  72     this.ap = ap;
  73     frame = new Frame();
  74     frame.add(this);
  75     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  76             MessageManager.getString("action.find"), 340, 120);
  77     frame.repaint();
  78     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()
  79     {
  80       @Override
  81       public void windowClosing(WindowEvent evt)
  82       {
  83         ap.highlightSearchResults(null);
  84       }
  85     });
  86     textfield.requestFocus();
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  91   {
  92     if (evt.getSource() == textfield)
  93     {
  94       doSearch(false);
  95     }
  96
  97     else if (evt.getSource() == findNext)
  98     {
  99       doSearch(false);
 100     }
 101
 102     else if (evt.getSource() == findAll)
 103     {
 104       resIndex = -1;
 105       seqIndex = 0;
 106       doSearch(true);
 107     }
 108     else if (evt.getSource() == createNewGroup)
 109     {
 110       createNewGroup_actionPerformed();
 111     }
 112   }
 113
 114   public void createNewGroup_actionPerformed()
 115   {
 116     SequenceI[] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];
 117     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[searchResults
 118             .getSize()];
 119
 120     int i = 0;
 121     for (SearchResultMatchI match : searchResults.getResults())
 122     {
 123       seqs[i] = match.getSequence().getDatasetSequence();
 124
 125       features[i] = new SequenceFeature(textfield.getText().trim(),
 126               "Search Results", null, match.getStart(), match.getEnd(),
 127               "Search Results");
 128       i++;
 129     }
 130
 131     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 132             features, true, ap))
 133     {
 134       ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 135       av.setShowSequenceFeatures(true);
 136       ap.highlightSearchResults(null);
 137     }
 138   }
 139
 140   void doSearch(boolean findAll)
 141   {
 142     if (ap.av.applet.currentAlignFrame != null)
 143     {
 144       ap = ap.av.applet.currentAlignFrame.alignPanel;
 145       av = ap.av;
 146     }
 147     createNewGroup.setEnabled(false);
 148     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(
 149             av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 150     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.getState());
 151     finder.setIncludeDescription(searchDescription.getState());
 152     finder.setFindAll(findAll);
 153
 154     String searchString = textfield.getText();
 155
 156     finder.find(searchString);
 157     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 158     resIndex = finder.getResIndex();
 159     searchResults = finder.getSearchResults();
 160     Vector<SequenceI> idMatch = finder.getIdMatch();
 161     boolean haveResults = false;
 162     // set or reset the GUI
 163     if ((idMatch.size() > 0))
 164     {
 165       haveResults = true;
 166       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
 167     }
 168     else
 169     {
 170       ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 171     }
 172
 173     if (searchResults.getSize() > 0)
 174     {
 175       haveResults = true;
 176       createNewGroup.setEnabled(true);
 177
 178     }
 179     else
 180     {
 181       searchResults = null;
 182     }
 183
 184     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 185     // seqCanvas
 186     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 187     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 188     // 'SelectRegion' selection
 189     if (!haveResults)
 190     {
 191       ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager
 192               .getString("label.finished_searching"));
 193       resIndex = -1;
 194       seqIndex = 0;
 195     }
 196     else
 197     {
 198       if (findAll)
 199       {
 200         String message = (idMatch.size() > 0) ? "" + idMatch.size()
 201                 + " IDs" : "";
 202         if (idMatch.size() > 0 && searchResults != null
 203                 && searchResults.getSize() > 0)
 204         {
 205           message += " and ";
 206         }
 207         if (searchResults != null)
 208         {
 209           message += searchResults.getSize() + " subsequence matches.";
 210         }
 211         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 212                 "label.search_results", new String[] { searchString,
 213                     message }));
 214
 215       }
 216       else
 217       {
 218         // TODO: indicate sequence and matching position in status bar
 219         ap.alignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 220                 "label.found_match_for", new String[] { searchString }));
 221       }
 222     }
 223   }
 224
 225   Label jLabel1 = new Label();
 226
 227   protected TextField textfield = new TextField();
 228
 229   protected Button findAll = new Button();
 230
 231   protected Button findNext = new Button();
 232
 233   Panel actionsPanel = new Panel();
 234
 235   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();
 236
 237   protected Button createNewGroup = new Button();
 238
 239   Checkbox caseSensitive = new Checkbox();
 240
 241   Checkbox searchDescription = new Checkbox();
 242
 243   private void jbInit() throws Exception
 244   {
 245     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 246     jLabel1.setText(MessageManager.getString("action.find"));
 247     jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));
 248     this.setLayout(null);
 249     textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 250     textfield.setText("");
 251     textfield.setBounds(new Rectangle(40, 17, 133, 21));
 252     textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter()
 253     {
 254       @Override
 255       public void keyTyped(KeyEvent e)
 256       {
 257         textfield_keyTyped(e);
 258       }
 259     });
 260     textfield.addActionListener(this);
 261     findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 262     findAll.setLabel(MessageManager.getString("action.find_all"));
 263     findAll.addActionListener(this);
 264     findNext.setEnabled(false);
 265     findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 266     findNext.setLabel(MessageManager.getString("action.find_next"));
 267     findNext.addActionListener(this);
 268     actionsPanel.setBounds(new Rectangle(195, 5, 141, 64));
 269     actionsPanel.setLayout(gridLayout1);
 270     gridLayout1.setHgap(0);
 271     gridLayout1.setRows(3);
 272     gridLayout1.setVgap(2);
 273     createNewGroup.setEnabled(false);
 274     createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 275     createNewGroup.setLabel(MessageManager.getString("label.new_feature"));
 276     createNewGroup.addActionListener(this);
 277     caseSensitive.setLabel(MessageManager.getString("label.match_case"));
 278     caseSensitive.setBounds(new Rectangle(30, 39, 126, 23));
 279
 280     searchDescription.setLabel(MessageManager
 281             .getString("label.include_description"));
 282     searchDescription.setBounds(new Rectangle(30, 59, 170, 23));
 283     actionsPanel.add(findNext, null);
 284     actionsPanel.add(findAll, null);
 285     actionsPanel.add(createNewGroup, null);
 286     this.add(caseSensitive);
 287     this.add(textfield, null);
 288     this.add(jLabel1, null);
 289     this.add(actionsPanel, null);
 290     this.add(searchDescription);
 291   }
 292
 293   void textfield_keyTyped(KeyEvent e)
 294   {
 295     findNext.setEnabled(true);
 296   }
 297
 298 }