HMMERColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   4 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   5 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.util.ColorUtils;
   8 import jalview.util.Comparison;
   9
  10 import java.awt.Color;
  11 import java.util.List;
  12 import java.util.Map;
  13
  14 public class HMMERColourScheme extends ResidueColourScheme
  15 {
  16
  17   AnnotatedCollectionI alignment;
  18
  19   HiddenMarkovModel hmm;
  20
  21   boolean peptideSpecific;
  22
  23   boolean nucleotideSpecific;
  24
  25   public HMMERColourScheme(HiddenMarkovModel markov)
  26   {
  27     hmm = markov;
  28   }
  29   public HMMERColourScheme()
  30   {
  31
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public Color findColour(char symbol, int position, SequenceI seq,
  36           String consensusResidue, float pid)
  37   {
  38     if (hmm ==null)
  39     {
  40       return Color.white;
  41     }
  42     return findColour(symbol, position);
  43   }
  44
  45   public Color findColour(char symbol, int position)
  46   {
  47
  48     if (Comparison.isGap(symbol))
  49     {
  50       return Color.white;
  51     }
  52     Double prob;
  53     prob = hmm.getMatchEmissionProbability(position, symbol);
  54     double freq = 0;
  55     if ("amino".equals(hmm.getAlphabetType()))
  56     {
  57       if (!ResidueProperties.aminoBackgroundFrequencies.containsKey(symbol))
  58       {
  59         return Color.white;
  60       }
  61       freq = ResidueProperties.aminoBackgroundFrequencies.get(symbol);
  62     }
  63     else if ("DNA".equals(hmm.getAlphabetType()))
  64     {
  65       if (!ResidueProperties.dnaBackgroundFrequencies.containsKey(symbol))
  66       {
  67         return Color.white;
  68       }
  69       freq = ResidueProperties.dnaBackgroundFrequencies.get(symbol);
  70     }
  71     else if ("RNA".equals(hmm.getAlphabetType()))
  72     {
  73       if (!ResidueProperties.rnaBackgroundFrequencies.containsKey(symbol))
  74       {
  75         return Color.white;
  76       }
  77       freq = ResidueProperties.rnaBackgroundFrequencies.get(symbol);
  78     }
  79     if (prob == 0)
  80     {
  81       return Color.red;
  82     }
  83     Double value = Math.log(prob / freq);
  84     Color colour = null;
  85     if (value > 0)
  86     {
  87
  88       colour = ColorUtils.getGraduatedColour(value.floatValue(), 0,
  89               Color.WHITE, 4.52f, Color.blue);
  90     }
  91     else if (value < 0)
  92     {
  93       return Color.ORANGE;
  94
  95     }
  96     return colour;
  97
  98   }
  99
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 105   @Override
 106   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI collection,
 107           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
 108   {
 109     List<SequenceI> seqs = collection.getSequences();
 110     for (SequenceI seq : seqs)
 111     {
 112       if (seq.getHMM() != null)
 113       {
 114         hmm = seq.getHMM();
 115         break;
 116       }
 117     }
 118
 119   }
 120
 121
 122
 123   @Override
 124   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI sg,
 125           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
 126   {
 127     HiddenMarkovModel markov = null;
 128     List<SequenceI> seqs = sg.getSequences();
 129     for (SequenceI seq : seqs)
 130     {
 131       if (seq.getHMM() != null)
 132       {
 133         markov = seq.getHMM();
 134         break;
 135       }
 136     }
 137     HMMERColourScheme colour = new HMMERColourScheme(markov);
 138     return colour;
 139
 140   }
 141
 142   @Override
 143   public boolean isApplicableTo(AnnotatedCollectionI ac)
 144   {
 145       return true;
 146
 147   }
 148
 149   @Override
 150   public String getSchemeName()
 151   {
 152
 153     return JalviewColourScheme.HMMER.name();
 154   }
 155
 156   @Override
 157   public boolean isSimple()
 158   {
 159     // TODO Auto-generated method stub
 160     return false;
 161   }
 162
 163 }